A Soluble Form of the Triggering Receptor Expressed on Myeloid Cells-1 Modulates the Inflammatory Response in Murine Sepsis

The triggering receptor expressed on myeloid cells (TREM)-1 is a recently discovered receptor expressed on the surface of neutrophils and a subset of monocytes. Engagement of TREM-1 has been reported to trigger the synthesis of proinflammatory cytokines in the presence of microbial products. Previously, we have identified a soluble form of TREM-1 (sTREM-1) and observed significant levels in serum samples from septic shock patients but not controls. Here, we investigated its putative role in the modulation of inflammation during sepsis. We observed that sTREM-1 was secreted by monocytes activated in vitro by LPS and in the serum of animals involved in an experimental model of septic shock. Both in vitro and in vivo, a synthetic peptide mimicking a short highly conserved domain of sTREM-1 appeared to attenuate cytokine production by human monocytes and protect septic animals from hyper-responsiveness and death. This peptide seemed to be efficient not only in preventing but also in down-modulating the deleterious effects of proinflammatory cytokines. These data suggest that in vivo modulation of TREM-1 by sTREM peptide might be a suitable therapeutic tool for the treatment of sepsis

Host-dependent Lewis (Le) antigen expression in Helicobacter pylori cells recovered from Leb-transgenic mice

Variation of surface antigen expression is a mechanism used by microbes to adapt to and persist within their host habitats. Helicobacter pylori, a persistent bacterial colonizer of the human stomach, can alter its surface Lewis (Le) antigen expression. We examined H. pylori colonization in mice to test the hypothesis that host phenotype selects for H. pylori (Le) phenotypes. When wild-type and Leb-expressing transgenic FVB/N mice were challenged with H. pylori strain HP1, expressing Lex and Ley, we found that bacterial populations recovered after 8 mo from Leb-transgenic, but not wild-type, mice expressed Leb. Changes in Le phenotype were linked to variation of a putative galactosyltransferase gene (β-(1,3)galT); mutagenesis and complementation revealed its essential role in type I antigen expression. These studies indicate that H. pylori evolves to resemble the host's gastric Le phenotype, and reveal a bacterial genetic locus that is subject to host-driven selection pressure

In vitro evaluation of antibiotics' combinations for empirical therapy of suspected methicillin resistant Staphylococcus aureus severe respiratory infections

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Methicillin resistant <it>Staphylococcus aureus </it>(MRSA) is an increasingly common cause of nosocomial infections, causing severe morbidity and mortality worldwide, and accounting in some hospitals for more than 50% of all <it>S. aureus </it>diseases. Treatment of infections caused by resistant bacterial pathogens mainly relies on two therapeutic modalities: development of new antimicrobials and use of combinations of available antibiotics.</p> <p>Combinations of antibiotics used in the empiric treatment of infections with suspected methicillin resistant <it>Staphylococcus aureus </it>etiology were investigated.</p> <p>Methods</p> <p>Double (vancomycin or teicoplanin with either levofloxacin or cefotaxime) and triple (vancomycin or teicoplanin + levofloxacin + one among amikacin, ceftazidime, cefepime, imipenem, piperacillin/tazobactam) combinations were evaluated by means of checkerboard assay and time kill curves. Mutational rates of single and combined drugs at antimicrobial concentrations equal to the resistance breakpoints were also calculated.</p> <p>Results</p> <p>Vancomycin or teicoplanin + levofloxacin showed synergy in 16/50 and in 9/50 strains respectively, while vancomycin or teicoplanin + cefotaxime resulted synergic for 43/50 and 23/50 strains, respectively. Triple combinations, involving teicoplanin, levofloxacin and ceftazidime or piperacillin/tazobactam gave synergy in 20/25 strains. Teicoplanin + levofloxacin gave synergy in triple combinations more frequently than vancomycin + levofloxacin.</p> <p>For single antibiotics, mutational frequencies ranged between 10^-5and <10^-9for levofloxacin, cefotaxime, amikacin and imipenem, and <10^-9for vancomycin and teicoplanin. When tested in combinations, mutational frequencies fell below 10^-9for all the combinations.</p> <p>Conclusion</p> <p><it>In vitro </it>evidence of synergy between glycopeptides, fluoroquinolones (levofloxacin) and β-lactams and of reduction of mutational frequencies by combinations are suggestive for a potential role in empirical therapy of severe pneumonia with suspected MRSA etiology.</p

Non-invasive diagnostic tests for Helicobacter pylori infection

BACKGROUND: Helicobacter pylori (H pylori) infection has been implicated in a number of malignancies and non-malignant conditions including peptic ulcers, non-ulcer dyspepsia, recurrent peptic ulcer bleeding, unexplained iron deficiency anaemia, idiopathic thrombocytopaenia purpura, and colorectal adenomas. The confirmatory diagnosis of H pylori is by endoscopic biopsy, followed by histopathological examination using haemotoxylin and eosin (H & E) stain or special stains such as Giemsa stain and Warthin-Starry stain. Special stains are more accurate than H & E stain. There is significant uncertainty about the diagnostic accuracy of non-invasive tests for diagnosis of H pylori. OBJECTIVES: To compare the diagnostic accuracy of urea breath test, serology, and stool antigen test, used alone or in combination, for diagnosis of H pylori infection in symptomatic and asymptomatic people, so that eradication therapy for H pylori can be started. SEARCH METHODS: We searched MEDLINE, Embase, the Science Citation Index and the National Institute for Health Research Health Technology Assessment Database on 4 March 2016. We screened references in the included studies to identify additional studies. We also conducted citation searches of relevant studies, most recently on 4 December 2016. We did not restrict studies by language or publication status, or whether data were collected prospectively or retrospectively. SELECTION CRITERIA: We included diagnostic accuracy studies that evaluated at least one of the index tests (urea breath test using isotopes such as13C or14C, serology and stool antigen test) against the reference standard (histopathological examination using H & E stain, special stains or immunohistochemical stain) in people suspected of having H pylori infection. DATA COLLECTION AND ANALYSIS: Two review authors independently screened the references to identify relevant studies and independently extracted data. We assessed the methodological quality of studies using the QUADAS-2 tool. We performed meta-analysis by using the hierarchical summary receiver operating characteristic (HSROC) model to estimate and compare SROC curves. Where appropriate, we used bivariate or univariate logistic regression models to estimate summary sensitivities and specificities. MAIN RESULTS: We included 101 studies involving 11,003 participants, of which 5839 participants (53.1%) had H pylori infection. The prevalence of H pylori infection in the studies ranged from 15.2% to 94.7%, with a median prevalence of 53.7% (interquartile range 42.0% to 66.5%). Most of the studies (57%) included participants with dyspepsia and 53 studies excluded participants who recently had proton pump inhibitors or antibiotics.There was at least an unclear risk of bias or unclear applicability concern for each study.Of the 101 studies, 15 compared the accuracy of two index tests and two studies compared the accuracy of three index tests. Thirty-four studies (4242 participants) evaluated serology; 29 studies (2988 participants) evaluated stool antigen test; 34 studies (3139 participants) evaluated urea breath test-13C; 21 studies (1810 participants) evaluated urea breath test-14C; and two studies (127 participants) evaluated urea breath test but did not report the isotope used. The thresholds used to define test positivity and the staining techniques used for histopathological examination (reference standard) varied between studies. Due to sparse data for each threshold reported, it was not possible to identify the best threshold for each test.Using data from 99 studies in an indirect test comparison, there was statistical evidence of a difference in diagnostic accuracy between urea breath test-13C, urea breath test-14C, serology and stool antigen test (P = 0.024). The diagnostic odds ratios for urea breath test-13C, urea breath test-14C, serology, and stool antigen test were 153 (95% confidence interval (CI) 73.7 to 316), 105 (95% CI 74.0 to 150), 47.4 (95% CI 25.5 to 88.1) and 45.1 (95% CI 24.2 to 84.1). The sensitivity (95% CI) estimated at a fixed specificity of 0.90 (median from studies across the four tests), was 0.94 (95% CI 0.89 to 0.97) for urea breath test-13C, 0.92 (95% CI 0.89 to 0.94) for urea breath test-14C, 0.84 (95% CI 0.74 to 0.91) for serology, and 0.83 (95% CI 0.73 to 0.90) for stool antigen test. This implies that on average, given a specificity of 0.90 and prevalence of 53.7% (median specificity and prevalence in the studies), out of 1000 people tested for H pylori infection, there will be 46 false positives (people without H pylori infection who will be diagnosed as having H pylori infection). In this hypothetical cohort, urea breath test-13C, urea breath test-14C, serology, and stool antigen test will give 30 (95% CI 15 to 58), 42 (95% CI 30 to 58), 86 (95% CI 50 to 140), and 89 (95% CI 52 to 146) false negatives respectively (people with H pylori infection for whom the diagnosis of H pylori will be missed).Direct comparisons were based on few head-to-head studies. The ratios of diagnostic odds ratios (DORs) were 0.68 (95% CI 0.12 to 3.70; P = 0.56) for urea breath test-13C versus serology (seven studies), and 0.88 (95% CI 0.14 to 5.56; P = 0.84) for urea breath test-13C versus stool antigen test (seven studies). The 95% CIs of these estimates overlap with those of the ratios of DORs from the indirect comparison. Data were limited or unavailable for meta-analysis of other direct comparisons. AUTHORS' CONCLUSIONS: In people without a history of gastrectomy and those who have not recently had antibiotics or proton ,pump inhibitors, urea breath tests had high diagnostic accuracy while serology and stool antigen tests were less accurate for diagnosis of Helicobacter pylori infection.This is based on an indirect test comparison (with potential for bias due to confounding), as evidence from direct comparisons was limited or unavailable. The thresholds used for these tests were highly variable and we were unable to identify specific thresholds that might be useful in clinical practice.We need further comparative studies of high methodological quality to obtain more reliable evidence of relative accuracy between the tests. Such studies should be conducted prospectively in a representative spectrum of participants and clearly reported to ensure low risk of bias. Most importantly, studies should prespecify and clearly report thresholds used, and should avoid inappropriate exclusions

Etude de l'activité des antibiotiques sur propionibacterium acnes impliqué dans les infections neuro-méningées

NANCY1-SCD Medecine (545472101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Des ERG et des Hommes... (Et le bactériologiste dans tout ça ?)

La résistance aux antibactériens a officiellement commencé le jour de la première administration d une molécule antibiotique, et restera probablement un compagnon de route pour une durée indéterminée (tant que les Hommes et les bactéries cohabiteront ?). L année 2008 marque les 20 ans de la publication du 1er rapport d isolats cliniques d ERV (Entérocoques Résistants à la Vancomycine). Depuis ces 1ers cas, les ERV ou ERG (Entérocoques Résistants aux Glycopeptides) ont émergé comme d importants pathogènes nosocomiaux, stimulant une intense recherche pour élucider à la fois l épidémiologie, les mécanismes de la résistance et les facteurs de risque responsables de l apparition et de la dissémination de ces pathogènes, généralement considérés comme peu virulents. L objet de ce mémoire est d appréhender une épidémie à ERG du point de vue du bactériologiste. Le développement de méthodes sensibles et spécifiques pour le dépistage des colonisations ou infections à ERG, chez un nombre important de patients, simple et facile à mettre en oeuvre, est indispensable au contrôle de la dissémination de ces pathogènes hautement résistants aux antibiotiques. Les méthodes de PCR temps réel ont fait l objet d un développement important ces dernières années, en particulier pour le dépistage de BMR telles que les ERG, mais ces techniques sont souvent beaucoup trop coûteuses et complexes pour être mises en œuvre lors d une épidémie. Ces techniques n étaient pas implantées dans notre laboratoire au moment de la résurgence de l épidémie, et demandaient trop de matériel et de mises au point, pour être installées en urgence. Devant les progrès récents en terme de substrats chromogéniques spécifiques, possédant une sensibilité suffisante pour détecter les ERG au sein d une flore intestinale polymorphe et abondante, nous avons opté pour cette option, tout en gardant la PCR multiplex comme technique de confirmation. Le milieu chromID VRE (bioMérieux) nous a particulièrement séduit, puisque l incorporation de deux substrats chromogènes, cibles de deux enzymes spécifiques de E. faecalis (a-glucosidase) et de E. faecium (b-galactosidase), permet une identification présomptive de ces deux espèces. Au travers des différentes études menées au sein de notre laboratoire, nous avons montré que ce milieu nous permet d allier sensibilité (avec une lecture après 48 h d incubation), spécificité (à l aide de la coloration de Gram, permettant d éliminer la grande majorité des faux positifs), facilité d utilisation et de lecture. En association cette méthode classique de culture à la Biologie Moléculaire (PCR multiplex permettant identification et recherche des gènes de résistance, en confirmation), nous avons mis en place un schéma permettant un dépistage efficient des patients porteurs d ERG, dans les meilleurs délais.NANCY1-Bib. numérique (543959902) / SudocSudocFranceF

Intérêt d'un milieu chromogène pour la détection des variants à petites colonies de Staphylococcus aureus (Epidémiologie bactérienne des patients atteints de mucoviscidose suivis au Centre de Ressources et de Compétences de la Mucoviscidose de Nancy en 1997 et en 2007)

La mucoviscidose (ou fibrose kystique du pancréas) est la plus fréquente des maladies génétiques touchant les populations caucasiennes. Elle résulte du dysfonctionnement du gène codant la protéine CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator) qui joue un rôle dans le transport des ions chlorure. Au cours de cette affection, l'atteinte pulmonaire est quasiment constante et se caractérise par une détérioration progressive des fonctions respiratoires. Cette évolution est expliquée par la survenue d'épisodes infectieux répétés et liés à l'existence de micro-organismes colonisant de manière chronique le tractus respiratoire de ces patients.Le but de ce travail était d'étudier et de comparer les flores bactériennes respiratoires chez les patients mucoviscidosiques suivis au Centre de Ressources et de Compétences de la Mucoviscidose (CRCM) de Nancy en 1997 et 2007. Nous avons également évalué l'intérêt du milieu chromogène SAID (bioMérieux) pour la détection des "Staphylococccus aureus small colony variants" (SCV SA) en routine. Nous avons réalisé une étude rétrospective des données bactériologiques obtenues après analyse des prélèvements respiratoires des patients suivis au CRCM de Nancy en 1997 (n = 148) et en 2007 (n = 227). Une étude comparant les performances de deux milieux (gélose Columbia ANC additionnée de 5% de sang mouton et gélose SAID) pour la détection des SCV SA a été effectuée sur 122 prélèvements consécutifs obtenus chez 108 patients. La fréquence des bactéries isolées respectivement en 1997 et 2007 était de 70.9% et 65% pour Haemophilus spp., 58,1% et 58,1% pour S. aureus, 45,2% et 36,5% pour Pseudomonas aeruginosa, 9,5% et 2,2% pour Burkholderia cepacia, 3,3% et 3% pour Stenotrophomonas maltophilia, 1,4% et 3% pour Achromobacter xylosoxidans et 8,8% et 4,8% pour les autres bacilles à Gram négatif non fermentants. La résistance aux antibiotiques de P. aeruginosa observée respectivement en 1997 et en 2007 était de 30,8% et 58% pour la pipéracilline - tazobactam, 37,7% et 57% pour la ceftazidime, 36,5% et 58,5% pour l'imipénème, 40% et 42,7% pour la ciprofloxacine. Pour S. aureus, nous avons observé en 1997 et 2007, des taux de résistance respectifs de 12,2% et 27,4% pour la méticilline, 28,7% et 80,1% pour l'érythromycine, 14,7% et 37,7% pour la lincomycine, 3,4% et 19,2% pour la rifampicine et pour l'acide fusidique. La sensibilité est restée relativement stable pour la gentamicine, la pristinamycine, le cotrimoxazole et la minocycline. Entre 1997 et 2007, nous avons observé une relative stabilité de la fréquence d'isolement des principales espèces bactériennes habituellement isolés chez les patients mucoviscidosiques (P. aeruginosa, Hæmophilus spp. et S. aureus) et une diminution significative de celle appartenant au complexe B. cepacia. L'utilisation du milieu SAID a permis d'augmenter la sensibilité de détection des SCV SA.NANCY1-SCD Pharmacie-Odontologie (543952101) / SudocNANCY1-Bib. numérique (543959902) / SudocSudocFranceF

Typage moléculaire du complexe d'espèces Fusarium solani et détermination de son mécanisme de résistance au voriconazole

Le complexe d'espèces Fusarium solani regroupe des champignons phytopathogènes également impliqués en pathologie humaine dans des infections parfois profondes et souvent de mauvais pronostic. Dans un premier temps, une méthode de MLST, s'appuyant sur 5 gènes de ménage a donc été développée. Validée sur 51 isolats épidémiologiquement distincts, cette méthode stable et reproductible présente un pouvoir discriminant de 99,1 %. Après comparaison à la technique de référence utilisée en phylogénie, un schéma consensus à 8 loci a été proposé. Dans un second temps, une étude de la sensibilité de ce pathogène à l'amphotéricine B et au voriconazole a été menée par deux techniques d'évaluation des CMI : microdilution CLSI M38-A2 et bandelettes E-test. Devant le paradoxe entre une sensibilité diminuée in vitro au voriconazole et la recommandation de cette molécule pour le traitement curatif de la fusariose humaine, des mécanismes de résistance ont été exploré. L'hypothèse d'un phénomène d'efflux n'a pas été retenue alors que celle d'une modification de la cible, la 14 alpha stérol déméthylase, peut être envisagée après la description de différentes mutations pour les isoformes CYP51A, B et CFusarium solani species complex includes phytopathogenic fungi also involved in human infections with poor prognosis. Firstly, MLST method, based on five housekeeping genes has been developed. This method has been validated on 51 isolates epidemiologically distinct, and has been shown to be stable and reproducible and provides a discriminating power of 99.1%. After comparison with the reference technique used in phylogeny, a consensus method with 8 loci has been proposed. Secondly, a study of the susceptibility to amphotericin B and voriconazole has been conducted with two MIC determination methods : CLSI M38-A2 microdilution and E-test. The paradox between decreased susceptibility to voriconazole in vitro and recommendation of this molecule for the curative treatment of Fusarium infections has lead to the exploration of resistance mechanisms. The hypothesis of an efflux phenomenon has not been retained whereas a change in the target, the sterol 14 alpha demethylase may be considered following the description of different mutations on proteins CYP51A, B and CMETZ-SCD (574632105) / SudocNANCY1-Bib. numérique (543959902) / SudocNANCY2-Bibliotheque electronique (543959901) / SudocNANCY-INPL-Bib. électronique (545479901) / SudocSudocFranceF