Web de données agricole : transformation de sources pour une ontologie modulaire

National audienceNous souhaitons développer une ontologie pour annoter des corpus de documents sur la surveillance des cultures, la prévention des risques, la protection des cultures et les bonnes pratiques agricoles. Notre ontologie permettra aussi de stocker des données spatio-temporelles relatives aux observations faites sur le développement des cultures et les attaques des bio-agresseurs sur ces mêmes cultures. Le but étant de publier l’ensemble de ces données sur le web de données. Nous allons présenter dans ce document notre intention de développement d’une méthodologie de construction d’ontologie

Etat de l'art : Extraction d'information à partir de thésaurus pour générer une ontologie

International audienceAfin de participer au Web de données pour l'agriculture, nous voulons réutiliser AGRO-VOC qui est un thésaurus multilingue maintenu par la FAO comportant plus de 40.000 termes. Nous présentons ici un état de l'art des techniques de transformation de thésaurus pour obtenir une ontologie de domaine. Pour cela, nous avons étudié dix approches suivant trois axes : l'extraction de classes, l'extraction de la hiérarchie et l'extraction de relations. Ainsi, nous avons mis en évidence certaines difficultés liées à la transformation de thésaurus comme la désambiguïsation des relations ou la validation des résultats. Nous constatons que les dernières approches mises en oeuvre sont fondées sur des techniques manuelles pour répondre en partie à ces difficultés

Enrichissement d'un module ontologique : proposition d'une méthode pour le cas de l'agriculture

National audienceAfin de contribuer au Web de données pour l'agriculture, nous souhaitons construireune ontologie de ce domaine. Les classes de haut niveau d'un module ontologiqueont déjà été définies ; la problématique maintenant est de réussir à l'enrichir. Noussouhaitons exploiter un point fort de ce domaine qui est l'existence de nombreusessources d'information. Nous avons posé l'hypothèse que l'utilisation de plusieurssources lors d'un processus d'extraction et de transformation permet une extractionsimplifiée et plus efficace que l'utilisation d'une unique source. Par rapport à cettehypothèse, nous avons défini quatre étapes d'une méthode de transformation quipermettrait l'enrichissement de notre module ontologique

SKOS Sources Transformations for Ontology Engineering: Agronomical Taxonomy Use Case

Sources like thesauri or taxonomies are already used as input in ontology development process. Some of them are also published on the LOD using the SKOS format. Reusing this type of sources to build an ontology is not an easy task. The ontology developer has to face different syntax and different modelling goals. We propose in this paper a new methodology to transform several non-ontological sources into a single ontology. We take into account: the redundancy of the knowledge extracted from sources in order to discover the consensual knowledge and Ontology Design Patterns (ODPs) to guide the transformation process. We have evaluated our methodology by creating an ontology on wheat taxonomy from three sources: Agrovoc thesaurus, TaxRef taxonomy, NCBI taxonomy

Traitement des incompatibilités de candidats issus d'alignements entre plusieurs bases de connaissances

26es Journées Francophones d'Ingénierie des Connaissances IC 2015 @PFIA 2015, Rennes, FRA, 29-/06/2015 - 03/07/2015National audienceDe nombreux travaux ont été proposés dans la littérature dans le but de construire des ontologies à partir de sources telles que les thesaurus ou les classifications. Certaines de ces sources sont disponibles sur le Web de données, au format SKOS. Dans nos travaux, nous proposons de construire une base de connaissances destinée à un besoin applicatif particulier, en exploitant un ensemble de sources disponibles sur le domaine considéré. L'originalité de notre approche réside dans le fait d'exploiter la redondance entre les sources afin d'en extraire des candidats (classes, individus, propriétés...). Nous présentons dans cet article la notion d'incompatibilité entre candidats, qui résulte de l'hypothèse de travail selon laquelle nous ne considérons que des relations d'équivalence simple entre les sources. Nous présentons également la génération de sous-ensembles de candidats compatibles afin d'obtenir un consensus cohérent entre les sources. Cette approche a été évaluée sur un cas d'étude réel concernant le domaine de la taxonomie du blé, réalisée en collaboration avec un expert

Channel-based key generation for encrypted body-worn wireless sensor networks

Body-worn sensor networks are important for rescue-workers, medical and many other applications. Sensitive data are often transmitted over such a network, motivating the need for encryption. Body-worn sensor networks are deployed in conditions where the wireless communication channel varies dramatically due to fading and shadowing, which is considered a disadvantage for communication. Interestingly, these channel variations can be employed to extract a common encryption key at both sides of the link. Legitimate users share a unique physical channel and the variations thereof provide data series on both sides of the link, with highly correlated values. An eavesdropper, however, does not share this physical channel and cannot extract the same information when intercepting the signals. This paper documents a practical wearable communication system implementing channel-based key generation, including an implementation and a measurement campaign comprising indoor as well as outdoor measurements. The results provide insight into the performance of channel-based key generation in realistic practical conditions. Employing a process known as key reconciliation, error free keys are generated in all tested scenarios. The key-generation system is computationally simple and therefore compatible with the low-power micro controllers and low-data rate transmissions commonly used in wireless sensor networks

Direct amplification of nodD from community DNA reveals the genetic diversity of Rhizobium leguminosarum in soil

Sequences of nodD, a gene found only in rhizobia, were amplified from total community DNA isolated from a pasture soil. The polymerase chain reaction (PCR) primers used, Y5 and Y6, match nodD from Rhizobium leguminosarum biovar trifolii, R. leguminosarum biovar viciae and Sinorhizobium meliloti. The PCR product was cloned and yielded 68 clones that were identified by restriction pattern as derived from biovar trifolii [11 restriction fragment length polymorphism (RFLP) types] and 15 clones identified as viciae (seven RFLP types). These identifications were confirmed by sequencing. There were no clones related to S. meliloti nodD. For comparison, 122 strains were isolated from nodules of white clover (Trifolium repens) growing at the field site, and 134 from nodules on trap plants of T. repens inoculated with the soil. The nodule isolates were of four nodD RFLP types, with 77% being of a single type. All four of these patterns were also found among the clones from soil DNA, and the same type was the most abundant, although it made up only 34% of the trifolii-like clones. We conclude that clover selects specific genotypes from the available soil population, and that R. leguminosarum biovar trifolii was approximately five times more abundant than biovar viciae in this pasture soil, whereas S. meliloti was rare

Cotranscription and intergenic splicing of the PPARG and TSEN2 genes in cattle

BACKGROUND: Intergenic splicing resulting in the combination of mRNAs sequences from distinct genes is a newly identified mechanism likely to contribute to protein diversity. Few cases have been described, most of them involving neighboring genes and thus suggesting a cotranscription event presumably due to transcriptional termination bypass. RESULTS: We identified bovine chimeric transcripts resulting from cotranscription and intergenic splicing of two neighboring genes, PPARG and TSEN2. These two genes encode the Peroxisome Proliferator Activated Receptors γ1 and γ2 and the tRNA Splicing Endonuclease 2 homolog and are situated in the same orientation about 50 kb apart on bovine chromosome 22q24. Their relative position is conserved in human and mouse. We identified two types of chimeric transcripts containing all but the last exon of the PPARG gene followed by all but the first exon of the TSEN2 gene. The two chimers differ by the presence/absence of an intermediate exon resulting from transcription of a LINE L2 sequence situated between the two genes. Both transcripts use canonical splice sites for all exons coming from both genes, as well as for the LINE L2 sequence. One of these transcripts harbors a premature STOP codon and the other encodes a putative chimeric protein combining most of the PPARγ protein and the entire TSEN2 protein, but we could not establish the existence of this protein. CONCLUSION: By showing that both individual and chimeric transcripts are transcribed from PPARG and TSEN2, we demonstrated regulation of transcription termination. Further, the existence and functionality of a chimeric protein harboring active motifs that are a priori unrelated is hypothesized