Automated sequence design of nucleic acid hybridization reactions for microRNA detection

[EN] microRNA (miRNA) can be found in a variety of biological samples and then they represent important molecular markers for early diagnostic strategies. This work (TFG) explores a novel approach based on nested non-enzymatic and enzymatic biochemical processes in vitro. In particular, an automated sequence design algorithm of nucleic acid hybridization reactions for microRNA detection is developed.[ES] Los microRNAs (miRNAs) pueden ser hallados en una gran variedad de muestras biológicas y suponen una fuente importante de marcadores moleculares para estrategias de diagnóstico tempranas. En este trabajo (TFG), se explora un abordaje novedoso basado en procesos bioquímicos anidados enzimáticos y no enzimáticos in vitro. Particularmente, se desarrolla un algoritmo de diseño de secuencias automatizado para reacciones de hibridación de ácidos nucleicos para la detección de microRNA.Goiriz Beltrán, L. (2019). Automated sequence design of nucleic acid hybridization reactions for microRNA detection. http://hdl.handle.net/10251/125058TFG

CRISPR-Mediated Strand Displacement Logic Circuits with Toehold-Free DNA

[EN] DNA nanotechnology, and DNA computing in particular, has grown extensively over the past decade to end with a variety of functional stable structures and dynamic circuits. However, the use as designer elements of regular DNA pieces, perfectly complementary double strands, has remained elusive. Here, we report the exploitation of CRISPR-Cas systems to engineer logic circuits based on isothermal strand displacement that perform with toehold-free double-stranded DNA. We designed and implemented molecular converters for signal detection and amplification, showing good interoperability between enzymatic and nonenzymatic processes. Overall, these results contribute to enlarge the repertoire of substrates and reactions (hardware) for DNA computing.We thank V. Aragones (IBMCP) for her technical assistance on PAGE. The work was supported by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness grants BFU2015-66894-P (to GR) and BIO2017-83184-R (to JAD) and by the Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities grant PGC2018-101410-B-I00 (to GR); grants cofinanced by the European Regional Development Fund.Montagud-Martínez, R.; Heras-Hernández, M.; Goiriz, L.; Rodrigo Tarrega, G.; Daròs, J. (2021). CRISPR-Mediated Strand Displacement Logic Circuits with Toehold-Free DNA. ACS Synthetic Biology. 10(5):950-956. https://doi.org/10.1021/acssynbio.0c0064995095610

Análisis de edentulismo parcial según la Clasificación de Kennedy en pacientes tratados en la Facultad de Odontología de la Universidad Nacional de Asunción

La prótesis parcial removible sigue constituyendo una alternativa en la rehabilitación oral, por su costo accesible y la facilidad de higiene que tienen los portadores; el presente estudio tuvo el objetivo de analizar la prevalencia de edentulismo parcial según la Clasificación de Kennedy en pacientes tratados en la Facultad de Odontología de la Universidad Nacional de Asunción durante el año 2021. La metodología empleada fue descriptiva, transversal y observacional. Se han revisado 123 expedientes clínicos de los cuales 73 cumplían con los criterios de inclusión. En los resultados se observó que el 36,99% correspondió al sexo masculino y un 63,01% al femenino; el 47,95% eran personas adultas jóvenes (de 25 a 40 años), el 26,03% personas en adultez tardía (de 51 a 60 años), el 19,18% personas en adultez intermedia (de 41 a 50 años) y el 6,85% personas ancianas (de 61 años y más). Sé ha encontrado que en el maxilar superior la Clase I de Kennedy se presenta con una frecuencia del 26,03%, la Clase II 10,96%, la Clase III en un 57,53% y la Clase IV en un 2,74%; en el maxilar inferior la Clase I se ha encontrado en una frecuencia de 34,25%, la Clase II en un 19,18%, la Clase III en un 43,84% y la clase IV en un 1,37%.  Sé concluye que la clase de Kennedy encontrada con mayor frecuencia fue la Clase III en ambos maxilares, se propone realizar el levantamiento de más datos de la población, a través de los años

Análisis de edentulismo parcial según la Clasificación de Kennedy en pacientes tratados en la Facultad de Odontología de la Universidad Nacional de Asunción

La prótesis parcial removible sigue constituyendo una alternativa en la rehabilitación oral, por su costo accesible y la facilidad de higiene que tienen los portadores; el presente estudio tuvo el objetivo de analizar la prevalencia de edentulismo parcial según la Clasificación de Kennedy en pacientes tratados en la Facultad de Odontología de la Universidad Nacional de Asunción durante el año 2021. La metodología empleada fue descriptiva, transversal y observacional. Se han revisado 123 expedientes clínicos de los cuales 73 cumplían con los criterios de inclusión. En los resultados se observó que el 36,99% correspondió al sexo masculino y un 63,01% al femenino; el 47,95% eran personas adultas jóvenes (de 25 a 40 años), el 26,03% personas en adultez tardía (de 51 a 60 años), el 19,18% personas en adultez intermedia (de 41 a 50 años) y el 6,85% personas ancianas (de 61 años y más). Sé ha encontrado que en el maxilar superior la Clase I de Kennedy se presenta con una frecuencia del 26,03%, la Clase II 10,96%, la Clase III en un 57,53% y la Clase IV en un 2,74%; en el maxilar inferior la Clase I se ha encontrado en una frecuencia de 34,25%, la Clase II en un 19,18%, la Clase III en un 43,84% y la clase IV en un 1,37%.  Sé concluye que la clase de Kennedy encontrada con mayor frecuencia fue la Clase III en ambos maxilares, se propone realizar el levantamiento de más datos de la población, a través de los años

A hypothetical correlation between hyaluronic acid gel and development of cutaneous metaplastic synovial cyst

Thousands of patients receive hyaluronic acid filler injections, and the effects are generally considered acceptable. The acid rarely causes cutaneous reactions, which are only occasionally reported in the literature

Non-equilibrium model approaches for genetic systems

[ES] El estudio metabólico de microorganismos brinda la oportunidad de comprender su funcionamiento para modificar su red metabólica y transformarlos en potenciales plataformas industriales. Los actuales modelos metabólicos no incluyen aspectos limitantes de la maquinaria celular, como límites máximos al volumen celular, número máximo de ribosomas o copias de ARN mensajero y, por eso, suelen sobreestimar la capacidad de producción de metabolitos del organismo incluso aunque haya suficientes recursos en el ambiente. Tl presente trabajo pretender abordar el problema mediante una metodología de optimización multiobjetivo mediante algoritmos diferenciales evolutivos de manera que se puedan incluir dichas restricciones de asignación de recursos celulares en el estudio de optimización metabólica. Para ello, se incorporarán nuevas restricciones no lineales en forma de funciones que reducirán el espacio de soluciones del sistema.[EN] The metabolic study of microorganisms provides the opportunity to understand their functioning, to modify their metabolic network, and to transform them into potential industrial platforms. Current metabolic models do not include limiting aspects of cellular machinery, such as maximum cell volume limits, the maximum number of ribosomes or copies of RNA messenger and, therefore, tend to overestimate the microorganism's metabolic production capacity even if there are sufficient resources in the environment. The present work intends to address the problem through a multiobjective optimization methodology through evolutionary differential algorithms so that these restrictions on the allocation of cellular resources can be included in the metabolic optimization study. For this, new non-linear restrictions will be incorporated in the form of functions that will reduce the space of system solutions.Goiriz Beltrán, L. (2020). Non-equilibrium model approaches for genetic systems. http://hdl.handle.net/10251/150995TFG

Atypical early follicular graft-vs-host disease

Follicular graft-vs-host disease (GVHD) was probably first reported in 1984.1 Clinically acute follicular GVHD was described as an eruption similar to a bacterial or fungal folliculitis following allogenic bone marrow transplantation (BMT).2 Cases of clinically acute and chronic follicular GVHD have been described.3-6 We report the unexpected finding of follicular lichenoid GVHD in a biopsy specimen from a nonspecific lesion that appeared on a patient on the 18th day after BMT. Report of a Case A 39-year-old woman with acute lymphocytic leukemia, L2type, Philadelphia chromosome positive, and common acute lymphoblastic leukemia antigen positive, in complete remission was treated with an HLA-matched allogenic BMT from her brother following conditioning with intravenous cyclophosphamide (60 mg/kg per day) on days 6 and 5 before BMT and total body irradiation from days 4 to 1 before BMT. Prophylactic treatment against GVHD included intravenous cyclosporin A (1.5 mg/kg every 12 hours) from . . . [Full text of this article

Nonequilibrium thermodynamics of the RNA-RNA interaction underlying a genetic transposition program

Thermodynamic descriptions are powerful tools to formally study complex gene expression programs evolved in living cells on the basis of macromolecular interactions. While transcriptional regulations are often modeled in the equilibrium, other interactions that occur in the cell follow a more complex pattern. Here, we adopt a nonequilibrium thermodynamic scheme to explain the RNA-RNA interaction underlying IS10 transposition. We determine the energy landscape associated with such an interaction at the base-pair resolution, and we present an original scaling law for expression prediction that depends on different free energies characterizing that landscape. Then, we show that massive experimental data of the IS10 RNA-controlled expression are better explained by this thermodynamic description in nonequilibrium. Overall, these results contribute to better comprehend the kinetics of post-transcriptional regulations and, more broadly, the functional consequences of processes out of the equilibrium in biology.Work was supported by Grant No. PGC2018-101410-BI00 (SYSY-RNA) from the Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities (cofinanced by the European Regional Development Fund). L.G. was supported by CSIC JAE Intro Fellowship No. JAEINT-20-00714.Peer reviewe