Comprehensive transcriptome of the maize stalk borer, Busseola fusca, from multiple tissue types, developmental stages, and parasitoid wasp exposures

International audienc

Supporting_data Morpho Spiroplasma

Supporting data for XX publication</p

Folate_Asgard_Raw_data_II.tar.xz

Raw dataset for the study of Asgard folate pathway evolution</p

Sup_Figure_Rhodnius_Wolbachia

Supplementary Figures</p

Phylogénie moléculaire des gènes viraux impliqués dans le métabolisme et la réplication de l'ADN

Un faisceau de preuves tend à démontrer que les virus sont des éléments génétiques très anciens, d'une origine probablement antérieure à la divergence des trois domaines du vivant. Cette longue histoire suggère fortement que les virus aient pu jouer un rôle important dans l'évolution de leurs hôtes. Cette hypothèse est particulièrement pertinente en ce qui concerne les gènes viraux ayant des homologues cellulaires et soulève la question de leur relation phylogénétique. Les génomes viraux codent pour diverses enzymes impliquées dans le métabolisme et la réplication de l'ADN. Les gènes correspondants sont très souvent phylogénétiquement éloignés de ceux de leurs hôtes; par contre, quand ils sont étroitement apparentés, souvent, l'explication la plus probable indique que le gène cellulaire est d'origine virale. La situation est particulièrement intéressante dans le cas des mitochondries, où au moins trois enzymes cellulaires auraient été remplacées par des contre parties virales. Ces propositions s'inscrivent dans la problématique plus générale de l'évolution et de l'origine des enzymes informationnelles. Nous montrons que les répartitions phylogénétiques de ces enzymes ne supportent pas l'hypothèse d'une double invention de l'ADN: une dans la lignée des Archéobactéries/Eucaryotes et une dans la lignée des Bactéries. Pour rendre compte de ces répartitions, il est plus vraisemblable d'imaginer de nombreux évènements de transferts horizontaux de gènes entre les trois domaines cellulaires du vivant, et entre cellule et virus, suivis, ou non, du remplacement non-homologue du gène initialement présent. Ces travaux posent aussi clairement l'importance de l'échantillonnage de séquences utilisé: une meilleure connaissance de la biodiversité des virus et des êtres cellulaires pourra sans aucun doute éclaircir les points encore en suspens à l'issue de ce travail.ORSAY-PARIS 11-BU Sciences (914712101) / SudocSudocFranceF

The Natural History of the Black Soldier Fly, Hermetia Illucens: Insights From Complete Mitochondrial Genome Sequences

Abstract BackgroundThe Black Soldier Fly (BSF) Hermetia illucens is a cosmopolitan fly heavily used by industrial companies to reduce biowaste and produce protein and fat for poultry and aquaculture feed. However, the natural history and the genetic diversity of the BSF are poorly known. ResultsIn this study, we analyzed 677 CO1 sequences derived from samples found all over the five continents, leading us to discover 52 haplotypes, including ten major haplotypes. We refined the definition of these haplotypes by sequencing 59 mitochondrial genomes. We could derive an estimate of the separation events of the different haplotypes at more than two million years for the oldest branches. This worldwide cryptic genetic and genomic diversity is mirrored at a local scale in France, in which we found five major haplotypes sometimes in sympatry.ConclusionsOur data resolve the phylogenetic relationships between the major lineages and give insights into the dispersal and the numbers of BSF neo-introduction at global and local scales. Our results indicate that commercial BSF stock's genetic and genomic diversity is very low. In addition, this broodstock participates in disseminating the BSF in the wild. Taken together, these results call for a better understanding of the genomic diversity of the BSF to unravel possible specific adaptations of the different lineages for industrial needs and to initiate the selection process.</jats:p

An alternative flavin-dependent mechanism for thymidylate synthesis

International audienceAlthough deoxythymidylate cannot be provided directly by ribonucleotide reductase, the gene encoding thymidylate synthase ThyA is absent from the genomes of a large number of nonsymbiotic microbes. We show that ThyX (Thy1) proteins of previously unknown function form a large and distinct class of thymidylate synthases. ThyX has a wide but sporadic phylogenetic distribution, almost exclusively limited to microbial genomes lacking thyA. ThyX and ThyA use different reductive mechanisms, because ThyX activity is dependent on reduced flavin nucleotides. Our findings reveal complexity in the evolution of thymidine in present-day DNA. Because ThyX proteins are found in many pathogenic microbes, they present a previously uncharacterized target for antimicrobial compounds

An Alternative Flavin-Dependent Mechanism for Thymidylate Synthesis

Although deoxythymidylate cannot be provided directly by ribonucleotide reductase, the gene encoding thymidylate synthase ThyA is absent from the genomes of a large number of nonsymbiotic microbes. We show that ThyX (Thy1) proteins of previously unknown function form a large and distinct class of thymidylate synthases. ThyX has a wide but sporadic phylogenetic distribution, almost exclusively limited to microbial genomes lacking thyA . ThyX and ThyA use different reductive mechanisms, because ThyX activity is dependent on reduced flavin nucleotides. Our findings reveal complexity in the evolution of thymidine in present-day DNA. Because ThyX proteins are found in many pathogenic microbes, they present a previously uncharacterized target for antimicrobial compounds. </jats:p