Mycobacterial infections of fowl

Η σημασία των μυκοβακτηριακών λοιμώξεων των πτηνών συστηματικής εκμετάλλευσης μπορεί σήμερα να είναι μειωμένη λόγω της ευρείας εφαρμογής συγχρόνων μεθόδων εκτροφής, η μελέτη τους όμως συνεχίζει να είναι επίκαιρη αναφορικά με την προστασία της υγείας των πτηνών, των ζώων και του ανθρώπου. Στις μυκοβακτηριακές λοιμώξεις των πτηνών εμπλέκονται κυρίως μέλη του Mycobacterium avium complex (MAC), τοοποίο διακρίνεται σε 28 ορότυπους που ανά ομάδες συνιστούν είδη:οι ορότυποι 1 έως 6, 8 έως 11 και ο ορότυπος 21 αποτελούν το είδος Μ. avium subsp. avium (ΜΑ), οι ορότυποι 4 και 8 αναφέρονταικαι ως Μ. avium subsp. hominisuis, ενώ οι ορότυποι 7,12 έως 20 και 22 έως 28 συνιστούν το Mycobacterium intracellulare. Από τα μυκοβακτήρια που συνιστούν το MAC, εκείνα που προκαλούν γενικευμένη φυματίωση στις όρνιθες είναι μόνοοι ορότυποι 1 έως 3 του ΜΑ. Λοίμωξη από τους υπόλοιπους ορότυπους του ΜΑ και από το Μ. intracellulare προκαλεί, συνήθως, μόνο εστιακές φυματιώδεις αλλοιώσεις. Στα παραπάνω έχει προστεθεί τελευταία και ένα ακόμη είδος, το Mycobacterium genavense, που αναγνωρίζεται ως παθογόνο για τα πτηνά. Περιστατικά μυκοβακτηριακών λοιμώξεων στα πτηνά έχουν καταγραφεί παγκοσμίως. Η εισαγωγή του νοσήματος σε μια εκτροφή γίνεται κυρίως με την αγορά μολυσμένων πτηνών που αποβάλλουν τα μυκοβακτήρια με τα κόπρανα τους. Η είσοδος του μικροβίου στον οργανισμό γίνεται στις περισσότερες περιπτώσεις μέσω της στοματικής, και σπανιότερα, μέσω της άνω αναπνευστικής οδού. Η φυματίωση των πτηνών σε μία εκτροφή εκδηλώνεται συνήθως με σποραδικά κρούσματα αιφνίδιων θανάτων, απώλεια βάρους και μείωση της ωοπαραγωγής. Τα κλινικά συμπτώματα μπορεί επίσης να προέρχονται από την προσβολή του εντέρου, των οστών, των πνευμόνων ή του δέρματος. Τα νεκροτομικά ευρήματα είναι παθογνωμονικά μόνο εφόσον ανευρεθουν φυμάτια στα παρεγχυματικά όργανα και κυρίως στο μυελό των οστών. Για την εργαστηριακή διάγνωση των μυκοβακτηριακών λοιμώξεων των πτηνών χρησιμοποιούνται ορολογικές εξετάσεις, η μικροσκοπική εξέταση επιχρισμάτων κοπράνων και η απομόνωση του μυκοβακτηρίου με καλλιέργεια από παθολογικά υλικά, που αποτελεί και σήμερα τη μέθοδο αναφοράς. Τα τελευταία χρόνια εφαρμόζονται και κάποιες μέθοδοι που βασίζονται σε τεχνικές της Μοριακής Βιολογίας, από τις οποίες πιο ευρέως διαδεδομένη είναι η αλυσιδωτή αντίδραση της πολυμεράσης (ΑΑΠ). Η καλλιέργεια παθολογικών υλικών γιατην απομόνωση μυκοβακχηρίων ξεκινά με την απομόλυνση (decontamination) του δείγματος από άλλα συνυπάρχοντα βακτήρια, των οποίων η ανάπτυξη δεν θα επέτρεπε την ανάδειξη της παρουσίας των μυκοβακχηρίων. Στη συνέχεια ακολουθεί ενοφθαλμισμός σε ειδικά θρεπτικά υποστρώματα που για το MAC είναι συνήθως το Lowenstein-Jensen και το Middlebrook 7Η11. Η επώαση γίνεται σε ατμόσφαιρα 5-10% διοξειδίου του άνθρακα για τουλάχιστον 4-6 εβδομάδες. Η ταυτοποίηση των αποικιών που αναπτύσσονται γίνεται με ειδικές βιοχημικές δοκιμές ή με την ΑΑΠ που μειώνει κατά πολύ το χρόνο που απαιτείται για την τελική γνωμάτευση. Οι γενωμικές περιοχές, που χρησιμοποιούνται συνήθως γιατην ανίχνευση και ταυτοποίηση του MAC με ΑΑΠ, είναι οι ακόλουθες: 16SrRNA, hsp65, IS1245 και η IS901. Ειδικά για το Μgenavense, που είναι από γενετικής απόψεως πολύ συγγενές με το ΜΑ, εφαρμόζεται ΑΑΠ για την ενίσχυση μίας επιλεγμένης περιοχής του γονιδίου της πρωτείνης θερμικού shock 65kDa και στη συνέχεια η πέψη του προϊόντος ενίσχυσης με το ένζυμο περιορισμού SaR.The significance of mycobacterial infections of birds may have been decreased considerably by the broad application of modern farming practices, but their study continues to be important with reference to fowl, animal and public health protection. Mycobacterial infections of birds are mainly caused by members of the Mycobacterium avium complex (MAC). This is divided into 28 serotypes that are grouped into species: serotypes 1 to 6, 8 to 11 and serotype 21 consist the M. avium subsp. avium (MA), serotypes 4 and 8 are also referred to as M. avium subsp. hominisuis, whereas serotypes 7, 12 to 20 and 22 to 28 consist the Mycobacterium intracellulare. Serotypes 1 to 3 of MA are the only ones that cause systemic tuberculosis in chickens. M. intracellulare and the rest of the serotypes that consist MA usually cause only focal tuberculous lesions. Recendy, another member of the Mycobacterium species, namely Mycobacterium genavense, has been added to those that can infect fowl. Cases of fowl mycobacteriosis have been reported from practically every place on earth. The disease usually enters a farm by carrier animals that excrete mycobacteria in their feces. The bacteria usually gain entrance into the host through the oral route and rarely through the upper respiratory tract. Sporadic incidences of sudden death, loss of weight and drop of egg production consist evidence of fowl mycobacteriosis in a farm. Clinical symptoms can also result from infection of the intestine, bones, lung or the skin. Tuberculous lesions located in the viscera and more significandy the bone marrow, when revealed during post-mortem examination, consist pathognomonic findings. The diagnostic investigation of mycobacterial infections in the laboratory usually relies on serology, the microscopic examination of fecal smears and culture that continues to consist the method of reference. These are nowadays implemented by specific Molecular Biology methods, the most broadly applied of which is the polymerase chain reaction (PCR). Cultivation of clinical material for the isolation of mycobacteria begins with the decontamination of the sample that aims to neutralize the bacteria that would over grow mycobacteria. The product is then inoculated onto selective media. Those that are commonly incorporated to the cultivation of MAC are Lowenstein-Jensen and Middlebrook 7H11. Incubation is performed in 5-10% carbon dioxide atmosphere for no less than 4-6 weeks. Identification of colonies relies on biochemical tests or PCR that can decrease substantially the time required for a definite result. Identification of MAC by PCR is usually performed by targeting the following genomic regions: 16S rRNA, hsp65, IS 1245 and IS901. For M. genavense, that is genetically very closely related to MA, PCR is usually incorporated for the amplification of a region within the gene that codes 65kDa heat shock protein, proceeded by the digestion of the amplification product with the restriction endonuclease, SaR

Molecular diagnostic investigation of brucellosis in a caprine organic farm

H βρουκέλλωση των αιγοπροβάτων είναι ένα νόσημα ευρέως διαδεδομένο στις παραμεσόγειες χώρες. Το νόσημα είναι ιδιαίτερα σημαντικό για την προστασία της Δημόσιας Υγείας δεδομένου ότι μεταδίδεται στον άνθρωπο προκαλώντας σοβαρή νόσο. Τον Απρίλιο του 2005 έγινε η διερεύνηση της παρουσίας του νοσήματος ειδικά μεταξύ των αρσενικών ζώων μίας πιστοποιημένης βιολογικής εκτροφής αιγών στο νομό Ηλείας. Τα κοπάδι αριθμούσε 250 θηλυκά και 13 αρσενικά ζώα και παρουσίαζε σποραδικά περιστατικά αποβολών που εκδηλώνονταν συνήθως κατά το τελευταίο τρίτο της κυοφορίας. Τα ζώα κατά τη διάρκεια της δειγματοληψίας ήταν κλινικά υγιή, ενώ δεν ήταν δυνατό βάσει του ιστορικού να προσδιοριστεί με ακρίβεια εάν είχαν παρουσιάσει στο παρελθόν συμπτώματα προσβολής των όρχεων ή της επιδιδυμίδας.Η εργαστηριακή διαγνωστική διερεύνηση για τα συγκεκριμένα ζώα αποφασίστηκε να γίνει με την εφαρμογή της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης (Polymerase Chain Reaction - PCR) για την ανίχνευση DNA της Brucella melitensis σε δείγματα αίματος. Δυο από τα 13 δείγματα αίματος που συλλέχθηκαν από το κοπάδι αιγών αντέδρασαν θετικά με την PCR επιτρέποντας την ενίσχυσητ ου ειδικού για την Brucella melitensis τεμαχίου DNA μεγέθους 844 ζευγών βάσεων. Στην παρούσα μελέτη, η PCR επέτρεψετην ανίχνευση δυο ζώων που αν και κλινικά υγιή ήταν φορείς Brucella με μικροβιακό φορτίο αρκετά υψηλό ώστε να γίνει ταυτοποίηση του βακτηρίου με μία μόνο δειγματοληψία αίματος. Το εύρημα αυτό φαίνεται να συμφωνεί με την αντίληψη ότι δεξαμενή της βρουκέλλωσης στην Ελλάδα είναι οι αίγες που νοσούν πιο ελαφρά από τα πρόβατα και συντηρούν τη λοίμωξη για μακρόχρονικό διάστημα. Το ένα από τα θετικά δείγματα που ανιχνεύθηκαν ταυτοποιήθηκε με χαρτογράφηση ως Brucella suis, κάτι που αναφέρεται για πρώτη φορά σε σχέση με τις αίγες. Το εύρημα αυτό και η ευπάθεια του ανθρώπου στην Brucella suis καθιστούν την έκθεση του στο συγκεκριμένο παθογόνο μέσω των αιγών έναν επιδημιολογικό παράγοντα που αξίζει πιθανώς να μελετηθεί ενδελεχώς. Η αναγκαιότητα γι' αυτό καταδεικνύεται και από το γεγονός ότι η κατανάλωση αιγοπρόβειων γαλακτοκομικών προϊόντων στην Ελλάδα γίνεται σε ορισμένες περιπτώσεις χωρίς να έχει προηγηθεί ή απαραίτητη θερμική τους επεξεργασία, κάτι που δεν ισχύει γιατην κατανάλωση χοίρειου κρέατος.Brucellosis of sheep and goats is widely spread in the Mediterranean basin. The disease is of considerable significance with connection to Public Health protection since it can be transmitted to humans causing serious disease. In April 2005 we investigated whether brucellosis was present among the male animals of a caprine organic herd in Nomos Hleias, Greece. The herd consisted of 250 female and 13 male animals and had a record of sporadic abortions usually taking place at the final third of gestation. During sample collection all the animals were found clinically healthy, although it was not possible to determine from the records of the farm if there was any previous incidence of orchitis or epididymitis in the animals under study. The laboratory diagnostic investigation consisted of a polymerase chain reaction (PCR) assay applied for the detection of DNA belonging to Brucella melitensis in blood samples. Two of the 13 samples that were tested reacted positive by PCR allowing the amplification of the 844 base pair DNA fragment specific for Brucella melitensis. In this study, PCR allowed detection of two animals that although they were clinically healthy, they carried enough Brucella in their blood to allow microbial identification with only a single blood collection. This finding seems to agree with the concept that goats consist the reservoir of brucellosis in Greece developing milder disease than sheep and sustaining the infection for longer periods of time. One of the positive samples that were recorded was identified by sequencing as Brucella suis, something that is reported for the first time with connection to goats. This finding and the sensitivity of man to B. suis renders human exposure to this pathogen through goats, an epidemiology factor worth of detailed investigation. This necessity is associated with the fact that as opposed to porcine meat, sheep and goat dairy products in Greece are sometimes consumed without the necessary heat treatment

A FAIR based approach to data sharing in Europe

The European fusion research activities have, over recent decades, generated a vast and varied set of data. The volume and diversity of the data that need to be catalogued and annotated make the task of organising and making the data available within a broader environment very challenging. Nevertheless, there are strong scientific drivers as well as incentives and mandates from national research agencies suggesting that a more coherent approach to data referencing, dissemination and sharing would provide strong benefits to the fusion research community and beyond. Here, we discuss the technical requirements and developments needed to transition the current, and future, range of fusion research data to an open and Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable data sharing structure guided by the principle \u27as open as possible, as closed as necessary\u27. Here we propose a set of recommendations and technical implementations needed to form a European data sharing environment for the fusion research programmes. Consistency with the emerging IMAS (ITER Integrated Modelling and Analysis Suite) infrastructure is considered to facilitate future deployments

Mycobacterial infections of fowl

Η σημασία των μυκοβακτηριακών λοιμώξεων των πτηνών συστηματικής εκμετάλλευσης μπορεί σήμερα να είναι μειωμένη λόγω της ευρείας εφαρμογής συγχρόνων μεθόδων εκτροφής, η μελέτη τους όμως συνεχίζει να είναι επίκαιρη αναφορικά με την προστασία της υγείας των πτηνών, των ζώων και του ανθρώπου. Στις μυκοβακτηριακές λοιμώξεις των πτηνών εμπλέκονται κυρίως μέλη του Mycobacterium avium complex (MAC), τοοποίο διακρίνεται σε 28 ορότυπους που ανά ομάδες συνιστούν είδη:οι ορότυποι 1 έως 6, 8 έως 11 και ο ορότυπος 21 αποτελούν το είδος Μ. avium subsp. avium (ΜΑ), οι ορότυποι 4 και 8 αναφέρονταικαι ως Μ. avium subsp. hominisuis, ενώ οι ορότυποι 7,12 έως 20 και 22 έως 28 συνιστούν το Mycobacterium intracellulare. Από τα μυκοβακτήρια που συνιστούν το MAC, εκείνα που προκαλούν γενικευμένη φυματίωση στις όρνιθες είναι μόνοοι ορότυποι 1 έως 3 του ΜΑ. Λοίμωξη από τους υπόλοιπους ορότυπους του ΜΑ και από το Μ. intracellulare προκαλεί, συνήθως, μόνο εστιακές φυματιώδεις αλλοιώσεις. Στα παραπάνω έχει προστεθεί τελευταία και ένα ακόμη είδος, το Mycobacterium genavense, που αναγνωρίζεται ως παθογόνο για τα πτηνά. Περιστατικά μυκοβακτηριακών λοιμώξεων στα πτηνά έχουν καταγραφεί παγκοσμίως. Η εισαγωγή του νοσήματος σε μια εκτροφή γίνεται κυρίως με την αγορά μολυσμένων πτηνών που αποβάλλουν τα μυκοβακτήρια με τα κόπρανα τους. Η είσοδος του μικροβίου στον οργανισμό γίνεται στις περισσότερες περιπτώσεις μέσω της στοματικής, και σπανιότερα, μέσω της άνω αναπνευστικής οδού. Η φυματίωση των πτηνών σε μία εκτροφή εκδηλώνεται συνήθως με σποραδικά κρούσματα αιφνίδιων θανάτων, απώλεια βάρους και μείωση της ωοπαραγωγής. Τα κλινικά συμπτώματα μπορεί επίσης να προέρχονται από την προσβολή του εντέρου, των οστών, των πνευμόνων ή του δέρματος. Τα νεκροτομικά ευρήματα είναι παθογνωμονικά μόνο εφόσον ανευρεθουν φυμάτια στα παρεγχυματικά όργανα και κυρίως στο μυελό των οστών. Για την εργαστηριακή διάγνωση των μυκοβακτηριακών λοιμώξεων των πτηνών χρησιμοποιούνται ορολογικές εξετάσεις, η μικροσκοπική εξέταση επιχρισμάτων κοπράνων και η απομόνωση του μυκοβακτηρίου με καλλιέργεια από παθολογικά υλικά, που αποτελεί και σήμερα τη μέθοδο αναφοράς. Τα τελευταία χρόνια εφαρμόζονται και κάποιες μέθοδοι που βασίζονται σε τεχνικές της Μοριακής Βιολογίας, από τις οποίες πιο ευρέως διαδεδομένη είναι η αλυσιδωτή αντίδραση της πολυμεράσης (ΑΑΠ). Η καλλιέργεια παθολογικών υλικών γιατην απομόνωση μυκοβακχηρίων ξεκινά με την απομόλυνση (decontamination) του δείγματος από άλλα συνυπάρχοντα βακτήρια, των οποίων η ανάπτυξη δεν θα επέτρεπε την ανάδειξη της παρουσίας των μυκοβακχηρίων. Στη συνέχεια ακολουθεί ενοφθαλμισμός σε ειδικά θρεπτικά υποστρώματα που για το MAC είναι συνήθως το Lowenstein-Jensen και το Middlebrook 7Η11. Η επώαση γίνεται σε ατμόσφαιρα 5-10% διοξειδίου του άνθρακα για τουλάχιστον 4-6 εβδομάδες. Η ταυτοποίηση των αποικιών που αναπτύσσονται γίνεται με ειδικές βιοχημικές δοκιμές ή με την ΑΑΠ που μειώνει κατά πολύ το χρόνο που απαιτείται για την τελική γνωμάτευση. Οι γενωμικές περιοχές, που χρησιμοποιούνται συνήθως γιατην ανίχνευση και ταυτοποίηση του MAC με ΑΑΠ, είναι οι ακόλουθες: 16SrRNA, hsp65, IS1245 και η IS901. Ειδικά για το Μgenavense, που είναι από γενετικής απόψεως πολύ συγγενές με το ΜΑ, εφαρμόζεται ΑΑΠ για την ενίσχυση μίας επιλεγμένης περιοχής του γονιδίου της πρωτείνης θερμικού shock 65kDa και στη συνέχεια η πέψη του προϊόντος ενίσχυσης με το ένζυμο περιορισμού SaR.The significance of mycobacterial infections of birds may have been decreased considerably by the broad application of modern farming practices, but their study continues to be important with reference to fowl, animal and public health protection. Mycobacterial infections of birds are mainly caused by members of the Mycobacterium avium complex (MAC). This is divided into 28 serotypes that are grouped into species: serotypes 1 to 6, 8 to 11 and serotype 21 consist the M. avium subsp. avium (MA), serotypes 4 and 8 are also referred to as M. avium subsp. hominisuis, whereas serotypes 7, 12 to 20 and 22 to 28 consist the Mycobacterium intracellulare. Serotypes 1 to 3 of MA are the only ones that cause systemic tuberculosis in chickens. M. intracellulare and the rest of the serotypes that consist MA usually cause only focal tuberculous lesions. Recendy, another member of the Mycobacterium species, namely Mycobacterium genavense, has been added to those that can infect fowl. Cases of fowl mycobacteriosis have been reported from practically every place on earth. The disease usually enters a farm by carrier animals that excrete mycobacteria in their feces. The bacteria usually gain entrance into the host through the oral route and rarely through the upper respiratory tract. Sporadic incidences of sudden death, loss of weight and drop of egg production consist evidence of fowl mycobacteriosis in a farm. Clinical symptoms can also result from infection of the intestine, bones, lung or the skin. Tuberculous lesions located in the viscera and more significandy the bone marrow, when revealed during post-mortem examination, consist pathognomonic findings. The diagnostic investigation of mycobacterial infections in the laboratory usually relies on serology, the microscopic examination of fecal smears and culture that continues to consist the method of reference. These are nowadays implemented by specific Molecular Biology methods, the most broadly applied of which is the polymerase chain reaction (PCR). Cultivation of clinical material for the isolation of mycobacteria begins with the decontamination of the sample that aims to neutralize the bacteria that would over grow mycobacteria. The product is then inoculated onto selective media. Those that are commonly incorporated to the cultivation of MAC are Lowenstein-Jensen and Middlebrook 7H11. Incubation is performed in 5-10% carbon dioxide atmosphere for no less than 4-6 weeks. Identification of colonies relies on biochemical tests or PCR that can decrease substantially the time required for a definite result. Identification of MAC by PCR is usually performed by targeting the following genomic regions: 16S rRNA, hsp65, IS 1245 and IS901. For M. genavense, that is genetically very closely related to MA, PCR is usually incorporated for the amplification of a region within the gene that codes 65kDa heat shock protein, proceeded by the digestion of the amplification product with the restriction endonuclease, SaR

Linking Chronic Infection and Autoimmune Diseases: Mycobacterium avium Subspecies paratuberculosis, SLC11A1 Polymorphisms and Type-1 Diabetes Mellitus

(MAP) has been reported to be a possible trigger in the development of T1DM. gene (274C/T) associated to type 1 diabetic patients and not to controls. The presence of MAP DNA was also significantly associated with T1DM patients and not with controls. alter the processing or presentation of MAP antigens triggering thereby an autoimmune response in T1DM patients