A free central-limit theorem for dynamical systems

The free central-limit theorem, a fundamental theorem in free probability, states that empirical averages of freely independent random variables are asymptotically semi-circular. We extend this theorem to general dynamical systems of operators that we define using a free random variable $X$ coupled with a group of *-automorphims describing the evolution of $X$. We introduce free mixing coefficients that measure how far a dynamical system is from being freely independent. Under conditions on those coefficients, we prove that the free central-limit theorem also holds for these processes and provide Berry-Essen bounds. We generalize this to triangular arrays and U-statistics. Finally we draw connections with classical probability and random matrix theory with a series of examples

Capturing the ‘ome’ : the expanding molecular toolbox for RNA and DNA library construction

All sequencing experiments and most functional genomics screens rely on the generation of libraries to comprehensively capture pools of targeted sequences. In the past decade especially, driven by the progress in the field of massively parallel sequencing, numerous studies have comprehensively assessed the impact of particular manipulations on library complexity and quality, and characterized the activities and specificities of several key enzymes used in library construction. Fortunately, careful protocol design and reagent choice can substantially mitigate many of these biases, and enable reliable representation of sequences in libraries. This review aims to guide the reader through the vast expanse of literature on the subject to promote informed library generation, independent of the application

Performance evaluation of DNA copy number segmentation methods

A number of bioinformatic or biostatistical methods are available for analyzing DNA copy number profiles measured from microarray or sequencing technologies. In the absence of rich enough gold standard data sets, the performance of these methods is generally assessed using unrealistic simulation studies, or based on small real data analyses. We have designed and implemented a framework to generate realistic DNA copy number profiles of cancer samples with known truth. These profiles are generated by resampling real SNP microarray data from genomic regions with known copy-number state. The original real data have been extracted from dilutions series of tumor cell lines with matched blood samples at several concentrations. Therefore, the signal-to-noise ratio of the generated profiles can be controlled through the (known) percentage of tumor cells in the sample. In this paper, we describe this framework and illustrate some of the benefits of the proposed data generation approach on a practical use case: a comparison study between methods for segmenting DNA copy number profiles from SNP microarrays. This study indicates that no single method is uniformly better than all others. It also helps identifying pros and cons for the compared methods as a function of biologically informative parameters, such as the fraction of tumor cells in the sample and the proportion of heterozygous markers. Availability: R package jointSeg: http://r-forge.r-project.org/R/?group\_id=156

Improving a pavement-watering method on the basis of pavement surface temperature measurements

Pavement-watering has been studied since the 1990's and is currently considered a promising tool for urban heat island reduction and climate change adaptation. However, possible future water resource availability problems require that water consumption be optimized. Although pavement heat flux can be studied to improve pavement-watering methods (frequency and water consumption), these measurements are costly and require invasive construction work to install appropriate sensors in a dense urban environment. Therefore, we analyzed infrared camera measurements of pavement surface temperatures in search of alternative information relevant to this goal. Firstly, surface temperature reductions of up to 4{\textdegree}C during shading and 13{\textdegree}C during insolation were found. Secondly, the infrared camera successfully detected temperature spikes indicative of surface drying and can therefore be used to optimize the watering frequency. Measurements made every 5 min or less are recommended to minimize relevant data loss. Finally, if the water retaining capacity of the studied pavement is known, optimization of total water consumption is possible on the sole basis of surface temperature measurements.Comment: Published in Urban Climat

Assessment of the ecophysiological conditions and trophic ecology of two cetacean species (Tursiops truncatus and Globicephala macrorhynchus) in Madeira Archipelago, using RNA/DNA ratios and Carbon/Nitrogen stable isotopes

Madeira is home of up to 22 cetacean species, which makes this place an important spot for conservation measures. There is a need to assess the nutritional state of marine mammals in the region, to prevent or monitor detrimental effects from natural and anthropogenic stressors. This study investigates the nutritional state of bottlenose dolphins and short-finned pilot whales in Madeira, via the usage of RNA/DNA ratios and provides an insight into their trophic ecology and habitat residency thanks to carbon and nitrogen stable isotopes analysis. In 2017-2018, RNA/DNA ratios and stable isotopes were determined from skin samples, and stable isotopes were compared with those in samples of their potential preys. SIMMs (Stable Isotope Mixing Models) determined the contribution of each prey species in the diet of the two cetacean species. RNA/DNA ratios of both species indicated that cetaceans were in good nutritional states and that ratios were different across taxa. Ratios were not significantly different across seasons and residency patterns. The δ13C values supported preferences for offshore waters for short-finned pilot whales and inshore waters for bottlenose dolphins and underlined spatial segregation between the two species. The δ15N values informed that pilot whales (mean=12.7‰, SD=0.5) and bottlenose dolphins (mean=10.9‰; SD=0.7) occupied high trophic levels. SIMMs did not support that pilot whales adopted a theuthophagus preferential diet, but rather consumed large amounts of mackerels and tuna species. Moreover, there were no significant differences in their diets across seasons but there were differences between residency patterns. SIMMs predicted that bottlenose dolphins fed on demersal and pelagic fishes and it existed intra-season variabilities in isotopic values. The study provides a better understanding of the two species ecology and highlights their organisation in space in Madeira. It suggests that RNA/DNA ratios, could be good proxies for the determination of nutritional states in cetaceans and help for successful conservation.O arquipélago da Madeira possui seis reservas marinhas, que contribuem para a extensa rede de áreas marinhas protegidas na região da Macaronésia. Embora a zona marinha da ilha tenha ambiente oligotrófico, com limitação de nutrientes, alberga numerosas espécies de cetáceos. No entanto, não foi ainda estudado o estado nutricional dos mamíferos marinhos, nem avaliada a ecologia trófica durante a sua residência no arquipélago, o que é determinante para prevenir ou monitorizar efeitos prejudiciais (imediatos ou a longo prazo) das perturbações antrópicas ou naturais (alterações globais) A contribuição das diferentes espécies de presas na dieta da baleia-piloto-tropical e do golfinho-roaz ao longo do ano necessita também de ser descrita na Madeira. Além disso, as análises isotópicas nunca foram associadas a um indicador de estado nutricional e de saúde, como a razão RNA/DNA. Este estudo investiga a ecologia trófica de duas espécies de delfinídeos, em função das estações do ano e padrões de residência (transitórios, residentes, visitantes) no arquipélago da Madeira, utilizando isótopos estáveis de carbono e azoto, e esclarece o seu estado nutricional através da razão RNA/DNA. Em 2017 e 2018, realizaram-se biópsias de baleia-piloto-tropical e de golfinho-roaz na Madeira. A razão RNA/DNA e isótopos estáveis foram determinadas a partir de amostras de pele e os resultados dos isótopos estáveis foram comparados com os de amostras de suas potenciais presas na região da Madeira. Os valores dos isótopos estáveis permitiram a execução de múltiplos modelos de mistura de isótopos bayesianos, a fim de determinar a contribuição de cada espécie de presa na dieta dos dois mamíferos marinhos. A razão de RNA/DNA de ambas as espécies indicou que, em geral, estavam em bom estado nutricional, e a alimentar-se de presas na zona, apesar de existir diferenças nos valores entre os táxons. As proporções não foram significativamente diferentes em entre as estações e os padrões de residência. Embora, os visitantes tendessem a ter uma proporção maior do que outros padrões, o que poderia ser devido a uma capacidade de predação de animais mais diversificados e maiores, pois também registravam os maiores valores de δ15N ou uma variação intraespecífica entre diferentes populações da mesma espécie. Grandes variações intraespecíficas foram observadas no golfinho-roaz, pelo que novos estudos devem investigar os fatores de variações desta relação. Os valores dos isótopos estáveis de carbono confirmaram que a baleia-piloto-tropical depende de águas profundas, enquanto o golfinho-roaz depende de águas costeiras. Os valores de isótopos estáveis de nitrogénio implicaram que a baleia-piloto-tropical (média 12,7 ‰) e o golfinho-roaz (média de 10,9 ‰) ocupam altos níveis tróficos e que a baleia-piloto ocupa uma posição trófica superior. No entanto, os resultados do modelo misto bayesiano não suportaram a hipótese de que as baleias-piloto adotaram uma dieta de teutófagos no arquipélago, como descrito noutros estudos, mas parecem consumir grandes quantidades de cavala e de atuns. A menor área de nicho dietético para as baleias-piloto sugeriu que tinham mais especialização ou tinham menor variação inter-individual do que os roazess. De facto, os roazes apresentaram pequenas variações na sua dieta ao longo das estações, o que poderia ter explicado a área de nicho mais ampla. As baleias-piloto não tiveram diferenças significativas na contribuição de suas presas ao longo das estações, mas assumiram que endossavam diferentes hábitos alimentares em função de sua residência na ilha. Os transientes e visitantes tendiam a se alimentar de uma grande variedade de espécies de presas, enquanto os residentes podiam ser considerados mais especializados com uma dieta focada em espécies intermediárias de nível trófico. O modelo misto bayesiano previu que os roazes se alimentavam de peixes pelágicos, como cavalas e sardinhas, e dependiam de uma proporção relativamente alta de lulas. Foi registada variabilidade intra-estações nos valores isotópicos para os roazes, provavelmente explicados por variações na disponibilidade de presas, o que levou a uma menor competição entre as duas espécies. A dinâmica das presas deve ser investigada na Madeira para determinar os factores de variação dos isótopos estáveis na baleias-piloto-tropical e no golfinho-roaz. Este estudo permite uma melhor compreensão da ecologia destas duas espécies na região da Madeira, e sugere que a razão RNA/DNA um indicador de condição fisiológica, e a análise isotópica em conjunto poderão ser no futuro uma ferramenta a aplicar na determinação do estado ecofisiológico e ecologia alimentar de mamíferos marinhos, contribuindo assim para uma adequada conservação destes grandes vertebrados

Exposition à l'Abbaye d'Arthous à Hastingues (Landes) du 7 octobre au 10 décembre 2006. « Les Magdaléniens à Duruthy, Qui étaient-ils ? Comment vivaient-ils ? »

Présentation de l'exposition sur les gisments de la falaise du Pasto

On MITL and alternating timed automata over infinite words

One clock alternating timed automata (OCATA) have been introduced as natural extension of (one clock) timed automata to express the semantics of MTL. In this paper, we consider the application of OCATA to the problems of model-checking and satisfiability for MITL (a syntactic fragment of MTL), interpreted over infinite words. Our approach is based on the interval semantics (recently introduced in [BEG13] in the case of finite words) extended to infinite words. We propose region-based and zone-based algorithms, based on this semantics, for MITL model-checking and satisfiability. We report on the performance of a prototype tool implementing those algorithms

Book review: the Hizbullah phenomenon: politics and communication

The authors of this book address how Hizbullah uses image, language, and its charismatic leader, Hassan Nasrallah, to legitimize its political aims and ideology and appeal to different target groups. Reviewer Morgane Colleau thinks this is a highly valuable contribution that sheds much needed light on a key causal dimension in the movement’s endurance

Epidemiologia das lesões no esqui alpino: fatores de risco e prevenção primária das lesões do ligamento cruzado anterior

Projeto de Graduação apresentado à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Licenciada em FisioterapiaO esqui alpino é uma disciplina muito praticada na Europa e apresenta grande risco de lesões. Objetivo: esta revisão da literatura teve como propósito perceber a epidemiologia lesiva no esqui Alpino, conhecer os fatores de risos da lesão do LCA e os seus mecanismos lesivos, assim como os programas de prevenção primária implementados e sua eficácia. Metodologia: foi efetuada uma pesquisa computorizada na base de dados PubMed. Os critérios de inclusão foram artigos que abordassem lesões no esqui Alpino, salientando as lesões do LCA, fatores de riscos e prevenção primária das lesões do LCA nesta modalidade desportiva. Como critério de exclusão considerou-se artigos que não fossem da temática, artigos de revisão, e estudos de casos. Resultados: A região anatómica mais frequentemente lesada foi o membro inferior, sendo o joelho o local mais afetado. O tipo de lesão mais comum foi a entorse do joelho, incluindo as lesões do LCA. Os principais fatores de riscos foram o bom nível de esqui, a primeira e última hora de prática sobre uma neve dura durante a competição, e uma neve mole para os esquiadores de lazer. Os mecanismos de lesão do LCA com maior ocorrência foram a receção de um salto em hiperextensão, tal como o mecanismo em valgus e rotação externa do joelho. Os meios mais eficazes de prevenção primária na lesão do LCA foram os programas de sensibilização e educação. Conclusão: Com um conhecimento do contexto lesivo, tanto sobre a epidemiologia das lesões no esqui, como sobre os fatores de risco e técnicas preventivas, poder-se-á intervir de um modo eficaz na perceção das necessidades físicas e propriocetivas dos praticantes de esqui alpino, contribuindo para uma maior estabilização do joelho, evitando as lesões, e, especificamente, as lesões do LCA, que são as mais frequentes.Alpine skiing is a discipline practiced in Europe and can be responsible of High risk of injury. Objective: This review of the literature aimed to understand the epidemiology of Alpine skiing, to know the risk factors of the ACL lesion and its harmful mechanisms, as well as the primary prevention programs implemented and their effectiveness. Methodology: A computerized search was performed based on PubMed database. The inclusion criteria were articles addressing Alpine skiing injuries, highlighting ACL injuries, risk factors and primary prevention of ACL injuries in this sport. Exclusion criteria were nonsubject articles, review articles, and case studies. Results: The anatomic region, most frequently injured, was the lower limb. The knee being the most affected site. The most common type of injury was knee sprain, including ACL injuries. The main risk factors were the good level of skiing, and seemed to appear during the first and last hour of skiing. Another factors were hard snow during competition and a soft snow for leisure skiers. The most frequent mechanisms of ACL injury were the receipt of a jump in hyperextension, such as valgus mechanism and external rotation of the knee. The most effective means of primary prevention in ACL injury were awareness and education programs. Conclusion: With a more precise knowledge of the harmful context, both on the epidemiology of injuries in skiing, as well as the risk factors but also the preventive techniques, it would be than possible will to intervene in the perception of physical and proprioceptive needs of alpine skiers. Contributing to a greater stabilization of the knee, avoiding lesions, and, specifically, ACL lesions, that are the most frequentN/