Les espaces de l'halieutique

Les tactiques de pêches développées par les pêcheurs peuvent être interprétées comme des adaptations à l'hétérogénéité spatiale de la distribution d'une ressource. Elles visent en effet à réduire l'incertitude relative aux probabilités de captures que peut attendre le pêcheur, incertitude induite par la répartition spatiale de la ressource. Les facteurs intervenants dans la constitution d'une tactique donnée sont a priori nombreux, mais surtout difficiles à quantifier car issus pour une grande part de choix subjectifs et qualitatifs. On se propose ici de les aborder de manière théorique à partir d'un travail de simulations. Les comportements individuels des pêcheurs sont ainsi modélisés en fonction de trois types de facteurs : facteurs informatifs, concernant les échanges d'informations entre pêcheurs au sein d'une flotille ; facteurs "cognitifs", liés à la connaissance partielle du milieu et la faculté d'apprentissage des pêcheurs ; facteurs directifs, liés au comportement du pêcheurs ; facteurs directifs, liés au comportement du pêcheur : interactions pêcheur-pêcheur, pêcheur-ressource, pêcheur-structure d'autorité. Plus précisément, la présente étude se concentre sur les déterminants des tactiques de pêche relevant des deux premières composantes. On définit ainsi un modèle d'échange d'informations individuelles entre navires d'une part, et de savoir-faire individuel d'autre part. Ces modèles définissent des tactiques de recherche de la ressource. Ils sont mis en oeuvre au sein d'un simulateur de type système multi-agent, où sont représentées explicitement l'activité de pêche des navires d'une flotille et la ressource sur laquelle elle se développe... (D'après résumé d'auteur

Modélisation d'une croissancce en deux stances chez l'albacore (Thunnus albacares) de l'Atlantique Est

Le modèle composite, communément admis pour décrire les deux stances de croissance de l'albacore dans l'Atlantique Est, est ré-examiné... L'équation de croissance est exprimée en fonction d'un âge conventionnel. Les limites de ce modèle sont soulignées. Différents modèles continus sont ensuite ajustés sur les données de Capisano et Fonteneau (1991), qui estiment l'âge par décomposition polymodale des fréquences de tailles des captures réalisées par les senneurs, durant la période 1983-1988. On montre que l'ajustement des modèles à 3 ou 4 paramètres (Gompertz, Richards et Von Bertalanffy généralisé) est peu satisfaisant. On propose un modèle à 5 paramètres, combinant une fonction linéaire et une loi de Von Bertalanffy généralisée. La validité et l'ajustement de ce modèle sont analysé

Les espaces de l'halieutique

L'objet de l'article est la présentation d'un modèle spatialisé forcé par l'environnement de la population de thons albacore de l'Atlantique. Le modèle s'appuie sur des relations non linéaires estimées par modélisation additive généralisée (GAM) caractérisant, d'une part les préférences environnementales des albacores et d'autre part leur capturabilité à différents engins. Formulées analytiquement, les relations caratéristiques des préférences environnementales des albacores sont utilisées pour forcer un modèle d'advection-diffusion-réaction des albacores. Egalement formulées analytiquement, les relations caractérisant la capturabilité à différents engins permettent d'envisager l'ajustement du modèle aux captures observées. Le modèle permet de simuler la répartition des animaux en fonction de l'environnement océanique et des captures réelles. A travers différentes simulations, on s'intéresse au phénomène de surexploitation locale des thons adultes dans le Golfe de Guinée. La très grande ampleur du phénomène observée dans les simulations est discutée. (Résumé d'auteur

Les espaces de l'halieutique

Les variations spatio-temporelles d'abondance du stock de bobo de Guinée sont analysées sur la période 1985/98 par trois catégories d'approches complémentaires. Premièrement, une évaluation du stock est conduite par les méthodes d'analyse de cohorte et de rendement par recrue, en s'appuyant sur les statistiques de captures disponsibles pour la période récente (96/98). Deuxièmement, des indices annuels de densité sont calculés par modélisation linéaire des données des campagnes de chalutages scientifiques, réalisées depuis 1985 dans les strates bathymétriques de 5 à 30 m. Enfin, l'estimation des surfaces des strates permet de mettre en cohérence ces deux types de résultats et d'estimer un modèle de répartition des biomasses en début et fin de période, dans l'ensemble des strates de 0 à 30 m. Dans la période récente, la biomasse du stock est estimée à environ 9000 tonnes ; l'exploitation, très majoritairement liée à la pêche artisanale, conduirait à une situation globale de pleine exploitation. Les indices de densité montrent une forte diminution de l'abondance du bobo, entre début et fin de période. Cette diminution est particulièrement marquée dans les strates de forte abondance, entre 5 et 10 M. Le modèle de répartition des biomasses, montre qu'une part essentielle du stock (probablement supérieure à 75%) se situe dans la strate la plus côtière (0 à 5m) qui échappe au navire océanographique. La biomasse de début de période, qui correspondait à une situation proche de l'état vierge, est estimée à environ 18 000 tonnes. Le développement de l'exploitation s'est ainsi traduit par une baisse d'abondance, avec un impact qui s'avère être différent selon les strates bathymétiques. On met ainsi en évidence une rétraction du stock sur la zone la plus côtière. (Résumé d'auteur

Trophic signature of coral reef fish assemblages : towards a potential indicator of ecosystem disturbance

Face to the increasing anthropogenic disturbances that affect coral reef ecosystems, it becomes urgent to define appropriate ecological indicators for monitoring purposes. One useful approach is to search for a simplified description of the structure of biological communities that are highly diverse and complex on coral reefs. To this end, we propose to represent the trophic structure of coral reef fish assemblages by using fractional trophic levels assigned to each fish species. Fish abundance trophic spectra (i.e., the distributions of fish abundance per trophic level) were established for the fringing reefs of two bays located in the city of Noumea (New Caledonia). The comparison of these trophic spectra revealed a similar trophic structure in the two bays, in spite of contrasted levels of fish abundance due to habitat damages. The embayment degree was characterized by changes in the fish trophic structure, reflecting a decreasing influence of urban and industrial wastes discharged in the bottom of the bays. This case of study shows the interest of using fractional trophic levels for the description of highly diverse biological communities. The trophic level-based approach offers new prospects in the search for ecological indicators, by characterizing the structure of biological communities by trophic signatures which testify to the disturbance level affecting their environment

European Union's public fishing access agreements in developing countries

The imperative to increase seafood supply while dealing with its overfished local stocks has pushed the European Union (EU) and its Member States to fish in the Exclusive Economic Zones of other countries through various types of fishing agreements for decades. Although European public fishing agreements are commented on regularly and considered to be transparent, this is the first global and historical study on the fee regime that governs them. We find that the EU has subsidized these agreements at an average of 75% of their cost (financial contribution agreed upon in the agreements), while private European business interests paid the equivalent of 1.5% of the value of the fish that was eventually landed. This raises questions of fisheries benefit-sharing and resource-use equity that the EU has the potential to address during the nearly completed reform of its Common Fisheries Policy

Modeling Drug Resistance Emergence and Transmission in HIV-1 in the UK

A deeper understanding of HIV-1 transmission and drug resistance mechanisms can lead to improvements in current treatment policies. However, the rates at which HIV-1 drug resistance mutations (DRMs) are acquired and which transmitted DRMs persist are multi-factorial and vary considerably between different mutations. We develop a method for the estimation of drug resistance acquisition and transmission patterns. The method uses maximum likelihood ancestral character reconstruction informed by treatment roll-out dates and allows for the analysis of very large datasets. We apply our method to transmission trees reconstructed on the data obtained from the UK HIV Drug Resistance Database to make predictions for known DRMs. Our results show important differences between DRMs, in particular between polymorphic and non-polymorphic DRMs and between the B and C subtypes. Our estimates of reversion times, based on a very large number of sequences, are compatible but more accurate than those already available in the literature, with narrower confidence intervals. We consistently find that large resistance clusters are associated with polymorphic DRMs and DRMs with long loss times, which require special surveillance. As in other high-income countries (e.g., Switzerland), the prevalence of sequences with DRMs is decreasing, but among these, the fraction of transmitted resistance is clearly increasing compared to the fraction of acquired resistance mutations. All this indicates that efforts to monitor these mutations and the emergence of resistance clusters in the population must be maintained in the long term

A Bayesian Approach for Fast and Accurate Gene Tree Reconstruction

Supplementary tables S1, sections 2.1–2.3, and figures S1–S11 are available at Molecular Biology and Evolution online (http://www.mbe.oxfordjournals.org/).Recent sequencing and computing advances have enabled phylogenetic analyses to expand to both entire genomes and large clades, thus requiring more efficient and accurate methods designed specifically for the phylogenomic context. Here, we present SPIMAP, an efficient Bayesian method for reconstructing gene trees in the presence of a known species tree. We observe many improvements in reconstruction accuracy, achieved by modeling multiple aspects of evolution, including gene duplication and loss (DL) rates, speciation times, and correlated substitution rate variation across both species and loci. We have implemented and applied this method on two clades of fully sequenced species, 12 Drosophila and 16 fungal genomes as well as simulated phylogenies and find dramatic improvements in reconstruction accuracy as compared with the most popular existing methods, including those that take the species tree into account. We find that reconstruction inaccuracies of traditional phylogenetic methods overestimate the number of DL events by as much as 2–3-fold, whereas our method achieves significantly higher accuracy. We feel that the results and methods presented here will have many important implications for future investigations of gene evolution.National Science Foundation (U.S.) (CAREER award NSF 0644282