Identification of a novel zinc metalloprotease through a global analysis of clostridium difficile extracellular proteins

Clostridium difficile is a major cause of infectious diarrhea worldwide. Although the cell surface proteins are recognized to be important in clostridial pathogenesis, biological functions of only a few are known. Also, apart from the toxins, proteins exported by C. difficile into the extracellular milieu have been poorly studied. In order to identify novel extracellular factors of C. difficile, we analyzed bacterial culture supernatants prepared from clinical isolates, 630 and R20291, using liquid chromatography-tandem mass spectrometry. The majority of the proteins identified were non-canonical extracellular proteins. These could be largely classified into proteins associated to the cell wall (including CWPs and extracellular hydrolases), transporters and flagellar proteins. Seven unknown hypothetical proteins were also identified. One of these proteins, CD630_28300, shared sequence similarity with the anthrax lethal factor, a known zinc metallopeptidase. We demonstrated that CD630_28300 (named Zmp1) binds zinc and is able to cleave fibronectin and fibrinogen in vitro in a zinc-dependent manner. Using site-directed mutagenesis, we identified residues important in zinc binding and enzymatic activity. Furthermore, we demonstrated that Zmp1 destabilizes the fibronectin network produced by human fibroblasts. Thus, by analyzing the exoproteome of C. difficile, we identified a novel extracellular metalloprotease that may be important in key steps of clostridial pathogenesis

Differential expression of collectins in human placenta and role in inflammation during spontaneous Labor.

© 2014 Yadav et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.Collectins, collagen-containing Ca2+ dependent C-type lectins and a class of secretory proteins including SP-A, SP-D and MBL, are integral to immunomodulation and innate immune defense. In the present study, we aimed to investigate their placental transcript synthesis, labor associated differential expression and localization at feto-maternal interface, and their functional implication in spontaneous labor. The study involved using feto-maternal interface (placental/decidual tissues) from two groups of healthy pregnant women at term (≥37 weeks of gestation), undergoing either elective C-section with no labor ('NLc' group, n = 5), or normal vaginal delivery with spontaneous labor ('SLv' group, n = 5). The immune function of SP-D, on term placental explants, was analyzed for cytokine profile using multiplexed cytokine array. SP-A, SP-D and MBL transcripts were observed in the term placenta. The 'SLv' group showed significant up-regulation of SP-D (p = 0.001), and down-regulation of SP-A (p = 0.005), transcripts and protein compared to the 'NLc' group. Significant increase in 43 kDa and 50 kDa SP-D forms in placental and decidual tissues was associated with the spontaneous labor (p<0.05). In addition, the MMP-9-cleaved form of SP-D (25 kDa) was significantly higher in the placentae of 'SLv' group compared to the 'NLc' group (p = 0.002). Labor associated cytokines IL-1α, IL-1β, IL-6, IL-8, IL-10, TNF-α and MCP-1 showed significant increase (p<0.05) in a dose dependent manner in the placental explants treated with nSP-D and rhSP-D. In conclusion, the study emphasizes that SP-A and SP-D proteins associate with the spontaneous labor and SP-D plausibly contributes to the pro-inflammatory immune milieu of feto-maternal tissues.Funding provided by BT/PR15227/BRB/10/906/2011) Department of Biotechnology (DBT), Government of India http://dbtindia.nic.in/index.asp (TM) and Indian Council of Medical Research (ICMR) Junior Research Fellowship (JRF)/Senior Research Fellowship (SRF), Government of India, www.icmr.nic.in (AKY)

Combined search for the quarks of a sequential fourth generation

Results are presented from a search for a fourth generation of quarks produced singly or in pairs in a data set corresponding to an integrated luminosity of 5 inverse femtobarns recorded by the CMS experiment at the LHC in 2011. A novel strategy has been developed for a combined search for quarks of the up and down type in decay channels with at least one isolated muon or electron. Limits on the mass of the fourth-generation quarks and the relevant Cabibbo-Kobayashi-Maskawa matrix elements are derived in the context of a simple extension of the standard model with a sequential fourth generation of fermions. The existence of mass-degenerate fourth-generation quarks with masses below 685 GeV is excluded at 95% confidence level for minimal off-diagonal mixing between the third- and the fourth-generation quarks. With a mass difference of 25 GeV between the quark masses, the obtained limit on the masses of the fourth-generation quarks shifts by about +/- 20 GeV. These results significantly reduce the allowed parameter space for a fourth generation of fermions.Comment: Replaced with published version. Added journal reference and DO

The Female Athlete's Heart: Facts and Fallacies.

Purpose of the review For many years, competitive sport has been dominated by men. Recent times have witnessed a significant increase in women participating in elite sports. As most studies investigated male athletes, with few reports on female counterparts, it is crucial to have a better understanding on physiological cardiac adaptation to exercise in female athletes, to distinguish normal phenotypes from potentially fatal cardiac diseases. This review reports on cardiac adaptation to exercise in females. Recent findings Recent studies show that electrical, structural, and functional cardiac changes due to physiological adaptation to exercise differ in male and female athletes. Women tend to exhibit eccentric hypertrophy, and while concentric hypertrophy or concentric remodeling may be a normal finding in male athletes, it should be evaluated carefully in female athletes as it may be a sign of pathology. Although few studies on veteran female athletes are available, women seem to be affected by atrial fibrillation, coronary atherosclerosis, and myocardial fibrosis less than male counterparts. Summary Males and females exhibit many biological, anatomical, and hormonal differences, and cardiac adaptation to exercise is no exception. The increasing participation of women in sports should stimulate the scientific community to develop large, longitudinal studies aimed at a better understanding of cardiac adaptation to exercise in female athletes

Seamless nowcasting system development at the Finnish Meteorological Institute

Presentación realizada en la 3rd European Nowcasting Conference, celebrada en la sede central de AEMET en Madrid del 24 al 26 de abril de 2019

Lasten tunteiden säätelyn tuen tarpeiden tunnistaminen varhaiskasvatuksen arjen oppimistilanteissa

Tiivistelmä. Varhaiskasvatuksen kokopäiväpedagogiikka ja arjen oppimistilanteiden merkitys lapsen tunteiden säätelyn kehittymisen tukemisessa on korostunut viime vuosina. Sosioemotionaalisesti sopivan haastavat tilanteet mahdollistavat lapsen oppia ja onnistua omassa tunteiden säätelyn prosessissa varhaiskasvatuksen henkilöstön tuella. Tässä tutkimuksessa tutkin varhaiskasvatuksen henkilöstön käsityksiä lasten tunteiden säätelyn tuen tarpeen tunnistamisesta ja tuen tarpeen taustalla olevien haasteiden havaitsemisesta. Tutkimuskysymyksinä on, miten henkilöstö kiinnittää huomiota lapsen viesteihin tunteiden säätelyn tuen tarpeista sekä millaisia haasteita henkilöstö tunnistaa lapsen tunteiden säätelyn tuen tarpeiden takana olevan. Molempiin tutkimuskysymyksiin liittyy myös intervention vaikutusten tutkiminen aineiston alku- ja loppumittauksen välillä. Tämä tutkimus on tehty yhteistyössä TunTuVa-hankkeen kanssa, jossa tutkittiin 4T-toimintamallin vaikutusta varhaiskasvatuksen henkilöstön pedagogisen ajattelun ja toimintakulttuurin kehittämiseen lapsen tunteiden säätelyn kehittymisen tukemisessa päiväkodin arjen tilanteissa. Tutkimusaineistossani henkilöstö tulkitsee hankkeen alku- ja loppumittauksen videostimuluksia päiväkotiarjen oppimistilanteista ja vastaa niiden pohjalta avoimiin kysymyksiin. Aineistoon kuuluu 15 päiväkodin työntekijää varhaiskasvatuksen kaikista ammattiryhmistä. Alku- ja loppumittauksen vertailun avulla tutkin, millaisia muutoksia henkilöstön pedagogisessa ajattelussa ja toimintakulttuurissa tapahtuu hankkeen lyhyen intervention aikana. Aineistoa on analysoitu sekä laadullisin että määrällisin menetelmin tulosten laajemman käsityksen saamiseksi. Tutkimustulosten mukaan päiväkodin työntekijät tunnistivat enemmän yksittäisen lapsen tuen tarpeen viestejä kuin koko kontekstista nousevia viestejä. Yksittäiseen lapseen liittyviä tuen tarpeen viestejä tulkittiin tunteisiin liittyvinä ilmauksina selkeästi enemmän kuin toimintaan liittyvinä ilmauksina. Kontekstia tulkitessaan henkilöstö ilmaisi toimintaa kuvaavia viestejä selkeästi useammin kuin tunteita kuvaavia viestejä. Haasteiden tunnistaminen keskittyi kontekstiin liittyviin haasteisiin. Sekä yksittäiseen lapseen että kontekstiin liittyviä haasteita tulkittiin enemmän toimintana kuin tunnekokemuksina. Intervention vaikuttavuuden tulokset jäävät tässä tutkimuksessa niukoiksi lyhyestä interventioajasta johtuen. Tämän tutkimuksen mukaan henkilöstö havainnoi aktiivisesti lasten toimintaa, mutta puheissa ja tulkinnoissa tunteiden säätelyn kieli jäi vähemmälle. Tämä tutkimus laittaa varhaiskasvatuksen henkilöstöä pohtimaan, millaista kieltä he käyttävät havainnoidessaan lasta ja kontekstia. Havaintojen ilmaisu ja tulkinta tunteiden kautta lisäisi henkilöstön ymmärrystä lapsen käyttäytymisen ja toiminnan taustalla olevista tekijöistä ja mahdollistaisi oikea-aikaisen ja oikeanlaisen tuen säätelyn oppimiseen

Innovaatiokeskus Kainuuseen:rakennettu ympäristö ja identiteetti

Tiivistelmä. Tämä suunnitelmapainotteinen diplomityö on toteutettu yhteistyössä Kajaanin kaupungin kanssa. Diplomityöni on tarkoitus toimia taustatekijänä suunnittelualueen tulevassa kaavamuutoksessa. Ulkopuolisena asiantuntijana työlläni toimii Kajaanin kaupunginarkkitehti Anne Siltavuori. Kajaanin joen ja rauniolinnan välittömässä läheisyydessä sijaitsee nykyisellään Kajaanin Vanha kirjastotalo. Alueelle on suunnitteilla kaavamuutos, jossa Vanha kirjastotalo suojellaan ja sen nykyiseen rakennusmassaan nähden suuri tontti jaetaan kahdeksi erilliseksi tontiksi. Syntyvälle tontille kaavaillaan alueen arvoille ja identiteetille sekä Kajaanin kaupunkikuvaan sopivaa uudisrakentamista. Diplomityöni sisältönä on luoda konseptitasoinen luonnossuunnitelma tontille sijoittuvasta uudisrakennuksesta. Kajaanin kaupungin mukaan uudisrakennukseen olisi hyvä sijoittaa ainakin osin asumista. Diplomityössäni halusin esittää, että asuminen ei kuitenkaole rakennuksen ainoa käyttötarkoitus. Suunnitelmani keskittyy rakennuksen arkkitehtonisesti erinomaisten suunnitteluratkaisujen ja sen käyttötarkoituksen löytämiseen sekä näiden tekijöiden yhteensovittamiseen alueellista identiteettiä tukien. Työhöni sisältyy myös kirjallinen teoriaosuus, joka käsittelee arkkitehtuurin ja identiteetin suhdetta alueellisen identiteetin näkökulmasta. Tätä seuraa paikan identiteetin analyysi, jossa pureudutaan suunnittelualueen identiteettiin alueen historian kautta.Innovation center to Kainuu : built environment and identity. Abstract. This diploma thesis is a design project that has been conducted in collaboration with the city of Kajaani. The purpose of my thesis is to be enclosed in the upcoming alteration of the town plan affecting the site. The city architect of Kajaani Anne Siltavuori has acted as a third party consultant for this thesis. The old library of Kajaani is located nearby the Kajaani River and the ruins of the Kajaani Castle. The plan regarding the area is about to undergo an alteration process, during which the old library building will be conservated, and its vast site divided into two separate plots. The aim of the newbuild situated on the new site is to fit in with the identity and values of the surrounding area, as well as the cityscape of Kajaani. The intention of this diploma thesis is to create a concept design for a new building on the site. The city of Kajaani suggests the building should consist at least partly of housing, but in my thesis I wanted to show that it shouldn’t be its only purpose. The focus of the diploma thesis is to achieve and combine an outstanding architectural design solution and a suitable use for the building, while embracing the area’s regional identity. The thesis contains a written theory analysis which discusses the relation between architecture and identity in a regional framework. The discussion is followed by an analysis of the sense of place, which is evaluated considering the site’s history