Comparative genomics of a plant-pathogenic fungus, pyrenophora tritici-repentis, reveals transduplication and the impact of repeat elements on pathogenicity and population divergence

Pyrenophora tritici-repentis is a necrotrophic fungus causal to the disease tan spot of wheat, whose contribution to crop loss has increased significantly during the last few decades. Pathogenicity by this fungus is attributed to the production of host-selective toxins (HST), which are recognized by their host in a genotype-specific manner. To better understand the mechanisms that have led to the increase in disease incidence related to this pathogen, we sequenced the genomes of three P. tritici-repentis isolates. A pathogenic isolate that produces two known HSTs was used to assemble a reference nuclear genome of approximately 40 Mb composed of 11 chromosomes that encode 12,141 predicted genes. Comparison of the reference genome with those of a pathogenic isolate that produces a third HST, and a nonpathogenic isolate, showed the nonpathogen genome to be more diverged than those of the two pathogens. Examination of gene-coding regions has provided candidate pathogen-specific proteins and revealed gene families that may play a role in a necrotrophic lifestyle. Analysis of transposable elements suggests that their presence in the genome of pathogenic isolates contributes to the creation of novel genes, effector diversification, possible horizontal gene transfer events, identified copy number variation, and the first example of transduplication by DNA transposable elements in fungi.Overall, comparative analysis of these genomes provides evidence that pathogenicity in this species arose through an influx of transposable elements, which created a genetically flexible landscape that can easily respond to environmental changes

ADMISSÕES NO SUS POR LINFOMA DE HODGKIN NOS ÚLTIMOS CINCO ANOS

Objetivo: Os linfomas constituem um grupo importante, complexo e heterogêneo de distúrbios proliferativos malignos originados a partir das células do tecido linfoide. O Linfoma de Hodgkin (LH) é um tipo raro de câncer que surge a partir de linfócitos B e tipicamente afeta os linfonodos. Nesse contexto, esse estudo visa analisar o perfil epidemiológico das internações, por LH, no SUS brasileiro, no último quinquênio. Métodos: Trata-se de um estudo populacional, descritivo, retrospectivo, com coleta de dados secundários através do Sistema de Morbidade Hospitalar no banco de dados do DATASUS. A população analisada foi composta pelos pacientes internados, no Brasil, entre o período de maio de 2019 a maio de 2024 em decorrência de LH. Os dados foram estratificados e analisados conforme número total de internações, valor total gasto, valor médio por internação, sexo, raça, faixa etária, número de óbitos e taxa de mortalidade. Por tratar-se de fonte de dados de acesso público, o estudo não necessitou de aprovação pelo comitê de ética em pesquisa e humanos. Resultados: No período proposto, foram registradas 27.533 internações por LH, com uma média de 5507 casos por ano sendo que o ano de 2023 foi o que atingiu o maior número de hospitalizações registrando 5.787 (21,01%), seguido pelo de 2021 com 5.390 (19,57%) e 2022 com 5.224 (18,97%). Quando analisadas as regiões, houve maior prevalência na região Sudeste com 46,78% (n = 12.881), em seguida a região Nordeste com 26,13% (n = 7.195), Sul com 16,32% (n = 4.496), Centro-Oeste com 6,09% (n = 1.677) e Norte com 4,66% (n = 1.284). Houve um predomínio do sexo masculino com 55,60% (n = 15.309) sobre o feminino com 44,39% (n = 12.224). Em relação a faixa etária, a mais acometida foi a de pacientes entre 20 a 29 anos com 24,33% (n = 6.699), seguida pela de 30 a 39 anos com 17,33% (n = 4.774) e 40 a 49 anos com 10,69% (n = 2.946). Enquanto a menos acometida foram aqueles menores de 1 ano com 0,07% (n = 22). A raça com maior número de pacientes foi a branca com 42,57% (n = 11.722) e a parda com 42,08% (n = 11.588). Essa população ficou um tempo médio de 5,9 dias hospitalizados, seja enfermaria ou UTI, totalizando R$ 72.874.166,63 reais gastos e uma média de 2.646,79 reais por internação. Dentre todos os pacientes internados, 951 foram a óbito representando uma taxa de mortalidade de 3,45%. Discussão: Os achados desse estudo corroboram com a literatura existente e são consistentes com a epidemiologia do LH, demonstrando maior prevalência de internações em homens jovens com destaque para as faixas etárias de 20 a 29 anos. Outro parâmetro, de grande concordância com a literatura, foi a taxa de mortalidade baixa, isso porque, diante dos avanços no diagnóstico e no tratamento, o número de óbitos pelo LH diminuiu consideravelmente. O valor gasto com o LH foi alto devido ao tratamento quimioterápico, que, apesar de eficaz, ainda apresenta altos custos ao governo. Outro aspecto a ser evidenciado é que não existe uma grande discrepância em relação a etnia porque o número de casos entre brancos e pardos foi semelhante. Conclusão: Apesar dos custos com o tratamento da doença, a taxa de mortalidade é baixa quando a patologia é tratada de forma eficaz. Diante disso, para minorar os números da mortalidade e gastos ao sistema público de saúde, o diagnóstico precoce é imprescindível, pois quanto melhor for o estadiamento, maiores chances de bom prognóstico do paciente e desfechos clínicos mais favoráveis

Tranexamic acid versus placebo to prevent bleeding in patients with haematological malignancies and severe thrombocytopenia (TREATT): a randomised, double-blind, parallel, phase 3 superiority trial

Background: Bleeding is common in patients with haematological malignancies undergoing intensive therapy. We aimed to assess the effect of tranexamic acid on preventing bleeding and the need for platelet transfusions. Methods: TREATT was an international, randomised, double-blind, parallel, phase 3 superiority trial conducted at 27 haematology centres in Australia and the UK. We enrolled adults (aged ≥18 years) receiving intensive chemotherapy or haematopoietic stem-cell transplantation for a haematological malignancy, with a platelet count of 10 × 109 platelets per L or less for 5 days or longer. Patients were randomly assigned (1:1) using block randomisation, stratified by site, to tranexamic acid (1 g every 8 h intravenously or 1·5g every 8 h orally) or placebo when their platelet count was less than 30 × 109 platelets per L. Treatment was continued until platelet recovery or day 30. Prophylactic platelet transfusions were maintained as standard of care. The primary endpoint was the proportion of patients who died or had WHO grade 2 or higher bleeding up to day 30. A modified intention-to-treat population including randomly assigned patients whose platelet count decreased to 30 × 109 platelets per L or less was used for analysis. This trial is registered with ClinicalTrials.gov (NCT03136445), ISRCTN (ISRCTN73545489), and the European Clinical Trials Register (EudraCT 2014-001513-35). Findings: Between June 23, 2015, and Feb 17, 2022, 1736 patients were screened for eligibility, 616 of whom were enrolled and randomly assigned (310 to tranexamic acid and 306 to placebo). 19 participants were excluded from the modified intention-to-treat analysis, leaving 300 participants in the tranexamic acid group and 297 in the placebo group. Participant median age was 58 years (IQR 49–65), 380 (62%) of 616 participants were male, and 235 (38%) were female. The proportion of participants who died or had WHO grade 2 or higher bleeding was 31·7% (90/298 [95% CI 26·6–37·4]) in the tranexamic acid group and 34·2% (98/295 [29·0–40·0]) in the placebo group (hazard ratio 0·92 [95% CI 0·67–1·27]; p=0·62). There were no differences in thrombotic events or veno-occlusive disease. 94 serious adverse events in 77 participants were reported up to day 60 in the tranexamic acid group and 103 events in 82 participants in the placebo group. Interpretation: There is insufficient evidence to support routine use of tranexamic acid to reduce bleeding in patients with haematological malignancies undergoing intensive chemotherapy. Funding: UK National Health Service Blood and Transplant and Australian National Health and Medical Research Council