Evaluation of Genetic Diversity of Natural Seablite (Suaeda maritima (L.) Dumort.) using SRAP Marker

บทคัดย่อ ชะครามมีชื่อวิทยาศาสตร์ว่า Suaeda maritima (L.) Dumort อยู่ในวงศ์ Chenopodiaceae เป็นพืชอวบน้ำที่สามารถทนเค็มได้ในหลายระดับและสามารถขยายพันธุ์ได้ง่าย จึงมีแนวโน้มที่จะสามารถส่งเสริมให้เป็นพืชเศรษฐกิจได้ในอนาคต เนื่องจากนำมาใช้ประกอบอาหารและเป็นสมุนไพรได้ แต่ในปัจจุบันยังไม่มีการศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของชะคราม งานวิจัยนี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของชะครามที่รวบรวมจาก 4 จังหวัด ได้แก่ เพชรบุรี สมุทรสาคร สมุทรสงคราม และกรุงเทพมหานคร จำนวน 18 ตัวอย่าง โดยใช้เครื่องหมาย SRAP จำนวน 10 คู่ไพรเมอร์ พบว่ามี 4 คู่ไพรเมอร์ที่ให้ความแตกต่างของแถบดีเอ็นเอ เมื่อศึกษาลายพิมพ์ดีเอ็นเอที่เกิดขึ้นพบว่ามีแถบดีเอ็นเอที่แตกต่างกัน 17 แถบ (94.44%) จากทั้งหมด 18 แถบ เมื่อศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมพบว่ามีค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนอยู่ระหว่าง  0.27-1.00 โดยเมื่อนำมาจัดกลุ่มด้วยวิธี UPGMA พบว่าที่ค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนเท่ากับ 0.58 สามารถจัดกลุ่มชะครามได้ 6 กลุ่ม คือ กลุ่มที่ 1, 5 และ 6 เป็นตัวอย่างชะครามที่เก็บจากเพชรบุรี กลุ่มที่ 2 เป็นตัวอย่างจากกรุงเทพมหานคร กลุ่มที่ 3 เป็นตัวอย่างจากเพชรบุรีและสมุทรสงคราม และกลุ่มที่ 4 เป็นตัวอย่างจากสมุทรสาคร กรุงเทพมหานคร และสมุทรสงคราม จากงานวิจัยครั้งนี้ทำให้ทราบว่าตัวอย่างชะครามจากจังหวัดเพชรบุรีมีความหลากหลายทางพันธุกรรมสูงที่สุด เพราะมีการกระจายตัวอยู่ในหลายกลุ่ม ABSTRACT Seablite (Suaeda maritima (L.) Dumort), belonging to Family Chenopodiaceae, is succulent plant to highly tolerate to various level of salinity; moreover, it is very easy to propagate. Therefore, it is able to promote to be an economic crop in the future because of using in culinary and medicinal purposes. Currently, there is no report on the study of the genetic diversity of seablite. The objective of this research was to evaluate the genetic diversity of 18 samples of seablite collected from natural habitat in 4 provinces, namely Phetchaburi, Samut Sakhon, Samut Songkhram and Bangkok using SRAP markers. It was found that only 4 out of 10 primers produced 17 polymorphic bands (94.44%) from total of 18 bands. According to the genetic relationship among seablite samples, the similarity index ranged from 0.27-1.00. For cluster analysis using UPGMA, all smaples could be separated into six groups at the similarity coefficient of 0.58. Group 1, 5, and 6 was the samples collected from Phetchaburi. Group 2 was the samples from Bangkok. Group 3 was the samples from Phetchaburi and Samut Songkhram and group 4 was the samples from Samut Sakhon, Bangkok and Samut Songkhram. From this study, it was pointed that seablite from Phetchaburi were the most diversified because they were placed into many groups

ความสัมพันธ์ระหว่าง ยีน IL-1Ra, TNF-Beta, TNF-Alpha, IL-4 และIFN-gamma กับการเกิด Graves disease ในประชากรไทย

Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2003Graves{174} disease (GD) is an organ-specific autoimmune disease affecting the thyroid gland, resulting in excessive secretion of thyroid hormone. The etiologic factors identified for GD include both environmental and genetic factors. A genetic contribution to disease was supported by the fact that the incidence of GD in monozygotic twins are much higher than dizygotic twins. Previous studies reported the association between GD with several candidate genes such as human leukocyte antigen and cytotoxic T-lymphocyte antigen-4 gene, but the explanation of this association is still unclear. Cytokine play a key role in the regulation of immune and inflammatory responses and therefore are another potential candidate genes for GD. Since polymorphisms in cytokine genes may effect gene transcription, causing individual variations in cytokine production, the aim of this study was to investigate the polymorphisms of IL-1Ra gene, TNF-alpha gene, TNF-beta gene, IL-4 gene and IFN-gamma gene in patients with GD compare with control group and determine the association with GD in Thai population. This population-based case-control study included 137 GD patients and 137 healthy control subjects with similar ethnic and geographic background. IL-1Ra and IFN-gamma gene polymorphisms were identified by using polymerase chain reaction (PCR) and PCR-sequence-specific primer (SSP), respectively. TNF-alpha, TNF-beta and IL-4 gene polymorphisms were detected by PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP). As the results, only the -863A allele within TNF- alpha gene, which has the effect on the binding affinity to NF-kappa B complex, was found to be significantly increased in GD patients compared to healthy controls (p=0.009, OR=1.8, 95% CI=1.15 to 2.84). The effect of -863A allele of TNF- alpha gene was similar to autosomal dominance mode of inheritance. The presence of one A allele (AA or AC) conferred the significant OR of 2 (p=0.01, 95% CI=1.16 to 3.44). There were no statistically significant difference between the study groups for the other cytokine gene polymorphisms. In conclusion, the -863 polymorphism in the promoter region of the TNF- alpha gene is the marker for genetic susceptibility to GD in Thai population, which may be involved in susceptibility to GD in part through their higher promoter activity of TNF-alpha production.โรคเกรฟเป็นโรคภูมิต้านเนื้อเยื่อของตัวเองที่จำเพาะต่อต่อมไทรอยด์ กระตุ้นให้เกิดการสร้างไทรอยด์ฮอร์โมนจำนวนมาก ปัจจัยที่เป็นสาเหตุของการเกิดโรคเกรฟคือ ปัจจัยทางด้านสิ่งแวดล้อมและปัจจัยทางด้าน พันธุกรรม โดยอุบัติการณ์ของโรคเกรฟในแฝดที่เกิดจากไข่ใบเดียวกันสูงกว่าแฝดที่เกิดต่างไข่เป็นข้อบ่งชี้ว่าปัจจัยทางด้านพันธุกรรมมีส่วนสำคัญในการเกิดโรคเกรฟ การศึกษาก่อนหน้านี้รายงานความสัมพันธ์ระหว่างโรคเกรฟกับ human leukocyte antigen และยีน cytotoxic T-lymphocyte antigen-4 แต่ยังไม่มีหลักฐานที่สามารถอธิบายความสัมพันธ์นี้ได้อย่างชัดเจน ดังนั้นยีนไซโตไคน์จึงถูกนำมาศึกษาหาความสัมพันธ์กับการเกิดโรคเกรฟเนื่องจาก ไซโตไคน์มีความสำคัญในการควบคุมปฏิกริยาตอบสนองทางภูมิคุ้มกันและขบวนการอักเสบ โดยความหลากหลายในยีนไซโตไคน์อาจมีผลต่อกระบวนการ transcription ทำให้การสร้างไซโตไคน์เปลี่ยนแปลงไป งานวิจัยนี้ทำการศึกษาความหลากหลายในยีน IL-1Ra, TNF- alpha, TNF-beta, IL-4 และ IFN-gamma ระหว่างผู้ป่วยโรคเกรฟเปรียบเทียบกับคนปกติและศึกษาความสัมพันธ์กับการเกิดโรคเกรฟในคนไทย โดยใช้การศึกษาแบบ population-based case-control รวบรวมผู้ป่วย 137 คนและคนปกติ 137 คนซึ่งมีเชื้อสายและถิ่นกำเนิดเดียวกัน ใช้วิธี PCR และ PCR-SSP หารูปแบบของความหลากหลายในยีน IL-1Ra และ IFN- gamma ตามลำดับ วิธี PCR-RFLP หารูปแบบของความหลากหลายในยีน TNF- alpha, TNF- beta และ IL-4 ผลการศึกษาพบว่า -863A allele ของยีน TNF- alpha ในผู้ป่วยมากกว่าคนปกติอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (P=0.009, OR=1.8, 95% CI=1.15 to 2.84) ซึ่งตำแหน่ง -863 ของยีน TNF- alpha เกี่ยวข้องกับการจับของ NF-kappa B ส่วนผลของ -863A allele จะมีลักษณะคล้ายการถ่ายทอดแบบยีนเด่น ซึ่งก็คือต้องการเพียง 1 allele (AC หรือ AA) ในการเพิ่มความเสี่ยง ซึ่งได้ค่าปัจจัยเสี่ยงคือ OR เท่ากับ 2 (p=0.01, 95% CI=1.16-3.44) และจากการศึกษาไม่พบความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติของความหลากหลายในยีนไซโตไคน์อื่นๆ เมื่อเปรียบเทียบระหว่างผู้ป่วยกับคนปกติ ผลสรุปคือ ความหลากหลายที่ตำแหน่ง -863 ในส่วน promoter ของยีน TNF-alpha สามารถใช้เป็นเครื่องหมายสำหรับยีนที่กำหนดความเสี่ยงในการเกิดโรคเกรฟในคนไทย ซึ่งความเสี่ยงในการเกิดโรคอาจจะเกี่ยวข้องกับการสร้าง TNF- alpha เพิ่มสูงขึ้

DEVELOPMENT OF CHITOSAN COATING PRODUCT CONTAINING BITTER GOURD EXTRACT TO DELAY ANTHRACNOSE DISEASE IN MANGO

Mangifera indica cv. ‘Nam Dok Mai’ is the most popular fruit in Asia and worldwide, but it often faces anthracnose disease both in the vegetative stage (on leaves) and the reproductive stage (on fruit). The symptoms of this disease affect low yield and limit export; therefore, the effect of coating to reduce the incidence of anthracnose disease in mango fruits is necessary. This research aimed to develop an edible chitosan coating containing bitter gourd extract. Mango fruits were coated with 0.5, 1.0 and 2.0% chitosan solution (70-75% deacetylation; 310-375 kDa) and appropriate 500 ppm bitter gourd extract. The result showed that chitosan coating with bitter gourd extract could not extend the shelf life of mango fruits and decrease the incidence of disease longer when compared with coatings with chitosan or bitter gourd extract alone. Further, it could also delay ripening. Disease incidence and lesion diameter on mangoes coated with 2% chitosan with bitter gourd extract was the most effective (P < 0.05) within 5, 7 and 10 days after storage. Weight loss in mangoes increases during ripening; however, chitosan coating can help reduce weight loss. Fruits coated with 1% chitosan were the best formula for reducing weight loss. Chitosan coating adding bitter gourd extract is the best choice to replace chemical treatment to obtain better quality before export or transportation.   Desenvolvimento de produto de revestimento de quitosana contendo extrato de melão amargo para retardar a antracnose em manga   RESUMO: Mangifera indica cv. ‘Nam Dok Mai’ é a fruta mais popular não só na Ásia, mas também em todo o mundo, mas frequentemente enfrenta uma doença de antracnose tanto no estágio vegetativo (nas folhas), quanto no estágio reprodutivo (na fruta). Os sintomas desta doença afeta o baixo rendimento e limita a exportação, portanto, o efeito do revestimento para reduzir a incidência da doença de antracnose em frutas de manga é necessário. Esta pesquisa teve como objetivo desenvolver um revestimento comestível de quitosana contendo extrato de melão amargo. As frutas de manga foram revestidas com 0,5, 1,0 e 2,0% de solução de quitosana (70-75% de desacetilação; 310-375 kDa) e 500 ppm apropriados de extrato de melão amargo. O resultado mostrou que o revestimento de quitosana com extrato de melão amargonão pode estender a vida útil das frutas de manga e diminuir a incidência da doença por mais tempo quando comparadas com os revestimentos apenas com quitosana ou extrato de melão amargo, e ainda, também pode atrasar o amadurecimento. A incidência de doenças e o diâmetro das lesões nas mangas revestidas com quitosana 2% com extrato de melão amargo foram os mais eficazes (P < 0,05) dentro de 5, 7 e 10 dias após o armazenamento. A perda de peso nas mangas aumenta durante o amadurecimento; no entanto, o revestimento de quitosana pode ajudar a reduzir a perda de peso. As frutas revestidas com quitosana 1% foram a melhor fórmula para redução da perda de peso. O revestimento de quitosana adicionando extrato de melão amargo é a melhor escolha para substituir o tratamento químico para obter melhor qualidade antes da exportação ou transporte. Palavras-chave: antracnose; melão amargo; quitosana; manga; doença pós-colheita.Mangifera indica cv. ‘Nam Dok Mai’ is the most popular fruit in Asia and worldwide, but it often faces anthracnose disease both in the vegetative stage (on leaves) and the reproductive stage (on fruit). The symptoms of this disease affect low yield and limit export; therefore, the effect of coating to reduce the incidence of anthracnose disease in mango fruits is necessary. This research aimed to develop an edible chitosan coating containing bitter gourd extract. Mango fruits were coated with 0.5, 1.0 and 2.0% chitosan solution (70-75% deacetylation; 310-375 kDa) and appropriate 500 ppm bitter gourd extract. The result showed that chitosan coating with bitter gourd extract could not extend the shelf life of mango fruits and decrease the incidence of disease longer when compared with coatings with chitosan or bitter gourd extract alone. Further, it could also delay ripening. Disease incidence and lesion diameter on mangoes coated with 2% chitosan with bitter gourd extract was the most effective (P < 0.05) within 5, 7 and 10 days after storage. Weight loss in mangoes increases during ripening; however, chitosan coating can help reduce weight loss. Fruits coated with 1% chitosan were the best formula for reducing weight loss. Chitosan coating adding bitter gourd extract is the best choice to replace chemical treatment to obtain better quality before export or transportation.   Desenvolvimento de produto de revestimento de quitosana contendo extrato de melão amargo para retardar a antracnose em manga   RESUMO: Mangifera indica cv. ‘Nam Dok Mai’ é a fruta mais popular não só na Ásia, mas também em todo o mundo, mas frequentemente enfrenta uma doença de antracnose tanto no estágio vegetativo (nas folhas), quanto no estágio reprodutivo (na fruta). Os sintomas desta doença afeta o baixo rendimento e limita a exportação, portanto, o efeito do revestimento para reduzir a incidência da doença de antracnose em frutas de manga é necessário. Esta pesquisa teve como objetivo desenvolver um revestimento comestível de quitosana contendo extrato de melão amargo. As frutas de manga foram revestidas com 0,5, 1,0 e 2,0% de solução de quitosana (70-75% de desacetilação; 310-375 kDa) e 500 ppm apropriados de extrato de melão amargo. O resultado mostrou que o revestimento de quitosana com extrato de melão amargonão pode estender a vida útil das frutas de manga e diminuir a incidência da doença por mais tempo quando comparadas com os revestimentos apenas com quitosana ou extrato de melão amargo, e ainda, também pode atrasar o amadurecimento. A incidência de doenças e o diâmetro das lesões nas mangas revestidas com quitosana 2% com extrato de melão amargo foram os mais eficazes (P < 0,05) dentro de 5, 7 e 10 dias após o armazenamento. A perda de peso nas mangas aumenta durante o amadurecimento; no entanto, o revestimento de quitosana pode ajudar a reduzir a perda de peso. As frutas revestidas com quitosana 1% foram a melhor fórmula para redução da perda de peso. O revestimento de quitosana adicionando extrato de melão amargo é a melhor escolha para substituir o tratamento químico para obter melhor qualidade antes da exportação ou transporte. Palavras-chave: antracnose; melão amargo; quitosana; manga; doença pós-colheita

Molecular Systematics of The Genus Goniothalamus Hook. f. & Thomson

The genus Goniothalamus Hook. f. & Thomson is one of the largest and most important genera in the Annonaceae. Its members are widespread mainly in South Asia and South East Asia. Many Goniothalamus species hold potential as important medicinal resources in Thai traditional medicinal practices, including, for example, the roots of G. macrophyllus (Blume) Hook. f. & Thomson. Little is known of the evolution and biogeographical history of this genus. Many morphological characters are ambiguous and reveal little phylogenetically useful information. Molecular systematics, nonetheless, provides tools that can answer these questions. Preliminary results show that the sizes of rpl16 intron, trnL intron and ITS in all species studied are about the same (i.e., 1,200, 580 and 750 bp, respectively). ITS, however, has the most phylogenetically informative sites, although the size of ITS is shorter than rpl16 intron. Of all three loci, ITS locus yields the highest number of phylogenetically informative sites, whilst cp markers give few sites. Moreover, DNA fragments from ITS have greater nucleotide substitution than the others

Molecular phylogenetic and morphological evidence for the congeneric status of Goniothalamus and Richella (Annonaceae)

Maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian phylogenetic analyses of selected Goniothalamus and Richella species (Annonaceae) are presented, based on sequences of three chloroplast markers (matK, psbA-trnH intergenic spacer, and trnL-trnF intergenic spacer). The two genera are shown to be congeneric, and the nomenclatural consequences of this are discussed. Morphological synapomorphies for individual clades are evaluated, although a detailed interpretation of morphological evolution will require more extensive species sampling.link_to_subscribed_fulltex