The Echinococcus canadensis (G7) genome: A key knowledge of parasitic platyhelminth human diseases

Background: The parasite Echinococcus canadensis (G7) (phylum Platyhelminthes, class Cestoda) is one of the causative agents of echinococcosis. Echinococcosis is a worldwide chronic zoonosis affecting humans as well as domestic and wild mammals, which has been reported as a prioritized neglected disease by the World Health Organisation. No genomic data, comparative genomic analyses or efficient therapeutic and diagnostic tools are available for this severe disease. The information presented in this study will help to understand the peculiar biological characters and to design species-specific control tools. Results: We sequenced, assembled and annotated the 115-Mb genome of E. canadensis (G7). Comparative genomic analyses using whole genome data of three Echinococcus species not only confirmed the status of E. canadensis (G7) as a separate species but also demonstrated a high nucleotide sequences divergence in relation to E. granulosus (G1). The E. canadensis (G7) genome contains 11,449 genes with a core set of 881 orthologs shared among five cestode species. Comparative genomics revealed that there are more single nucleotide polymorphisms (SNPs) between E. canadensis (G7) and E. granulosus (G1) than between E. canadensis (G7) and E. multilocularis. This result was unexpected since E. canadensis (G7) and E. granulosus (G1) were considered to belong to the species complex E. granulosus sensu lato. We described SNPs in known drug targets and metabolism genes in the E. canadensis (G7) genome. Regarding gene regulation, we analysed three particular features: CpG island distribution along the three Echinococcus genomes, DNA methylation system and small RNA pathway. The results suggest the occurrence of yet unknown gene regulation mechanisms in Echinococcus. Conclusions: This is the first work that addresses Echinococcus comparative genomics. The resources presented here will promote the study of mechanisms of parasite development as well as new tools for drug discovery. The availability of a high-quality genome assembly is critical for fully exploring the biology of a pathogenic organism. The E. canadensis (G7) genome presented in this study provides a unique opportunity to address the genetic diversity among the genus Echinococcus and its particular developmental features. At present, there is no unequivocal taxonomic classification of Echinococcus species; however, the genome-wide SNPs analysis performed here revealed the phylogenetic distance among these three Echinococcus species. Additional cestode genomes need to be sequenced to be able to resolve their phylogeny.Fil: Maldonado, Lucas Luciano. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Assis, Juliana. Fundación Oswaldo Cruz; BrasilFil: Gomes Araújo, Flávio M.. Fundación Oswaldo Cruz; BrasilFil: Salim, Anna C. M.. Fundación Oswaldo Cruz; BrasilFil: Macchiaroli, Natalia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Cucher, Marcela Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Camicia, Federico. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Fox, Adolfo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Rosenzvit, Mara Cecilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Oliveira, Guilherme. Instituto Tecnológico Vale; Brasil. Fundación Oswaldo Cruz; BrasilFil: Kamenetzky, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentin

First report of Echinococcus vogeli in a paca in Misiones province, Argentina

Se presenta el primer hallazgo de Echinococcus vogeli en una paca (Cuniculus paca) del bosque tropical de Misiones, norte argentino. Se confirmó también la presencia de su único hospedador natural definitivo conocido, el perro silvestre (Speothos venaticus). Las hidátides poliquísticas, de 2-3 cm de diámetro, se encontraron solo en el hígado de una paca adulta. El rango promedio del largo de los ganchos y la proporción relativa hoja/ mango no mostraron diferencias significativas con respecto a lo ya afirmado para E. vogeli. Los ganchos de E. granulosus, medidos como comparación, fueron significativamente más pequeños (p < 0,0001). Estos resultados confirmaron la presencia de E. vogeli en Argentina. La probabilidad de encontrar equinococosis neotropical en el hombre refuerza la importancia de determinar la distribución de E. vogeli en la Argentina. La equinococosis causada por E. vogeli es muy agresiva y puede producir mortalidad hasta en un tercio de la población humana afectada.We report the first finding of Echinococcus vogeli in a paca, Cuniculus paca, in the tropical forest of Misiones, in the north of Argentina. The presence of the bush dog, Speothos venaticus, E. vogeli´s only natural definitive host, was also reported. The polycystic hydatids, 2 to 3 cm in diameter, were only found in the liver of an adult paca. The size range of the hooks and the relative proportion blade/handle did not show significant differences with respect to the ones reported for E. vogeli. The size of E. granulosus hooks, measured for comparison purposes, was significantly smaller (p < 0.0001). These results confirmed the presence of E. vogeli in Argentina. The probability of finding neotropical echinococcosis in humans reinforces the need to expand the search for E. vogeli in Argentina. Echinococcosis due to E. vogeli is very aggressive and may cause death in about a third of the human population affected.EEA Cerro AzulFil: Vizcaychipi, Katherina A.. Ciudad Autónoma de Buenos Aires. INEI-ANLIS «Dr. Carlos G. Malbrán»; ArgentinaFil: Helou, Marcia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Cerro Azul; ArgentinaFil: Dematteo, Karen. University of Missouri. Department of Biology; Estados UnidosFil: Macchiaroli, Natalia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas . Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Cucher, Marcela Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas . Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Rosenzvit, Mara Cecilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas . Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: D'Alessandro, Antonio. University of Tulane. Department Tropical Medicine; Estados Unido

The genomes of four tapeworm species reveal adaptations to Parasitism

Tapeworms (Cestoda) cause neglected diseases that can be fatal and are difficult to treat, owing to inefficient drugs. Here we present an analysis of tapeworm genome sequences using the human-infective species Echinococcus multilocularis, E. granulosus, Taenia solium and the laboratory model Hymenolepis microstoma as examples. The 115- to 141-megabase genomes offer insights into the evolution of parasitism. Synteny is maintained with distantly related blood flukes but we find extreme losses of genes and pathways that are ubiquitous in other animals, including 34 homeobox families and several determinants of stem cell fate. Tapeworms have specialized detoxification pathways, metabolism that is finely tuned to rely on nutrients scavenged from their hosts, and species-specific expansions of non-canonical heat shock proteins and families of known antigens. We identify new potential drug targets, including some on which existing pharmaceuticals may act. The genomes provide a rich resource to underpin the development of urgently needed treatments and control.Fil: Tsai, Isheng J.. Wellcome Trust Genome Campus; Estados Unidos. University of Miyazaki; JapónFil: Zarowiecki, Magdalena. Wellcome Trust Genome Campus; Estados UnidosFil: Holroyd, Nancy. Wellcome Trust Genome Campus; Estados UnidosFil: Garciarrubio, Alejandro. Universidad Nacional Autónoma de México; MéxicoFil: Sanchez Flores, Alejandro. Wellcome Trust Genome Campus; Estados Unidos. Universidad Nacional Autónoma de México; MéxicoFil: Camicia, Federico. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Cucher, Marcela Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Kamenetzky, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Macchiaroli, Natalia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Rosenzvit, Mara Cecilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Liu, Kan. Chinese Academy of Sciences; República de ChinaFil: Luo, Xuenong. Chinese Academy of Agricultural Sciences; ChinaFil: Luo, Yingfeng. Chinese Academy of Sciences; República de ChinaFil: Nichol, Sarah. Wellcome Trust Genome Campus; Estados UnidosFil: Paps, Jordi. University of Oxford; Reino UnidoFil: Parkinson, John. University of Toronto; CanadáFil: Pouchkina Stantcheva, Natasha. Natural History Museum; Reino UnidoFil: Riddiford, Nick. Natural History Museum; Reino UnidoFil: Salinas, Gustavo. Universidad de la República; UruguayFil: Wasmuth, James D.. University of Calgary; CanadáFil: Zamanian, Mostafa. McGill University; CanadáFil: Zheng, Yadong. Chinese Academy of Agricultural Sciences; ChinaFil: The Taenia Solium Genome Consortium. No especifica;Fil: Cai, Xuepeng. Chinese Academy of Agricultural Sciences; ChinaFil: Soberón, Xavier. Universidad Nacional Autónoma de México; México. Instituto Nacional de Medicina Genómica; MéxicoFil: Olson, Peter D.. Natural History Museum; Reino UnidoFil: Laclette, Juan P.. Universidad Nacional Autónoma de México; MéxicoFil: Brehm, Klaus. Universität Würzburg; AlemaniaFil: Berriman, Matthew. Wellcome Trust Genome Campus; Estados Unido

Modelling and Optimization of the Assembly Process in a Flexible Cell for Aircraft Panel Manufacturing

2In this paper we consider a manufacturing problem arising in a robotic cell for aircraft panels assembly. An initial technological analysis has shown that some mechanical assembly phases, which involve a huge amount of riveting and screwing operations, can be automated. The motivation of this research is to find the most profitable sequencing of the operations from the viewpoint of throughput time. In particular, we focus on the set-up activities related to switching between operations. The problem is to find the permutation of operations such that the overall switching time is a minimum. In the situation on hand, major precedence constraints among the operations hold. The problem is formulated as an instance of the well-known `sequential ordering problem’, for which we propose a tabu search solution heuristic. In this paper we report on both the modelling process and the solution procedures.nonenoneAgnetis, Alessandro; Macchiaroli, R.Agnetis, Alessandro; Macchiaroli, R