Toxic reagents and expensive equipment: are they really necessary for the extraction of good quality fungal DNA?

The aim of this work was to evaluate a fungal DNA extraction procedure with the lowest inputs in terms of time as well as of expensive and toxic chemicals, but able to consistently produce genomic DNA of good quality for PCR purposes. Two types of fungal biological material were tested - mycelium and conidia - combined with two protocols for DNA extraction using Sodium Dodecyl Sulphate [SDS] and Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide [CTAB] as extraction buffers and glass beads for mechanical disruption of cell walls. Our results showed that conidia and SDS buffer was the combination that lead to the best DNA quality and yield, with the lowest variation between samples. This study clearly demonstrates that it is possible to obtain high yield and pure DNA from pigmented conidia without the use of strong cell disrupting procedures and of toxic reagents.This work was supported by the Foundation for Science and Technology (FCT, Portugal) and the European Social Fund through the grant SFRH/BD/28332/2006; by Fundação para a Ciência e a Tecnologia and the Polytechnic Institute of Braganc a through the grant SFRH/PROTEC/49555/2009; and by the European Community’s Seventh Framework Program (FP7,2007/2013), Research Infrastructures Action, Under Grant Agreement Fp7 228310 (Embarc Project). The authors are also grateful to the Foundation for Science and Technology (FCT, Portugal) and FEDER under Programme PT2020 for financial support to CIMO (UID/AGR/00690/2013).info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Optimised chronic infection models demonstrate that siderophore ‘cheating’ in Pseudomonas aeruginosa is context specific

The potential for siderophore mutants of Pseudomonas aeruginosa to attenuate virulence during infection, and the possibility of exploiting this for clinical ends, have attracted much discussion. This has largely been based on the results of in vitro experiments conducted in iron-limited growth medium, in which siderophore mutants act as social ‘cheats:’ increasing in frequency at the expense of the wild type to result in low-productivity, low-virulence populations dominated by mutants. We show that insights from in vitro experiments cannot necessarily be transferred to infection contexts. First, most published experiments use an undefined siderophore mutant. Whole-genome sequencing of this strain revealed a range of mutations affecting phenotypes other than siderophore production. Second, iron-limited medium provides a very different environment from that encountered in chronic infections. We conducted cheating assays using defined siderophore deletion mutants, in conditions designed to model infected fluids and tissue in cystic fibrosis lung infection and non-healing wounds. Depending on the environment, siderophore loss led to cheating, simple fitness defects, or no fitness effect at all. Our results show that it is crucial to develop defined in vitro models in order to predict whether siderophores are social, cheatable and suitable for clinical exploitation in specific infection contexts

Frictional three-point bending test: disentangling the role of friction through real and numerical experiments

International audienc

Comparative genomics of Pseudomonas fluorescens subclade III strains from human lungs

Abstract Background While the taxonomy and genomics of environmental strains from the P. fluorescens species-complex has been reported, little is known about P. fluorescens strains from clinical samples. In this report, we provide the first genomic analysis of P. fluorescens strains in which human vs. environmental isolates are compared. Results Seven P. fluorescens strains were isolated from respiratory samples from cystic fibrosis (CF) patients. The clinical strains could grow at a higher temperature (>34 °C) than has been reported for environmental strains. Draft genomes were generated for all of the clinical strains, and multi-locus sequence analysis placed them within subclade III of the P. fluorescens species-complex. All strains encoded type- II, −III, −IV, and -VI secretion systems, as well as the widespread colonization island (WCI). This is the first description of a WCI in P. fluorescens strains. All strains also encoded a complete I2/PfiT locus and showed evidence of horizontal gene transfer. The clinical strains were found to differ from the environmental strains in the number of genes involved in metal resistance, which may be a possible adaptation to chronic antibiotic exposure in the CF lung. Conclusions This is the largest comparative genomics analysis of P. fluorescens subclade III strains to date and includes the first clinical isolates. At a global level, the clinical P. fluorescens subclade III strains were largely indistinguishable from environmental P. fluorescens subclade III strains, supporting the idea that identifying strains as ‘environmental’ vs ‘clinical’ is not a phenotypic trait. Rather, strains within P. fluorescens subclade III will colonize and persist in any niche that provides the requirements necessary for growth.http://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/116129/1/12864_2015_Article_2261.pd

Elogio desmedido de Dámaso Alonso

Repression of competition (RC) within social groups has been suggested as a key mechanism driving the evolution of cooperation, because it aligns the individual's proximate interest with the interest of the group. Despite its enormous potential for explaining cooperation across all levels of biological organization, ranging from fair meiosis, to policing in insect societies, to sanctions in mutualistic interactions between species, there has been no direct experimental test of whether RC favours the spread of cooperators in a well-mixed population with cheats. To address this, we carried out an experimental evolution study to test the effect of RC upon a cooperative trait - the production of iron-scavenging siderophore molecules - in the bacterium Pseudomonas aeruginosa. We found that cooperation was favoured when competition between siderophore producers and nonsiderophore-producing cheats was repressed, but not in a treatment where competition between the two strains was permitted. We further show that RC altered the cost of cooperation, but did not affect the relatedness among interacting individuals. This confirms that RC per se, as opposed to increased relatedness, has driven the observed increase in bacterial cooperation

Metabolisme du fer chez Pseudomonas aeruginosa : approche physiologique, biochimique et genetique du systeme pyoverdine

SIGLECNRS T Bordereau / INIST-CNRS - Institut de l'Information Scientifique et TechniqueFRFranc

Détection de contact de haut degré et modèle mixte de tige pour la simulation numérique prédictive d'assemblées de fibres emmêlées

This thesis focuses on the study of elastic fibre assemblies through numerical simulations. Generally, the focus is put on the quality of the geometry of the structures rather than the produced forces. Indeed, while the state of the art offers impressive visual simulations of fibre assemblies, especially in the computer graphic community, the study of the forces at play, in contact for example, remains sparse, even at the experimental level, where the research focuses mostly on isotropic granular medium rather than fibrous medium. The study of the forces is however important in many domains, haptic feedback or sound generation to name a few. The objective of this thesis is therefore to provide robust and predictive fibres assemblies simulation tools both in terms of geometry and forces.We start with an overview of the state of the art in elastic fibre modelling and the combination with frictional contact. This introduction concludes by underlining the issues caused by a low order contact detection method – that is a method relying on segments primitive – on the forces computed during a simulation.This motivates a first numerical contribution, the development of high order contact detection methods – that is methods relying on C2 curves primitives – in two and three dimensions, adapted to high order rod model. We show their comparative efficiency to low order methods. A second factor then proves limiting, the cubic complexity to update the dynamic of the rod. The second numerical contribution is a new development, more general, robust and optimised in two dimensions of a curvature based discretisation of a rod model. This is called a mixed model because it uses both position and curvature as degrees of freedom. For the generalisation to the third dimension, we present a general method, based on the results in the two dimension case as well as the specific issues that arise with the extra dimension. While some ways to address the issues are proposed, the global model remains a work in progress.In a second time, we present different contributions in the domain of physics. We start by calibrating and validating the simulator on simple experiments, which underline the effect of friction in a controlled manner. This allows to study tangled fibre assemblies ranging from a dozen to thousands of elements in contact. We study the absorption and dissipation properties of a meta material with random structure in two dimensions. We show that despite the lack of a regular structure, it is possible to control the dissipative properties of the material as a function of the properties of its constitutive elements. We conclude with an application in three dimensions, the combing of curly hair. Despite being a preliminary study, it illustrates the contributions brought in by this work.Cette thèse porte sur la modélisation numérique d’assemblées de fibres élastiques. En général, l’accent est mis sur la qualité de la géométrie des structures plutôt que celle des forces produites. En effet, si l’état de l’art offre des résultats impressionnants pour la simulation visuelle d’assemblées de fibres, particulièrement dans le domaine de l’informatique graphique, il y a peu d’études des forces en jeu, notamment des forces de contact, même au niveau expérimental, où la recherche s’est concentrée sur les milieux granulaires isotropes plutôt que sur les milieux fibreux. Pourtant, l’étude des forces est importante dans plusieurs domaines, le retour haptique, ou la génération de son pour en citer quelques uns. L’objectif de cette thèse est donc de fournir des outils robustes et prédictifs pour la simulation de milieux fibreux en géométrie et en forces.Nous commençons par un tour de l’état de l’art sur la modélisation de tiges élastiques et de leur combinaison avec du contact frottant. Cette introduction se conclut par la mise en avant des problèmes causés par une méthode de détection de contact de bas degré – c’est-à-dire utilisant des primitives en lignes brisées – sur les forces calculées durant la simulation.Cela motive une première contribution numérique, la mise au point de méthodes de détection de contact de haut degré – c’est-à-dire utilisant pour primitives des courbes C 2 – en deux et trois dimensions, adaptées à des modèles de tiges de haut degré. Nous montrons leur efficacité en temps comparable à des méthodes de bas degré. Un second facteur se révèle ensuite limitant, la complexité cubique de mise à jour du modèle de tige utilisé. La seconde contribution numérique est donc la mise au point d’un modèle de tige plus général, robuste et optimisé en deux dimensions dont la discrétisation se fait en courbure. Nous l’appelons un modèle mixte car il utilise des degrés de liberté en position et en courbure. Pour la généralisation à la troisième dimension, nous présentons la méthode générale fondée sur les résultats obtenus en deux dimensions, ainsi que les problèmes spécifiques que cette dimension supplémentaire soulèvent. Si des propositions pour résoudre ces problèmes sont faites, le résultat d’ensemble reste un projet en cours.Ensuite nous proposons différentes contributions dans le domaine de la physique. Nous commençons par calibrer et valider le simulateur sur des expériences simples qui mettent en jeu les effets du frottement de façon contrôlée. Nous nous concentrons enfin sur l’étude d’assemblées de fibres emmêlées allant de la dizaine aux milliers d’éléments en contact. Nous étudions les propriétés d’absorption et de dissipation d’un méta matériau à structure aléatoire en deux dimensions, qui montre que malgré l’absence de régularité dans la structure, il est possible de contrôler l’écrasement et la dissipation du matériau en fonction des caractéristiques de ses éléments constitutifs. Nous ouvrons enfin sur une application en trois dimensions avec le peignage de cheveux bouclées. Bien que préliminaire, cette étude permet de souligner les apports des contributions numériques de ce travail

Détection de contact de haut degré et modèle mixte de tige pour la simulation numérique prédictive d'assemblées de fibres emmêlées

This thesis focuses on the study of elastic fibre assemblies through numerical simulations. Generally, the focus is put on the quality of the geometry of the structures rather than the produced forces. Indeed, while the state of the art offers impressive visual simulations of fibre assemblies, especially in the computer graphic community, the study of the forces at play, in contact for example, remains sparse, even at the experimental level, where the research focuses mostly on isotropic granular medium rather than fibrous medium. The study of the forces is however important in many domains, haptic feedback or sound generation to name a few. The objective of this thesis is therefore to provide robust and predictive fibres assemblies simulation tools both in terms of geometry and forces.We start with an overview of the state of the art in elastic fibre modelling and the combination with frictional contact. This introduction concludes by underlining the issues caused by a low order contact detection method – that is a method relying on segments primitive – on the forces computed during a simulation.This motivates a first numerical contribution, the development of high order contact detection methods – that is methods relying on C2 curves primitives – in two and three dimensions, adapted to high order rod model. We show their comparative efficiency to low order methods. A second factor then proves limiting, the cubic complexity to update the dynamic of the rod. The second numerical contribution is a new development, more general, robust and optimised in two dimensions of a curvature based discretisation of a rod model. This is called a mixed model because it uses both position and curvature as degrees of freedom. For the generalisation to the third dimension, we present a general method, based on the results in the two dimension case as well as the specific issues that arise with the extra dimension. While some ways to address the issues are proposed, the global model remains a work in progress.In a second time, we present different contributions in the domain of physics. We start by calibrating and validating the simulator on simple experiments, which underline the effect of friction in a controlled manner. This allows to study tangled fibre assemblies ranging from a dozen to thousands of elements in contact. We study the absorption and dissipation properties of a meta material with random structure in two dimensions. We show that despite the lack of a regular structure, it is possible to control the dissipative properties of the material as a function of the properties of its constitutive elements. We conclude with an application in three dimensions, the combing of curly hair. Despite being a preliminary study, it illustrates the contributions brought in by this work.Cette thèse porte sur la modélisation numérique d’assemblées de fibres élastiques. En général, l’accent est mis sur la qualité de la géométrie des structures plutôt que celle des forces produites. En effet, si l’état de l’art offre des résultats impressionnants pour la simulation visuelle d’assemblées de fibres, particulièrement dans le domaine de l’informatique graphique, il y a peu d’études des forces en jeu, notamment des forces de contact, même au niveau expérimental, où la recherche s’est concentrée sur les milieux granulaires isotropes plutôt que sur les milieux fibreux. Pourtant, l’étude des forces est importante dans plusieurs domaines, le retour haptique, ou la génération de son pour en citer quelques uns. L’objectif de cette thèse est donc de fournir des outils robustes et prédictifs pour la simulation de milieux fibreux en géométrie et en forces.Nous commençons par un tour de l’état de l’art sur la modélisation de tiges élastiques et de leur combinaison avec du contact frottant. Cette introduction se conclut par la mise en avant des problèmes causés par une méthode de détection de contact de bas degré – c’est-à-dire utilisant des primitives en lignes brisées – sur les forces calculées durant la simulation.Cela motive une première contribution numérique, la mise au point de méthodes de détection de contact de haut degré – c’est-à-dire utilisant pour primitives des courbes C 2 – en deux et trois dimensions, adaptées à des modèles de tiges de haut degré. Nous montrons leur efficacité en temps comparable à des méthodes de bas degré. Un second facteur se révèle ensuite limitant, la complexité cubique de mise à jour du modèle de tige utilisé. La seconde contribution numérique est donc la mise au point d’un modèle de tige plus général, robuste et optimisé en deux dimensions dont la discrétisation se fait en courbure. Nous l’appelons un modèle mixte car il utilise des degrés de liberté en position et en courbure. Pour la généralisation à la troisième dimension, nous présentons la méthode générale fondée sur les résultats obtenus en deux dimensions, ainsi que les problèmes spécifiques que cette dimension supplémentaire soulèvent. Si des propositions pour résoudre ces problèmes sont faites, le résultat d’ensemble reste un projet en cours.Ensuite nous proposons différentes contributions dans le domaine de la physique. Nous commençons par calibrer et valider le simulateur sur des expériences simples qui mettent en jeu les effets du frottement de façon contrôlée. Nous nous concentrons enfin sur l’étude d’assemblées de fibres emmêlées allant de la dizaine aux milliers d’éléments en contact. Nous étudions les propriétés d’absorption et de dissipation d’un méta matériau à structure aléatoire en deux dimensions, qui montre que malgré l’absence de régularité dans la structure, il est possible de contrôler l’écrasement et la dissipation du matériau en fonction des caractéristiques de ses éléments constitutifs. Nous ouvrons enfin sur une application en trois dimensions avec le peignage de cheveux bouclées. Bien que préliminaire, cette étude permet de souligner les apports des contributions numériques de ce travail

Détection de contact de haut degré et modèle mixte de tige pour la simulation numérique prédictive d'assemblées de fibres emmêlées

This thesis focuses on the study of elastic fibre assemblies through numerical simulations. Generally, the focus is put on the quality of the geometry of the structures rather than the produced forces. Indeed, while the state of the art offers impressive visual simulations of fibre assemblies, especially in the computer graphic community, the study of the forces at play, in contact for example, remains sparse, even at the experimental level, where the research focuses mostly on isotropic granular medium rather than fibrous medium. The study of the forces is however important in many domains, haptic feedback or sound generation to name a few. The objective of this thesis is therefore to provide robust and predictive fibres assemblies simulation tools both in terms of geometry and forces.We start with an overview of the state of the art in elastic fibre modelling and the combination with frictional contact. This introduction concludes by underlining the issues caused by a low order contact detection method – that is a method relying on segments primitive – on the forces computed during a simulation.This motivates a first numerical contribution, the development of high order contact detection methods – that is methods relying on C2 curves primitives – in two and three dimensions, adapted to high order rod model. We show their comparative efficiency to low order methods. A second factor then proves limiting, the cubic complexity to update the dynamic of the rod. The second numerical contribution is a new development, more general, robust and optimised in two dimensions of a curvature based discretisation of a rod model. This is called a mixed model because it uses both position and curvature as degrees of freedom. For the generalisation to the third dimension, we present a general method, based on the results in the two dimension case as well as the specific issues that arise with the extra dimension. While some ways to address the issues are proposed, the global model remains a work in progress.In a second time, we present different contributions in the domain of physics. We start by calibrating and validating the simulator on simple experiments, which underline the effect of friction in a controlled manner. This allows to study tangled fibre assemblies ranging from a dozen to thousands of elements in contact. We study the absorption and dissipation properties of a meta material with random structure in two dimensions. We show that despite the lack of a regular structure, it is possible to control the dissipative properties of the material as a function of the properties of its constitutive elements. We conclude with an application in three dimensions, the combing of curly hair. Despite being a preliminary study, it illustrates the contributions brought in by this work.Cette thèse porte sur la modélisation numérique d’assemblées de fibres élastiques. En général, l’accent est mis sur la qualité de la géométrie des structures plutôt que celle des forces produites. En effet, si l’état de l’art offre des résultats impressionnants pour la simulation visuelle d’assemblées de fibres, particulièrement dans le domaine de l’informatique graphique, il y a peu d’études des forces en jeu, notamment des forces de contact, même au niveau expérimental, où la recherche s’est concentrée sur les milieux granulaires isotropes plutôt que sur les milieux fibreux. Pourtant, l’étude des forces est importante dans plusieurs domaines, le retour haptique, ou la génération de son pour en citer quelques uns. L’objectif de cette thèse est donc de fournir des outils robustes et prédictifs pour la simulation de milieux fibreux en géométrie et en forces.Nous commençons par un tour de l’état de l’art sur la modélisation de tiges élastiques et de leur combinaison avec du contact frottant. Cette introduction se conclut par la mise en avant des problèmes causés par une méthode de détection de contact de bas degré – c’est-à-dire utilisant des primitives en lignes brisées – sur les forces calculées durant la simulation.Cela motive une première contribution numérique, la mise au point de méthodes de détection de contact de haut degré – c’est-à-dire utilisant pour primitives des courbes C 2 – en deux et trois dimensions, adaptées à des modèles de tiges de haut degré. Nous montrons leur efficacité en temps comparable à des méthodes de bas degré. Un second facteur se révèle ensuite limitant, la complexité cubique de mise à jour du modèle de tige utilisé. La seconde contribution numérique est donc la mise au point d’un modèle de tige plus général, robuste et optimisé en deux dimensions dont la discrétisation se fait en courbure. Nous l’appelons un modèle mixte car il utilise des degrés de liberté en position et en courbure. Pour la généralisation à la troisième dimension, nous présentons la méthode générale fondée sur les résultats obtenus en deux dimensions, ainsi que les problèmes spécifiques que cette dimension supplémentaire soulèvent. Si des propositions pour résoudre ces problèmes sont faites, le résultat d’ensemble reste un projet en cours.Ensuite nous proposons différentes contributions dans le domaine de la physique. Nous commençons par calibrer et valider le simulateur sur des expériences simples qui mettent en jeu les effets du frottement de façon contrôlée. Nous nous concentrons enfin sur l’étude d’assemblées de fibres emmêlées allant de la dizaine aux milliers d’éléments en contact. Nous étudions les propriétés d’absorption et de dissipation d’un méta matériau à structure aléatoire en deux dimensions, qui montre que malgré l’absence de régularité dans la structure, il est possible de contrôler l’écrasement et la dissipation du matériau en fonction des caractéristiques de ses éléments constitutifs. Nous ouvrons enfin sur une application en trois dimensions avec le peignage de cheveux bouclées. Bien que préliminaire, cette étude permet de souligner les apports des contributions numériques de ce travail