Evolution long-terme des communautés planctoniques autotrophes dans les écosystèmes côtiers : tendances pluriannuelles

Bien que les écosystèmes côtiers ne représentent que 8,5 % de la surface totale des océans, ils contribuent pour près de 60 % de la valeur économique générée. Une partie des services rendus par ces écosystèmes dépend de la structure du réseau trophique planctonique. La diversité taxonomique et morphologique de ce compartiment et sa sensibilité aux conditions environnementales lui permettent d’évoluer rapidement face aux fluctuations générées par les changements globaux. Les modifications long-terme des conditions environnementales ont des effets sur la structure, la phénologie et la biogéographie de ces communautés et donc sur le fonctionnement des écosystèmes. Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un travail de thèse dont l’objectif principal est d’étudier ces modifications pour l’ensemble des communautés phytoplanctoniques (du pico- au micro-phytoplancton) du littoral français en lien avec des facteurs abiotiques. Elle s’appuie sur le réseau des Parcs Naturels Marins (PNM), une catégorie d’aires marines protégées réparties sur le littoral français, afin de préfigurer un observatoire du changement climatique. Ce travail mobilisera les données acquises par les Services Nationaux d’Observation (SNO) et de surveillance SOMLIT, PHYTOBS et le réseau REPHY. Dans le cadre de ce colloque, les tendances long-terme des communautés phytoplanctoniques et des facteurs environnementaux, calculées à partir de Modèles Linéaires Dynamiques (DLM), seront présentées pour le site Teychan/Tès du Bassin d’Arcachon. Ces premiers résultats obtenus pour le Bassin d’Arcachon serviront de base méthodologique pour être appliqués à l’ensemble des autres sites étudiés afin de dresser les trajectoires écologiques des différentes façades maritimes et faire une intercomparaison multi-sites

Phenotype-Genotype Correlation in 56 Women with Nonclassical Congenital Adrenal Hyperplasia due to 21-Hydroxylase Deficiency

Complete analysis of the CYP21 gene was performed in 56 unrelated French women with symptomatic nonclassical congenital adrenal hyperplasia. The mutational spectrum and the phenotype-genotype correlation were examined. The overall predominant mutation was V281L, which was present on 51% of alleles and in 80% of women. Three novel mutations were found: L317M, R435C, and a 5′-end gene conversion. Sixty-three percent of the women were carrying a severe mutation of the CYP21 gene, and hence risk giving birth to children with a classical form of the disease. In such cases, screening for heterozygosity in the partner is crucial. Potential genotype/phenotype correlations were examined by classifying the patients into three groups according to the CYP21 allelic combinations: A (mild/mild), B (mild/severe), and C (severe/severe). Primary amenorrhea was more frequent, and mean basal and stimulated 17-hydroxyprogesterone levels were higher in compound heterozygotes for mild and severe mutations (group B) compared with women with two mild mutations (group A), but there was a considerable overlap for individual values. Surprisingly, in two women, a severe mutation was found on both alleles (group C). Therefore, the phenotype cannot be accurately predicted from the genotype. Variability in phenotypic expression may be conditioned by mechanisms other than genetic heterogeneity at the CYP21 locus.</jats:p

Uneven genotypic diversity of Escherichia coli in fecal sources limits the performance of a library-dependent method of microbial source tracking on the southwestern French Atlantic coast

International audienceTo develop a library-dependent method of tracking fecal sources of contamination of beaches on the Atlantic coast of southwestern France, a library of 6368 Escherichia coli isolates was constructed from samples of feces, from 40 known human or animal sources collected in the vicinity of Arcachon Bay in 2010, and in French Basque Country, Landes, and Beam, between 2017 and 2018. Different schemes of source identification were tested: use of the complete or filtered reference library; characterization of the isolates by genotypic or proteomic profiling based on ERIC-PCR or MALDI-TOF mass spectrometry, respectively; isolate by isolate assignment using either classifiers based on the Pearson similarity or SVM (support vector machine). With the exception of one source identification scheme, which was discarded since it used self-assignment, all tested schemes resulted in low rates of correct classification (15%). The heterogeneous coverage of E. coli genotypic diversity between sources and the uneven distribution of E. coli genotypes in the library likely explain the difficulties encountered in identifying the sources of fecal contamination. Shannon diversity index of sources ranged from 0 for several wildlife species sampled once to 3.03 for sewage treatment plant effluents sampled on various occasions, showing discrepancies between sources. The uneven genotypic composition of the library was attested by the value of the Pielou index (0.54), the high proportion of nondiscriminatory genotypes (>91% of the isolates), and the very low proportion of discriminatory genotypes (<3%). Since efforts made to constitute such a library are not affordable for routine analyses, the results question the relevance of developing such a method for identifying sources of fecal contamination on such a coastline

Uneven genotypic diversity of <i>Escherichia coli</i> in fecal sources limits the performance of a library-dependent method of microbial source tracking on the southwestern French Atlantic coast

To develop a library-dependent method of tracking fecal sources of contamination of beaches on the Atlantic coast of southwestern France, a library of 6368 Escherichia coli isolates was constructed from samples of feces, from 40 known human or animal sources collected in the vicinity of Arcachon Bay in 2010, and in French Basque Country, Landes, and Béarn, between 2017 and 2018. Different schemes of source identification were tested: use of the complete or filtered reference library; characterization of the isolates by genotypic or proteomic profiling based on ERIC-PCR or MALDI-TOF mass spectrometry, respectively; isolate by isolate assignment using either classifiers based on the Pearson similarity or SVM (support vector machine). With the exception of one source identification scheme, which was discarded since it used self-assignment, all tested schemes resulted in low rates of correct classification (&lt;35%) and significant rates of incorrect classification (&gt;15%). The heterogeneous coverage of E. coli genotypic diversity between sources and the uneven distribution of E. coli genotypes in the library likely explain the difficulties encountered in identifying the sources of fecal contamination. Shannon diversity index of sources ranged from 0 for several wildlife species sampled once to 3.03 for sewage treatment plant effluents sampled on various occasions, showing discrepancies between sources. The uneven genotypic composition of the library was attested by the value of the Pielou index (0.54), the high proportion of nondiscriminatory genotypes (&gt;91% of the isolates), and the very low proportion of discriminatory genotypes (&lt;3%). Since efforts made to constitute such a library are not affordable for routine analyses, the results question the relevance of developing such a method for identifying sources of fecal contamination on such a coastline. </jats:p

Role of suspended particulate material on growth and metal bioaccumulation in oysters (Crassostrea gigas) from a French coastal semi-enclosed production area, Arcachon Bay

International audienceArcachon Bay is a prominent oyster production area on the coast of Western Europe, and is subject to chemical contamination including by trace metals. Recently, the national "mussel-watch" monitoring network - using local bivalves as semi-quantitative bioindicators of coastal chemical contamination - highlighted a significant increase in copper (Cu) concentrations in oysters from this bay. Here, we conducted a one-year multi-compartment and multi-parameter field study to investigate some aspects of the surrounding environment of oysters that could explain their metal bioaccumulation. Sediment, seawater (through punctual and passive sampling), particles (suspended particulate material of selected sizes, including trophic resources for oysters) and transplanted oysters were regularly collected at two contrasted sites of the bay (i.e. under continental versus more oceanic influence). These matrices were characterised for their total Cu, zinc (Zn), nickel (Ni), cadmium (Cd) and lead (Pb) concentrations. Several physico-chemical and biological parameters (e.g. salinity, particle loads, oyster growth rate and condition indices, carbon and nitrogen stable isotope compositions, etc.) were also analysed. Overall, sediment, particles and oysters from the outermost site had slightly lower δ13C values, confirming the more oceanic influence in this part of the bay. Among organic particles, although dinoflagellates tended to be more abundant at the outermost site while ciliates were more abundant at the innermost site of the bay, the two sites did not differ in mean total microphytoplankton and diatom densities. However, the variations observed for most of the other parameters studied show that oysters located near the continental shore are exposed to higher loads of particles in general, and to higher metal contents in the dissolved phase and "bulk" seawater (dissolved plus particulate phases) during the year. While fluvial inputs and continental/urban run-offs are suspected sources of anthropogenic metal inputs into the bay, (fine) sediment particle resuspension appears to be a likely major contributor to metal release and hence to the contamination of the bay including oysters. The decline of seagrass beds in the last two decades in the bay could also have decreased the potential of fine particle retention in the sedimentary stratum. Concomitantly, oysters presenting the highest metal concentrations were those with the lower growth rates and condition indices, which may be induced by physical constraints, high amounts of pseudo-faeces produced and/or reduced food and energy acquisition by oysters due to high particle loads in the water column. The findings of this study imply that using raw metal concentrations in bivalves to monitor marine coastal contamination can lead to misleading interpretations if potentially great spatial variations in bivalve growth rates or condition indices are not considered. Finally, peculiar trends were observed for Cu compared to other metals, highlighting the need of further studies to fully address the Cu contamination in this marine system (e.g. specific sources of contamination for this metal in the bay). This study more broadly raises the issue of potentially man-induced ecological changes (e.g. modification of natural habitats) and their consequences on metal transfer and physiological performance of marine biota

Evolution long-terme des communautés planctoniques autotrophes dans les écosystèmes côtiers : tendances pluriannuelles

National audienceBien que les écosystèmes côtiers ne représentent que 8,5 % de la surface totale des océans, ils contribuent pour près de 60 % de la valeur économique générée. Une partie des services rendus par ces écosystèmes dépend de la structure du réseau trophique planctonique. La diversité taxonomique et morphologique de ce compartiment et sa sensibilité aux conditions environnementales lui permettent d’évoluer rapidement face aux fluctuations générées par les changements globaux. Les modifications long-terme des conditions environnementales ont des effets sur la structure, la phénologie et la biogéographie de ces communautés et donc sur le fonctionnement des écosystèmes. Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un travail de thèse dont l’objectif principal est d’étudier ces modifications pour l’ensemble des communautés phytoplanctoniques (du pico- au micro-phytoplancton) du littoral français en lien avec des facteurs abiotiques. Elle s’appuie sur le réseau des Parcs Naturels Marins (PNM), une catégorie d’aires marines protégées réparties sur le littoral français, afin de préfigurer un observatoire du changement climatique. Ce travail mobilisera les données acquises par les Services Nationaux d’Observation (SNO) et de surveillance SOMLIT, PHYTOBS et le réseau REPHY. Dans le cadre de ce colloque, les tendances long-terme des communautés phytoplanctoniques et des facteurs environnementaux, calculées à partir de Modèles Linéaires Dynamiques (DLM), seront présentées pour le site Teychan/Tès du Bassin d’Arcachon. Ces premiers résultats obtenus pour le Bassin d’Arcachon serviront de base méthodologique pour être appliqués à l’ensemble des autres sites étudiés afin de dresser les trajectoires écologiques des différentes façades maritimes et faire une intercomparaison multi-sites

Evolution long-terme des communautés planctoniques autotrophes dans les écosystèmes côtiers : tendances pluriannuelles

National audienceBien que les écosystèmes côtiers ne représentent que 8,5 % de la surface totale des océans, ils contribuent pour près de 60 % de la valeur économique générée. Une partie des services rendus par ces écosystèmes dépend de la structure du réseau trophique planctonique. La diversité taxonomique et morphologique de ce compartiment et sa sensibilité aux conditions environnementales lui permettent d’évoluer rapidement face aux fluctuations générées par les changements globaux. Les modifications long-terme des conditions environnementales ont des effets sur la structure, la phénologie et la biogéographie de ces communautés et donc sur le fonctionnement des écosystèmes. Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un travail de thèse dont l’objectif principal est d’étudier ces modifications pour l’ensemble des communautés phytoplanctoniques (du pico- au micro-phytoplancton) du littoral français en lien avec des facteurs abiotiques. Elle s’appuie sur le réseau des Parcs Naturels Marins (PNM), une catégorie d’aires marines protégées réparties sur le littoral français, afin de préfigurer un observatoire du changement climatique. Ce travail mobilisera les données acquises par les Services Nationaux d’Observation (SNO) et de surveillance SOMLIT, PHYTOBS et le réseau REPHY. Dans le cadre de ce colloque, les tendances long-terme des communautés phytoplanctoniques et des facteurs environnementaux, calculées à partir de Modèles Linéaires Dynamiques (DLM), seront présentées pour le site Teychan/Tès du Bassin d’Arcachon. Ces premiers résultats obtenus pour le Bassin d’Arcachon serviront de base méthodologique pour être appliqués à l’ensemble des autres sites étudiés afin de dresser les trajectoires écologiques des différentes façades maritimes et faire une intercomparaison multi-sites

Evolution long-terme des communautés planctoniques autotrophes dans les écosystèmes côtiers : tendances pluriannuelles

National audienceBien que les écosystèmes côtiers ne représentent que 8,5 % de la surface totale des océans, ils contribuent pour près de 60 % de la valeur économique générée. Une partie des services rendus par ces écosystèmes dépend de la structure du réseau trophique planctonique. La diversité taxonomique et morphologique de ce compartiment et sa sensibilité aux conditions environnementales lui permettent d’évoluer rapidement face aux fluctuations générées par les changements globaux. Les modifications long-terme des conditions environnementales ont des effets sur la structure, la phénologie et la biogéographie de ces communautés et donc sur le fonctionnement des écosystèmes. Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un travail de thèse dont l’objectif principal est d’étudier ces modifications pour l’ensemble des communautés phytoplanctoniques (du pico- au micro-phytoplancton) du littoral français en lien avec des facteurs abiotiques. Elle s’appuie sur le réseau des Parcs Naturels Marins (PNM), une catégorie d’aires marines protégées réparties sur le littoral français, afin de préfigurer un observatoire du changement climatique. Ce travail mobilisera les données acquises par les Services Nationaux d’Observation (SNO) et de surveillance SOMLIT, PHYTOBS et le réseau REPHY. Dans le cadre de ce colloque, les tendances long-terme des communautés phytoplanctoniques et des facteurs environnementaux, calculées à partir de Modèles Linéaires Dynamiques (DLM), seront présentées pour le site Teychan/Tès du Bassin d’Arcachon. Ces premiers résultats obtenus pour le Bassin d’Arcachon serviront de base méthodologique pour être appliqués à l’ensemble des autres sites étudiés afin de dresser les trajectoires écologiques des différentes façades maritimes et faire une intercomparaison multi-sites