Incidence and risk factors of delayed pneumothorax after percutaneous transthoracic lung biopsy

Thesis (master`s)--서울대학교 대학원 :의학과 내과학전공,2004.Maste

가족사진 발견을 위한 차별적 서브그래프

학위논문(석사) - 한국과학기술원 : 웹사이언스대학원, 2015.8 ,[iv, 18 p. :]최근 이미지 분류는 물체나 배경분류에 주력하고 있으며, 이미지 특징(feature)도 그에 맞춰 픽셀 정보로부터 추출된다. 그러나 여러 사람이 나타나는 사진일 경우, 촬영목적이 사람에 맞춰져 있어 물체 및 배경 분류 뿐만 아니라 관계나 이벤트와 같이 조금 더 높은 수준의 의미론적 정보(semantic)를 내포하고 있을 수 있다. 이전 연구에서는 이를 픽셀 정보에서 추출하는 것보다 성별, 나이, 얼굴 위치 등과 같은 사회적 맥락(social context)에서 더 잘 파악할 수 있다고 주장한다. 그 근거로, 사회학 관점에서 한 그룹 안에도 여러 작은 그룹(subgroup)이 존재하듯이 이를 그래프로 표현해 서브그래프(subgraph)들로 각 이미지를 재표현하는 것이 가능하다고 말한다. 이를 증명하기 위한 실험으로 총 2,444장의 가족과 비가족 그룹 분류를 하였다. 본 논문에서는 동일한 특징 추출방법을 따르되, 서브그래프를 생성하는 과정에서의 몇 가지 한계점들을 극복할 수 있는 방법과 추출된 특징값의 정규화 방식을 개선하는데 주력하여 최종적으로는 더 적은 특징값을 가지고 더 높거나 기존과 동일한 수준의 분류결과를 산출하는데 성공하였다. 먼저, 기존 연구의 서브그래프 추출 방식은 깊이우선탐색(DFS-based)기반의 후보군 생성방식으로 데이터 셋이 나타나는 최소 빈도수를 임계값으로 설정하여 그보다 작은 서브그래프는 생성하지 않는 방식이었다. 이것은 원하는 서브그래프의 양을 정확히 조절할 수 없다는 점과 얼마만큼의 서브그래프를 만들어야 이미지를 제대로 표현하는데 문제가 없는지를 측정할 수 없었다. 훈련 데이터 셋(train set)으로 여러 번의 실험을 수행해야만 어느 정도의 근사값을 구할 수 있었다. 여기에 특징선택(feature selection) 단계가 추가로 수행될 수 있는데, 이는 더 적은 수의 특징들로 동일 혹은 높은 분류결과를 얻는 것이 목표이다. 이전 연구에서는 문서빈도(document frequency)를 적용하였다고 했으나 적용시점이 서브그래프 마이닝 동안인지 직후인지에 대한 설명이 모호하였고, 우리는 두 가지 경우를 모두 실험해 보았다. 두 경우 모두, 이미 앞에서 설명한 문제를 피할 수는 없었지만 전자의 경우 대부분의 특징 선택비율(ratio)에서 우리가 채택한 알고리즘(CORK)과 70% 후반대의 비슷한 결과를 보여주었고, 후자의 경우 선택비율이 낮을 수록 50% 대의 분류결과를 보여주었다. 본 논문에서 채택한 서브그래프 생성알고리즘은 기존 연구에서 제안한 것과 동일한 전개구조를 가졌지만, 서브그래프가 생성될 때마다 탐욕적 전방탐색(greedy forward selection) 하에서 분류 정확도를 높일 수 있도록 거의 최적(near-optimal)을 보장하는 계산방식이 더해졌으므로, 차별적 그래프들을 자동으로 선별해낼 수 있다. 이 계산 방식을 설명하자면, A, B 두 개의 클래스가 존재할 때, A와 B에 둘 다 존재하거나 둘 다 존재하는 않는 이진 벡터(binary vector)가 많은 서브그래프는 품질점수가 낮아져 제거된다. 흥미로운 사실은 최소 출현빈도수라는 임계값 설정 없이도 이 품질 계산 부등식에 의해 그래프의 가지치기(pruning)가 가능하였다. 또 하나, 본 논문에서는 기존 연구에서 제시한 단어빈도(term frequency)에 의한 정규화보다 백오브워드(bag-of-word) 모델의 특징을 더 잘 나타내는 문서빈도 X 역문서빈도(TF-IDF) 가중치에 의한 정규화를 제안하였고, 대부분 실험결과에서 약1% ~ 4% 정도 더 높은 분류결과를 보여주었다.한국과학기술원 :웹사이언스대학원

Study of THF solvated electrons formation via potassium dissolution by mass spectroscopy

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Clinical Applications of Liquid Biopsy in Non-Small Cell Lung Cancer Patients: Current Status and Recent Advances in Clinical Practice

Recent advances in targeted and immune therapies have enabled tailored treatment strategies for advanced lung cancer. Identifying and understanding the genomic alterations that arise in the course of tumor evolution has become hugely valuable, but tissue biopsies are often insufficient for representing the whole cancer genome due to tumor heterogeneity. A liquid biopsy refers to the isolation and analysis of any tumor-derived material in the blood, and recent studies of this material have mostly focused on cell-free tumor DNA (ctDNA) in plasma. Indeed, liquid biopsy analysis is now expected to expand in utility and scope in clinical practice. In this review, we assess the biology and technical aspects of ctDNA analysis and discuss how it is currently applied in the clinic. Key points: Liquid biopsy is a potentially powerful tool in the era of personalized medicine for guiding targeted therapies in non-small cell lung cancer

Establishment and Long-Term Expansion of Small Cell Lung Cancer Patient-Derived Tumor Organoids

Differential chemo-sensitivity of cancer cells, which is attributed to the cellular heterogeneity and phenotypic variation of cancer cells, is considered to be the main reason for tumor recurrence after chemotherapy. Here, we generated small cell lung cancer patient-derived tumor organoids and subjected them to long-term expansion with the addition of WNT3A or R-spondin1. We confirmed that the organoids have similar genetic profiles, molecular characteristics, and morphological architectures to the corresponding patient tumor tissue during and after long-term expansion. Interestingly, the cellular heterogeneity of organoids is reflected in their differential response to cisplatin or etoposide. We propose to utilize the organoids as small cell lung cancer patient avatar models that would be ideal for investigating the mechanisms underlying tumor recurrence after chemotherapy, and would ultimately help to develop personalized medicine

Exosomal miR-1260b derived from non-small cell lung cancer promotes tumor metastasis through the inhibition of HIPK2

Tumor-derived exosomes (TEXs) contain enriched miRNAs, and exosomal miRNAs can affect tumor growth, including cell proliferation, metastasis, and drug resistance through cell-to-cell communication. We investigated the role of exosomal miR-1260b derived from non-small cell lung cancer (NSCLC) in tumor progression. Exosomal miR-1260b induced angiogenesis by targeting homeodomain-interacting protein kinase-2 (HIPK2) in human umbilical vein endothelial cells (HUVECs). Furthermore, exosomal miR-1260b or suppression of HIPK2 led to enhanced cellular mobility and cisplatin resistance in NSCLC cells. In patients with NSCLC, the level of HIPK2 was significantly lower in tumor tissues than in normal lung tissues, while that of miR-1260b was higher in tumor tissues. HIPK2 and miR-1260b expression showed an inverse correlation, and this correlation was strong in distant metastasis. Finally, the expression level of exosomal miR-1260b in plasma was higher in patients with NSCLC than in healthy individuals, and higher levels of exosomal miR-1260b were associated with high-grade disease, metastasis, and poor survival. In conclusion, exosomal miR-1260b can promote angiogenesis in HUVECs and metastasis of NSCLC by regulating HIPK2 and may serve as a prognostic marker for lung cancers

A Pilot Study of Whether the Cold-Heat Syndrome Type is Associated with Treatment Response and Immune Status in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer

The cold-heat syndrome type (ZHENG) is one of the essential elements of syndrome differentiation in East Asian Medicine. This pilot study aimed to explore the characteristics of non-small cell lung cancer (NSCLC) patients treated with immune checkpoint inhibitors (ICIs) based on the cold-heat syndrome type. Twenty NSCLC patients treated with ICI monotherapy were included in the study and completed the cold-heat syndrome differentiation questionnaire. Demographic and clinical characteristics of the included patients were obtained through electronic medical records. Additionally, blood samples of 10 patients were analyzed with cytokine level and immune profiling. Patients were divided into two groups of cold type (n = 9) and non-cold type (n = 11), according to the cold symptoms questionnaire's cutoff point. No significant difference between the two groups was observed in clinical response to ICIs (p=0.668). Progression-free survival (PFS) seemed to be longer in patients with non-cold type than cold type (p=0.332). In patients with adenocarcinoma, the non-cold type showed longer PFS than the cold type (p=0.036). Also, there were more patients with PD-L1 negative in the cold type compared to the non-cold type (p=0.050). In immune profiling, the proportion of effector memory CD8 T-cells was higher in patients with cold type than with non-cold type (p=0.015), and the proportion of terminal effector CD8 T-cells was lower in patients with cold type than with non-cold type (p=0.005). This pilot study has shown the potential for differences in prognosis and immune status between patients with cold and non-cold types. Hopefully, it provides essential information and insight into NSCLC patients' characteristics from the perspective of syndrome differentiation. Further large-scale observational studies and intervention studies are required