Detection of Tumor Cell-Specific mRNA in the Peripheral Blood of Patients with Breast Cancer-Evaluation of Several Markers with Real-Time Reverse Transcription-PCR

It is widely known that cells from epithelial tumors, e. g., breast cancer, detach from their primary tissue and enter blood circulation. We show that the presence of circulating tumor cells (CTCs) in samples of patients with primary and metastatic breast cancer can be detected with an array of selected tumor-marker-genes by reverse transcription real-time PCR. The focus of the presented work is on detecting differences in gene expression between healthy individuals and adjuvant and metastatic breast cancer patients, not an accurate quantification of these differences. Therefore, total RNA was isolated from blood samples of healthy donors and patients with primary or metastatic breast cancer after enrichment of mononuclear cells by density gradient centrifugation. After reverse transcription real-time PCR was carried out with a set of marker genes (BCSP, CK8, Her2, MGL, CK18, CK19). B2M and GAPDH were used as reference genes. Blood samples from patients with metastatic disease revealed increased cytokine gene levels in comparison to normal blood samples. Detection of a single gene was not sufficient to detect CTCs by reverse transcription real-time PCR. Markers used here were selected based on a recent study detecting cancer cells on different protein levels. The combination of such a marker array leads to higher and more specific discovery rates, predominantly in metastatic patients. Identification of CTCs by PCR methods may lead to better diagnosis and prognosis and could help to choose an adequate therapy

Multi-Objective Global Path Planning for Lunar Exploration With a Quadruped Robot

In unstructured environments the best path is not always the shortest, but needs to consider various objectives like energy efficiency, risk of failure or scientific outcome. This paper proposes a global planner, based on the A* algorithm, capable of individually considering multiple layers of map data for different cost objectives. We introduce weights between the objectives, which can be adapted to achieve a variety of optimal paths. In order to find the best of these paths, a tool for statistical path analysis is presented. Our planner was tested on exemplary lunar topographies to propose two trajectories for exploring the Aristarchus Plateau. The optimized paths significantly reduce the risk of failure while yielding more scientific value compared to a manually planned paths in the same area. The planner and analysis tool are made open-source in order to simplify mission planning for planetary scientists.Comment: 8 pages, 19 figures, IEEE conference iSpaRo 202

Die Beendigung von Arbeitsverhältnissen zwischen unternehmerischer Entscheidugnsfreiheit und sozialer Gestaltungspflicht

Der allgemeine Kündigungsschutz schränkt die Freiheit des Arbeitgebers zur Been-digung von Arbeitsverhältnissen dahingehend ein, als die Kündigung eines wesentlich in seinen Interessen beeinträchtigten Arbeitnehmers gemäß § 105 Abs 3 Z 2 lit b ArbVG – vom Vorliegen allfälliger in der Person oder im Verhalten des Arbeitnehmer gelegener Umstände abgesehen – nur dann zulässig ist, wenn sie durch „betriebliche Erfordernisse, die der Weiterbeschäftigung des Arbeitnehmers entgegenstehen“ bedingt ist. Die vorlie-gende Arbeit untersucht, inwiefern durch diese gesetzliche Einschränkung der Beendi-gungsfreiheit des Arbeitgebers, die naturgemäß einen Bestandteil seiner Autonomie zur unternehmerischen Betätigung als solche darstellt, auch dessen Freiheit zur Gestaltung und Führung seines Unternehmens eingeschränkt wird und damit auch die der Kündigung vo-rausgehenden unternehmerischen Dispositionen einer Überprüfung durch die ordentlichen Gerichte im Rahmen des Kündigungsanfechtungsverfahrens unterworfen werden. Im Zentrum der Dissertation steht dabei die Frage, wie weit das unternehmerische Ermessen im Kontext mit der Beendigung von Arbeitsverhältnissen reicht und inwiefern diese zugunsten der durch die Kündigung betroffenen Arbeitnehmerinteressen eine Be-schränkung erfährt. Zur Beantwortung dieser Fragestellung wird eine grundlegende und umfassende Analyse der Topoi der „unternehmerischen Entscheidungsfreiheit“ und der „sozialen Gestaltungspflicht“ vorgenommen. Unter Zugrundelegung der geltenden Verfas-sungsrechtsordnung und des einfachen Gesetzesbestandes in Verbindung mit dem hinter diesen Regelungen stehenden Normzweck und der diesbezüglichen höchstgerichtlichen Rechtsprechung werden dabei zunächst die gesetzlichen Grundlagen der unternehmeri-schen Entscheidungsfreiheit analysiert sowie ein Versuch einer generellen Eingrenzung der inhaltlichen Reichweite der unternehmerischen Gestaltungsspielräume im Bereich des all-gemeinen Kündigungsschutzes unternommen. Durch die Bildung von Fallgruppen werden im Anschluss die verschiedenen Ausprägungen und Erscheinungsformen der „freien“ Un-ternehmerentscheidung beleuchtet. Dem folgt schließlich eine umfassende Auseinanderset-zung mit den dogmatischen Grundlagen sowie den inhaltlichen und organisatorischen Schranken der sozialen Gestaltungspflicht. Vor dem Hintergrund bestehender Literatur- und Judikaturmeinungen und unter Einbeziehung der in diesem Kontext im deutschen Diskurs angestellten Überlegungen werden die „unternehmerische Entscheidungsfreiheit“ und die „soziale Gestaltungspflicht“ in der vorliegenden Arbeit in all ihren Facetten beleuchtet. Auf diese Weise wird eine transparente und klare Grenzziehung erarbeitet und ein sachgerechter Lösungsansatz für die damit in Zusammenhang stehenden Rechtsfragen vorgeschlagen.The employer’s freedom to terminate employment relationships is part of his gen-eral entrepreneurial freedom. However, under the laws on dismissal protection of Art 105 para 3 cl 2 lit b ArbVG, the employer’s freedom to terminate the employment relationship is restricted if the social standing of the employee is considerably affected by the termina-tion. In such cases, the dismissal is only justified if it is based on reasons on an operational level that conflict with the further engagement of the employee. The present thesis deals with the extent to which the employer’s freedom to con-duct and organise his entrepreneurial activity is restricted by the limitations set out by Art 105 para 3 cl 2 lit b ArbVG and discusses in what way entrepreneurial decisions may be reviewed in the context of judicial proceedings challenging the termination. Therefore, the thesis analyses the employer’s entrepreneurial freedom and his adverse obligation to take into account the employee’s interest in retaining his occupation (the so called “soziale Ge-staltungspflicht”) in all their particulars. On the basis of the respective provisions set out in the Constitution, in particular fundamental rights, and in Art 105 para 3 cl 2 lit b ArbVG itself, the first part of the thesis addresses the legal foundations of the employer’s entrepre-neurial freedom, with special focus on the freedom to terminate employment contracts. Various forms of entrepreneurial decisions which conflict with the further engagement of the employee on an operational level are classified in different case groups and systemati-cally discussed in detail. In its second part, the thesis takes a closer look at the employer’s obligation to consider the employee’s interest in retaining his occupation when terminating an employment relationship. The main focus is set not only on the measures the employer is obliged to undertake prior to the dismissal (in order to prevent the employee from losing his occupation) but also on the organisational scope of the so called “soziale Gestaltung-spflicht”. The thesis is based on the Austrian judiciary and current academic literature, and additionally takes into account the extensive German legal discourse on this issue. The aim of the thesis is to develop a clear and transparent distinction between the employer’s entre-preneurial freedom and his obligation to take into account the employee’s interest in his employment relationship

Komplizierte Trauer bei älteren Menschen und der Zusammenhang mit Copingstrategien, Kohärenzgefühl und Todesumstand

Die vorliegende Studie beschäftigte sich mit der Frage, ob sich Personen mit komplizierter Trauer im Copingverhalten und im Ausmaß an Kohärenzgefühl von Personen ohne komplizierte Trauer unterscheiden. Zudem war es das Ziel zu prüfen, ob der Todesumstand des verstorbenen Partners mit der Trauerreaktion zusammenhängt. Dabei wurde zwischen plötzlichem und erwartetem Tod unterschieden. Schließlich wurde geprüft, ob sich die Personen in der depressiven und der PTSD Symptomatik voneinander unterscheiden. Insgesamt umfasst die Stichprobe 37 Personen, deren Partner verstorben sind. Die Befragung erfolgte in Wien und Niederösterreich. Ausschlusskriterium war das Vorliegen einer demenziellen Erkrankung. Das Alter der Befragten lag zwischen 62 und 92 Jahren. Es gab 27% männliche und 73% weiblichen Probanden. Der Partnerverlust lag zwischen 6 und 30 Monaten vor dem Zeitpunkt der Befragung. 30 Personen (81%) zeigten keine komplizierte Trauerreaktion, 7 Personen (19%) hingegen schon. Als Testverfahren kamen das Coping Inventory for Stressful Situations (CISS), die Sense of Coherence Scale (SOC), der Fragebogen zur Komplizierten Trauer, die Geriatric Depression Scale (GDS) und die PTSD Checklist-Civilian Version (PCL-C) zum Einsatz. In dieser Untersuchung zeigten Personen mit komplizierter Trauer ein geringeres Ausmaß an Kohärenzgefühl als die Teilnehmer ohne komplizierte Trauer (z = -3,395; p < 0,01). Es wurden auch signifikant höhere Depressionswerte bei den kompliziert trauernden Probanden festgestellt (z = -3,778; p < 0,01). In der PTSD-Symptomatik unterschieden sich die beiden Gruppen nicht (z = -0,952; p = 0,370). Bezüglich des Copingverhaltens wurde festgestellt, dass die Probanden mit komplizierter Trauer stärker auf emotionsorientierte Strategien zurückgriffen (z = -3,255; p < 0,01). Im problemorientierten und vermeidenden Copingverhalten unterschieden sich diese jedoch nicht von den Teilnehmern ohne komplizierte Trauer. Auch zwischen den Geschlechtern wurde kein Unterschied im Copingverhalten gefunden. Aufgrund der geringen Anzahl plötzlich verstorbener Partner konnte nicht überprüft werden, ob sich Personen mit komplizierter Trauer von Personen ohne komplizierte Trauer bezüglich des Todesumstands der verstorbenen Partner unterscheiden. Aufgrund mangelnder Stichprobenrepräsentativität sollten die Ergebnisse keiner Verallgemeinerung unterzogen werden

Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor Context

Long noncoding RNAs (lncRNAs) are commonly dys-regulated in tumors, but only a handful are known toplay pathophysiological roles in cancer. We inferredlncRNAs that dysregulate cancer pathways, onco-genes, and tumor suppressors (cancer genes) bymodeling their effects on the activity of transcriptionfactors, RNA-binding proteins, and microRNAs in5,185 TCGA tumors and 1,019 ENCODE assays.Our predictions included hundreds of candidateonco- and tumor-suppressor lncRNAs (cancerlncRNAs) whose somatic alterations account for thedysregulation of dozens of cancer genes and path-ways in each of 14 tumor contexts. To demonstrateproof of concept, we showed that perturbations tar-geting OIP5-AS1 (an inferred tumor suppressor) andTUG1 and WT1-AS (inferred onco-lncRNAs) dysre-gulated cancer genes and altered proliferation ofbreast and gynecologic cancer cells. Our analysis in-dicates that, although most lncRNAs are dysregu-lated in a tumor-specific manner, some, includingOIP5-AS1, TUG1, NEAT1, MEG3, and TSIX, synergis-tically dysregulate cancer pathways in multiple tumorcontexts

Genomic, Pathway Network, and Immunologic Features Distinguishing Squamous Carcinomas

This integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smokin

Spatial Organization and Molecular Correlation of Tumor-Infiltrating Lymphocytes Using Deep Learning on Pathology Images

Beyond sample curation and basic pathologic characterization, the digitized H&E-stained images of TCGA samples remain underutilized. To highlight this resource, we present mappings of tumorinfiltrating lymphocytes (TILs) based on H&E images from 13 TCGA tumor types. These TIL maps are derived through computational staining using a convolutional neural network trained to classify patches of images. Affinity propagation revealed local spatial structure in TIL patterns and correlation with overall survival. TIL map structural patterns were grouped using standard histopathological parameters. These patterns are enriched in particular T cell subpopulations derived from molecular measures. TIL densities and spatial structure were differentially enriched among tumor types, immune subtypes, and tumor molecular subtypes, implying that spatial infiltrate state could reflect particular tumor cell aberration states. Obtaining spatial lymphocytic patterns linked to the rich genomic characterization of TCGA samples demonstrates one use for the TCGA image archives with insights into the tumor-immune microenvironment

Pan-cancer Alterations of the MYC Oncogene and Its Proximal Network across the Cancer Genome Atlas

Although theMYConcogene has been implicated incancer, a systematic assessment of alterations ofMYC, related transcription factors, and co-regulatoryproteins, forming the proximal MYC network (PMN),across human cancers is lacking. Using computa-tional approaches, we define genomic and proteo-mic features associated with MYC and the PMNacross the 33 cancers of The Cancer Genome Atlas.Pan-cancer, 28% of all samples had at least one ofthe MYC paralogs amplified. In contrast, the MYCantagonists MGA and MNT were the most frequentlymutated or deleted members, proposing a roleas tumor suppressors.MYCalterations were mutu-ally exclusive withPIK3CA,PTEN,APC,orBRAFalterations, suggesting that MYC is a distinct onco-genic driver. Expression analysis revealed MYC-associated pathways in tumor subtypes, such asimmune response and growth factor signaling; chro-matin, translation, and DNA replication/repair wereconserved pan-cancer. This analysis reveals insightsinto MYC biology and is a reference for biomarkersand therapeutics for cancers with alterations ofMYC or the PMN