Source level interpretation of mixed biological stains using coding region SNPs

The association of body fluids/cell types and donors in mixed biological traces is an important, but challenging task required to evaluate the value of evidence given forensic propositions concerning the source of the DNA. The linking of a DNA profile with evidence from presumptive tests or RNA analysis is not straightforward. Coding region SNPs (cSNPs) are a novel type of evidential markers that are both cell type specific and individual specific. They thereby provide a direct link between a donor and a body fluid in mixed biological stains. In this proof-of-concept paper we consider the evaluation of cSNP profiles given source level propositions and explore the use of the open-source software EuroForMix to compute likelihood ratios. The discrimination power of the cSNPs for various body fluids is investigated with simulations. We provide case examples where the type of biological material is questioned and where cSNP profiles can be used to assign a donor to a body fluid, and discuss how the results can be reported in court. Keywords: Body fluid identification; Body fluid mixtures; Coding region SNP (cSNP); Forensic Science; Likelihood ratio; Source level propositions; mRN

Fictionalisation? A discussion based on Eivind Hofstad Evjemo’s novel Det siste du skal se er et ansikt av kjærlighet (2012)

Master's thesis in Literacy studiesI denne oppgaven har jeg lest Hofstad Evjemo sin samtidsroman Det siste du skal se er et ansikt av kjærlighet (2012) utfra to ulike litteraturteoretiske tilnærminger: Narratologien og fiksjonaliseringsteorien. Disse teoriene har ulikt fokus: Mens narratologien fokuserer på fortellergrep og fortellingers strukturer, fokuserer fiksjonaliseringsteorien på forfatterens retoriske fiksjonaliseringsstrategier og leserens resepsjon. Det gjennomgående temaet i oppgaven har vært å prøve å få frem hva fiksjonaliseringsteorien kan bidra med i lesing av samtidslitteratur og undersøke om fiksjonaliseringsteorien kan være en ny metodisk inngang til skjønnlitteratur

Quantitative PCR analysis of bloodstains of different ages

An accurate method to estimate the age of a stain or the time since deposition (TsD) would represent an important tool in police investigations for evaluating the true relevance of a stain. In this study, two laboratories reproduced an mRNA-based method for TsD estimation published by another group. The qPCR-based assay includes four transcripts (B2M, LGALS2, CLC, and S100A12) and showed preferential degradation of the 5′ end over the 3′ end. In this study, the blood-specific marker ALAS2 was added to examine whether it would show the same degradation pattern. Based on our qPCR data several elastic net models with different penalty combinations were created, using training data from the two laboratories separately and combined. Each model was then used to estimate the age of bloodstains from two independent test sets each laboratory had prepared. The elastic net model built on both datasets with training samples up to 320 days old displayed the best prediction performance across all test samples (MAD=18.9 days). There was a substantial difference in the prediction performance for the two laboratories: Restricting TsD to up to 100 days for test data, one laboratory obtained an MAD of 2.0 days when trained on its own data, whereas the other laboratory obtained an MAD of 15 days

Age estimation by ossification stages of the medial clavicular epiphysis: a systematic review

Key message This systematic review summarizes the evidence on the distribution of chronological age from pre-defined stages of clavicular ossification studied by MRI or CT in living individuals. We included ten observational studies, all published within the last five years. The studies were conducted in five different countries, involving 4190 participants. Nine studies used CT and one used MRI. The QUADAS-2 checklist was used to assess risk of bias. The mean chronological age and its 95 % confidence interval (95% CI) were presented for males and females separately in each stage and substage of medial clavicle epiphysis. Most of the studies showed a high risk of selection bias due to age mimicry, which could influence the distribution of age from each clavicular stage. Due to the limitations, we are unable to provide a reliable distribution of chronological age from each stage of medial clavicular development.publishedVersio

MRI segmentation of tooth tissue in age prediction of sub-adults — a new method for combining data from the 1st, 2nd, and 3rd molars

Purpose WeaimedtoestablishamodelcombiningMRIvolumemeasurementsfromthe1st,2ndand3rdmolarsforageprediction in sub-adults and compare the age prediction performance of different combinations of all three molars, internally in the study cohort. Material and method We examined 99 volunteers using a 1.5 T MR scanner with a customized high-resolution single T2 sequence. Segmentation was performed using SliceOmatic (Tomovision©). Age prediction was based on the tooth tissue ratio (high signal soft tissue + low signal soft tissue)/total. The model included three correlation parameters to account for statisti- cal dependence between the molars. Age prediction performance of different combinations of teeth for the three molars was assessed using interquartile range (IQR). Results We included data from the 1st molars from 87 participants (F/M 59/28), 2nd molars from 93 (F/M 60/33) and 3rd molars from 67 (F/M 45/22). The age range was 14–24 years with a median age of 18 years. The model with the best age prediction performance (smallest IQR) was 46–47-18 (lower right 1st and 2nd and upper right 3rd molar) in males. The estimated correlation between the different molars was 0.620 (46 vs. 47), 0.430 (46 vs. 18), and 0.598 (47 vs. 18). IQR was the smallest in tooth combinations including a 3rd molar. Conclusion We have established a model for combining tissue volume measurements from the 1st, 2nd and 3rd molars for age prediction in sub-adults. The prediction performance was mostly driven by the 3rd molars. All combinations involving the 3rd molar performed well.publishedVersio

Development stages of the knee and ankle by computed tomography and magnetic resonance imaging for estimation of chronological age: a systematic review

publishedVersio

Prediction of Age Older than 18 Years in Sub-adults by MRI Segmentation of 1st and 2nd Molars

Purpose To investigate prediction of age older than 18 years in sub-adults using tooth tissue volumes from MRI segmenta- tion of the entire 1st and 2nd molars, and to establish a model for combining information from two different molars. Materials and methods We acquired T2 weighted MRIs of 99 volunteers with a 1.5-T scanner. Segmentation was performed using SliceOmatic (Tomovision©). Linear regression was used to analyse the association between mathematical transforma- tion outcomes of tissue volumes, age, and sex. Performance of different outcomes and tooth combinations were assessed based on the p-value of the age variable, common, or separate for each sex, depending on the selected model. The predictive probability of being older than 18 years was obtained by a Bayesian approach using information from the 1st and 2nd molars both separately and combined. Results 1st molars from 87 participants, and 2nd molars from 93 participants were included. The age range was 14-24 years with a median age of 18 years. The transformation outcome (high signal soft tissue + low signal soft tissue)/total had the strongest statistical association with age for the lower right 1st (p= 7.1*10-4 for males) and 2nd molar (p=9.44×10-7 for males and p=7.4×10-10 for females). Combining the lower right 1st and 2nd molar in males did not increase the prediction performance compared to using the best tooth alone. Conclusion MRI segmentation of the lower right 1st and 2nd molar might prove useful in the prediction of age older than 18 years in sub-adults. We provided a statistical framework to combine the information from two molars.publishedVersio

Age prediction in sub-adults based on MRI segmentation of 3rd molar tissue volumes

Purpose Our aim was to investigate tissue volumes measured by MRI segmentation of the entire 3rd molar for prediction of a sub-adult being older than 18 years. Material and method We used a 1.5-T MR scanner with a customized high-resolution single T2 sequence acquisition with 0.37 mm iso-voxels. Two dental cotton rolls drawn with water stabilized the bite and delineated teeth from oral air. Segmen- tation of the different tooth tissue volumes was performed using SliceOmatic (Tomovision © ). Linear regression was used to analyze the association between mathematical transformation outcomes of the tissue volumes, age, and sex. Performance of different transformation outcomes and tooth combinations were assessed based on the p value of the age variable, com- bined or separated for each sex depending on the selected model. The predictive probability of being older than 18 years was obtained by a Bayesian approach. Results We included 67 volunteers (F/M: 45/22), range 14–24 years, median age 18 years. The transformation outcome (pulp + predentine)/total volume for upper 3rd molars had the strongest association with age (p = 3.4 × 10 −9 ). Conclusion MRI segmentation of tooth tissue volumes might prove useful in the prediction of age older than 18 years in sub-adults.publishedVersio

Samsvar mellom kronologisk alder og skjelettalder basert på Greulich og Pyle-atlaset for aldersestimering: en systematisk oversikt

Innledning Hvert år kommer det unge asylsøkere til Norge som ikke vet hvor gamle de er eller ikke kan dokumentere dette. For å sikre at barn får de rettigheter de har krav på og at voksne ikke blir behandlet som barn, er det nødvendig å fastsette en kronologisk alder. I Norge har det i flere år vært benyttet evaluering av modning av skjelett i hånd og av tannutvikling for å estimere alder på asylsøkere hvor det foreligger tvil. Disse metodene har i stor grad blitt kritisert for ikke å være presise, men per dags dato er det ikke funnet bedre metoder. I 2016 fikk Folkehelseinstituttet et nasjonalt fagansvar for å evaluere og forbedre metodene (fra 1.1. 2017 overført med Avdeling for Rettsmedisinske fag til Oslo universitetssykehus). Den rettsmedisinske faggruppen har i samarbeid med Kunnskapssenteret for helsetjenesten i Folkehelseinstituttet gjennomført en systematisk kartlegging av det vitenskapelige grunnlaget for flere metoder som benyttes til medisinske aldersvurderinger. Formålet med denne systematiske oversikten er å sammenfatte den forskningsbaserte dokumentasjonen om samsvaret mellom kronologisk alder og skjelettalder basert på modningsstadier fra Greulich og Pyle-atlaset (GP skjelettalder), og eventuelt å belyse variasjoner mellom ulike populasjoner. Siden Greulich og Pyle-atlaset er den mest anvendte metoden for estimering av kronologisk alder basert på håndrøntgen, valgte vi å fokusere analysen på dette systemet. Parallelt har vi også gjennomført en systematisk oversikt på aldersestimering med Demirjians utviklingsstadier av visdomstenner. Metode Vi søkte etter studier i Cochrane Central Register of Controlled Trials (CENTRAL), MEDLINE, Embase og Google Scholar. Søket ble avsluttet mai 2016. Det ble utført ett felles søk for studier som benyttet røntgen av tenner eller hånd, samt CT eller MR av krageben, kne og ankel til aldersvurdering for barn og unge mellom 10 og 25 år. Søket for studier som benyttet Greulich og Pyle-atlaset på håndrøntgen ble oppdatert i januar 2017. To personer leste uavhengig av hverandre tittel og sammendrag for 10640 referanser. Av disse fant vi 658 publikasjoner som kunne være relevante for aldersestimering basert på håndrøntgen. To personer vurderte disse uavhengig av hverandre i fulltekst. Vi inkluderte 17 studier som har estimert alder basert på Greulich og Pyle-atlaset og samtidig har oppgitt data for hvert kronologiske år. Vi har inkludert to ulike måter å fremstille dataene på (i denne rapporten kalt fremstilling A og B). Begge metodene forutsetter en kjent kronologisk alder og en observert skjelettalder: A) tar utgangspunkt i kronologisk alder og fremstiller gjennomsnittlig forskjell mellom kronologisk alder og GP skjelettalder basert på modningsstadier i Greulich og Pyle atlaset for aldersgrupper separat (ikke slått sammen aldre i mer enn årlige intervaller). B) tar utgangspunkt i skjelettalder og fremstiller gjennomsnittlig kronologisk alder fra GP skjelettalder i Greulich og Pyle-atlaset. To personer vurderte uavhengig av hverandre risiko for systematiske skjevheter i de inkluderte studiene ved QUADAS-2 sjekklisten for å vurdere kvaliteten av studier av diagnostisk nøyaktighet. Resultat Vi fant 17 studier som hadde sammenlignet kronologisk alder med GP skjelettalder basert på håndrøntgen og GP-atlaset. Studiene inkluderte fra 68 til 2614 personer med kjent kronologisk alder. Alle unntatt én studie inkluderte både gutter og jenter. Det var tre studier fra Tyrkia, fire studier fra India, og én studie hver fra henholdsvis Canada, Frankrike, Italia, Iran, Kina, Nederland, Spania, Taiwan, Pakistan og USA. Vi vurderte at flertallet av studiene hadde enten lav eller uklar risiko for systematiske skjevheter basert på QUADAS sjekklisten. Ett unntak var studiene med fremstilling B, hvor tre av fire studier hadde resultater med høy risiko for en spesiell form for seleksjonsskjevhet kalt aldersmimikering. Det klare flertall av studiene har oppgitt resultatene som gjennomsnittlig forskjell mellom kronologisk alder og GP skjelettalder for aldersgrupper basert på modningsstadier i Greulich og Pyle-atlaset (fremstilling A). Analysen viser at variasjonen mellom studiene var større enn man kan forvente ved tilfeldighet, men samtidig var det relativt moderate variasjoner mellom studier fra ulike deler av verden. Det var sjelden at differansen mellom GP skjelettalder og kronologisk alder oversteg ett år i gjennomsnitt for en gruppe. Fire studier, inkludert to vi analyserte basert på forfatternes rådata, fremstilte resultatene som gjennomsnittlig kronologisk alder i modningsstadier fra Greulich og Pyle-atlaset (fremstilling B). Vi fant at resultatene fra tre av disse studiene i høy grad var påvirket av alderssammensetningen av testpersonene. Denne skjevheten er tidligere beskrevet som aldersmimikering (engelsk: age mimicry). Aldersmimikering fører til at gjennomsnittsalder for hvert utviklingsstadium preges av alderssammensetningen i den inkluderte studiepopulasjonen. Kun én av de fire studiene med denne fremstillingsmåten hadde en stor inkludert populasjon som var relativt jevnt fordelt på alder: Chaumoitre 2016. Resultatene fra denne, som er en forholdsvis stor studie på en multietnisk populasjon i Marseille (Frankrike), fant at differensen mellom GP skjelettalderen på bildene i atlaset (modningsstadiene) aldri var større enn 0,5 år fra gjennomsnittet i kronologisk alder. Chaumoitre 2016 anga et pålitelig estimat for variasjonen i alder for denne populasjonen dersom man skal bruke atlaset til estimering av kronologisk alder. Basert på denne studien varierte bredden på 95 % prediksjonsintervaller for aldrene 10-19 år for gutter fra 4,0 år til 5,9 år. Diskusjon Vi inkluderte studier med to ulike måter å fremstille resultatene på (fremstilling A og B). Flest studier presenterte funnene som gjennomsnittlig forskjell mellom kronologisk alder og GP skjelettalder for separate aldersgrupper basert på årskull (fremstilling A). Denne analysemetoden gir samlede resultater for GP skjelettalderen til en gruppe individer av ett årskull (for eksempel alle gutter som er 14 år). Fremstillingen reflekterer at Greulich og Pyle-atlaset opprinnelig er utviklet for å beskrive barns normale skjelettmodning. Flere av de inkluderte studiene hadde som mål å utvikle nasjonale referansestandarder. Vi har oppsummert disse studiene, og funnet at samsvaret mellom GP skjelettalder og kronologisk alder i snitt er relativt godt, selv om visse aldersgrupper i enkeltstudier kan ha en gjennomsnittsforskjell på over ett år. Disse studiene viser at Greulich og Pyle-atlaset, som er utviklet basert på røntgenbilder av barn tatt på 1930-tallet, fremdeles beskriver normal skjelettutvikling relativt godt i ulike populasjoner som er undersøkt de siste 10-15 årene. Imidlertid kan ikke standardavvikene som viser hvordan GP skjelettalder fordeler seg fra kjent alder legges til grunn for prediksjonsintervall hvis Greulich og Pyle-atlaset skal brukes til å estimere kronologisk alder (det vil si et «omvendt» scenario). Analyser av hvordan kronologisk alder fordeler seg fra GP skjelettalder (fremstilling B) er mest egnet for å anslå usikkerheten når Greulich og Pyle-atlaset benyttes til kronologisk aldersestimering. Disse studiene må imidlertid ha en studiepopulasjon som er jevnt fordelt på alder, og sørge for at nedre og øvre aldersgrense ikke settes henholdsvis for høyt eller for lavt. For at resultatene skal bli så riktige som mulig må den inkluderte populasjonen være tilstrekkelig stor, ha tilstrekkelig mange og omtrent like mange individer i hvert alderstrinn samt dekke hele den forventede aldersspredningen for de stadiene man ønsker å undersøke. Hvis ikke kan studien bli preget av fenomenet aldersmimikering, og resultatene blir upålitelige.Vi vurderte at kun én studie unngikk dette og hadde tilstrekkelig godt studiedesign til å gi en mer korrekt skildring av hvordan kronologisk alder fordeler seg fra skjelettalderen: Chaumoitre 2016. Først når det finnes flere tilsvarende studier er det mulig å vurdere metodens pålitelighet på tvers av studier, regioner og etnisiteter. En alternativ løsning er et prosjekt der man samler inn grunndata der observasjonene av kronologisk alder og modningsstadium er angitt per individ. Tilgangen på slike rådata vil også gi mulighet til å statistisk modellere dataene slik at effekten av aldersmimikering minimeres også i datasett med en ujevn aldersfordeling. Konklusjon Vi har oppsummert studiene som fremstiller GP skjelettalder fra kjent kronologisk alder, og funnet at samsvaret mellom GP skjelettalder og kronologisk alder i snitt er relativt godt, selv om visse aldersgrupper i enkeltstudier kan ha en gjennomsnittsforskjell på over ett år. Disse studiene kan ikke legges til grunn når Greulich og Pyle skal brukes til å estimere kronologisk alder. Studiene som viser hvordan kronologisk alder fordeler seg fra GP skjelettaldrene (modningsstadiene) illustrerer direkte med hvilken usikkerhet Greulich og Pyle-atlaset estimerer kronologisk alder for en populasjon. Vi fant kun én studie med fremstilling B som hadde et pålitelig studiedesign: Chaumoitre 2016. Denne studien viste at for den inkluderte populasjonen vil 95 % prediksjonsintervall være på det minste 4 år bredt og på det meste 5,9 år bredt for gutter mellom 10 og 19 år. Dette gir et inntrykk av hvor stor variasjonen kan være når metoden tas i bruk på en gitt populasjon. For å utforske usikkerheten for Greulich og Pyle-atlaset til å estimere kronologisk alder for andre populasjoner trengs det flere studier med tilsvarende studiedesign som Chaumoitre 2016. En alternativ løsning dersom grunndata hadde vært tilgjengelig, er å anvende andre statistiske metoder for å unngå aldersmimikering av resultatene