A serological survey of eight infectious diseases in a population of free ranging deer (Cervus timorensis russa) in Mauritius

Rusa deer (Cervus timorensis russa) is the most important red meat production of Mauritius. More than 70.000 heads are exploited annually for 440 tones of venison. This survey was undertaken in 2007 in order to update the status of the Mauritian deer population for eight infectious diseases, since no systematic health survey had been performed in the last ten years. A total of 369 deer from 28 extensive herds were randomly sampled during hunting operations. Male deer were more represented than females whereas the age distribution was balanced. Positive results were found for bovine tuberculosis (one case of Mycobacterium bovis, macrocospical examination and PCR confirmation), Johne's disease (1.7%, n=351, indirect ELISA and PCR confirmation), cowdriosis (95.5%, n=178, IFAT), leptospirosis (25.9%, n=363, MAT), bluetongue (4.1%, n=369, competitive ELISA), and EHD (1.3%, n=369, indirect ELISA). Negative results were found for Brucella abortus (n=355, indirect ELISA; n=99, Rose Bengal Test) and Rift Valley Fever Virus (n=88, indirect ELISA). Those results are the first for Johne's disease, leptospirosis, and bluetongue and EHD in Rusa deer in Mauritius. They also confirmed the maintenance of bovine tuberculosis and cowdriosis in the deer population since the 1980's and the probable absence of Brucella abortus osis and Rift Valley Fever Virus. This survey provided evidence of the need to monitor the health of farmed wildlife more regularly in order to detect zoonosis, infectious diseases of livestock and initiate an eradication program with the long term goal of certifying healthy farms and export venison overseas. (Résumé d'auteur

Risk assessment scenarios to understand the persistence of Rift Valley fever in Comoros (Indian Ocean)

Rift Valley Fever (RVF) is an arbozoonosis identified for the first time in Kenya in the 1930s. In 2000, the first apparition of the virus out of Africa was described in the Arabian Peninsula with both animal and human cases. Indian Ocean showed animal and human cases in 2008 in Madagascar where the disease was absent during 17 years while the same year the same year the first human case was diagnosed in Mayotte from a young Comorian. Lots of models described climate drivers of RVF outbreaks. These models failed to predict malagasy outbreaks. These recent spreads of the disease are likely to be also linked with animal movements. Forecasting outbreaks and managing rapid control of the disease request adapted and more flexible models. This study assessed two scenarios of risk in the Comoros Islands and compared the results with some surveillance data in order to determine the potential role of the introduction of an exogenous hazard. The first scenario explored the endemicity of the disease through insect-borne transmission and developed the probability for the disease to be spread throughout the island because of infectious mosquito bites. The second scenario developed a model with new legal introduction of cattle from Tanzania and subsequent contact and infection of bovines in Comoros (Grande Comores). A quantitative stochastic approach permitted to include variability as well as uncertainty in this quantitative risk assessment. Advanced analysis of the sensitivity of the models allowed to explore the most probable pathways of transmission and therefore to define thresholds to set priorities in the RVF surveillance and the control measures. (Texte intégral

Un algorithme big-data pour la local-PLS

La spectrométrie proche infrarouge peut fournir d'énormes quantités de données à l'agriculture numérique. Un des outils principaux utilisé pour analyser les spectres est la PLS. La méthode a prouvé sa pertinence pour les petites bases de données homogènes. Son extension aux bases de taille moyenne est la "local-PLS" : elle détermine un voisinage de l'individu à prédire, puis réalise une PLS sur ce voisinage. Cette méthode combine la puissance de la méthode des k plus proches voisins et de la PLS. Cependant, cette méthode n'est pas capable de traiter de grandes bases de données qui apparaîtront dans un futur proche. Les algorithmes local-PLS actuels utilisent tous des algorithmes k-NN (méthode force brute) pour lesquels les temps de calcul deviennent irréalistes ; d'autres algorithmes doivent être considérés. Nous proposons d'étudier un algorithme de réduction de dimensionnalité et de recherche rapide du voisinage utilisé pour traiter de grands ensembles de séries chronologiques (ayant une structure de données similaire aux spectres NIR) : ParSketch. Dans cette présentation, nous allons étudier la méthode ParSketch et la comparer à la méthode k-nn. Pour cela, nous avons traité un problème de classification et étudié les résultats des méthodes ParSketch-PLS-DA, Knn(force brute)-PLS-DA et PLS-DA

Bluetongue and epizootic hemorrhagic disease in La Réunion; a burden on ruminant farming

Since 2002, the livestock of Réunion Island has been subject to reoccurring outbreaks of Bluetongue (BT) and Epizootic Hemorrhage Disease (EHD). To find out a solution to this problem, that can have severe financial implications to ruminant farmers, a study was carried out between March and September of 2011. The aims of this study were: (1) to confirm the circulation of the viral agents in relation to both host reservoirs and insect vectors; (2) to assess the health status of Réunion Island's livestock; and (3) to identify major risk factors pertaining to ruminant farming due to these viruses. A total of 254 cows from 51 farms and 206 sheep and goats were chosen randomly for testing. Multiple blood samples were taken from all sampled animals. Farming procedures and environmental conditions were assessed for each farm via a questionnaire. Any animal exhibiting clinical symptoms of viral infection was also tested. Serology was done using commercially available LSIVET kits, viral detection was performed via RT-PCR and genotyping was performed externally. Logistic regression was used to assess potential risk factors after a fist of univariate analysis (Chi2). Serology studies suggested that ~50% of ruminants were positive for Bluetongue and ~40% for EHD. EHDV-1 virus was detected in ~5% of animals and bluetongue variant 2 was detected in ~1%. Statistical analysis showed that the major risk factors for Bluetongue and EHD viral infection of ruminant livestock include; the category of the reared livestock, the presence of organic waste, the presence of a water source and the proximity of another farm. Those results are the first step to a better understanding of what could happen in the futur in Western Europe. (Texte intégral

Orbiviruses in Rusa Deer, Mauritius, 2007

Bluetongue and epizootic hemorrhagic disease are caused by orbiviruses transmitted by Culicoides spp. biting midges (Diptera: Ceratopogonidae). These diseases are restricted to regions where their vectors exist and seem to be expanding to previously unaffected areas. Infection of wild and domestic ruminants is common. Bluetongue virus (BTV) causes severe clinical disease in certain breeds of sheep; BTV and epizootic hemorrhagic disease virus (EHDV) cause clinical disease in some species of deer.The French Ministry of Foreign Affairs within the project “Support to the harmonization of epidemiological surveillance networks for livestock diseases” (FSP project no. 2003–067).http://www.cdc.gov/eidnf201

Circulation de la Fièvre de la Vallée du Rift à Mayotte : Quels sont les facteurs de risque d'infection du cheptel de

L'arrivée de la Fièvre de la Vallée du Rift (FVR) dans la zone Océan Indien, par différentes voies, pose le problème de la circulation virale au sein des îles et entre elles. Le programme " AnimalRisk " qui a débuté en 2008 a dressé, dans une première phase, un bilan de la situation sanitaire des cheptels de ruminants dans les différentes îles de l'Océan Indien : Comores, Madagascar, Maurice, Réunion et Seychelles. Dans une deuxième phase, il tente de comprendre les déterminants de l'épidémiologie de cette maladie. A Mayotte, après l'épizootie de 2008, de nombreuses séroconversions ont ainsi été mises en évidence au sein des troupeaux de ruminants. Les objectifs de notre étude sont de mettre en évidence une circulation virale à bas bruit chez les ruminants en période inter épizootique au sein du cheptel mahorais et identifier les facteurs de risque majeurs d'infection afin de mieux contrôler cette maladie. Pour ce faire, d'une part, un suivi sérologique mensuel (Mars à Août) a été effectué dans cinq élevages situés sur dans différentes zones de l'île. La recherche d'anticorps anti-FVR a été effectuée sur les sérums à l'aide d'un kit de diagnostic ELISA. D'autre part, une enquête sur les pratiques d'élevage et l'environnement a été conduite chez 35 éleveurs du suivi sentinelle FVR des vétérinaires sanitaires ; des prélèvements de sang sur les ruminants de l'exploitation ont accompagné chaque visite. Les résultats sérologiques mettent en lumière une circulation virale silencieuse au sein des cheptels mahorais avec une prévalence de 32% (28%-34%). L'analyse statistique par sélection de modèles (critère d'information d'Akaike) et inférence multi-modèle a permis de montrer que l'abattage sur les exploitations (OR =2.4), le contact des animaux avec un point d'eau (OR=2.6), la faible distance point d'eau/élevage (OR=3.5) et le type de végétation (OR=2.5) constituent des facteurs de risque majeurs d'infection. (Texte intégral

Fièvre de la Vallée du Rift : Les Comores: porte d'entrée du virus?

Identifié à Madagascar depuis 1979, le virus de la Fièvre de la Vallée du Rift (FVR) provoque régulièrement épidémies et épizooties dans la région Océan Indien. Lancé en 2009, le programme "AnimalRisk" a déjà mis en évidence lors de sa première phase, un passage important du virus dans la région et notamment dans tout l'archipel des Comores pour lequel aucune information n'était connue à ce jour. En effet, plus d'un ruminant comorien sur trois prélevé a été testé positif à la recherche d'anticorps anti-FVR. La prévalence globale de la maladie est de 32.8% (28.6% - 36.9%) et varie en fonction des îles avec Anjouan 26.6% (20.0% - 33,3%), Grande Comore 34.3% (28,7% - 40,0%) et Mohéli 45.8% (31.7% - 59.9%). Cette nouvelle donnée, aussi importante, méritait d'être complétée afin de savoir si le virus était toujours présent dans l'archipel. L'importation régulière de ruminants tanzaniens par l'Union des Comores ainsi que les échanges formels et informels de personnes et d'animaux entre les îles de la zone sont des risques d'introduction ou de réintroduction des pathogènes et notamment du virus de la FVR. Plus encore, les facteurs potentiels d'endémisation de la maladie doivent être identifiés et caractérisés afin d'évaluer le risque d'apparition de futures épidémies ou épizooties. Pour répondre à ces questions, un large dispositif a été mis en place lors de la seconde phase du programme " AnimalRisk "dans tous les pays de l'Océan Indien affectés par cette maladie. Pour deux zones de Madagascar, cinq de Mayotte et quatre de l'Union des Comores, des animaux sentinelles ont été identifiés et un suivi sérologique et virologique a été réalisé pendant au moins un an. Des nouvelles données sur les flux d'animaux ont été également collectées suite à la mise en place d'un suivi mensuel des échanges au niveau des points d'entrées/sorties probables d'animaux dans les îles de l'archipel des Comores. En parallèle, la caractérisation du milieu ainsi que des pratiques d'élevage et de commercialisation a été effectuée. Enfin, un suivi entomologique, mené en même temps que le suivi animal, a été réalisé sur les mêmes zones afin de recenser les espèces entomologiques hématophages et les vecteurs potentiels du virus de la FVR. Les résultats préliminaires de ce second volet du programme " AnimalRisk " vont tous dans le même sens. Le virus de la FVR est bien présent et circule en période interépidémique dans tous les pays de l'étude. Ainsi, pour la seule Union des Comores, sur une moyenne de 20 animaux suivis par site pour Anjouan et Mohéli et 35 pour la Grande Comore, onze animaux ont séroconverti. Les séroconversion ont été observées sur les trois îles mais l'incidence la plus élevée est observée à Mohéli avec 35.9% des animaux naïfs de l'étude ayant séroconverti sur 15 mois. (Texte intégral

Towards a better understanding of Rift Valley fever epidemiology in the south-west of the Indian Ocean.

International audience: Rift Valley fever virus (Phlebovirus, Bunyaviridae) is an arbovirus causing intermittent epizootics and sporadic epidemics primarily in East Africa. Infection causes severe and often fatal illness in young sheep, goats and cattle. Domestic animals and humans can be contaminated by close contact with infectious tissues or through mosquito infectious bites. Rift Valley fever virus was historically restricted to sub-Saharan countries. The probability of Rift Valley fever emerging in virgin areas is likely to be increasing. Its geographical range has extended over the past years. As a recent example, autochthonous cases of Rift Valley fever were recorded in 2007--2008 in Mayotte in the Indian Ocean. It has been proposed that a single infected animal that enters a naive country is sufficient to initiate a major outbreak before Rift Valley fever virus would ever be detected. Unless vaccines are available and widely used to limit its expansion, Rift Valley fever will continue to be a critical issue for human and animal health in the region of the Indian Ocean

Neuroprotective effect of therapeutic hypothermia versus standard care alone after convulsive status epilepticus: protocol of the multicentre randomised controlled trial HYBERNATUS

Convulsive status epilepticus (CSE) is a major medical emergency associated with a 50 % morbidity rate. CSE guidelines have recommended prompt management for many years, but there is no evidence to date that they have significantly improved practices or outcomes. Developing neuroprotective strategies for use after CSE holds promise for diminishing morbidity and mortality rates. Hypothermia has been shown to afford neuroprotection in various health conditions. We therefore designed a trial to determine whether 90-day outcomes in mechanically ventilated patients with CSE requiring management in the intensive care unit (ICU) are improved by early therapeutic hypothermia (32–34 °C) for 24 h with propofol sedation. We are conducting a multicentre, open-label, parallel-group, randomised, controlled trial (HYBERNATUS) of potential neuroprotective effects of therapeutic hypothermia and routine propofol sedation started within 8 h after CSE onset in ICU patients requiring mechanical ventilation. Included patients are allocated to receive therapeutic hypothermia (32–34 °C) plus standard care or standard care alone. We plan to enrol 270 patients in 11 ICUs. An interim analysis is scheduled after the inclusion of 135 patients. The main study objective is to evaluate the effectiveness of therapeutic hypothermia (32–34 °C) for 24 h in diminishing 90-day morbidity and mortality (defined as a Glasgow Outcome Scale score <5). The HYBERNATUS trial is expected to a decreased proportion of patients with a Glasgow Outcome Scale score lower than 5 after CSE requiring ICU admission and mechanical ventilation. Trial registration Clinicaltrials.gov identifier NCT01359332 (registered on 23 May 2011