Computational methods for sequence clustering and gene selection for metagenomic data generated by next generation sequencing

환경시료로부터 추출한 유전체 또는 유전자를 포함하는 clone을 총칭하여 metagenome이라고 부르고 있으며 이러한 metagenome에 관련된 일련의 연구를 metagenomics라 한다. 대부분의 환경시료는 미생물 군집이 상당히 복잡하여 수백에서 수천 종에 이르는 종의 분포를 나타냄에도 불구하고 지금까지 그 일부만 배양되었지만 최근 metagenomics의 급속한 성장을 통해 실제 미생물의 다양성에 대한 분석이 가능하게 되었다. 이는 미생물 군집분석에 있어 혁신적인 모습을 보여주고 있으며 이를 통해 지금까지 알지 못한 미생물 군집의 다양성을 알 수 있게 되었다. 따라서 Metagenomics는 난배양성 또는 배양 불가능 미생물을 분석하기 위한 목적에 잘 부합하는 것으로 배양에 의한 순수분리가 불가능하다면 특정 환경내의 모든 DNA를 추출함으로써 분자생물학적으로 접근할 수 있는 현대적인 유전 정보 분석을 위한 방법이다. 이 방법은 미생물 군집을 구성하는 미생물의 유전과 기능적 다양성에 대한 지식을 급속도로 높이고 있다. 최근 차세대 염기서열 분석 기술(next generation sequencer, NGS)이 metagenomic 연구에 많이 사용되고 있으며 이를 통해 광범위한 양의 염기서열 자료를 얻을 수 있게 되었고, 미지의 환경시료로부터 유전체 구성을 결정할 수 있게 되었다. 이처럼 차세대 염기서열 분석 기술이 환경 시료의 미생물 군집 구조 분석에 획기적인 방법이 되고 있다. 본 학위 논문은 이러한 차세대 염기 서열 분석 기술로부터 생성된 metagenomic 정보들의 분석 방법을 기술한다. 현존하는 서열 군집 방법은 다양한 미생물 군집 분석에 이용되었지만 분석의 정확성은 환경 샘플에 대한 정확한 정보가 없기 때문에 비교할 수가 없다. 이러한 문제해결을 위해 Taxonomy-based Clustering(TBC)라는 새로운 서열 군집 알고리즘을 제안한다. 차세대 염기 서열 분석으로 통해 생성되는 수백만의 서열들을 분석하고 해석하는 방법은 광범위한 전산 전략이 필요하기 때문에, TBC는 기존의 다중 서열 정렬과 distance matrix의 생성을 생략하고 종(species) 구분에 쓰이는 type strain의 직접적인 비교를 통한 분류학의 기본적인 개념을 포함한다. 군집 분석의 정확성은 기존의 미생물 군집 연구에 사용되는 MOTHUR BLASTCLUST CD-HIT UCLUST와 같은 알고리즘들과 비교하였다. 세가지 양적 평가 기준에 의해 비교 하였으며 3가지 서로 다른 dataset을 통해 나열한 5가지 분석방법 중 군집의 정확성과 전산과정의 효율성에 있어서 최고의 알고리즘이라는 것을 시연하였다. metagenomics 연구에 있어 생물정보학적 분석의 가장 기본적인 단계는 rRNA 유전자와 같은 phylogenetic marker를 예측하는 것을 수반한다. 다음으로 소개한 rRNASelector는 광범위한 metagenomic 혹은 metatranscriptomic 서열들을 은닉 마코프 모델(Hidden Markov model)을 사용하여 원하는 rRNA를 추출하는 프로그램이다. 이를 통해 얻어진 rRNA를 추출한 나머지 서열들은 단백질 기반의 연구에 사용된다. 본 프로그램은 Roche 454 FLX Titanium을 기반으로 서열 분석된metagenomics와 metatranscriptomics library로부터 진핵생물의 5S, 26S 23S rRNA 유전자의 정확한 추출을 성공적으로 확인하였다.Docto

(A) study on fabrication of high-performance energy storage devices using nanostructured electrode

학위논문(박사) - 한국과학기술원 : 기계공학과, 2018.2,[v, 87 p. :]리튬이온배터리로 대표되는 에너지저장소자는 그 활용분야의 빠른 성장에 힘입어 큰 시장을 형성하고 있다. 하지만 차세대 에너지저장소자는 배터리의 낮은 출력과 짧은 수명을 보완할 수 있어야 하는데 슈퍼커패시터는 가장 유망한 차세대 소자로 꼽힌다. 본 연구에서는 슈퍼커패시터의 성능을 비약적으로 증진시킬 수 있는 나노구조체 전극을 기존보다 간단하고 효과적인 레이저 소결, 자가성장 등의 공정을 이용하여 개발하고 이를 이용하여 고용량, 고출력의 에너지저장소자를 개발하는 것을 목표로 한다.한국과학기술원 :기계공학과

통합 기후예측 시스템을 위한 기후예측 시뮬레이터 개발

장주기 기후변화를 예측·파악 할 수 있는 전 지구 고해상도 기후 예측 시뮬레이터 개발과 장기 기후자료 생산을 목표로 기후예측 시뮬레이터를 개발 중에 있다. 이를 위하여 기후모델 요소 모형들의 결합 및 실험, 모델 개선을 위한 해양 및 대기 경계층의 물리과정(적운대류, 해양상층 수직혼합, 수온약층 수직혼합) 모수화 방안 제시와 열대 서태평양 해양 관측, 해양-대기 상호작용 및 기후변화 관련 해양과정 분석, 중ㆍ장기 (10-50년) 기후 예측 수행을 위한 해양자료동화체계 개발, 그리고 기후 변화 메커니즘 규명 및 기후 변동성 원인 분석 등과 관련된 연구를 수행하고 있다. 이번 발표회에서는 지금까지 진행된 모델 연구의 결과를 소개하고자 한다.2

울진원전 6개호기 온배수영향 어업피해조사

울진원자력본

An analysis on changing mean sea level of the seas adjacent to Korea

11Nothe

2차원 비선형 내면파 문제의 수치해석

학위논문(석사)--서울대학교 대학원 :조선해양공학과,1998.Maste

El Multilingüismo Existente en las Comunidades Musulmanes y Mozárabes en la Península Ibérica Medieval

헤지라, 즉 이슬람 기원 원년인 서기 622년 이후 급속히 세력을 팽창한 이스람 세력은 아라비아 전체를 장악한 후 소아시아 및 동부 지중해까지 그 세력을 넓히게 된다. 북아프리카까지 이슬람화한 이들은 서기 711년 모로코에서 집결하여 베르베르인 타리크(Tarik)의 지휘 아래 지브롤터(Gibraltar)해협을 건너 이베리아 반도를 침공, 서고트 왕국을 무너뜨리고 북서부 고산지대를 제외한 반도의 대부분을 정복하였다(이재학, 2002:45). 1031년에 꼬르도바 칼리파토(Califato)의 내분으로 에미르들에 의해 지배되는 10여개의 소왕국인 타이파스(Taifas)로 알-안달루스(al-Andalus)가 분열되기 전까지 무슬림들은 반도 중남부 지역을 장악하며 정치경제적으로 막강한 영향력을 행사하였다. 소왕국으로 분열된 이들은 까스띠야 왕국의 알폰소 6세에 의해 똘레도(Toledo)가 정복되면서 점차 쇠퇴기를 맞게 된다(강석영, 1988; 레이몬드 카, 2006). 이베리아 반도 침공 후 300여년에 이르는 이 기간 동안에 이슬람 세력이 장악한 알-안달루스는 아랍인, 베르베르인, 기독교인, 유대인 등 다양한 인종이 모여 사는 다인종, 다문화 사회를 형성하고 있었으며, 이 지역에서 사용된 언어는 일반적으로 아랍어, 모사라베어, 히브리어의 세 가지로 인식되고 있다. 이에 본 논문에서는 알-안달루스에서의 언어사용에 대한 고찰을 바탕으로 언어접촉으로 인한 언어변이가 발생하였는지의 여부 및 이중(bilinguismo)또는 다중언어사용(multilinguismo)의 현실에 대하여 분석하도록 한다

InP MIS structure with phosporus-nitride film grown by photo-CVD

Maste

수도권 신공항 고속도로 연륙교 건설에 따른 어업 피해 보상액 산정 용역

한국도로공

Suggest on Standardization of Ecological Survey Methods in the Korean Watershed

Ecological methods were reviewed through reports such as environmentalimpact assessment and damage effect of fishery in the Korean watershed. Survey itemsin marine ecological field were included: phytoplankton, zooplankton, benthic animal,algae, adult fish, egg and juvenile of fish. A standardization of survey method in thefield of community ecology was suggested to consider the convenience, frequency inuse of device, accuracy of data collected from that. It is necessary that spatial datashould be sufficiently acquired for statistical analysis of biodiversity and spatialcomparison. Quantitative sampling method must be inevitably adopted based nature ofbiota and geographical type of the survey area. The same sampling method can makethe data compared spatially but cant be applicable in all area. Standardizing surveymethod should be by no means under certain restriction of study and would becomedifferent according to survey environments. The first thing is minutely understandingabout ecological character of biota inhabiting in certain area, and then determiningsurvey method.33Nkciothe