Development of a 63K SNP array for cotton and high-density mapping of intraspecific and interspecific populations of Gossypium spp.

High-throughput genotyping arrays provide a standardized resource for plant breeding communities that are useful for a breadth of applications including high-density genetic mapping, genome-wide association studies (GWAS), genomic selection (GS), complex trait dissection, and studying patterns of genomic diversity among cultivars and wild accessions. We have developed the CottonSNP63K, an Illumina Infinium array containing assays for 45,104 putative intraspecific single nucleotide polymorphism (SNP) markers for use within the cultivated cotton species Gossypium hirsutum L. and 17,954 putative interspecific SNP markers for use with crosses of other cotton species with G. hirsutum. The SNPs on the array were developed from 13 different discovery sets that represent a diverse range of G. hirsutum germplasm and five other species: G. barbadense L., G. tomentosum Nuttal × Seemann, G. mustelinum Miers × Watt, G. armourianum Kearny, and G. longicalyx J.B. Hutchinson and Lee. The array was validated with 1,156 samples to generate cluster positions to facilitate automated analysis of 38,822 polymorphic markers. Two high-density genetic maps containing a total of 22,829 SNPs were generated for two F2 mapping populations, one intraspecific and one interspecific, and 3,533 SNP markers were co-occurring in both maps. The produced intraspecific genetic map is the first saturated map that associates into 26 linkage groups corresponding to the number of cotton chromosomes for a cross between two G. hirsutum lines. The linkage maps were shown to have high levels of collinearity to the JGI G. raimondii Ulbrich reference genome sequence. The CottonSNP63K array, cluster file and associated marker sequences constitute a major new resource for the global cotton research community. (Résumé d'auteur

Parâmetros genéticos em população segregante de algodoeiro para resistência a ramulária.

A mancha de ramulária, causada pelo fungo Ramularia areola, é a principal doença foliar do algodoeiro que ocorre no Cerrado brasileiro, podendo ocasionar desfolha precoce das plantas e comprometer a produtividade e a qualidade da fibra, reduzindo o lucro do produtor. A tática de manejo mais usada é o controle químico, sendo utilizados principalmente fungicidas à base de estano-orgânicos, benzimidazóis, triazóis, estrobirulinas e carboxamidas. Atualmente, são necessárias por volta de oito aplicações de fungicidas em cultivares suscetíveis. O controle mais eficiente da mancha de ramulária é obtido quando as aplicações de fungicidas são realizadas logo após o aparecimento dos primeiros sintomas da doença. Apesar da disponibilidade de controle químico para a mancha de ramulária, esforços dos programas de melhoramento visando obtenção de cultivares resistentes têm sido dispendidos, fato que contribuiria para redução dos custos de produção. Contudo, uma das dificuldades para esse objetivo deve-se ao controle genético da resistência, possivelmente de natureza quantitativa. Esse trabalho teve por objetivo estimar parâmetros genéticos em uma população segregante de algodoeiro, obtida de cruzamento entre genitores contrastantes quanto à resistência a doença. A partir de um cruzamento biparental entre as cultivares BRS 372 (resistente) e Coodetec 408 (suscetível), conduzido em condições controladas, obteve-se a descendência F1, que foi cultivada em telado protegido e autofecundada para obtenção de uma população F2. Obteve-se um total de 189 plantas F2, que foram cultivadas em cultivo protegido e novamente autofecundadas. As sementes de cada uma das 189 plantas F2 foram colhidas e as 189 progênies F2:3 obtidas de cada planta foram cultivadas em campo na safra 2016/2017. O delineamento experimental foi de blocos aumentados de Federer, tendo por tratamentos comuns nos blocos as cultivares BRS 371 RF e BRS 368 RF, testemunhas resistentes e suscetível, respectivamente, além dos dois genitores como tratamentos regulares. A severidade da doença foi mensurada mediante escala de notas de 1 a 5, em que 1 corresponde ao fenótipo completamente resistente e 5 ao fenótipo mais suscetível. Aos 116 dias após semeadura 20 plantas em cada parcela foram avaliadas tomando-se como medida de severidade da progênie a média aritmética dos escores das plantas obtidos em cada parcela. Os efeitos de progênies e blocos foram assumidos como aleatórios sob enfoque de modelos mistos sendo estimados parâmetros genéticos e blups de progênies. Pela análise de deviância a estimativa da variância genética para severidade da doença foi significativa, indicando variabilidade na população segregante para seleção de plantas resistentes. A variância genética foi cerca de três vezes superior ao erro do experimento e cerca de seis em relação a variância de blocos. A herdabilidade no sentido amplo em nível de progênie foi de 0,64, indicando que cerca de dois terços da variância total observada é devido a causas genéticas. A distribuição de frequência dos blups das progênies foi ligeiramente assimétrica, com 47% das progênies com blups abaixo da média populacional e 53% acima dessa. Treze progênies obtiveram estimativas de blups mais desejáveis que o do genitor resistente, enquanto 56 tiveram escores de blups superiores ao do genitor suscetível, indicando assim segregação transgressiva. Tendo-se como fonte de resistência a cultivar BRS 372 e com base nos resultados obtidos, conclui-se que é possível realizar seleção de genótipos de algodoeiro com resistência a mancha de ramulária em cerca de 6% de progênies F2:3

Exploring the Demands of Assimilation among White Ethnic Majorities in Western Europe

This article was published in the journal, Journal of Ethnic and Migration Studies [© Routledge (Taylor & Francis)] and the definitive version is available at: http://dx.doi.org/10.1080/1369183X.2012.640015Since the mid-1990s, assimilation has gradually regained momentum as both a normative and an analytical concept for understanding the ways in which migrants are incorporated into societies at large. Although scholars have investigated various dimensions of this process, they have tended to privilege the experience of migrants themselves. Comparatively little attention has been dedicated to the perspective of the dominant groups, particularly in relation to what ethnic majority people demand that migrants do in order to be accepted. This article explores these demands of assimilation through qualitative data collected among white local elites in four regional case-studies in Western Europe. The analysis reveals a different picture from the one usually portrayed by 'new assimilation theory'. Accordingly, I suggest rethinking assimilation in ways which incorporate more fully the plurality of demands put forward by dominant ethnic groups. © 2012 Copyright Taylor and Francis Group, LLC

Diversity analysis of cotton (Gossypium hirsutum L.) germplasm using the CottonSNP63K Array

Cotton germplasm resources contain beneficial alleles that can be exploited to develop germplasm adapted to emerging environmental and climate conditions. Accessions and lines have traditionally been characterized based on phenotypes, but phenotypic profiles are limited by the cost, time, and space required to make visual observations and measurements. With advances in molecular genetic methods, genotypic profiles are increasingly able to identify differences among accessions due to the larger number of genetic markers that can be measured. A combination of both methods would greatly enhance our ability to characterize germplasm resources. Recent efforts have culminated in the identification of sufficient SNP markers to establish high-throughput genotyping systems, such as the CottonSNP63K array, which enables a researcher to efficiently analyze large numbers of SNP markers and obtain highly repeatable results. In the current investigation, we have utilized the SNP array for analyzing genetic diversity primarily among cotton cultivars, making comparisons to SSR-based phylogenetic analyses, and identifying loci associated with seed nutritional traits. (Résumé d'auteur

Geographical presences and absences. The role of Spanish academic geography in geopolitical debates

A set of factors has converged to create geopolitical issues of great importance in contemporary Spain. These relate as much to the incorporation of Spain in the process of globalization as to the internal organization of the Spanish State. This chapter examines the contribution of Spanish academic geography in the first two decades of this century to research and debate in the feld of political geography. The chapter has been prepared on the basis of a systematic review of the main Spanish academic journals in the feld, as well as references to a very considerable bibliography. The chapter comprises fve sections: the introduction presents the importance of geopolitical factors in contemporary Spain and states the hypothesis and methodology adopted to develop the chapter; the second section looks at the output of Spanish academic geography on the geopolitical position of the Iberian countries with respect to various geographical areas; the third focuses on studies concerning the borders of the Spanish state; the fourth section examines the work dealing with the institutional organization of what the 1978 Spanish Constitution calls 'nationalities and regions'; and fnally, the ffth section homes in on research into the spatial aspects of local and metropolitan governments. The chapter is then rounded off by a few brief conclusions

La rénovation urbaine entre enjeux citadins et engagements citoyens

National audienceCe rapport de recherche rend compte d'une analyse des conditions auxquelles les échelons décisionnels incluant les citadins parviennent à trouver un terrain d'accord, et les éléments susceptibles de contribuer à une fabrication coopérative de la ville à venir, notamment dans les grands ensembles fragilisés concernés par le Programme national de rénovation urbaine. Dans une première partie, les auteurs questionnent les liens entre rénovation, démolition et citoyenneté urbaine. Le seconde partie rend compte de plusieurs études de cas : la copropriété dégradée du Petit Bard à Montpellier (sentiment d'injustice, lutte pour la citoyenneté et reconnaissance du quartier), trois programmes de rénovation urbaine à Perpignan (territoires quotidiens et petite fabrique citoyenne), la Cité Joliot Curie et le Val d'Argent à Argenteuil (affirmations citoyennes atténuant l'ordre de la rénovation urbaine), Les Mureaux (une double façon d'interroger la citoyenneté), Balzac à Vitry sur Seine (une forme de démocratie de proximité achevée ?), Le Clos Langlois/Commune de Paris à Vitry sur Seine (une citoyenneté en creux de la rénovation urbaine), Nanterre (du trouble habitant à la démocratie à l'oeuvre). Après une synthèse des observations et analyses, des éléments de comparaison internationale sont proposés (Italie et Grande-Bretagne)

Melhoramento genético do algodoeiro para resistência aos nematoides: seleção assistida por marcadores moleculares.

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