EAPP

Eine Vielzahl an intra- und extrazellulären Faktoren kann in eukaryotischen Zellen ein grosses Spektrum an Schäden hervorrufen. Sie besitzen verschiedene Checkpoints in unterschiedlichen Stadien des Zellzyklus die ihnen Helfen in geeigneter Weise zu Antworten um die Integrität der Zelle zu bewahren. In unserem Labor wurde ein neuer Interaktionspartner der in die Zellzyklusregulation involvierten Transkriptionsfaktorfamilie E2F entdeckt, das E2F-Associated-Phosphoprotein (EAPP). In der nachstehenden Arbeit wurde der Einfluss von EAPP auf den Zellzyklus und durch DNA Schäden ausgelöste Checkpoints untersucht. Eine Überexpression von EAPP führt zu einem G1 Zellzyklusarrest verursacht durch den Zellzyklusinhibitor p21. Eine genauere Analyse ergab eine Regulation durch EAPP auf transkriptioneller Ebene durch zwei Sp1/3 Bindungsstellen, unabhängig von p53, einem der Hauptaktivatoren von p21 speziell nach Zellschäden. Zusätzlich zeigte eine EAPP Überexpression einen anti-apoptotischen Effekt, zumindest in einigen Fällen verursacht durch p21. Auf der anderen Seite führte ein EAPP Knockdown zu einem dramatischen Anstieg an Apoptose. Mit reduziertem EAPP fanden wir einige Proteine in niedrigeren Mengen vor. Bei normal wachsenden Zellen hatte eine Verminderung der EAPP Mengen auf 50% keine großen Auswirkungen, aber unter DNA schädigenden Bedingungen stieg der Anteil an apoptotischen Zellen verglichen mit den Kontrollzellen dramatisch an. Zusammenfassend scheint EAPP, durch seine Regulation verschiedener Proteine auf transkripionellem Niveau, eine wichtige Rolle in der Entscheidung zwischen Arrest und Reparatur oder Apoptose nach Zellschäden zu spielen. Zellen mit höheren Mengen EAPP tendieren dazu Apoptose zu vermeiden, was den EAPP Anstieg in einigen transformierten Krebszelllinien erklären würde.A huge number of extra- and intracellular factors can cause a wide spectrum of different damages to eukaryotic cells. Several checkpoints in the different cell cycle stages help to respond to these defects in an appropriate manner to maintain the integrity of the cell. In our laboratory a new interaction partner of the cell cycle regulator family E2F was discovered, namely E2F-Associated-Phosphoprotein (EAPP). In the following work the impact of EAPP on the cell cycle and DNA damage checkpoints was studied. Overexpression of EAPP causes a G1 cell cycle arrest mediated by the cell cycle inhibitor p21. A detailed study of the interplay between EAPP and p21 revealed a regulation on the transcriptional level via two Sp1/3 binding sites, independent of p53 one of the main inducers of p21 upon stress stimuli. Additionally an overexpression of EAPP had an anti-apoptotic effect mediated, at least in some cases, by p21. On the other hand a knockdown of EAPP had severe consequences to the cells leading to massive apoptosis. We found several proteins being downregulated after an EAPP decrease. Growing cells with a 50% reduction of the EAPP levels showed a quite normal behavior but upon DNA damage the apoptotic fraction greatly increases. Taken together EAPP seems to play a prominent role in the decision between arrest and repair or apoptosis after cell damages. Cells with higher EAPP levels tend to avoid apoptosis which would explain the observed increase of EAPP in several transformed cancer cell lines

Delir auf operativen Intensivstationen : Inzidenz und Bedeutung für das Behandlungsergebnis

Das Delir wird ist mit einer erhöhten Mortalität der betroffenen Patienten assoziiert. Die vorliegenden Studie „Delir auf operativen Intensivstationen: Inzidenz und Bedeutung für das Behandlungsergebnis“ zeigt anhand 88 Patienten die Auftretenshäufigkeit eines Delirs und seiner Subtypen auf den operativen Intensivstationen der Universitätsklinik Bonn und vergleicht sie mit den internationalen Literaturdaten. Weiterhin sollte das Behandlungsergebnis der Patienten, die während ihres Intensivaufenthaltes ein Delir bekamen, mit dem Ergebnis der nicht-deliranten Patienten verglichen werden. Als Parameter des Behandlungsergebnisses wurden die Aufenthaltsdauer auf der Intensivstation, die Dauer der maschinellen Beatmung, die Aufenthaltsdauer im Krankenhaus und das Überleben 180 Tage nach der Operation bzw. der Aufnahme auf eine Intensivstation angesehen. Die objektive Erkrankungsschwere und der pflegerische Aufwand der Patienten wurde mit den Scoringsystemen SAPS-II, APACHE-II, TISS-28, und SOFA erhoben. Beide Gruppen wurden hinsichtlich der Scores und einigen in der Literatur vertretenden Risikofaktoren verglichen. Das Delir wurde mittels der gut validierten und reliablen Confusion Assessment Method for Intensive Care Units (CAMICU) diagnostiziert und mit der subjektiven Meinung des Pflegepersonals verglichen. Zur Realisierung wurden von September 2007 bis einschließlich Dezember 2007 alle Patienten, die auf die Chirurgische und Anästhesiologische Intensivstation aufgenommen wurden und die Exklusionskriterien nicht erfüllten, täglich getestet. Die Ergebnisse zeigen, dass das Delir auf den operativen Intensivstationen der Universitätskliniken Bonn eine hohe Prävalenz hat und fügen sich somit schlüssig in die publizierten Auftretenswahrscheinlichkeiten anderer Arbeiten ein. Das Behandlungsergebnis ist bei deliranten Patienten schlechter: Sie haben eine höhere Mortalität, verbleiben längere Zeit auf der Intensivstation, werden länger beatmet und verbleiben längere Zeit im Krankenhaus als die nicht-deliranten Patienten. Die akute Erkrankungsschwere scheint ein wichtiger Faktor für das Auftreten eines Delirs zu sein. Diese Erkrankungsschwere konnten durch höhere SAPS-II und SOFA Scores abgebildet werden. Der APACHE-II scheint bei dem relativ kleinen Patientenkollektiv keine verlässliche Einschätzung zu geben, da die beiden Patientenkollektive bei nicht signifikanten APACHE-II-Scores einen statistisch signifikanten Unterschied im Bezug auf die Mortalitätsrate zu haben. Vorerkrankungen der Patienten zeigen in Bezug auf das Delir keinen wesentlichen Einfluss; folglich kann die aktuelle Erkrankung, die den Patienten auf die Intensivstation gebracht hat, ein wichtiger Faktor sein. Der Mehraufwand, den delirante Patienten verursachen, ist sowohl durch die akute Erkrankungsschwere, als auch durch die Komplikationen des Delirs verursacht. Die Benutzung eines Delir Testsystems ist sinnvoll, um dem Übersehen eines Delirs vorzubeugen oder es früh zu erkennen. Ein routinemäßiges Monitoring stellt eine Voraussetzung für eine erfolgreiche Therapie dar

PUTTING 3D MODELS INTO CONTEXT – THE SCHACHERMEYR POTTERY COLLECTION AND THE DEFC APP

[EN] In order to overcome the different knowledge schemas of research on Neolithic and Chalcolithic sites of Greece and Anatolia, an open access Django-based database called DEFC App (Digitizing Early Farming Cultures Application) has been developed. The 3D models of the Schachermeyr sherd collection are one of the many resources that will be integrated into the database. The present contribution focuses on these 3D models and their metadata and on how they are contextualized within the DEFC App database and beyond. Additionally, we discuss the 3D model provenance metadata that should accompany the 3D models in order to assure their transparency.Stuhec, S.; Aspöck, E.; Masur, A.; Andorfer, P.; Zaytseva, K. (2016). PUTTING 3D MODELS INTO CONTEXT – THE SCHACHERMEYR POTTERY COLLECTION AND THE DEFC APP. En 8th International congress on archaeology, computer graphics, cultural heritage and innovation. Editorial Universitat Politècnica de València. 449-452. https://doi.org/10.4995/arqueologica8.2015.4155OCS44945

Transgenic Expression of the Amyloid-β Precursor Protein-Intracellular Domain Does Not Induce Alzheimer's Disease–Like Traits In Vivo

BACKGROUND: Regulated intramembranous proteolysis of the amyloid-beta precursor protein by the gamma-secretase yields amyloid-beta, which is the major component of the amyloid plaques found in Alzheimer's disease (AD), and the APP intracellular domain (AID). In vitro studies have involved AID in apoptosis and gene transcription. In vivo studies, which utilize transgenic mice expressing AID in the forebrain, only support a role for AID in apoptosis but not gene transcription. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: Here, we have further characterized several lines of AID transgenic mice by crossing them with human Tau-bearing mice, to determine whether over-expression of AID in the forebrain provokes AD-like pathologic features in this background. We have found no evidence that AID overexpression induces AD-like characteristics, such as activation of GSK-3beta, hyperphosphorylation of Tau and formation of neurofibrillary pathology. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: Overall, these data suggest that AID transgenic mice do not represent a model that reproduces the overt biochemical and anatomo-pathologic lesions observed in AD patients. They can still be a valuable tool to understand the role of AID in enhancing the cell sensitivity to apoptotic stimuli, whose pathways still need to be characterized

Briefwechsel Leonhard Millinger

Der Briefwechsel des Leonhard Millinger umfasst drei Dokumente aus dem Frühjahr 1797. Zwei Briefe Leonhard Millingers an seine Frau Katharina Prantner und einem Antwortschreiben. Die Briefe wurden transkribiert und annotiert (TEI) und im XML-Format gespeichert.Der Briefwechsel des Leonhard Millinger umfasst drei Dokumente aus dem Frühjahr 1797. Zwei Briefe Leonhard Millingers an seine Frau Katharina Prantner und einem Antwortschreiben. Die Briefe wurden transkribiert und annotiert (TEI) und im XML-Format gespeichert

Verwendung von molekularen Wirkmechanismusmodellen von Krankheiten und Medikamenten für die verbesserte Selektion von Biomarkern und Medikamentenziele

Weiterentwicklungen in den letzten Jahren im Bereich der Hochdurchsatz-Omics-Technologien, automatischer Literatursuche und computerunterstützter Datenintegration führten zu einem tieferen Verständnis für die Entwicklung verschiedener Krankheiten notwendiger pathophysiologischer Prozesse. Es entstand ein neuer Forschungszweig namens Netzwerkmedizin. Dieser macht sich großangelegte Omics Experimente in Kombination mit Informationen über Protein-Protein Interaktionen zunutze, um biologische Prozesse welche in der Entwicklung und dem Fortschreiten von Krankheiten involviert sind zu identifizieren. Die Analyse großer Patientenkohorten mit Hilfe von Hochdurchsatzdaten enthüllte die heterogenität mancher Krankheiten, speziell bei Tumoren, und führte zur Stratifizierung von Patienten basierend auf ihren molekularen Eigenschaften. In der folgenden Arbeit wird ein netzwerkbasierender Ansatz vorgestellt, um die für den Krankheitsphenotyp verantwortlichen Prozesse zu enthüllen und Medikamente zu finden, die mit diesen Signalwegen interferieren. Als Fallbeispiel für unseren Ablaufplan verwendeten wir den chemoresistenten hochgradig serösen Eierstockkrebs. Ausgangspunkt war die Integration von relevanter Literatur and Transkriptomicsdaten in einem molekularen Model aufbauend auf Abhängigkeiten zwischen Proteinen basierend auf Informationen über Ähnlichkeiten von direkten Interaktionen und Funktionalitäten. Das konstruierte Model enthielt 409 Features and 24 Kluster mit starkt verbundenen Genen. Diese Kluster betrachteten wir als krankheitsrelevante Prozesse und sie waren der Ausgangspunkt für weitere Analysen. In einem Versuch neue Medikamente in Kombination mit vorhersagenden und überwachenden Biomarkern zu identifizieren verglichen wir diese relevanten Prozesse mit einem Set von 2052 Medikamentmodellen basierend auf deren Wirkmechanismus. 106 Stoffe zeigten eine signifikante Überlappung. Der Anteil an Medikamenten die bereits in klinischen Studien zur Behandlung von Eierstockkrebs getestet werden und wurden ist signifikant höher in diesen 106 Stoffen verglichen zu den restlichen Medikamenten die keine signifikante Überlappung ergaben (p<0.001). Wir fuhren mit der Evaluierung der übrigen 70 Medikamente, welche signifikant waren aber nicht in klinischen Studien über Eierstockkrebs vorkommen, bezüglich ihrer Anwendung in der Behandlung von chemoresistenten Patienten, fort. Drei Medikamente, Arecoline, Ursolsäure und Ruxolitinib, interferieren mit dem JAK/STAT Signalweg, welcher als möglicher Induzierer von Medikamentenresistenz beschrieben ist, verursacht durch die Modulation von Signalwegen die für das Überleben der Zelle notwendig sind. Mit Hilfe von Featureannotationen und Literatursuche haben wir diese Stoffe mit IL6 als vorhersagenden Marker kombiniert, um Indikationen über Veränderungen in diesem Signalweg zu erhalten. Um den Ausgang der Behandlung zu überwachen wäre BCL-2 ein geeigneter Kandidat. Diese Kombination von Medikamenten und Biomarkern könnte ein wertvolles Tool für die Behandlung einer Subgruppe von hochgradig serösen Eierstockkrebspatienten sein.High-throughput omics technologies, literature mining techniques as well as computational data integration efforts have led to a deeper understanding of pathophysiological processes in disease development in recent years. A new field entitled network medicine has evolved making use of measurements of large-scale omics experiments in combination with information on protein-protein interactions thus driving the identification of biological processes involved in disease development and disease progression. The heterogeneity for various diseases, especially in the field of tumor research, became evident when analyzing these high-throughput datasets in large patient cohorts in the end leading to the stratification of patients based on molecular characteristics. In the following work one such network based procedure is introduced to uncover the driver processes responsible for the disease phenotype and consecutively identify drugs showing significant overlap to these processes. As a case study we applied the workflow on chemotherapy resistant high grade serous ovarian cancer. Starting point was the integration of related literature and transcriptomics derived data in a molecular model build on feature dependencies based on information about direct interactions and functional similarities. The constructed model holds 409 features and 24 clusters of highly connected genes which were considered as disease relevant process units and the source for further analysis. In an attempt to identify novel drugs in combination with predictive and monitoring biomarkers we compared these relevant process units to a set of 2052 drug mechanism of action models. 106 compounds showing a significant model overlap were identified with a significantly higher rate of drugs already tested in clinical trials on ovarian cancer as compared to drugs showing no significant model overlap (p-value < 0.001). We continued to evaluate the remaining 70 compounds, which were significant but not investigated in clinical trials on ovarian cancer, regarding their application in the treatment of chemoresistant patients. Three drugs found, namely Arecoline, Ursolic acid and Ruxolitinib, are interfering with the JAK/STAT pathway, described as a potent inducer of drug resistance by modulating survival pathways. Using feature annotations and literature evaluation we combined these compounds with IL6 as a predictive marker indicating alterations in this process and BCL-2 to monitor the treatment outcome. This combination of drugs and biomarkers could serve as valuable precision medicine based tool in the therapy of a subset of high grade serous ovarian cancer patients.vorgelegt von: Peter AndorferMasterarbeit Wien, FH Campus Wien 201

The description of the world by Leonhard Millinger

> Weltbeschreibung des Tiroler Bauern Leonhard Millingers (1753-1834), eine rund 1000 Seiten starke Handschrift aus dem ausgehenden 18. Jahrhundert, ermöglicht aufgrund ihres Inhaltes und ihrer Entstehungsweise Rückschlüsse auf das Leseverhalten, die Leseinteressen und die Lesekompetenzen bildungsferner, bäuerlich-ländlicher Schichten. Aufgrund der thematischen Breite dieser Quelle, Bereiche wie Bibelwissen, Religion, Geschichte, Geographie oder Naturwissenschaften abdeckend, kann Millingers Weltbeschreibung als Gradmesser bäuerlicher Weltvorstellungen, als Spiegel ländlicher, peripherer Wissensmöglichkeiten benutzt werden.eingereicht von Peter AndorferAbweichender Titel laut Übersetzung der Verfasserin/des VerfassersInnsbruck, Univ., Diss., 201

Zwischenbericht einer Interviewreihe

Im Rahmen der an der Herzog August Bibliothek Wolfenbüttel durchgeführten Interviewreihe: „Forschen und Forschungsdaten in den Geisteswissenschaften“ wurden GeistswissenschaftlerInnen und StipendiatInnen zu ihrer Forschungspraxis und ihrem Umgang mit Forschungsdaten befragt. Vorliegender Bericht präsentiert erste Ergebnisse (Stand Jänner 2015) der auf http://digital-archiv.at:8081/exist/apps/DARIAH-Collection/pages/InterviewAuswertung.html „in Echtzeit“ erfolgenden Auswertung

Versuch einer Konkretisierung

Die Bezeichnung „Forschungsdaten“ zählt zu den Schlüsselbegriffen der Digitalen Geisteswissenschaften, nicht zuletzt vor den zunehmenden Bemühungen zur Errichtung und Etablierung von Datenzentren, -archiven und Repositorien zur Veröffentlichung und dauerhaften Sicherung von Forschungsdaten. Vorliegendes Papier versucht eine Definition des Begriffes Forschungsdaten. Im Fokus steht dabei das Bemühen, diese Bezeichnung im Vokabular traditionellen geisteswissenschaftlichen Arbeitens zu verorten. Daran anschließend geht es außerdem darum, Forschungsdaten von semantisch ähnlichen Bezeichnungen wie Publikation oder Quellen abzugrenzen