Similarity Search in Unstructured Data using Data-Transitive Models

Podobnostní vyhledávání se stává součástí aplikací, které používáme každý den, např. doporučovací systémy nebo aplikace pro vyhledávání multimedií. S rostoucím množstvím dat roste i potřeba v těchto nestrukturovaných datech rychle a efektivně vyhledávat. Zatímco různé podobnostní přístupy k indexaci zajišťují rychlost vyhledávání, jejich omezení limitují efektivitu reprezentovanou relevancí výsledků. Proto vzniká poptávka po indexakčních metodách, které kladou co nejmenší omezení a přesto umožňují indexování velkých mutlimediálních databází. Tato práce prezentuje nové indikátory indexovatelnosti (angl. triangularity a ptolemaicity) které zohledňují indexy požadovanou strukturu dat. Kromě toho dokáží zachytit i porušení těchto omezení a případně úroveň takového porušení. Oba indikátory využívají analýzy vztahů mezi objekty v databázi. Využitím těchto indikátorů jsme provedli analýzu vysoce dimenzionálních dat. Experimenty potvrdily očekávané vlastnosti těchto indikátorů. Druhá část se zabývá transformací nemetrických vzdáleností, která umožňuje indexaci nemetrických podobnostních prostorů pomocí tradičních metrických přístupů. Metrické indexy jsou de facto standardem v oblasti podobnostního vyhledávání, takže je možné využít mnoho již existujících indexů. Jako řešení jsme navrhli TriGenGA jako rožšíření algoritmu TriGen o generování obecných modifikátorů pomocí genetických algoritmů. Výsledky ukázaly, že takové modifikátory překonávají existující TriGen algoritmus v rychlosti i efektivitě. Na závěr jsme definovali datově-tranzitivní podobnostní meta-model, který je ukázkou inherentně nemetrické podobnosti. Hlavní důraz je kladen na relevanci podobnostního vyhledávání. V případě dat s mnoha duplicitami či málo podobnostními propojeními je obzvláště obtížný úkol vytvořit kvalitní podobnostní model. Datově-tranzitivní podobnostní meta-model řeší tento problém pomocí sestavení řetězu podobných objektů, který může propojovat i zcela nepodobné objekty. Zároveň je takový řetěz vysvětlením, proč jsou dva objekty vzájemně relevantní. Navíc, přestože se jedná o zcela nový přístup, je na něj možné aplikovat běžné podobnostní přístupy. Tento meta-model jsme úspěšně otestovali v rámci domény otevřených dat. Práce je strukturována jako komentář k již publikovaným článkům.Similarity search is becoming part of the applications we use daily, e.g., in recommendation systems or multimedia search applications. As the amount of data grows, so does the need to search this unstructured data efficiently and effectively. While various similarity indexing approaches provide efficiency, their constraints on the used similarity limit the effectiveness that represents the relevance of the results. Hence, there is a demand for indexing methods that impose as few constraints as possible and still manage to index big multimedia databases. This thesis presents new indexability indicators (triangularity and ptolemaicity) that consider the data structure required by indexes. Moreover, they can also capture violations of these constraints and possibly the level of such violations. Both indicators use an analysis of relationships between objects in the database. We have analyzed high-dimensional data using these indicators, and experiments confirmed the expected properties of these indicators. The second part deals with transforming non-metric distance measures to enable the indexing of non-metric similarity spaces using traditional metric approaches. Metric indexes are the de facto standard in similarity search, so it is possible to use many existing indexes. As a solution, we proposed TriGenGA as an extension of the TriGen algorithm to generate general modifiers using genetic algorithms. The results showed that such modifiers outperform the existing TriGen algorithm’s efficiency and effectiveness. Finally, we defined a data-transitive similarity meta-model that illustrates inherently non-metric similarity. The main focus is on the relevance of similarity search. It is challenging to design a high-quality similarity model in the case of data with many duplicates or few similarity links. A data-transitive similarity meta-model solves this problem by constructing a chain of similar objects that can link even mutually dissimilar objects. At the same time, the chain itself is an explanation of why two objects are relevant. Moreover, although this is a completely new approach, it is possible to apply common similarity approaches. We have successfully tested this meta-model within the domain of open datasets. The thesis is structured as a commentary on already published papers

STUDIES OF THE MECHANISM OF ACTION OF COBAMIDE COENZYMES

Peer Reviewedhttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/73404/1/j.1749-6632.1964.tb45046.x.pd

Phylogeny of the hyper-diverse rove beetle subtribe Philonthina with implications for classification of the tribe Staphylinini (Coleoptera: Staphylinidae)

With 71 genera and over 2700 described species, Philonthina is the most speciose subtribe of rove beetle tribe Staphylinini and forms a major component of the largest remaining higher systematics challenge in Staphylinini, the Staphylinini propria clade. A related systematics issue concerns the position of the genus Holisus Hyptiomina), which was recovered within the Neotropical philonthine lineage in several recent analyses of morphology. With the aims of resolving the phylogeny of Philonthina and the position and, thus, validity of Hyptiomina, we performed phylogenetic analyses of the tribe Staphylinini based on molecular (six genes, 4471 bp) and morphological (113 characters) data including 138 taxa from all relevant lineages of Staphylinini. We found that "Staphylinini propria" is a monophylum consisting of six lineages: current subtribes Anisolinina, Philonthina, Staphylinina and Xanthopygina; and two new subtribes, Algonina Schillhammer and Brunke and Philothalpina Chatzimanolis and Brunke. While the previously hypothesized Neotropical lineage of Philonthina was corroborated, Holisus was recovered as a separate subtribe, outside of Philonthina, within an informal Southern Hemisphere clade. Based on our analyses, we propose tentative new concepts of the polyphyletic genera Belonuchus and Philonthus. We propose the following taxonomic changes: synonymy of the subtribes Staphylinina Latreille (valid name) and Eucibdelina Sharp; resurrection of genera Barypalpus Cameron and Trapeziderus Motschulsky from synonymy with Rientis Sharp and Belonuchus Nordmann, respectively; transfer of 38 Belonuchus species, 16 Hesperus Fauvel species and one Philonthus Stephens species to Trapeziderus as new combinations; transfer of two Hesperus species to Eccoptolonthus Bernhauer as new combinations; transfer of one Belonuchus species to Paederomimus Sharp as a new combination; and transfer of Pridonius Blackwelder new status from its position as a subgenus of Quedius (subtribe Quediina) to Philonthina as a genus, and new combinations for its two described species.Fil: Chani Posse, Mariana Raquel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto Argentino de Investigaciones de las Zonas Áridas. Provincia de Mendoza. Instituto Argentino de Investigaciones de las Zonas Áridas. Universidad Nacional de Cuyo. Instituto Argentino de Investigaciones de las Zonas Áridas; Argentina. Natural History Museum of Denmark; DinamarcaFil: Brunke, Adam James. Natural History Museum Vienna. International Research Institute for Entomology; Austria. Canadian National Collection of Insects, Arachnids and Nematodes; CanadáFil: Chatzimanolis, Stylianos. University of Tennessee at Chattanooga; Estados UnidosFil: Schillhammer, Harald. Natural History Museum Vienna. International Research Institute for Entomology; AustriaFil: Solodovnikov, Alexey. Natural Historymuseun Of Copenhague. Zoological Museum Of Copenhague; Dinamarc