The UniProt-GO Annotation database in 2011

The GO annotation dataset provided by the UniProt Consortium (GOA: http://www.ebi.ac.uk/GOA) is a comprehensive set of evidenced-based associations between terms from the Gene Ontology resource and UniProtKB proteins. Currently supplying over 100 million annotations to 11 million proteins in more than 360 000 taxa, this resource has increased 2-fold over the last 2 years and has benefited from a wealth of checks to improve annotation correctness and consistency as well as now supplying a greater information content enabled by GO Consortium annotation format developments. Detailed, manual GO annotations obtained from the curation of peer-reviewed papers are directly contributed by all UniProt curators and supplemented with manual and electronic annotations from 36 model organism and domain-focused scientific resources. The inclusion of high-quality, automatic annotation predictions ensures the UniProt GO annotation dataset supplies functional information to a wide range of proteins, including those from poorly characterized, non-model organism species. UniProt GO annotations are freely available in a range of formats accessible by both file downloads and web-based views. In addition, the introduction of a new, normalized file format in 2010 has made for easier handling of the complete UniProt-GOA data se

: Gender differences in STEMI

International audienceBACKGROUND: Gender differences in presentation, management and outcome in patients with ST-segment elevation myocardial infarction (STEMI) have been reported. AIM: To determine whether female gender is associated with higher inhospital mortality. METHODS: Data from ORBI, a regional STEMI registry of 5 years' standing, were analysed. The main data on presentation, management, inhospital outcome and prescription at discharge were compared between genders. Various adjusted hazard ratios were then calculated for inhospital mortality (women versus men). RESULTS: The analysis included 5000 patients (mean age 62.6±13 years), with 1174 women (23.5%). Women were on average 8 years older than men, with more frequent co-morbidities. Median ischaemia time was 215 minutes (26 minutes longer in women; P<0.05). Reperfusion strategies in women less frequently involved fibrinolysis, coronary angiography, radial access and thrombo-aspiration. Female gender, especially in patients aged<60 years, was associated with poorer inhospital prognosis (including higher inhospital mortality: 9% vs. 4% in men; P<0.0001), and underutilization of recommended treatments at discharge. Moreover, excess female inhospital mortality was independent of presentation, revascularization time and reperfusion strategy (hazard ratio for women 1.33, 95% confidence interval 1.01-1.76; P=0.04). CONCLUSIONS: One in four patients admitted for STEMI was female, with significant differences in presentation. Female gender was associated with less-optimal treatment, both in the acute-phase and at discharge. Efforts should be made to reduce these differences, especially as female gender was independently associated with an elevated risk of inhospital mortality

Three non-autonomous signals collaborate for nuclear targeting of CrMYC2, a Catharanthus roseus bHLH transcription factor

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>CrMYC2 is an early jasmonate-responsive bHLH transcription factor involved in the regulation of the expression of the genes of the terpenic indole alkaloid biosynthesis pathway in <it>Catharanthus roseus</it>. In this paper, we identified the amino acid domains necessary for the nuclear targeting of CrMYC2.</p> <p>Findings</p> <p>We examined the intracellular localization of whole CrMYC2 and of various deletion mutants, all fused with GFP, using a transient expression assay in onion epidermal cells. Sequence analysis of this protein revealed the presence of four putative basic nuclear localization signals (NLS). Assays showed that none of the predicted NLS is active alone. Further functional dissection of CrMYC2 showed that the nuclear targeting of this transcription factor involves the cooperation of three domains located in the C-terminal region of the protein. The first two domains are located at amino acid residues 454-510 and 510-562 and contain basic classical monopartite NLSs; these regions are referred to as NLS3 (KRPRKR) and NLS4 (EAERQRREK), respectively. The third domain, between residues 617 and 652, is rich in basic amino acids that are well conserved in other phylogenetically related bHLH transcription factors. Our data revealed that these three domains are inactive when isolated but act cooperatively to target CrMYC2 to the nucleus.</p> <p>Conclusions</p> <p>This study identified three amino acid domains that act in cooperation to target the CrMYC2 transcription factor to the nucleus. Further fine structure/function analysis of these amino acid domains will allow the identification of new NLS domains and will allow the investigation of the related molecular mechanisms involved in the nuclear targeting of the CrMYC2 bHLH transcription factor.</p

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics' resources: focus on curated databases

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics (www.isb-sib.ch) provides world-class bioinformatics databases, software tools, services and training to the international life science community in academia and industry. These solutions allow life scientists to turn the exponentially growing amount of data into knowledge. Here, we provide an overview of SIB's resources and competence areas, with a strong focus on curated databases and SIB's most popular and widely used resources. In particular, SIB's Bioinformatics resource portal ExPASy features over 150 resources, including UniProtKB/Swiss-Prot, ENZYME, PROSITE, neXtProt, STRING, UniCarbKB, SugarBindDB, SwissRegulon, EPD, arrayMap, Bgee, SWISS-MODEL Repository, OMA, OrthoDB and other databases, which are briefly described in this article

Délais diagnostiques et parcours de soins pré-hospitaliers des SCA ST+ sur les bassins de santé de Fougères, Redon et Vitré en 2011 et 2012 (comment améliorer les pratiques?)

L'amélioration des délais diagnostiques dans le cadre d'un SCA ST+ est aujourd'hui un enjeu majeur des professionnels de santé afin d'obtenir une reperfusion la plus précoce possible. Pour cela, les dernières recommandations (ESC 2012) préconisent l'emploi de la filière dite directe: appel au 15 et prise en charge par un SMUR. Pour l'analyse, les données ont été colligées à l'aide du fichier ORBI. 103 patients ayant présentés un SCA ST+ en 2011 ou 2012 sur les bassins de santé de Fougères, Redon et Vitré ont été inclus. Les données étaient complètes et analysables pour 100 patients (17 femmes, 83 hommes). Le parcours de soins, le délai séparant l'apparition de la douleur et le diagnostic, le choix de la stratégie thérapeutique et les moyens de transport utilisés ont été étudiés. Existe-t-il un lien entre le parcours de soins et les délais diagnostiques? La sécurité des patients est-elle assurée? Quel est le rôle du médecin généraliste? 55% des patients ont appelé le 15, 40% ont bénéficié de la prise en charge par filière directe et 60% passent par un ou plusieurs intermédiaires représentés par le médecin généraliste dans 20%. Dans 33% des cas, le moyen de transport utilisé n'est pas sécurisé. L'appel au 15 et la filière directe raccourcissent significativement les délais diagnostiques (respectivement p=0.00011 et p=0.0011). Le délai diagnostique médian est de 125 minutes, réduit à 82 minutes par la filière directe, allongé à 169 minutes quand le patient passe par le médecin traitant. 33 patients ont été fibrinolysés sur les 48 fibrinolysables. Il existe une marge de progression non négligeable sur les délais diagnostiques. L'éducation du patient par le médecin généraliste à faire le 15 est la clef pour l'amélioration des délais et la sécurité. Aussi, nous faisons encore trop peu de fibrinolyse en périphéries, gage de reperfusion rapide, cette stratégie thérapeutique est toujours à reconsidérer.RENNES1-BU Santé (352382103) / SudocSudocFranceF

Editorial for Special Issue “Reutilization and Valorization of Mine Waste”

Solid waste management is the most important environmental challenge of mining operations worldwide [...]</jats:p

LES INHIBITEURS DE CHOLINESTERASES

CLERMONT FD-BCIU-Santé (631132104) / SudocLYON1-BU Santé (693882101) / SudocSudocFranceF

Synthèse et réactivité de 4H-[1,4]-oxazines

L accès à de nouveaux composés biologiquement actifs nécessite, en amont, la préparation de manière rapide et efficace de blocs moléculaires hétérocycliques originaux et modulables à volonté. Dans cette optique, nous avons choisi de nous intéresser particulièrement aux 4H-[1,4]-oxazines, un système hétérocyclique anti-aromatique dont la littérature ne fait pratiquement pas état. Notre objectif a été de réaliser une étude méthodologique complète afin de cerner la réactivité de ce nouvel hétérocycle et pouvoir ainsi le moduler à volonté. Notre souci permanent a également été, à partir de cette structure de base, d accéder en un nombre d étapes restreint, à la diversité moléculaire. Dans un premier temps, nous avons obtenu des 4H-[1,4]-oxazines de première génération, à partir d un bisphosphate vinylique, intermédiaire unique, via des réactions de couplage ou de réduction pallado-catalysées. Par la suite, des 4H-[1,4]-oxazines de seconde génération mono-, tri- et tétrasubstituées ont été préparées grâce à des réactions anioniques. L étude de la réactivité de ces 4H-[1,4]-oxazines a permis, par ailleurs, d accéder à différents systèmes hétérocycliques de taille et de nature diverses. Chaque fois que possible, nous avons souligné les potentialités offertes par ces nouveaux dérivés dans le domaine de la chimie thérapeutique.ORLEANS-BU Sciences (452342104) / SudocSudocFranceF