A user's guide to the Encyclopedia of DNA elements (ENCODE)

The mission of the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) Project is to enable the scientific and medical communities to interpret the human genome sequence and apply it to understand human biology and improve health. The ENCODE Consortium is integrating multiple technologies and approaches in a collective effort to discover and define the functional elements encoded in the human genome, including genes, transcripts, and transcriptional regulatory regions, together with their attendant chromatin states and DNA methylation patterns. In the process, standards to ensure high-quality data have been implemented, and novel algorithms have been developed to facilitate analysis. Data and derived results are made available through a freely accessible database. Here we provide an overview of the project and the resources it is generating and illustrate the application of ENCODE data to interpret the human genome

An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome

The human genome encodes the blueprint of life, but the function of the vast majority of its nearly three billion bases is unknown. The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) project has systematically mapped regions of transcription, transcription factor association, chromatin structure, and histone modification. These data enabled us to assign biochemical functions for 80% of the genome, in particular outside of the well-studied protein-coding regions. Many discovered candidate regulatory elements are physically associated with one another and with expressed genes, providing new insights into the mechanisms of gene regulation. The newly identified elements also show a statistical correspondence to sequence variants linked to human disease, and can thereby guide interpretation of this variation. Overall the project provides new insights into the organization and regulation of our genes and genome, and an expansive resource of functional annotations for biomedical research

Estimação da área foliar por método não destrutivo, utilizando medidas lineares das folhas de espécies de Passiflora

Objetivou-se, com este trabalho, desenvolver uma equação confiável, que possibilite calcular a área foliar de forma rápida e não destrutiva, utilizando medidas lineares da folha, para as diferentes espécies de Passiflora (P. alata, P. coccinea, P. gibertii, P. ligularis, P. misera, P. mucronata, P. nitida, P. setacea). Foram coletadas trezentas folhas, de diferentes tamanhos, de cada espécie. Realizaram-se análises de regressão da área foliar versus comprimento da nervura principal, maior largura da folha e o produto destas. A área foliar foi medida com um dispositivo de medição automática e as medidas lineares foram determinadas utilizando-se régua. O modelo linear escolhido, para todas as espécies, foi o que utiliza o produto das variáveis independentes, por apresentar maior coeficiente de determinação (R²) e maior significância do coeficiente de regressão. Os modelos apresentaram coeficiente de determinação ajustado superior a 0,927 e índice de desempenho ótimo, segundo a classificação de Camargo e Sentelhas. No processo de validação do modelo, mostrou-se que a correlação da área foliar medida com a área foliar observada foi muito alta. Os resultados obtidos neste estudo demonstram que a área foliar das espécies de Passifloras podem ser preditas, usando-se as determinações do comprimento e da largura das folhas