Genome-wide association study of primary tooth eruption identifies pleiotropic loci associated with height and craniofacial distances

Twin and family studies indicate that the timing of primary tooth eruption is highly heritable, with estimates typically exceeding 80%. To identify variants involved in primary tooth eruption we performed a population based genome-wide association study of ‘age at first tooth’ and ‘number of teeth’ using 5998 and 6609 individuals respectively from the Avon Longitudinal Study of Parents and Children (ALSPAC) and 5403 individuals from the 1966 Northern Finland Birth Cohort (NFBC1966). We tested 2,446,724 SNPs imputed in both studies. Analyses were controlled for the effect of gestational age, sex and age of measurement. Results from the two studies were combined using fixed effects inverse variance meta-analysis. We identified a total of fifteen independent loci, with ten loci reaching genome-wide significance (p<5x10−8) for ‘age at first tooth’ and eleven loci for ‘number of teeth’. Together these associations explain 6.06% of the variation in ‘age of first tooth’ and 4.76% of the variation in ‘number of teeth’. The identified loci included eight previously unidentified loci, some containing genes known to play a role in tooth and other developmental pathways, including a SNP in the protein-coding region of BMP4 (rs17563, P= 9.080x10−17). Three of these loci, containing the genes HMGA2, AJUBA and ADK, also showed evidence of association with craniofacial distances, particularly those indexing facial width. Our results suggest that the genome-wide association approach is a powerful strategy for detecting variants involved in tooth eruption, and potentially craniofacial growth and more generally organ development

Koodinvaihto Madventures-matkailuohjelmassa

Pro gradu tutkielman aiheena on kielensisäinen koodinvaihto suomalaisessa Madventures-matkailuohjelmassa. Tutkielman tavoitteena on selvittää, mitä funktioita koodinvaihdolla on kyseisessä ohjelmassa ja millä tavoin koodinvaihto siinä ilmenee. Aineistona on ohjelman ensimmäinen tuotantokausi, joka on kuvattu vuonna 2002. Tuotantokausi koostuu kymmenestä 45 50 minuuttia pitkästä jaksosta. Tarkasteltavana on ohjelman kahden juontajan, Riku Rantalan ja Tuomas Tunna Milonoffin kieli. Tutkielmassa hyödynnettävät tutkimussuuntaukset ovat sosiolingvistinen variaationtutkimus ja keskustelunanalyysi. Analyysiluvut rakentuvat koodinvaihdon funktioiden mukaan. Luvussa 3 tarkastellaan koodinvaihtoja, jotka viestivät siirtymästä roolista toiseen. Koodinvaihdon funktiona voi tällöin olla aikaisemman, todella tapahtuneen tai sellaisena esitetyn puhetilanteen referointi, kuvitteellisen puhetilanteen esittäminen tai ohjelman juontajan rooliin orientoituminen. Luvussa 4 käsitellään koodinvaihtoa merkkinä siirtymästä näkökulmasta toiseen. Vaihtelevina näkökulmina voivat tällöin olla persoonallinen ja objektiivinen, nykyinen ja mennyt aika tai puhujan ja katsojan näkökulma. Luku 5 on sekaluku, johon on koottu muita aineistossani esiintyviä koodinvaihdon funktioita. Niitä ovat moodinvaihto, vuoron vastaanottajan vaihtuminen, siirtyminen toiminnasta toiseen, edeltävän käskyn vahvistaminen tai sen ilmaiseminen, ettei sanottu asia pidä paikkaansa. Useilla koodinvaihdoilla on samaan aikaan monia eri funktioita. Esimerkiksi kuvitteellisen puhetilanteen referointiin liittyy aina myös moodinvaihto vakavasta humoristiseen. Enemmistö koodinvaihdoista tapahtuu pääkaupunkiseudun puhekielen ja yleiskielen välillä. Jonkin verran koodinvaihtoa tapahtuu myös murteelliseen koodiin tai toiseen kielelliseen tyyliin. Tavallisesti puhujat osoittavat orientoituvansa toiseen koodiin paralingvistisillä piirteillä mutta myös muilla ei-kielellisillä keinoilla kuten ilmeillä ja eleillä. Paralingvististen piirteiden esiintyminen vaihtelee jossain määrin koodinvaihdon funktioiden mukaan. Silloin kun koodinvaihdon funktiona on referointi tai siirtyminen katsojan näkökulmaan, koodinvaihdon yhteydessä esiintyy usein äänenlaadun muutoksia sekä muusta puheesta poikkeavaa prosodiaa. Muissa funktiossa niitä esiintyy harvemmin. Koodinvaihto ilmenee toisinaan myös lauserakenteessa, erityisesti viestiessään näkökulman muutoksesta. Erikoinen piirre tämän tutkielman koodinvaihdoissa on se, ettei koodinvaihto aina koske sanastoa. Vaikka äänne- ja muotopiirteet ovatkin yleiskielisiä, voi koodinvaihtojakson sanasto siitä huolimatta olla slangipitoista. Runsas slangisanasto onkin Madventuresin kielelle kaikkein ominaisin piirre. Koodinvaihdossa on useimmiten olennaisempaa kontrasti kahden eri kielimuodon välillä kuin se, mihin kielimuotoon koodi vaihtuu. Tällöin koodinvaihdon funktio on sama riippumatta siitä, vaihtuuko koodi pääkaupunkiseudun puhekielestä yleiskieleen vai esimerkiksi murteeseen. Tietyissä funktioissa koodinvaihtojakson kielimuodolla on kuitenkin merkitystä funktion kannalta. Esimerkiksi ohjelman juontajan rooliin siirryttäessä koodi vaihtuu poikkeuksetta pääkaupunkiseudun puhekielestä yleiskieleen. Sen sijaan esimerkiksi referoitaessa kielimuodolla ei ole juuri merkitystä funktion kannalta, vaan referaateissa esiintyy useita eri kielimuotoja. Ohjelman juontajat eivät vaihda koodia samalla tavalla, vaan heidän koodinvaihtotavoissaan on eroja. Riku vaihtaa aineistossa koodia selvästi useammin kuin Tunna. Lisäksi hän käyttää koodinvaihtoa useammissa funktioissa ja hyödyntää koodinvaihdossa useita eri kielimuotoja. Sen sijaan Tunnan koodinvaihdot rajoittuvat lähes yksinomaan pääkaupunkiseudun puhekielen ja yleiskielen välille

Tissue-specific effects of temperature on proteasome function

Variation in ambient growth temperature can cause changes in normal animal physiology and cellular functions such as control of protein homeostasis. A key mechanism for maintaining proteostasis is the selective degradation of polyubiquitinated proteins, mediated by the ubiquitin-proteasome system (UPS). It is still largely unsolved how temperature changes affect the UPS at the organismal level. Caenorhabditis elegans nematodes are normally bred at 20 °C, but for some experimental conditions, 25 °C is often used. We studied the effect of 25 °C on C. elegans UPS by measuring proteasome activity and polyubiquitinated proteins both in vitro in whole animal lysates and in vivo in tissue-specific transgenic reporter strains. Our results show that an ambient temperature shift from 20 to 25 °C increases the UPS activity in the intestine, but not in the body wall muscle tissue, where a concomitant accumulation of polyubiquitinated proteins occurs. These changes in the UPS activity and levels of polyubiquitinated proteins were not detectable in whole animal lysates. The exposure of transgenic animals to 25 °C also induced ER stress reporter fluorescence, but not the fluorescence of a heat shock responsive reporter, albeit detection of a mild induction in hsp-16.2 mRNA levels. In conclusion, C. elegans exhibits tissue-specific responses of the UPS as an organismal strategy to cope with a rise in ambient temperature.Peer reviewe

Kognitiivisen kuormituksen vaikutukset katsekontaktin havaitsemisen tuottamiin fysiologisiin vasteisiin

Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää, voidaanko kognitiivisella kuormituksella vaikuttaa suoran katseen havaitsemisessa ilmeneviin fysiologisiin vasteisiin oikealla ja kuvallisella kasvoärsykkeellä. Aiempien tutkimusten perusteella kuvat tai videot suoraan katsovista kasvoista eivät tuota samankaltaisia fysiologisia reaktioita kuin oikean ihmisen kasvot. Eräässä tutkimuksessa onnistuttiin tuottamaan oikean suoraan katsovien kasvojen havaitsemisen kaltainen fysiologinen reaktio kuvallisella ärsykkeellä, kun tutkittava teki samanaikaisesti tarpeeksi kognitiivisesti kuormittavaa sanatehtävää. Tutkimuksessa mitattiin ihon sähkönjohtavuutta ja sydämen sykevälin hidastumista tutkittavaan kiinnitettävillä elektrodeilla. Tutkittavalle näytettiin suorassa ja käännetyssä katsesuunnassa joko video ihmisestä (videoasetelma) tai oikea fyysisesti tilassa oleva ihminen (live-asetelma). Kasvoärsykkeen esittämisen aikana tutkittavat tekivät kognitiivisesti kuormittavaa sanatehtävää, jota oli kahta vaikeustasoa. Sanatehtävä oli auditiivinen ja kuului tutkittaville annetuista kuulokkeista. Odotimme, että suoraan katseen havaitseminen tuottaisi voimakkaampia ihon sähkönjohtavuuden ja sydämen sykevälin hidastumisen vasteita sekä live- että videoasetelmassa, mutta videoasetelmassa pelkästään vaikean sanatehtävän yhteydessä. Tutkimusaineisto kerättiin Tampereen yliopiston Human Information Processing -laboratoriossa. Tutkimukseen osallistui 77 henkilöä, joista 62 oli naisia ja oli 13 miehiä. Sen lisäksi kaksi vastasivat olevansa muita sukupuolia. Tutkittavat olivat 19–64- vuotiaita. Tutkimustulosten perusteella suoran katseen havaitseminen tuotti merkitsevästi voimakkaampia ihon sähkönjohtavuuden vasteita live-asetelmassa verrattuna käännettyyn katseeseen hypoteesin mukaisesti. Sen sijaan hypoteesin vastaisesti videoasetelmassa ei havaittu katsesuuntien välistä eroa kummassakaan fysiologisessa vasteessa. Tutkimus ei löytänyt kognitiivisen kuormituksen vaikutusta kuvallisen kasvoärsykkeen havaitsemisen tuottamiin fysiologiin reaktioihin. Todennäköisin selitys sille, miksi aiempi samankaltainen tutkimus löysi kyseisen vaikutuksen on, että kognitiivisesti kuormittavan sanatehtävän sensorinen modaliteetti vaihdettiin tässä tutkimuksessa visuaalisesta auditiiviseen. Auditiivisen sanatehtävän takia tutkittavat pystyivät suuntamaan visuaalisen tarkkaavuutensa täysin kasvoärsykkeeseen tehtävän aikana, joka vaikutti tehostavan kortikaalista kasvoprosessointia, joka taas heikensi fysiologisten reaktioiden voimakkuutta videokasvoärsykkeissä. Jatkossa on syytä tutkia tarkemmin, mitkä mekanismit avioisamme säätelevät katsesuunnan prosessointia ja miten dynaamiset sosiaaliset vuorovaikutustilanteet vaikuttavat näihin mekanismeihin

C. elegans dss-1 is functionally conserved and required for oogenesis and larval growth

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Dss1 (or Rpn15) is a recently identified subunit of the 26S proteasome regulatory particle. In addition to its function in the protein degradation machinery, it has been linked to BRCA2 (breast cancer susceptibility gene 2 product) and homologous DNA recombination, mRNA export, and exocytosis. While the fungal orthologues of Dss1 are not essential for viability, the significance of Dss1 in metazoans has remained unknown due to a lack of knockout animal models.</p> <p>Results</p> <p>In the current study deletion of <it>dss-1 </it>was studied in <it>Caenorhabditis elegans </it>with a <it>dss-1 </it>loss-of-function mutant and <it>dss-1 </it>directed RNAi. The analysis revealed an essential role for <it>dss-1 </it>in oogenesis. In addition, <it>dss-1 </it>RNAi caused embryonic lethality and larval arrest, presumably due to loss of the <it>dss-1 </it>mRNA maternal contribution. DSS-1::GFP fusion protein localised primarily in the nucleus. No apparent effect on proteasome function was found in <it>dss-1 </it>RNAi treated worms. However, expression of the <it>C. elegans dss-1 </it>in yeast cells deleted for its orthologue <it>SEM1 </it>rescued their temperature-sensitive growth phenotype, and partially rescued the accumulation of polyubiquitinated proteins in these cells.</p> <p>Conclusion</p> <p>The first knockout animal model for the gene encoding the proteasome subunit DSS-1/Rpn15/Sem1 is characterised in this study. In contrast to unicellular eukaryotes, the <it>C. elegans dss-1 </it>encodes an essential protein, which is required for embryogenesis, larval growth, and oogenesis, and which is functionally conserved with its yeast and human homologues.</p