Story of an array based technology designed to grasp and detect the complex plant pathogen Ralstonia solanacearum

The ancient soil borne plant vascular pathogen Ralstonia solanacearum evolved and adapted to cause severe damage on an unusually wide range of plants. Based on the phylotype classification, it was questioned how genetically and phenotypically diverse strains of Ralstonia solanacearum may be, in an attempt to produce adapted diagnostic tools. A pangenomic microarray was first used to better describe and understand the phylogeny of R. solanacearum, especially three particular ecotypes in the phylotype II: (i) Brown rot strains from sequevars IIB-1 and IIB-2, historically known as race 3 biovar 2 and clonal; (ii) new pathogenic variants from sequevar IIB-4NPB that lack pathogenicity to Cavendish banana but can infect many other plant species; and (iii) Moko disease-causing strains from sequevars IIB-3, IIB-4, and IIA-6, historically known as race 2, that cause wilt on banana, plantain, and Heliconia. Results revealed a phylogeographic structure within Brown rot strains, allowing European outbreak strains of Andean and African origins to be distinguished, and also showed a close but distinct relationship between Moko ecotype IIB-4 and the emerging IIB-4NPB strains. Based on those results, it is proposed to develop new DNA-based diagnostic tools, including array and routine PCR, to ensure better detection of this complex plant pathogen. (Résumé d'auteur

Evaluation of greenhouse gas emissions and design of mitigation options: A whole farm approach based on farm management data and mechanistic models

Agricultural activities are important sources of atmospheric nitrous oxide (N2O), methane (CH4), and carbon dioxide (CO2). In the European Union, the agricultural sector contributes approximately 10% of the total emitted greenhouse gases (GhG). We search for evaluating GhG emissions at the farm level and desiging mitigation options from a biotechnical point of view. As GhG emissions occur at several stages within the farm operation, it is essential to combine nutrient cycling and farm working through an integrated farm approach to reach a full accounting of processes. Our proposal comprises the following characteristics: - Our whole farm approach (FarmSim) combines empirical and mechanistic modelling through describing of above and below ground C and N fluxes ; with respect to GhG, emissions can be also calculated with emissions factors, comparable to the IPCC methodology when no model is available yet as for manure management for instance. - Rebuilding farmers' practices description from available data (on farm and through farms'network databases) needs to choose a level of information to translate real situations to generic ones. It requires thus to choose a set of farm components and compatible spatio-temporal scales in respect with the data needed by the models. - At the moment, we coupled two models allowing to quantify the emissions of the different land uses (in our case PaSim, a grassland ecosystem model and CERES-EGC, a crop model). - The system boundaries are limited to the farm gate, or may include pre- and post-chain effects according to more and less high inputs and the difficulty to forecast produce fate if databases are available. - Building plausible scenarios requires to control a set of farm operation coherences to account for standing mitigation options. In a first step, we used a case study formalized by the French Livestock Institute (IE) and some farm working data from an experimental dairy farm belonging to the French Institute for Agricultural Research (INRA), both located in semi-continental conditions (Mirecourt - North-Eastern France). The simulated farming system is a mixed dairy and crops system so as to account for a rather generic farming system. (Résumé d'auteur

Short-Term cost impact of compliance with clinical practice guidelines for initial sarcoma treatment

Background: The impact of compliance to clinical practice guidelines (CPG) on outcomes and/or costs of care has not been completely clarified.Objective: To estimate relationships between medical expenditures and compliance to CPG for initial sarcoma treatment.Research design: Selected cohorts of patients diagnosed with sarcoma in 2005 and 2006, and treated at the University hospital and/or the cancer centre of the Rhône-Alpes region, France (n=90). Main outcome measurements were: patient characteristics, compliance with CPG, health outcomes, and costs. Data were mainly extracted from patient records. The logarithm of treatment costs was modelled using linear and Tobit regressions.Results: Rates of compliance with CPG were 86%, 66%, 88%, 89%, and 95% for initial diagnosis, primary surgical excision, wide surgical excision, chemotherapy, and radiotherapy, respectively. Total average costs reached €24,439, with €1,784, €11,225, €10,360, and €1,016 for diagnosis, surgery (primary and wide surgical excisions), chemotherapy, and radiotherapy, respectively. Compliance of diagnosis with CPG decreased the cost of diagnosis, whereas compliance of primary surgical excision increased the cost of chemotherapy. Compliance of chemotherapy with CPG decreased the cost of radiotherapy.Conclusion: Since chemotherapy is one of the major cost drivers, these results support that compliance with guidelines increases medical care expenditures in short term.Oncology; Sarcoma; Cost; Clinical guidelines; Efficacy; Medical Practices; Government Policy; Regulation; Public Health

Des modèles pour comprendre la réponse des écosystèmes prairiaux au nchangement climatique

Une des attentes forte de la societe et des decideurs politiques est de mieux comprendre et de pouvoir anticiper les reponses des agro-ecosystemes aux changements climatiques et atmospheriques anticipes. La prevision sur le long-terme de ces impacts sur la contribution des agro-ecosystemes a l'effet de serre et sur leur potentiel d'attenuation des emissions permis par le stockage de carbone dans la matiere organique des sols repose necessairement sur l'utilisation de modeles. PaSiM est un modele biogeochimique deterministe a dominante mecaniste se situant a l'echelle de la parcelle de prairie et qui a pour objectif principal de modeliser une prairie spatialement homogene et ses principaux flux de carbone, d'azote et d'eau. Au-dela de cette modelisation ? prairie centree ?, le modele FarmSim permet de simuler le comportement de systemes d'elevage herbagers ou bases sur le mais a l'echelle de la ferme. Resultant du couplage des modeles PaSiM, CERES (culture) et GESTIM (intrans, calcul des flux a l'etable) il fournit un bilan annuel des emissions de GES a l'echelle de l'exploitation. Ce papier se propose de decrire ces deux modeles et l'interet qu'ils presentent pour repondre aux attentes sociales vis-a-vis des impacts du changement climatique sur les prairies et les systemes d'élevage. (Résumé d'auteur

Stimulation magnétique transcrânienne répétée et dépression résistante (revue de la littérature et participation à un protocole de recherche)

Le problème de la dépression résistante se pose fréquemment en pratique clinique. Ses répercussions sont considérables. Sa définition demeure une question ouverte. Les méthodes systématiques d'évaluation de la résistance sont très peu utilisées en pratique clinique. Les options thérapeutiques dans la dépression résistante sont : l'augmentation de l'antidépresseur, le changement de l'antidépresseur utilisé, l'adjonction de T3, l'adjonction de LITHIUM, la mise neplace d'une psychothérapie (type TCC) et l'électroconvulsivothérapie. La recherche se développe sur la rTMS dans cette indication. Les contre-indications sont maintenant bien connues. C'est un traitement en général très bien toléré et sûr. La plupart des méta-analyses montrent un bénéfice thérapeutique supérieur au placebo. Ce bénéfice varie en fonction des paramètres et des sites de stimulation utilisés. Nous avons participé à une étude multicentique randomisée contrôlée en double aveugle, étudiant l'efficacité thérapeutique de la rTMS dans le traitement des états dépressifs majeurs résistants. La prudence s'impose quant à l'interprétation des résultats compte tenu du très faible effectif inclus. La rTMS a permis à certains patients inclus d'atteindre la rémission.CLERMONT FD-BCIU-Santé (631132104) / SudocSudocFranceF

Le château de Lunel-Viel, domaine viticole. Histoire, cadre de vie et gestion (1843-1987)

Phénomène majeur de l'économie méridionale sous le Second Empire et le début de la IIIe République, la monoculture de la vigne produisit une prospérité dans les campagnes, source d'enrichissement pour les grands propriétaires. Ainsi les paysages languedociens reçurent-ils une nouvelle parure, des châteaux dans la construction desquels furent investis les confortables profits du vignoble. Le phénomène marqua particulièrement les campagnes Biterroises et Narbonnaises. Le Languedoc oriental ne supporte pas la comparaison avec la région voisine. Les châteaux viticoles y sont moins nombreux et plus discrets : la prospérité du vignoble s'est trouvée stoppée par la propagation du phylloxéra entre les années 1865 et 1870. A ce facteur s'ajoute un trait structurel, la propriété restant plus morcelée à l'est. De ce fait, les moyens furent sensiblement moindres en Languedoc oriental ; plutôt que de construire de nouveaux châteaux, les propriétaires de domaines prirent généralement l'option d'embellir de vieilles demeures. Le château de Lunel-Viel offre l'un des témoignages les plus aboutis de ce compromis entre héritage et innovation. Un autre trait plaide en faveur de son exemplarité : l'essentiel des archives des propriétaires du château a été sauvé de la dispersion. Pour l'essentiel, cette documentation a rejoint les archives communales conservées au château, devenu Hôtel de Ville après son acquisition par la commune en 1991. L'étude du château de Lunel-Viel aborde trois angles : successivement son histoire, son cadre de vie puis sa gestion