PhenomiR: a knowledgebase for microRNA expression in diseases and biological processes

PhenomiR is a comprehensive database of 542 studies reporting deregulation of miRNAs allowing large-scale statistical analysis of miRNA expression changes

Utility of an attention-based performance validity test for the detection of feigned cognitive dysfunction after acquired brain injury

Introduction: The Groningen Effort Test (GET) is a recently developed performance validity test (PVT) for the identification of noncredible performance in a neuropsychological assessment of attention abilities. Because the majority of already established PVTs are based on memory functions, the GET has the potential to make a valuable contribution to validity testing.Method: The current study examined the utility of the GET in the detection of feigned cognitive dysfunction after acquired brain injury (ABI) and its incremental validity over already established PVTs, namely the Test of Memory Malingering (TOMM), the Dot Counting Test (DCT), and the b Test. Three hundred and forty-eight participants took part in this study, including 58 patients with ABI (stroke or traumatic brain injury), 43 healthy individuals instructed to show normal behavior, and 247 healthy individuals instructed to feign cognitive dysfunction after ABI.Results: With excellent overall classification accuracy, the GET performed close to the level of the TOMM, and superior to the b Test and DCT. Data analyses further revealed that the GET provides additional diagnostic accuracy compared to the b Test and the DCT in the detection of feigned cognitive dysfunction, but has no incremental validity over the TOMM. For each of the four PVTs in this study, diagnostic sensitivity was independent of the simulation strategy used.Conclusions: It is concluded that the GET is an attention-based PVT with promising test characteristics and high diagnostic accuracy in the detection of noncredible cognitive performance using a simulation design. Given the results can be replicated in studies using known-groups methodology, it may be a useful tool for clinical practice to complement neuropsychological assessments of patients with ABI

An efficient intelligent analysis system for confocal corneal endothelium images

A confocal microscope provides a sequence of images of the corneal layers and structures at different depths from which medical clinicians can extract clinical information on the state of health of the patient's cornea. A hybrid model based on snake and particle swarm optimisation (S-PSO) is proposed in this paper to analyse the confocal endothelium images. The proposed system is able to pre-process images (including quality enhancement and noise reduction), detect cells, measure cell densities and identify abnormalities in the analysed data sets. Three normal corneal data sets acquired using a confocal microscope, and three abnormal confocal endothelium images associated with diseases have been investigated in the proposed system. Promising results are presented and the performance of this system is compared with manual and two morphological based approaches. The average differences between the manual and the automatic cell densities calculated using S-PSO and two other morphological based approaches is 5%, 7% and 13% respectively. The developed system will be deployable as a clinical tool to underpin the expertise of ophthalmologists in analysing confocal corneal images

Evangelisches Pfarrhaus 1950 bis 2000 : Qualitative empirische Untersuchungen im nördlichen Niedersachsen

Anhand von 25 narrativen Selbstzeugnissen evangelischer Pfarrer aus der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts zeigt diese qualitativ-empirische Studie im Rückblick auf eine gerade vergangene Zeitspanne die Lebensgestaltung einer spätbürgerlichen Mittelstandsgruppe mit all ihren Perspektiven, Chancen, Höhen und Tiefen. In der Selbsteinschätzung ihres Lebenswerkes berichten evangelische Pfarrer vom Umgang mit ihrem Amt, ihrer Familie und ihrer Kirchengemeinde. Im Zentrum steht die Diskrepanz zwischen sozialem Engagement und sozialer Kontrolle. Alle Mitglieder der Pfarrerfamilie sind in diese Spannungen einbezogen und können sich der Fremdbestimmung nur erwehren, wenn sie für sich selbst eine akzeptable Rolle innerhalb des Pfarrberufes des Ehemannes oder Vaters finden. Diese Einbindung der gesamten Familie in den Beruf des Amtsinhabers wird an vielen Beispielen deutlich gemacht z. B. am Pfarrgarten, an der Residenzpflicht im Pfarrhaus, bei den Problemen der Pfarrerkinder in der Schule oder beim Konfirmandenunterricht für die eigenen Kinder. Neben den grenzwertigen Situationen schildern die Pastoren aber auch die Freiheiten und Chancen des Pastorenlebens. Durch die vielfältigen Bildungschancen des Pfarrhauses werden die Pfarrerkinder mit überdurchschnittlichen Kompetenzen und starkem Selbstvertrauen ausgestattet. In Bezug auf die Kirchengemeinde sehen Pastoren ihre vielfältigen Einflussmöglichkeiten in ihrer Gemeinde, sowie die Aufgabe, Probleme wahrzunehmen, zu artikulieren und in der Öffentlichkeit zur Diskussion zu stellen. Im letzten Viertel des 20. Jahrhunderts wird jedoch die Phase der Veränderungen immer deutlicher. Der Wandel im Berufsleben der Gesellschaft einhergehend mit der Frauenemanzipation hat für einige Gruppen neue Berufsfelder erschlossen. Besonders im Pfarramt hat dieser Prozess des Aushandelns von Spielräumen zwischen Gemeinde und Amtsinhaber länger gedauert als in anderen gesellschaftlichen Bereichen. Der Wechsel des Amtsinhabers von männlich auf weiblich hat nun als letztes das kirchliche Umfeld erreicht; Pfarrerinnen haben sich ein Berufsfeld „erobert“ – also ihre Stellung mit der Gesellschaft so ausgehandelt, dass eine Akzeptanz erkennbar wird. Zu Beginn der Untersuchung (2004/05) haben diese Veränderungen im Pfarramt nicht so deutlich im Fokus gelegen wie jetzt fast ein Jahrzehnt später (2013). Diese Forschungsergebnisse erlauben jedoch den Einblick in ein bisher nicht thematisiertes Problem der Lebensgestaltung von Berufsgruppen, die auf Grund ihrer akademischen Bildung und ihres Arbeitsalltages im Privatleben besonders öffentlichkeitsscheu sind und anonym bleiben wollen

An automatic method for robust and fast cell detection in bright field images from high-throughput microscopy

Background;In recent years, high-throughput microscopy has emerged as a powerful tool to analyze cellular dynamicsin an unprecedentedly high resolved manner. The amount of data that is generated, for examplein long-term time-lapse microscopy experiments, requires automated methods for processing andanalysis. Available software frameworks are well suited for high-throughput processing of fluorescenceimages, but they often do not perform well on bright field image data that varies considerablybetween laboratories, setups, and even single experiments.Results;In this contribution, we present a fully automated image processing pipeline that is able to robustly segment and analyze cells with ellipsoid morphology from bright field microscopy in a highthroughput, yet time efficient manner. The pipeline comprises two steps: (i) Image acquisition is adjusted to obtain optimal bright field image quality for automatic processing. (ii) A concatenation of fast performing image processing algorithms robustly identifies single cells in each image. We applied the method to a time-lapse movie consisting of 315,000 images of differentiating hematopoietic stem cells over 6 days. We evaluated the accuracy of our method by comparing the number of identified cells with manual counts. Our method is able to segment images with varying cell density and different cell types without parameter adjustment and clearly outperforms a standard approach. By computing population doubling times, we were able to identify three growth phases in the stem cell population throughout the whole movie, and validated our result with cell cycle times from single cell tracking.Conclusions;Our method allows fully automated processing and analysis of high-throughput bright field microscopydata. The robustness of cell detection and fast computation time will support the analysisof high-content screening experiments, on-line analysis of time-lapse experiments as well as developmentof methods to automatically track single-cell genealogies

Computergestützte Vorhersage zellulärer Zustände in Zeitraffermikroskopie basierend auf der Morphodynamik einzelner Zellen

In this thesis we developed processing pipelines that identify cells in brightfield or fluorescence channels of a time-lapse experiment and quantify their morphology. By linking these measurements with the temporal information of cell tracking approaches, we were able to describe the morphodynamics and motility of single cells but also whole genealogies. In particular we analyzed the migration behavior of T-lymphocytes under changing environmental influences and predicted the differentiation state of hematopoietic stem cells.In dieser Arbeit entwickelten wir Prozessierungspipelines die Zellen im Durchlicht- oder Fluoreszenzkanal eines Zeitrafferexperiments identifizieren und deren Morphologie quantifizieren. Durch die Verknüpfung dieser Messungen mit Zellverfolgungalgorithmen konnten wir die Morphodynamik und Bewegung einzelner Zellen und ganzer Genealogien beschreiben. Im Speziellen analysierten wir das Migrationsverhalten von T-lymphozyten unter verschiedenen Umwelteinflüssen und machten Vorhersagen über den Differenzierungsstatus hämatopoetischer Stammzellen