Mutational Signatures Associate With Survival in Gastrointestinal Carcinomas

Background/Aim: Mutational signatures reflect common patterns based on the counts of mutations and their sequence context. The prognostic value of these signatures, mirroring various carcinogenetic processes of cancers, are unexplored in gastrointestinal cancers. Our aim was to evaluate possible prognostic relevance of mutational signatures in gastrointestinal carcinomas after adjusting with the traditional prognostic factors. Materials and Methods: We used publicly available data from The Cancer Genome Atlas and Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes to evaluate the associations between survival endpoints and activity of mutational signatures in seven types of gastrointestinal cancers. Results: Most strikingly, the high activity of age -related single-base substitution 5 (SBS5) and SBS40 signatures were in rectal adenocarcinomas associated with both improved overall survival (OS) [for SBS5 hazard ratio (HR) 0.130; 95% CI=0.03-0.56, for SBS40 HR=0.072; 95% CI=0.012-0.44, respectively] and similarly also to rectal cancer-specific survival. In patients with left-sided (but not right-sided) colon adenocarcinoma, the high activity of SBS2 signatures, formed due to APOBEC activity, predicted shortened OS. In pancreatic cancer, the high activity of SBS10b, caused by polymerase epsilon exonuclease proofreading defects, was associated both with longer OS (HR=0.44; 95% CI=0.205-0.96) and pancreatic cancer-specific survival (HR=0.32; 95% CI=0.112-0.91). Conclusion: Several mutational signatures seem to have clinically meaningful, cancer-specific associations with prognosis among gastrointestinal cancers.Peer reviewe

Towards working life : Speech on university support for students on the autism spectrum

Elämän tärkeät siirtymät vaativat erityistä kykyä suunnistaa muuttuvassa ympäristössä. Nämä siirtymät asettavat haasteita kaikille, mutta vielä erityisesti autismikirjolla oleville henkilöille. Tutkimusten mukaan sekä siirtyminen korkeakoulutukseen että korkeakoulusta työelämään asettavat heille tiettyjä vaikeuksia. Samanaikaisesti korkeakoulutuksen kentällä tavoitellaan diversiteetin edistämistä ja korkeakoulutettujen sujuvampaa työhön siirtymistä. Yliopistojen tuen on havaittu edistävän sekä opintojen etenemistä että opinnoissa tärkeitä taitoja. Tämän pro gradu -tutkielman tarkoitus oli tarkastella autismikirjolla olevien opiskelijoiden tukeen liittyvää puhetta yliopistoissa. Tutkimusaineistona oli kuusi haastattelua, joissa haastateltiin kahta urapalveluiden työntekijää, kahta yliopiston opettajaa sekä nykyistä että valmistunutta autismikirjoon kuuluvaa opiskelijaa. Haastattelut olivat osa Improving Employability of Autistic Graduates in Europe (IMAGE) -hanketta. Kuusi haastattelua valittiin tämän tutkielman käyttöön yhdessä hankkeessa mukana olleen tutkijan kanssa. Aineisto analysoitiin diskurssianalyysin keinoin. Analyysin tuloksena hahmotettiin kolme diskurssia, jotka nimettiin samanlaistamisdiskurssiksi, yksilöllistämisdiskurssiksi sekä individualistiseksi diskurssiksi. Diskurssien asettamat subjektipositiot työhön siirtyvillä autismikirjolla olevilla opiskelijoilla ilmenivät substanssi- ja erityisosaamisen kautta sekä ilman individualistista toimijuutta. Nämä subjektipositiot eivät täysin kohdanneet työnantajien individualistisia odotuksia tai näiden odotusten varaan muotoutunutta tukea.Important transitions in life require a special ability to navigate in a changing environment. These transitions pose challenges for all people, but especially for people on the autism spectrum. Studies show that both the transition to higher education and from higher education to work pose certain difficulties for them. At the same time, the aim is to promote the diversity of higher education and a smoother work transition. The support of the universities has been found to promote both the progress of studies and skills important in studies. The purpose of this Master’s thesis was to look at speech related to support for students on the autism spectrum at universities. The research material consisted of six interviews in which two career services employees, two university teachers, and both current and graduate students on the autism spectrum were interviewed. The interviews were originally part of the Improving Employability of Autistic Graduates in Europe (IMAGE) project. The six interviews were selected for use in this thesis together with the researcher involved in the project. The research material was analyzed by discourse analysis. As a result of the analysis, three discourses were outlined, which were named similarization discourse, individualization discourse, and individualistic discourse. The subject positions of students on the autism spectrum transitioning to work, were outlined through substance- and special skills and without individualistic agency. These subject positions did not fully meet the individualistic expectations of employers, or the support formed based on these expectations

Management of stresses applied on the coating layer of paperboard in the cup manufacturing process

Tämän kandidaatintyön tavoitteena oli selvittää kupinvalmistusprosessissa kartongin päällystekerrokseen kohdistuvat rasitukset, arvioida niiden vaikutukset vaurioitumiseen ja kehittää ratkaisuja rasitusten parempaan hallintaan. Työ sisältää kirjallisuuskatsauksen, jossa on esitelty erilaisia kupinvalmistusmenetelmiä ja niissä muodostuvia rasituksia. LUT-yliopiston Pakkaustekniikan laboratoriossa koeajettiin säätömuutoksia vaurioitumisen kannalta kriittisimpiin vaiheisiin, minkä jälkeen havaituille kehityskohteille esitettiin muutosehdotuksia laitteistoon. Kuppien laatua ja vaurioita tarkasteltiin visuaalisesti, nestetiiveyskokeilla ja kuiturepeämän analyysillä. Laboratoriokokeissa päätavoitteena oli selvittää, voidaanko säätömuutoksilla vähentää materiaaliin kohdistuvia rasituksia ja siten tuoda ilmi valmistusvaiheet, joihin tarvitaan laitteistomuutoksia. Merkittävin hallintaan vaikuttavat tekijä koeajoissa oli laitteiston ruuvisäätöjen heikko tarkkuus. Ruuvisäätöihin ei ollut työn tekohetkellä asteikkoja, joilla parametrit voisi asettaa tarkasti. Vaurioituminen tapahtui vaiheissa, joissa päällysteeseen kohdistetaan korkeaa lämpötilaa ja kitkaa. Kokeissa käytettiin kahta erilaista kartonkia, jotka olivat päällystetty eri materiaaleilla. Materiaalivalintoihin päädyttiin, jotta voitiin havaita erilaisten päällystemateriaalien vauriomekanismit. Prosessin kehityskohteet onnistuttiin tuomaan esiin tarkasteltujen valmistusvaiheiden osalta ja niille löydettiin mahdollisia ratkaisuja. Säädettävyyden parantamiseksi esitettiin sähköisiä toimilaitteita, joilla parametrit voitaisiin asettaa tarkasti ja palata aiempiin säätöihin yksinkertaisemmin. Kitkan vähentämiseksi esitettiin pinnanlaadun parantamista, erilaisia pinnoitteita ja tehostettua muotoilutyökalujen jäähdytystä. Potentiaalisimmat ideat tulee koeajaa, jotta todellinen hyöty voidaan osoittaa.The aim of this bachelor’s thesis was to evaluate the stresses applied on the coating layer of paperboard in the cup manufacturing process and to evaluate their effects on damage, as well as to develop solutions for better stress management. Thesis includes a literature review that presents various methods used in cup forming and stresses they generate. Adjustment modifications to the most critical steps in terms of damage were tested in LUT Packaging technology laboratory. Proposals for improvements to the equipment were presented for the identified areas of development. The quality and damage of the cups were examined visually, with liquid tightness tests and with fiber tear analysis. The main objective of the laboratory test was to find out whether adjustment modifications can reduce the stress applied on the material and thus reveal the manufacturing steps that require changes for the equipment. The most significant factor affecting the stress management during the test runs was the poor accuracy of the screw adjustments of the tools. At the time the thesis was made there was no scale for the screw adjustments that could be used to set the process parameters accurately. The failure mechanisms occurred during steps where high temperature and friction were applied on the coating layer. Two different paperboards were used in the tests to reveal the failure mechanisms of different coating materials. The development areas of the process were identified for the examined steps and possible solutions were found for them. To improve adjustability, electric actuators were presented so that the parameters could be set accurately and to return to previous adjustments easier. To reduce friction the presented ideas were to improve the surface quality of the tools or to coat them and to enhance cooling for shaping tools. The most potential ideas need to be tested to reveal their real benefits

Possibilities of visual production control on medium scale production in a machine shop

Tässä kandidaatintyössä tuodaan esille ja vertaillaan visuaalisen toiminnanohjauksen mahdollisuuksia konepajoissa. Visuaalisia keinoja voidaan hyödyntää konepajoissa monella tapaa, niillä voidaan toteuttaa toiminnanohjaus kokonaisuudessaan, käyttää toiminnanohjauksen tukena tai tehostaa ja helpottaa lähes kaikkia yrityksen prosessin vaiheita. Työ on toteutettu kirjallisuuskatsauksena, jonka tukena visuaalisia keinoja tuodaan esille kahden konepajan pohjalle luotujen case-esimerkkiyritysten avulla. Kirjallisuuskatsaus osiossa tuodaan esille teoriaa yleisistä visuaalisen toiminnanohjauksen keinoista. Case-esimerkeillä esitellään teorian käyttökohteet ja mahdollisuudet käytännön toiminnanohjauksessa ja muussa yrityksen toiminnassa.The purpose of this bachelor’s thesis is to present and compare the possibilities of visual production control methods on medium scale production in a machine shop. Visual methods can be utilized in a machine shop in many ways. The whole production control can be executed using visual tools or visuality can be used to support existing methods. Visual tools can be used to ease and improve production in every step of the process. This thesis consists of a literature review and a case study. The literature review part consists of the theory about visual production control methods. Utilization and possibilities of visual production control methods are showcased using the case study examples

Lignin biomarkers as tracers of mercury sources in lakes water column

This study presents the role of specific terrigenous organic compounds as important vectors of mercury (Hg) transported from watersheds to lakes of the Canadian boreal forest. In order to differentiate the autochthonous from the allochthonous organic matter (OM), lignin derived biomarker signatures [Lambda, S/V, C/V, P/(V ? S), 3,5-Bd/V and (Ad/Al)v] were used. Since lignin is exclusively produced by terrigenous plants, this approach can give a non equivocal picture of the watershed inputs to the lakes. Moreover, it allows a characterization of the source of OM and its state of degradation. The water column of six lakes from the Canadian Shield was sampled monthly between June and September 2005. Lake total dissolved Hg concentrations and Lambda were positively correlated, meaning that Hg and ligneous inputs are linked (dissolved OM r2 = 0.62, p\0.0001; particulate OM r2 = 0.76, p\0.0001). Ratios of P/(V ? S) and 3,5-Bd/V from both dissolved OM and particulate OM of the water column suggest an inverse relationship between the progressive state of pedogenesis and maturation of the OM in soil before entering the lake, and the Hg concentrations in the water column. No relation was found between Hg levels in the lakes and the watershed flora composition—angiosperm versus gymnosperm or woody versus non-woody compounds. This study has significant implications for watershed management of ecosystems since limiting fresh terrestrial OM inputs should reduce Hg inputs to the aquatic systems. This is particularly the case for largescale land-use impacts, such as deforestation, agriculture and urbanization, associated to large quantities of soil OM being transferred to aquatic systems

Vuokratyövoima hiusalalla

Opinnäytetyön päätavoitteena oli selvittää onko vuokratyövoiman käyttäminen mahdollista hiusalalla ja mitkä ovat sen haasteet työnantajan näkökulmasta. Kysymystä lähdettiin selvittämään parturi-kampaamoyrittäjiltä kyselylomakkeen avulla, lisäksi vastanneista valittiin yksi yksinyrittävä ja yksi useita parturi-kampaajia työllistävä yrittäjä, joita molempia haastateltiin tiedon syventämiseksi. Vuokratyötä välittävien yritysten näkökantaa saatiin haastattelemalla kahta eri vuokratyövoimaa välittävän yrityksen työntekijää. Hiusalalla ei ole vuokratyövoimaa käytetty sen varsinaisessa muodossa ja läheskään kaikki hiusalan yrittäjät ja työnantajat eivät tienneet miten vuokratyövoiman käyttäminen käytännössä tapahtuu, mitkä ovat vuokratyön kustannukset ja minkälainen vastuu on työnantajalla. Selvityksessä tultiin siihen johtopäätökseen, että vuokratyövoiman käyttäminen hiusalalla on mahdollista, mutta suurimpina haasteina ovat työnantajien ennakkoluulot, tietämättömyys ja asenteet, vaikka työnantajat nimesivätkin haasteiksi mm. työntekijän motivaation, ammattitaidon.The main objective in this thesis was to find out whether it is possible to use temporary agency workers in hair salons and what the challenges from the employer’s point of view are. The data for the study was gathered by sending a questionnaire to hairdressing entrepreneurs. Two of the respondents, one solo entrepreneur and the other having several employees, were interviewed for further information. Two employment agencies were interviewed, too, in order to get another aspect. The study points out that temporary agency work, as we understand it, is not used in hair salons and that only few entrepreneurs or employers knew how to use this service or what the costs and responsibilities are. The conclusion in this study was that temporary agency workers could well be used in hair salons. Employers, however, seemed to doubt motivation and professional skills of the workers which reveals their own prejudices, ignorance and negative attitudes towards this service

Redox Regulating Enzymes and Connected MicroRNA Regulators Have Prognostic Value in Classical Hodgkin Lymphomas

There are no previous studies assessing the microRNAs that regulate antioxidant enzymes in Hodgkin lymphomas (HLs). We determined the mRNA levels of redox regulating enzymes peroxiredoxins (PRDXs) I–III, manganese superoxide dismutase (MnSOD), nuclear factor erythroid-derived 2-like 2 (Nrf2), and Kelch-like ECH-associated protein 1 (Keap1) from a carefully collected set of 41 classical HL patients before receiving any treatments. The levels of redoxmiRs, miRNAs known to regulate the above-mentioned enzymes, were also assessed, along with CD3, CD20, and CD30 protein expression. RNAs were isolated from freshly frozen lymph node samples and the expression levels were analyzed by qPCR. mir23b correlated inversely with CD3 and CD20 expressions (p=0.00076; r=-0.523 and p=0.0012; r=-0.507) and miR144 with CD3, CD20, and CD30 (p=0.030; r=-0.352, p=0.041; r=-0.333 and p=0.0032; r=-0.47, resp.). High MnSOD mRNA levels associated with poor HL-specific outcome in the patients with advanced disease (p=0.045) and high miR-122 levels associated with worse HL-specific survival in the whole patient population (p=0.015). When standardized according to the CD30 expression, high miR212 and miR510 predicted worse relapse-free survival (p=0.049 and p=0.0058, resp.). In conclusion, several redoxmiRs and redox regulating enzyme mRNA levels associate with aggressive disease outcome and may also produce prognostic information in classical HL