Exploring deep phylogenies using protein structure : a dissertation submitted in partial fulfilment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy in Biochemistry, Institute of Natural and Mathematical Sciences, Massey University, Auckland, New Zealand

Recent times have seen an exponential growth in protein sequence and structure data. The most popular way of characterising newly determined protein sequences is to compare them to well characterised sequences and predict the function of novel sequences based on homology. This practice has been highly successful for a majority of proteins. However, these sequence based methods struggle with certain deeply diverging proteins and hence cannot always recover evolutionary histories. Another feature of proteins, namely their structures, has been shown to retain evolutionary signals over longer time scales compared to the respective sequences that encode them. The structure therefore presents an opportunity to uncover the evolutionary signal that otherwise escapes conventional sequence-based methods. Structural phylogenetics refers to the comparison of protein structures to extract evolutionary relationships. The area of structural phylogenetics has been around for a number of years and multiple approaches exist to delineate evolutionary relationships from protein structures. However, once the relationships have been recovered from protein structural data, no methods exist, at present, to verify the robustness of these relationships. Because of the nature of the structural data, conventional sequence-based methods, e.g. bootstrapping, cannot be applied. This work introduces the first ever use of a molecular dynamics (MD)-based bootstrap method, which can add a measure of significance to the relationships inferred from the structure-based analysis. This work begins in Chapter 2 by thoroughly investigating the use of a protein structural comparison metric Qscore, which has previously been used to generate structural phylogenies, and highlights its strengths and weaknesses. The mechanistic exploration of the structural comparison metric reveals a size difference limit of no more than 5-10% in the sizes of protein structures being compared for accurate phylogenetic inference to be made. Chapter 2 also explores the MD-based bootstrap method to offer an interpretation of the significance values recovered. Two protein structural datasets, one relatively more conserved at the sequence level than the other and with different levels of structural conservation are used as controls to simplify the interpretation of the statistics recovered from the MD-based bootstrap method. Chapter 3 then sees the application of the Qscore metric to the aminoacyl-tRNA synthetases. The aminoacyl-tRNA synthetases are believed to have been present at the dawn of life, making them one of the most ancient protein families. Due to the important functional role they play, these proteins are conserved at both sequence and structural levels and well-characterised using both sequence and structure-based comparative methods. This family therefore offered inferences which could be informed with structural analysis using an automated method. Successful recovery of known relationships raised confidence in the ability of structural phylogenetic analysis based on Qscore to detect evolutionary signals. In Chapter 4, a structural phylogeny was created for a protein structural dataset presenting either the histone fold or its ancestral precursor. This structural dataset comprised of proteins that were significantly diverged at a sequence level, however shared a common structural motif. The structural phylogeny recovered the split between bacterial and non-bacterial proteins. Furthermore, TATA protein associated factors were found to have multiple points of origin. Moreover, some mismatch was found between the classifications of these proteins between SCOP and PFam, which also did not agree with the results from this work. Using the structural phylogeny a model outlining the evolution of these proteins was proposed. The structural phylogeny of the Ferritin-like superfamily has previously been generated using the Qscore metric and supported qualitatively. Chapter 5 recovers the structural phylogeny of the Ferritin-like superfamily and finds quantitative support for the inferred relationships from the first ever implementation of the MD-based bootstrap method. The use of the MD-based bootstrap method simultaneously allows for the resolution of polytomies in structural databases. Some limitations of the MD-based bootstrap method, highlighted in Chapter 2, are revisited in Chapter 5. This work indicates that evolutionary signals can be successfully extracted from protein structures for deeply diverging proteins and that the MD-based bootstrap method can be used to gauge the robustness of relationships inferred

あるクラスの非線形システムに対する状態フィードバックと推定のための区分多項式リアプノフ関数アプローチ

電気通信大学201

Problematika Sosial dalam Skenario Film (?) Karya Titin Watimena: Pendekatan Sosiologi Sastra

ABSTRAK AlfatiAshar. C0209004. 2014. Problematika Sosial dalam Skenario Film (?) Karya Titin Watimena: Pendekatan Sosiologi Sastra. Skripsi: Jurusan Sastra Indonesia. Fakultas Sastra dan Seni Rupa. Universitas Sebelas Maret Surakarta. Permasalahan yang dibahas dalam penelitian ini yaitu (1) Bagaimana problematika kehidupan etnis Cina dan Jawa, status sosial dan agama yang terdapat pada skenario film (?) karya Titin Watimena? (2) Bagaimana pesan serta makna yang terdapat dalam skenario film (?) karya Titin Watimena kepada para penontonnya? Tujuan penelitian ini adalah (1) Menjelaskan dan mendeskripsikan problematika kehidupan etnis Cina dan Jawa, status sosial dan agama yang terdapat pada skenario film (?); (2) Mengungkapkan dan mengeksplorasi pesan serta makna yang terdapat pada skenario film (?) karya Titin Watimena kepada para penontonnya. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode penelitian kualitatif. Objek material dari penelitian ini adalah skenario film (?), karya Titien Watimena. Adapun objek formalnya meliputi problematika kehidupan etnis Cina dan Jawa, status sosial dan agama serta pesan yang ingin disampaikan oleh penulis skenario kepada para penontonnya pada film (?). Sumber data penelitian ini adalah skenario film (?). Data dalam penelitian ini adalah kata, rentetan peristiwa dan dialog dalam skenario film (?), yang dianggap sebagai problematika sosial dan pesan moral bangsa Indonesia. Teknik pengumpulan data dalam penelitian ini adalah teknik pustaka. Teknik pengolahan data melalui tiga tahap, reduksi data, penyajian data, dan penarikan simpulan. Dari analisis ini dapat disimpulkan beberapa hal: (1) Problematika kehidupan etnis Cina dan Jawa, status sosial dan agama dalam skenario film (?) bahwa ketiga hal di atas merupakan salah satu persoalan umum yang menjadi realita bangsa Indonesia dan hendaknya sikap toleransi, saling menghormati dan menghargai perlu ditanamkan sejak dini sehingga konflik yang berkepanjangan yang terjadi hingga sekarang dapat ditanggulangi; (2) Bentuk pesan serta makna yang terdapat pada skenario film (?) karya Titin Watimena kepada para penontonnya mengenai penggunaan sikap pluralisme yang harus digunakkan dengan tepat dan perlunya bangsa ini menerapkan sifat tolerans

Kontribusi koordinasi mata kaki, kelincahan dan keseimbangan terhadap kemampuan menggiring bola dalam permainan sepakbola pada murid SD Negeri Kodingareng MakassarKontribusi koordinasi mata kaki, kelincahan dan keseimbangan terhadap kemampuan menggiring bola dalam permainan sepakbola pada murid SD Negeri Kodingareng Makassar

Kontribusi koordinasi mata kaki, kelincahan dan keseimbangan terhadap kemampuan menggiring bola dalam permainan sepakbola pada murid SD Negeri Kodingareng Makassar. Skripsi. Fakultas Ilmu Keolahragaan, Universitas NegeriMakassar.Penelitian ini bertujuan untuk megetahui; (1) Apakah ada kontribusi koordinasi mata kaki terhadap kemampuan menggiring bola dalam permainan sepakbola pada murid SD Negeri Kodingareng Makassar; (2) Apakah ada kontribusi kelincahan terhadap kemampuan menggiring bola dalam permainan sepakbola pada murid SD Negeri Kodingareng Makassar; (3) Apakah ada kontribusi keseimbangan terhadap kemampuan menggiring bola dalam permainan sepakbola pada murid SD Negeri Kodingareng Makassar; (4) Apakah ada kontribusi koordinasi mata kaki, kelincahan dan keseimbangan secara bersama-sama terhadap kemampuan menggiring bola dalam permainan sepakbola pada murid SD Negeri Kodingareng Makassar. Penelitian ini adalah jenis penelitian deskriptif yang menggunakan rancangan penelitian ”korelasional”.Populasinya adalah keseluruhan murid SD Negeri Kodingareng Makassar. Sampel yang digunakan adalah sebanyak 30 orang. Teknik penentuan sampel adalah dengan pemilihan secara acak (simple random sampling). Teknik analisis data yang digunakan adalah analisis deskriptif, analisis koefisien korelasi pearson product moment (r), dan hasil analisis korelasi ganda (R) pada taraf signifikan α = 0,05. Hasil penelitian menunjukkan bahwa; (1) Ada kontribusi yang signifikan antara koordinasi mata kaki terhadap kemampuan menggiring bola dalam permainan sepakbola pada murid SD Negeri Kodingareng Makassar, dengan nilai r sebesar 0,709 (ρvalue ˂ α 0,05); (2) Ada kontribusi yang signifikan antara kelincahan terhadap kemampuan menggiring bola dalam permainan sepakbola pada murid SD Negeri Kodingareng Makassar, dengan nilai r sebesar 0,729 (ρvalue ˂ α 0,05); (3) Ada kontribusi yang signifikan antara keseimbangan terhadap kemampuan menggiring bola dalam permainan sepakbola pada murid SD Negeri Kodingareng Makassar, dengan nilai r sebesar 0,710 (ρvalue ˂ α 0,05); (4) Ada kontribusi yang signifikan antara koordinasi mata kaki, kelincahan dan keseimbangan secara bersama-sama terhadap kemampuan menggiring bola dalam permainan sepakbola pada murid SD Negeri Kodingareng Makassar. dengan nilai Rhitungsebesar 0,896 (ρvalue ˂ α 0,05); dan nilai Fhitung (F) sebesar 35,089 Kata Kunci : kelincahan, kontribus

Identifikasi arca tokoh berkepala singa di Museum Penataran

The field study that was organized by the committee of Premodern Java Summer Programme in 2016 targeted several museums in East Java, especially in MojokertoPenataran area. That field study was intended to provide an understanding about the development of cultural arts during the end of Hindu-Buddhist period of Majapahit Kingdom. This paper is discussing about one of the objects that was being observed during that Summer Programme. The object of discussion is the lion-headed figure, stored in Museum Penataran. During the Summer Programme, some participants have predicted that the statue is Lord Vishnu in his Narasimha form. That prediction was mainly based on the statue's head which resemble a lion's head. Through several studies, such as the description of the statue, the literature study of iconography, and analysis about the special iconographic character, this paper concluded that this figure is a manifestation of Ganesha, named Simha-Ganapati. The worship of Simha-Ganapati has a purpose not only to bring strength and courage, but also to provide confidence in facing problems by destroying all forms of negative thoughts

OPTIMASI DIMENSI MEKANIK MENGGUNAKAN METODE GENETIC ALGORITHM DAN SISTEM PERGERAKAN ROBOT ISRO G2

Robot Autonomous Multiplatform di disain untuk negara yang secara geografis rawan terhadap bencana gempa bumi dan tsunami, termasuk Indonesia. Disaat terjadi bencana korban yang berjatuhan harus segera mungkin mendapat pertolongan dan perawatan untuk menghindari jumlah kematian yang lebih besar. Dalam penelitian ini dikembangkan sebuah prototype USAR robot dengan sistem gerak beroda yang dapat diaplikasikan sebagai robot pencari korban bencana alam ataupun korban reruntuhan gedung. Tugas robot ini hanyalah untuk mencari letak keberadaan korban di dalam reruntuhan gedung yang sulit untuk dijangkau oleh manusia sehingga dapat memudahkan tim penyelamat untuk mengetahui keberadaan korban. Bentuk robot ini menyerupai tank, dan memiliki delapan roda yang dihubungkan dengan timing belt sistem mekanika robot ini memiliki sepuluh derajat kebebasan yang didesain agar mampu melewati beberapa medan, diantaranya medan anak tangga, medan turunan yang mempunyai kemiringan dan medan tanjakan. Perhitungan optimasi dimensi lingkungan dapat dilakukan melalui sebuah metode yang terstruktur Genetic Algorithm, Dengan menggunakan metode tersebut robot ini dapat menaklukan lingkungan yang extreme. Robot ini nantinya akan memiliki presepsi gerak untuk mencapai titik tujuan sesuai dengan lintasan yang telah direncanakan. Robot ini menggunakan motor dc sebagai aktuatornya, ultrasonic range finder dan thermals sensor sebagai sensor-sensornya. Robot ini dikendalikan dengan joystick dan juga dapat bergerak secara autonoumus, untuk visualisasinya menggunakan wireless camera yang dikomunikasikan melalui perangkat komputer

The Impact of River Flow Restrictions on Instruments to Control noPoint Nitrate Pollution

An economic analysis of policies to control nonpoint source nitrate pollution in the presence of minimum river flow restrictions was undertaken. A non-linear bio-physical economic optimisation model of an intensively cultivated Scottish agricultural catchment was constructed. The presence of minimum river flow controls in the catchment was found to reduce nitrogen pollution. However, by themselves, river flow controls were found not to be a cost effective means to reduce diffuse pollution. River flow controls did not, for the most part, alter relative instrument ranking.