Utilização de alinhamento estrutural de proteínas no estudo de Interface Forming Residues de proteína-quinases com inibidores protéicos.

Alinhamento estrutural de proteínas e análise de interação proteína-inibidor. As proteínas-quinases (PK) como alvo biológico. Três grupos de estruturas diferentes no domínio catalítico de PK. Superposição dos dados obtidos no alinhamento sequencial e estrutural.bitstream/CNPTIA/9905/1/comuntec44.pdfAcesso em: 30 maio 2008

Estudo da influência de seqüências polipeptídicas e de códons na determinação da estrutura secundária de proteínas.

O propósito desse trabalho foi descrever e quantificar os casos de polipeptídicos idênticos em diferentes estruturas secundárias, encontrados em banco de dados de estrutura: Protein Data Bank (PDB).bitstream/CNPTIA/9901/1/comuntec42.pdfAcesso em: 30 maio 2008

Determinação da estrutura e estudo da função da metalotioneína de Synechococcus com ferramentas da bioinformática.

Este trabalho abordou a análise estrutural das MTs a fim de se modelar esta proteína e com isso compreender melhor o funcionamento da mesma. O conhecimento da cianobactéria e uma completa análise da MT poderia ser muito útil em um estudo de utilização desta na técnica da biorremediação para remover metais pesados do solo e da água decorrentes das praticas agrícolas atuais.bitstream/CNPTIA/9902/1/comuntec43.pdfAcesso em: 30 maio 2008

Incorporação das propriedades rotâmeros e ocupância em métodos de análise estrutural de proteínas.

Conformação das cadeias laterais (rotâmeros); Dupla ocupância; Java Protein Dossier.bitstream/CNPTIA/9893/1/comuntec34.pdfAcesso em: 30 maio 2008

Overexpression of UCP1 in tobacco induces mitochondrial biogenesis and amplifies a broad stress response

Background: Uncoupling protein one (UCP1) is a mitochondrial inner membrane protein capable of uncoupling the electrochemical gradient from adenosine-5'-triphosphate (ATP) synthesis, dissipating energy as heat. UCP1 plays a central role in nonshivering thermogenesis in the brown adipose tissue (BAT) of hibernating animals and small rodents. A UCP1 ortholog also occurs in plants, and aside from its role in uncoupling respiration from ATP synthesis, thereby wasting energy, it plays a beneficial role in the plant response to several abiotic stresses, possibly by decreasing the production of reactive oxygen species (ROS) and regulating cellular redox homeostasis. However, the molecular mechanisms by which UCP1 is associated with stress tolerance remain unknown.Results: Here, we report that the overexpression of UCP1 increases mitochondrial biogenesis, increases the uncoupled respiration of isolated mitochondria, and decreases cellular ATP concentration. We observed that the overexpression of UCP1 alters mitochondrial bioenergetics and modulates mitochondrial-nuclear communication, inducing the upregulation of hundreds of nuclear-and mitochondrial-encoded mitochondrial proteins. Electron microscopy analysis showed that these metabolic changes were associated with alterations in mitochondrial number, area and morphology. Surprisingly, UCP1 overexpression also induces the upregulation of hundreds of stress-responsive genes, including some involved in the antioxidant defense system, such as superoxide dismutase (SOD), glutathione peroxidase (GPX) and glutathione-S-transferase (GST). As a consequence of the increased UCP1 activity and increased expression of oxidative stress-responsive genes, the UCP1-overexpressing plants showed reduced ROS accumulation. These beneficial metabolic effects may be responsible for the better performance of UCP1-overexpressing lines in low pH, high salt, high osmolarity, low temperature, and oxidative stress conditions.Conclusions: Overexpression of UCP1 in the mitochondrial inner membrane induced increased uncoupling respiration, decreased ROS accumulation under abiotic stresses, and diminished cellular ATP content. These events may have triggered the expression of mitochondrial and stress-responsive genes in a coordinated manner. Because these metabolic alterations did not impair plant growth and development, UCP1 overexpression can potentially be used to create crops better adapted to abiotic stress conditions

VPRO - um identificador de padrões de seqüências.

bitstream/CNPTIA/11542/1/ct81.pdfAcesso em: 28 maio 2008

Cálculo de área acessível por solvente utilizando SURFV - definição de interface intramolecular pelo SMS.

Definição de superfície acessível por solvente. Cálculo de AS. Utilização de SURFV para cálculo da área da AS e identificação de interface. Discussão e trabalhos futuros.bitstream/CNPTIA/9895/1/comuntec36.pdfAcesso em: 30 maio 2008

Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural.

Instalação e oferta de ferramentas.Computacionais sting millennium suite. (SMS) através da interface web. Criação de novos algoritmos e programas. Para análise estrutural das proteínas. Oferta de banco de dados públicos. Estabelecimento de um ambiente para.Pesquisa e oferta de serviços na área. De bioinformática. Formação de recursos humanos. Organização de cursos e congresso. Projetos em colaboração.bitstream/CNPTIA/9951/1/doc25.pdfAcesso em: 29 maio 2008

"Cloud computation" na forma de serviços WEB para um banco de dados federativo STING_RDB.

O STING é um produto - plataforma com interface para fácil análise de estruturas macromoleculares (proteicas e de DNA) baseado em um conjunto de pre-calculados descritores de estrutura 3-dimensional destas moléculas. Os descritores encontram se em um banco relacional de dados, mantido automaticamente, atualizado em periodos regulares, acompanhando o crescimento de informações disponibilizadas publicamente pelos principais provedores e repositores mundiais, tais como: PDB, UNIPROT, HSSP, PROSITE, PROTHERM etc. Nossa proposta visa reformulação da maneira do trabalho e da desenvolvimento das principais ferramentas oferrecidas para a comunidade cientifica: queremos fazer o STING um "(bio)logic programable layer" em cima da "processing network layer" (composta por CENABIDs, e outros cluster e núcleos de alto processamento). A maior demanda no campo da Bioinformática é por SOFTWARE de qualidade e não como muitos acreditam, por numero elevado de CPUs. As condições de nosso trabalho permitem montar um sistema genuinamente distribuído, fazendo uso mais racional dos hardwares já adquiridos. Isso possibilitara também que outros interessantes pacotes (a maioria ainda protótipos de uma ideia promissora) de bioinformática, desenvolvidos nos mais diversos rincões de pesquisas possam ser tirados do seu ostracismo e trazidos para a integração. Logo, a racionalização acabara abrangendo também os aplicativos. O STING pode ser esse componente aglutinador, possivelmente tornando-se um padrão de componentização: uma verdadeira plataforma para desenvolvimento de aplicações distribuída em bioinformática. O STING se tornara uma API (Application Programming Interface) capaz de manipular todos os parâmetros presentes no seu RDB. As WEB-APIs dos diversos centros brasileiros e dos outros paises, estarão "virtualmente" integradas nos middlewares, e diferentes aplicações poderão ser montadas por diferentes usuários conforme os diferentes interesses