La science en marche pour tous

Inscrite dans une démarche qui consiste à rendre accessible à un large public l’activité et le quotidien des laboratoires de recherche, l’animation Kiosque-Actus, développée par le muséum de Toulouse, est conçue comme un lieu de rencontre, de discussion et de partage des questionnements entre les chercheurs et les citoyens

Conservation of Human Microsatellites across 450 Million Years of Evolution

The sequencing and comparison of vertebrate genomes have enabled the identification of widely conserved genomic elements. Chief among these are genes and cis-regulatory regions, which are often under selective constraints that promote their retention in related organisms. The conservation of elements that either lack function or whose functions are yet to be ascribed has been relatively little investigated. In particular, microsatellites, a class of highly polymorphic repetitive sequences considered by most to be neutrally evolving junk DNA that is too labile to be maintained in distant species, have not been comprehensively studied in a comparative genomic framework. Here, we used the UCSC alignment of the human genome against those of 11 mammalian and five nonmammalian vertebrates to identify and examine the extent of conservation of human microsatellites in vertebrate genomes. Out of 696,016 microsatellites found in human sequences, 85.39% were conserved in at least one other species, whereas 28.65% and 5.98% were found in at least one and three nonprimate species, respectively. An exponential decline of microsatellite conservation with increasing evolutionary time, a comparable distribution of conserved versus nonconserved microsatellites in the human genome, and a positive correlation between microsatellite conservation and overall sequence conservation, all suggest that most microsatellites are only maintained in genomes by chance, although exceptionally conserved human microsatellites were also found in distant mammals and other vertebrates. Our findings provide the first comprehensive survey of microsatellite conservation across deep evolutionary timescales, in this case 450 Myr of vertebrate evolution, and provide new tools for the identification of functional conserved microsatellites, the development of cross-species microsatellite markers and the study of microsatellite evolution above the species level

juillet-août 2015

Le musée, le chercheur et le citoyen A des titres divers, les articles de ce numéro de La Lettre de l'OCIM illustrent les relations que la science entretient avec les citoyens à travers le musée. Dans La science en marche pour tous, Anne Blanquer-Maumont et Dominique Morello montrent comment, afin de favoriser le dialogue entre la science et la société, le muséum d'Histoire naturelle de Toulouse joue le rôle d'interface entre le chercheur et le citoyen en mettant en place une animation pluridisciplinaire – le Kiosque-Actus conçu comme un lieu de rencontres, d'échanges et de discussions – reposant sur une interactivité entre les publics et les scientifiques. Avec Les impacts des écrans tactiles sur les visiteurs dans les musées, Charlotte Steiner et François H. Courvoisier s'intéressent à la mise en pratique dans l'espace muséal d'une technologie offrant la possibilité aux visiteurs de toucher le substitut numérique de l'objet ou de l'œuvre et analysent les comportements ainsi générés. Dans Exposer les découvertes archéologiques des grands tracés, Astrid Chevolet met en évidence l'intérêt de plonger le visiteur au cœur même des chantiers de fouilles archéologiques afin de lui permettre d'appréhender l'intérêt des opérations menées par les scientifiques de l'Institut de Recherches archéologiques préventives. Enfin, dans Le projet de cité de l'économie et de la monnaie de Paris, Charlotte Drahé s'attache notamment à décrire les différents dispositifs de médiation envisagés pour donner au citoyen les moyens d'acquérir ou de fortifier des connaissances en économie nécessaires à la maîtrise des enjeux de l'actualité et les débat économiques. Serge Lochot, rédacteur en chef de la Lettre de l'OCIM

Tracing the Origin of HLA-DRB1 Alleles by Microsatellite Polymorphism

SummaryWe analyzed the origin of allelic diversity at the class II HLA-DRB1 locus, using a complex microsatellite located in intron 2, close to the polymorphic second exon. A phylogenetic analysis of human, gorilla, and chimpanzee DRB1 sequences indicated that the structure of the microsatellite has evolved, primarily by point mutations, from a putative ancestral (GT)x(GA)y-complex–dinucleotide repeat. In all contemporary DRB1 allelic lineages, with the exception of the human *04 and the gorilla *08 lineages, the (GA)y repeat is interrupted, often by a G→C substitution. In general, the length of the 3′ (GA)y repeat correlates with the allelic lineage and thus evolves more slowly than a middle (GA)z repeat, whose length correlates with specific alleles within the lineage. Comparison of the microsatellite sequence from 30 human DRB1 alleles showed the longer 5′ (GT)x to be more variable than the shorter middle (GA)z and 3′ (GA)y repeats. Analysis of multiple samples with the same exon sequence, derived from different continents, showed that the 5′ (GT)x repeat evolves more rapidly than the middle (GA)z and the 3′ (GA)y repeats, which is consistent with findings of a higher mutation rate for longer tracts. The microsatellite-repeat–length variation was used to trace the origin of new DRB1 alleles, such as the new *08 alleles found in the Cayapa people of Ecuador and the Ticuna people of Brazil