대장암에서 DDK를 매개로 하는 TP53RK의 DNA 복제 조절 기전

학위논문 (석사) -- 서울대학교 대학원 : 융합과학기술대학원 분자의학 및 바이오제약학과, 2021. 2. 김태유.In recent decades, colorectal cancer(CRC) is known as one of the cancerous type that represents highest incidence and mortality. Up to the present day, although studies on the genetic/epigenetic factors inducing colorectal cancer have been variously conducted, a more in-depth approach is needed to understand the pathogenesis of disease and effectively apply anticancer therapy. [1] In this context, next generation sequencing(NGS) and targeted therapy using biomarkers have become a core technology for popularization of precision medicine or personalized medicine that reflects environmental/biological information of individual patient. In this study, CRISPR library screening was carried out based on a tyrosine kinase(TK) panel containing about 700 genes to identify novel colorectal cancer specific biomarker. As a result of knock out(KO) analysis for a total of six colon cancer cell lines, TP53RK(TP53 regulating kinase, PRPK) was showed topmost cell growth inhibition efficiency when its expression is reduced. TP53RK has been reported to be overexpressed in various cancer including multiple myeloma and skin cancer, however, the function of gene related to tumorigenesis is not clear. [2,3] Therefore, this study aimed to investigate the mechanism of cell death induced by TP53RK knock out through proteome analysis on a basis of mass spectrometry(MS) Indeed, when TP53RK was declined, we confirmed that phosphorylation status of CDC7 (Cell division cycle 7) kinase and MCM2/4, which is involved in initiation of DNA replication, was remarkably changed in addition to reduction of cell viability in colon cancer cell line. [4,5] This consequence suggests that TP53RK regulates DNA replication via CDC7 and DBF4 (Dumbbell former 4 protein), a regulatory subunit of CDC7, dependent manner. Key words: TP53RK/PRPK; CDC7; DBF4; DDK; MCM complex; DNA replication; CRISPR library screening; Colorectal cancer;현대에 이르러, 대장암은 가장 높은 발병률과 사망률을 나타내는 암종 가운데 하나로 알려져 있다. 지난 수십 년간 대장암을 유발하는 유전학적/후성유전학적 요인에 대한 연구가 활발히 진행되어 왔으나 대다수 암종이 그러하듯 질환의 발병 기전에 대한 이해와 항암 요법의 효과적인 적용을 위해서는 보다 심도 깊은 접근이 필요한 시점이다. 이 같은 맥락에서, 환자 개개인의 환경적/생물학적 정보가 반영된 정밀 의료(Precision medicine) 또는 맞춤 의료(Personalized medicine) 대중화의 핵심 기술로 자리잡은 것이 차세대 염기서열 분석(Next generation sequencing)과 바이오 마커(Biomarker)를 이용한 표적 치료(Targeted therapy) 전략이다. 새로운 대장암 특이적 바이오 마커 발굴을 목적으로, 본 논문에서는 약 700여개 유전자가 포함된 타이로신 인산화효소 수용체(Receptor tyrosine kinase) 패널 기반의 크리스퍼 라이브러리 스크리닝(CRISPR library screening)을 진행했다. 총 6개의 대장암 세포주를 사용한 녹 아웃(Knock out) 데이터 분석 결과, 발현 감소시 모든 세포주에서 가장 높은 수준의 세포 성장 억제 효율을 나타내는 유전자로 TP53RK(TP53 regulating kinase, PRPK)가 랭크되었다. TP53RK는 다발골수종과 피부암을 비롯한 다수 암종에서 과발현 양상을 나타내는 것으로 보고되어 왔으나 유전자의 종양 형성 관련 기능은 명확히 밝혀진 바 없다. 이에 본 논문은 TP53RK 녹 아웃 후 질량 분석(Mass spectrometry) 기반의 단백체 분석(Proteome analysis)을 진행함으로써 TP53RK의 발현 저하로 인해 유도되는 세포 사멸 기전을 규명하고자 하였다. 실제로, 녹 아웃을 통한 TP53RK 억제시 대장암 세포주의 성장 저해 및 DNA 복제 개시에 관여하는 CDC7(Cell division cycle 7) 키네이스(Kinase)와 DNA 나선 효소(Helicase)의 중심 인자이자 CDC7의 기질로 알려진 MCM2/4 인산화 양상의 변화를 확인할 수 있었으며 이러한 결과는 TP53RK가 CDC7과 CDC7의 조절 소단위인 DBF4(Dumbbell former 4 protein) 의존적 신호 전달 경로를 거쳐 DNA 복제 과정의 조절자로 기능한다는 점을 시사하는 것이다. 주 요 어: TP53RK/PRPK; CDC7; DBF4; DDK; MCM 복합체; DNA 복제; 크리스퍼 라이브러리 스크리닝; 대장암;Background and Purpose 1 1. Introduction 3 2. Materials and Methods 6 3. Results 14 4. Discussion 40 References 42 Abstract in Korean 47Maste

바이러스 언코팅 조절인자로서 인터페론 반응 조절 단백질 STING의 기능 연구

학위논문 (석사) -- 서울대학교 대학원 : 자연과학대학 생명과학부, 2020. 8. 안광석.바이러스 감염주기에서 바이러스의 유전체가 바이러스 캡시드 내부에서 숙주세포로 전달되는 것은 매우 중요한 과정이며 이 과정을 바이러스 언코팅 과정이라고 부른다. 이 언코팅 과정이 잘 이루어지지 않으면 바이러스 유전자들의 발현이 정상적으로 이루어지지 않게 되고 그 결과 후손 바이러스 생산이 저해된다. 따라서 바이러스 언코팅 과정에 대해 잘 이해하고 있다면, 바이러스 감염예방법을 개발하는 과정에 좋은 정보가 될 것이다. 우리 연구실에서 허피스바이러스에서 인터페론 반응조절 단백질인 STING(Stimulator of interferon gene)이 허피스바이러스 감염 초기 단계에서 허피스바이러스의 언코팅 과정을 조절하는 조절인자라는 것을 규명하였다. 일반적으로 STING은 세포에 이중가닥 DNA 자극이 왔을 경우 인터페론 반응을 조절하는 항 바이러스성 단백질로 잘 알려져 있으나, STING이 바이러스 감염 초기에는 친 바이러스성을 보인다는 연구결과보고도 있었다. 우리 연구실에서는 STING의 이 친 바이러스성이 바이러스 언코팅 과정을 조절함으로서 이루어질 수 있다는 것을 보였고 언코팅 조절인자로서 STING은 새로운 발견이었다. 그렇기 때문에 STING의 언코팅 조절인자로서 기능이 다른 바이러스 감염상황에서도 일어나는 지 확인해보고자 했고, 여러 가지 바이러스들 중에서 세계적으로 만성감염으로 문제를 일으키고 있는 바이러스인 인간면역결핍바이러스(human immunodeficiency virus, HIV)와 인간 B형 간염바이러스(human hepatitis B virus, HBV)에서 STING이 언코팅 과정 조절인자로서 기능할 수 있는지 확인해보았다. 연구결과 HIV에서는 STING이 낙아웃되어도 HIV의 감염성과 HIV 상보적DNA의 핵 침입과정에서 차이를 보이지 않았고, HBV에서도 HBV 초기 감염 상황에서 HBV 유전자 발현양과 HBV DNA의 핵 침입과정에서 유의미한 차이를 보이지 않았다. 따라서 STING의 바이러스 언코팅 과정을 조절하는 조절인자로서 친 바이러스성은 HIV와 HBV 감염 상황에서는 보이지 않는다는 것을 본 연구를 통해 밝혔다. 이 연구결과를 바탕으로 바이러스 언코팅 과정 조절인자로서 STING의 범용성에 대한 평가를 할 수 있을 것이고, 이를 바탕으로 바이러스 감염예방법을 개발하는 것에 참고할 수 있는 정보가 될 것이다.In the virus infection cycle, the process by which the genome of the virus is transferred from the viral capsid to the host cell is a very important process, and this process is called virus uncoating. If this uncoating process is not performed well, the expression of viral genes is not normally performed, and as a result, the production of progeny virus is inhibited. Therefore, if we understand the virus uncoating process well, we can get good information to prevent virus infection. Our laboratory previously discovered that the interferon response modulator protein STING (Stimulator of interferon gene) is a uncoating regulating factor in the early stages of herpesvirus infection. In general, STING is well known as an antiviral protein that modulates the interferon response when double-stranded DNA stimulation comes, but some studies have also reported that STING shows proviral function in the early stages of viral infection. Our laboratory showed that this proviral function of STING is achieved by regulating the virus uncoating process, and this was a new discovery, so we wanted to check whether STING's uncoating regulator function also occurs in other viral infections. Among several viruses I chose the human immunodeficiency virus (HIV) and the human hepatitis B virus (HBV), which are globally causing chronic infection problems, to checked if STING can function as regulator of the uncoating process. As a result of this study, in the case of HIV, when STING was knocked out, there was no difference in the HIV infectivity and the nuclear invasion process of the HIV complementary DNA, and also in the case of HBV, when STING was knocked out, there was no significant difference in the amount of HBV gene expression and the nuclear invasion process of the HBV genome in the initial infection situation. Therefore, we revealed that proviral function of STING as an uncoating regulator is not seen in HIV and HBV infections. Based on the results of this study, it will be possible to evaluate the versatility of STING as a regulator of the virus uncoating process and will be information that can be used to develop a method for preventing virus infection.I. 서론 6 1. 언코팅 과정 조절인자로서 STING 6 2. 인간면역결핍바이러스와 인간 B형 간염바이러스 7 3. 연구목표 9 II. 실험방법 및 재료 10 1. 시약과 항체 10 2. 세포 주와 바이러스 10 3. CRISPR-Cas9 낙아웃 세포 주 제작 11 4. 바이러스 감염 12 5. RNA 간섭 13 6. 웨스턴 블롯 13 7. 실시간연쇄중합반응 14 8. Alu-PCR 16 9. 초원심세포분획법 16 10. 통계학적 분석 17 III. 결과 18 1. 인간면역결핍바이러스 언코팅 과정에는 STING이 관여하지 않는다. 18 2. 인간 B형 간염바이러스 언코팅 과정에는 STING이 관여하지 않는다. 21 IV. 토의 25 V. 참고문헌 50Maste

《마왕》(Erlkönig), 《그대는 나의 안식처》(Du bist die Ruh), 《물방앗간 청년과 시냇물》(Der Müller und der Bach)을 중심으로

학위논문(석사) -- 서울대학교대학원 : 음악대학 음악과, 2023. 2. 이민정.19세기 낭만주의 음악은 개인의 주관적인 표현에 중점을 두었으며 공공음악회가 일반화되었던 시기로, 피아노 제조 기술의 급성장은 새로운 테크닉 구현으로 비르투오소 형성에 기여하였다. 리스트(Franz Liszt, 1811-1886)는 이러한 변화에 힘입어 다양한 장르의 작품을 작곡하여 자신의 연주회에서 연주하고 다른 작곡가의 곡을 편곡한 작품을 연주하기도 하였다. 가곡, 오페라, 교향곡 등 다방면에서 편곡을 하였으며 특히, 슈베르트(Franz Schubert, 1797-1828)의 가곡 편곡 작품을 즐겨 연주하였다. 당시 유명하지 않던 작곡가를 홍보하기도 하였고 자신의 연주 레퍼토리를 확장시켰으며 관현악법과 성악어법을 피아노로 재현하여 악기의 새로운 가능성을 제시하였다. 리스트의 편곡기법은 원곡 그대로 옮기는 트랜스크립션과 원곡을 자유롭게 변형하는 패러프레이즈로 나눌 수 있다. 리스트는 슈베르트의 가곡에 대단한 열정을 가지고 있어 50여곡의 가곡을 피아노 독주곡으로 편곡하였다. 이때 그는 트랜스크립션 기법을 사용하여 원곡의 형태를 최대한 유지하고자 하였다. 그에 더해서 곡의 내용을 자세히 전달할 수 있도록 자세한 지시어를 추가하고 기존 선율과 화성 진행을 반복하는 간주와 카덴차를 삽입하여 원곡을 크게 벗어나지 않지만 극적인 전개를 구사하였다. 또한, 피아노의 넓은 음역대와 밀도 높은 텍스처를 사용하는 등 피아노 기법을 활용함과 동시에 연속적인 옥타브 진행, 트레몰로, 양손 교차 주법 등 그의 대표적인 비르투오소적 테크닉을 추가하였다. 본 논문은 슈베르트 가곡 중 《마왕》, 《그대는 나의 안식처》, 《물방앗간 청년과 시냇물》 원곡과 리스트가 편곡한 피아노 독주곡을 비교, 분석함으로써 리스트의 원곡에 대한 충실성과 동시에 본인만의 해석을 추가한 그의 독창적인 편곡 기법을 연구하였다.In the 19th century, romantic music focused on individual and subjective expression and the rapid growth of piano manufacturing technology contributed to the formation of virtuoso by implementing new techniques. Following to these changes, Liszt composed various genres of music and arrangements of other composers pieces to perform in his numerous concerts. He arranged art songs, operas, and symphonies, and especially enjoyed the arrangements of Schuberts Songs. His arrangements promoted unknown composers at that time, expanded his repertoire, and reproduced orchestral and vocal phrases on the piano to suggest new possibilities. His arrangement style can be divided into transcription which keeps the original music as much as possible and paraphrase which transform the original piece with much freedom. Liszt arranged about 50 songs by Schubert revealing his great enthusiasm for Schubert. He used transcription technique in the arrangement of Schuberts songs and tried to maintain the original music as it is. In addition, he wrote diverse expression markings to convey the emotions of the song more in detail, and added the interlude and cadenza from the original melodies and harmonic progressions for dramatic development. In this analytical paper, it was found that Liszt made his original transcription through his own interpretation while keeping fidelity to the original music by Schubert. Thus the original song was developed into a dramatic piano solo work by extending the characteristics of piano such as a wide range of piano and thick textures, with his virtuosic techniques like octave scale, tremolo, and cross-hand techniques.제 1 장 서 론 1 제 2 장 리스트의 편곡 작품 3 제 1 절 19세기 음악적 배경 3 제 2 절 리스트의 편곡 작품 5 1. 리스트 편곡의 의의 5 2. 트랜스크립션과 패러프레이즈 6 3. 주요 편곡 작품 분류 8 제 3 장 슈베르트 가곡 편곡 15 제 1 절 리스트와 슈베르트 15 제 2 절 작품 분석 20 1. 《마왕》(Erlkönig) 20 2. 《그대는 나의 안식처》(Du bist die Ruh) 33 3. 《물방앗간 청년과 시냇물》(Der Müller und der Bach) 42 제 4 장 결 론 52 참고문헌 54 Abstract 57석

차근차근 준비하는 아이디어 사업화 성공 가이드 1편: 제품개발 상품화 기술

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