Structural variation in the pangenome of wild and domesticated barley

Pangenomes are collections of annotated genome sequences of multiple individuals of a species1. The structural variants uncovered by these datasets are a major asset to genetic analysis in crop plants2. Here we report a pangenome of barley comprising long-read sequence assemblies of 76 wild and domesticated genomes and short-read sequence data of 1,315 genotypes. An expanded catalogue of sequence variation in the crop includes structurally complex loci that are rich in gene copy number variation. To demonstrate the utility of the pangenome, we focus on four loci involved in disease resistance, plant architecture, nutrient release and trichome development. Novel allelic variation at a powdery mildew resistance locus and population-specific copy number gains in a regulator of vegetative branching were found. Expansion of a family of starch-cleaving enzymes in elite malting barleys was linked to shifts in enzymatic activity in micro-malting trials. Deletion of an enhancer motif is likely to change the developmental trajectory of the hairy appendages on barley grains. Our findings indicate that allelic diversity at structurally complex loci may have helped crop plants to adapt to new selective regimes in agricultural ecosystems.</p

Transverse-momentum and pseudorapidity distributions of charged hadrons in pp collisions at √s=7 TeV

Charged-hadron transverse-momentum and pseudorapidity distributions in proton-proton collisions at root s = 7 TeV are measured with the inner tracking system of the CMS detector at the LHC. The charged-hadron yield is obtained by counting the number of reconstructed hits, hit pairs, and fully reconstructed charged-particle tracks. The combination of the three methods gives a charged-particle multiplicity per unit of pseudorapidity dN(ch)/d eta vertical bar(vertical bar eta vertical bar<0.5) = 5.78 +/- 0.01(stat) +/- 0.23(stat) for non-single-diffractive events, higher than predicted by commonly used models. The relative increase in charged-particle multiplicity from root s = 0.9 to 7 TeV is [66.1 +/- 1.0(stat) +/- 4.2(syst)]%. The mean transverse momentum is measured to be 0.545 +/- 0.005(stat) +/- 0.015(syst) GeV/c. The results are compared with similar measurements at lower energies

Questions sur la dynamique de l'exploitation halieutique

La pêche dans l'estuaire et les parties fluviales de l'Adour et de ses affluents est une activité fort ancienne et déjà très développée au Moyen-Age. Actuellement, l'Adour représente un des grands bassins (16 OOO km2) du golfe de Gascogne où se perpétue cette activité. Au total, 200 pêcheurs professionnels fluviaux ou maritimes capturent les migrateurs amphihalins. Leur nombre a considérablement diminué puisque l'on est passé de 1000 inscrits maritimes au début de ce siècle à environ 50 marins pêcheurs en 1992. En moyenne sur la période 1986-1991, la production débarquée atteignait 100 tonnes pour un chiffre d'affaires de 10 millions de francs au moins. La coexistence est difficile entre les divers exploitants à l'aval et à l'amont de l'axe migratoire des ressources piscicoles La pêche du saumon atlantique est ainsi source de conflits entre pêcheurs professionnels aux engins et pêcheurs amateurs aux lignes. De même, la capture de la civelle au tamis fait s'affronter pêcheurs professionnels et amateurs aux engins. (D'après résumé d'auteur

Étude du devenir des composés organostanniques butylés et phénylés Au cours d'un dragage portuaireCas du Port d'Audenge

The legislation introduced in 1982, prohibiting the use of tributyltin (TBT)-containing paints on vessels under 25 meters lengths, did not totally eliminate this biocide, toxic to aquatic life, in marine environment. TBT, preferably absorbed on finest particles in mud and sediments, is a potential source of contamination during civil engineering works such as dredgings. The results of an analytical study, realised during the dredging of the port of Audenge, has pointed out that the sludge treatment process, including both air oxidation and light exposure, minimizes organotin contents of the water effluent.L'arrêté promulgué en 1982 interdisant l'utilisation du tributylétain (TBT) dans les peintures antisalissures pour les bateaux de moins de 25 mètres et les structures immergées n'a pas fait totalement disparaître du milieu marin ce biocide à haut risque pour le biotope. Durablement fixé aux vases et aux sédiments, il est susceptible d'être libéré dans l'eau au cours de travaux de génie civil, tels que les dragages. Les résultats d'une étude analytique effectuée au cours du dragage du port d’Audenge montrent que la technique employée, basée sur une oxydation et une exposition à la lumière des boues au moyen d'une série de bassins de décantation, permet de réaliser une décontamination efficace des rejets

Predicting hybrid value in bread wheat : biometric modelling based on a "top-cross" design

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G1-phase regulators, cyclin D1, cyclin D2, and cyclin D3 : Up-regulation at gastrulation and dynamic expression during neurulation

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Une étude sur la fiabilité de la sélection indirecte pour la valeur en panification française chez le blé tendre

International audiencePutting together information on French bread-baking drawn from 15 years of multi-local experimentation and results of various technological tests (protein content and grain hardness, Pelshenke test, Zeleny sedimentation test and Chopin alveograph), has made it possible to study the effects of genotype and environment on the traits tested as well as the relationships between them. With the exception of protein content and extensibility L of alveograph, genotype x environment interactions are weak for technological tests, whereas Cnerna bread-baking parameters are strongly influenced by these same interactions. There would appear to be a relatively close connection between the technological tests (except for protein content and extensibility L of alveograph). The technological tests are, however, at best quite weakly linked to bread-baking parameters, making indirect selection quite unreliable. Threshold values making it possible to eliminate only those genotypes showing little chance of high bread-baking quality are defined for the technological tests. In other respects, it seems that grain hardness has no influence on French bread-baking quality. Knowledge of hardness only seems interesting in helping interpret tests at constant hydration, such as Chopin alveograph, in which it introduces bias. (© 1999 Inra/Editions scientifiques et médicales Elsevier SAS.La récapitulation, sur 15 années d’expérimentations multilocales, de données relatives à la panification française et à différents tests technologiques (teneur en protéines et dureté du grain, test Pelshenke, test de sédimentation de Zeleny et alvéographe Chopin), nous a permis d’étudier les effets du génotype et du milieu sur ces caractères et les relations existant entre eux. A l’exception de la teneur en protéines et de l’extensibilité L de l’alvéographe, les tests technologiques sont peu soumis aux interactions « génotype x milieu », alors que les différents paramètres de la panification Cnerna sont, eux, fortement soumis à ces interactions. Les relations entre les tests technologiques (excepté pour la teneur en protéines et le L de l’alvéographe) apparaissent fortes. En revanche les tests technologiques ne sont, au mieux, qu’assez faiblement reliés aux paramètres de la panification, ce qui rend peu fiable la sélection indirecte. Des valeurs seuils permettant d’éliminer seulement les génotypes ayant peu de chance d’être de bonne valeur en panification, sont définies pour l’utilisation des tests technologiques en sélection indirecte. Par ailleurs, il apparaît que la dureté du grain n’intervient pas dans la valeur en panification française ; la connaissance de la dureté ne semble importante que pour mieux interpréter les résultats de tests à hydratation constante, comme l’alvéographe Chopin, dans lesquels elle introduit un biais. (© 1999 Éditions scientifiques et médicales Elsevier SAS