A Survey of MicroRNA Length Variants Contributing to miRNome Complexity in Peach (Prunus Persica L.)

MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding RNA molecules produced from hairpin structures and involved in gene expression regulation with major roles in plant development and stress response. Although each annotated miRNA in miRBase (www.mirbase.org) is a single defined sequence with no further details on possible variable sequence length, isomiRs – namely the population of variants of miRNAs coming from the same precursors – have been identified in several species and could represent a way of broadening the regulatory network of the cell. Next-gen-based sequencing makes it possible to comprehensively and accurately assess the entire miRNA repertoire including isomiRs. The aim of this work was to survey the complexity of the peach miRNome by carrying out Illumina high-throughput sequencing of miRNAs in three replicates of five biological samples arising from a set of different peach organs and/or phenological stages. Three hundred-ninety-two isomiRs (miRNA and miRNA*-related) corresponding to 26 putative miRNA coding loci, have been highlighted by mirDeep-P and analyzed. The presence of the same isomiRs in different biological replicates of a sample and in different tissues demonstrates that the generation of most of the detected isomiRs is not random. The degree of mature sequence heterogeneity is very different for each individual locus. Results obtained in the present work can thus contribute to a deeper view of the miRNome complexity and to better explore the mechanism of action of these tiny regulators

Huono johtaminen : Ilmenemismuodot, vaikutukset johdettaviin, alkusyyt ja kehittämismahdollisuudet

Mitä on huono ihmisten johtaminen? Mistä se johtuu, miten se ilmenee, miten se vaikuttaa johdettaviin ja miten sitä voi kehittää paremmaksi? Tässä tutkimuksessa johtamista tarkastellaan pääasiassa yksilön kokemuksen kautta ja dyadisesta asetelmasta johtajan, johdettavan, vuorovaikutuksen ja interaktioiden näkökulmasta. Johtaminen on myös koko organisaation ilmiö. Tämä on kvalitatiivinen empiirinen tutkimus, jonka yhteydessä tehtiin teemahaastatteluita. Monilla ihmisillä on kokemusta ja mielipiteitä huonosta johtamisesta. Haastatteluilla kerättiin tietoa siitä, mikä koetaan huonoksi johtajuudeksi ja mitä huono johtajuus aiheuttaa. Teoreettinen viitekehys koostui ihmisten johtamista ja huonoa johtamista käsittelevistä tieteellisistä tutkimuksista ja kirjallisuudesta eri aikakausilta kotimaasta ja ulkomailta, ja lähteenä käytettiin myös normatiivisia teoksia. Tutkimuksen edetessä nähtiin, että johtaminen on kolmen tekijän summa: ilman johdettavia ei olisi johtamistakaan, lisäksi johtamiseen vaikuttaa kulloinkin vallitseva konteksti. Johtaminen on vuorovaikutusta. Johtajan ja johdettavan ominaisuuksien ja tietojen, taitojen ja tunteiden lisäksi johtamiseen on vaikutuksensa organisaation rakenteilla, kulttuurilla ja organisaatiossa vallitsevilla arvoilla tai henkilöiden omilla arvoilla. Johtamiseen vaikuttavat ihmisten luomat sosiaaliset konstruktiot ja eri aikakausina vallitsevat yleiset ihmiskäsitykset ja johtamistrendit. Johtopäätöksenä todettiin, että huonoa ihmisten johtamista esiintyy useina erilaisina ilmenemismuotoina. Huono johtaminen johtuu kolmesta pääsyystä: joko osaamattomuudesta, pahantahtoisuudesta tai otollisista tilanteista. Työyhteisön tulee puuttua huonoon johtamiseen. Huonolla johtajuudella on huono vaikutus johdettavien henkilöiden työhyvinvointiin ja työmotivaatioon ja sitä kautta huomattava merkitys koko organisaation tuloksellisuuteen, joka eskaloituen vaikuttaa koko yhteiskunnan menestykseen. Johtamista voi tietoisesti opiskella ja sitä on mahdollista tarkoitushakuisesti kehittää ja parantaa. Ihmistuntemus, empatiakyky, itsensä tunteminen ja itsensä johtaminen ovat tärkeitä taitoja johtavassa tai esimiestehtävässä olevalle. Vuorovaikutustaito on johtajan ja esimiehen tärkein työkalu. Asiallinen palaute on tärkeää paitsi johdettaville, myös johtajalle. Palaute antaa tietoa vallitsevasta tilanteesta puolin ja toisin ja auttaa kehittämään toimintaa oikeaan suuntaan

Rakkaudesta lajiin, tunteja laskematta : Voimisteluseuratoimijoiden itsensä johtaminen

Julkisjohtamisen pro gradu -tutkielma itsensä johtamisesta. Tutkielma koostuu teor-iaosuudesta sekä empiirisestä, laadullisesta tapaustutkimuksesta. Empiirinen osuus keskit-tyy Pohjanmaan voimisteluseurojen seuratoimijoiden itsensä johtamiseen. Teoriaosuudes-sa esitellään kognitiiviset, eli ajattelua hyödyntävät, behavioristiset eli käyttäytymistä hyödyntävät ja luontaisen palkitsemisen itsensä johtamisen teoriat. Lisäksi kuvataan itsensä johtamiseen vaadittavia yksilön edellytyksiä ja taitoja, joita ovat sisäinen moti-vaatio, itseohjautuvuus, ammattitaito ja kurinalaisuus sekä itsetuntemus ja hyvä itsetunto. Empiirisen tutkimuksen osuudessa kuvataan laadullisen tapaustutkimuksen kulku ja tulokset. Tutkimuksessa selvitettiin, millä tavoin Pohjanmaan voimisteluseuratoimijat johtavat itseään. Tutkimus toteutettiin käyttäen sähköistä kyselylomaketta, jossa esitettiin avoimia kysymyksiä. Kysymykset johdettiin tutkielman teoriaosuuden teorioita hyödyntäen. Kyselylomakkeen avulla saatu aineisto analysoitiin sisällönanalyysia hyödyntäen ensin tee-moittelemalla. Tämän jälkeen jo teemoitellut vastaukset tyypiteltiin edelleen peilaten niitä teoriaosuudessa esiteltyihin itsensä johtamisen strategioihin. Lopputulemana tutkimuksessa todetaan, että Pohjanmaan voimisteluseuratoimijat johtavat itseään monipuolisesti hyödyntäen kognitiivisia, behavioristisia sekä luontaisen palkitsemisen itsensä johtamisen strategioita. Näitä kaikkia strategioita käytetään varioiden kontekstista ja yksilöstä riippuen. On myös yksilöstä riippuvaa, mikä itsensä johtamisen strategia toimii parhaiten seuratoimijoiden arjessa. Lähtökohtaisesti seuratoimijoita seuratyöhön itseään johtamaan houkuttelee sisäisen palkitsemisen itsensä johtamisen strategiat. Behavioristisia itsensä johtamisen strategioita seuratoimijat käyttävät erityisesti epämieluisien tehtävien hoitoon ja kognitiiviset itsensä johtamisen strategiat näkyvät selvimmin positiivisen asenteen kautta. Voimisteluseuratoimijoiden itsensä johtamiseen vaadittavista taidoista ja ominaisuuksista korostuu kyselytutkimuksen perusteella erityisesti vahva sisäinen motivaatio sekä itseohjautuvuus

Puu- ja hybridivälipohjien akustiikka ja laadunvarmistus

Tässä opinnäytetyössä perehdyttiin puu- ja hybridivälipohjien akustisiin ominaisuuksiin ja rakenneratkaisuihin akustiikan näkökulmasta. Opinnäytetyön tavoitteena on tunnistaa hyviä rakennusteknisiä ratkaisuja ääneneristävyyden hallintaan puurakenteisissa välipohjissa, sekä saada kokemusperäistä tietoa puuvälipohjien asennuksesta rakennustyömaalla. Opinnäytetyö toteutettiin tutkimuksena, jonka teoriaosuudessa hyödynnetään alan ammattilaisten tuottamaa kirjallisuutta ja virallisten tahojen laatimia ohjeistuksia ja määräyksiä. Teoriaosuudessa käydään läpi äänen ja akustiikan ominaisuuksia, välipohjien akustiikkaan asetettuja määräyksiä ja puu- ja hybridivälipohjien rakenneratkaisumenetelmiä, joilla ääneneristävyyttä saadaan parannettua ilma- ja askeläänieristyksen osalta. Tutkimusosa suoritettiin haastattelemalla rakennusalan toimihenkilöä ja, selvitettiin puu- ja hybridivälipohjien asennuksen onnistumista rakennustyömaalla. Välipohja on yksi haastavimmista suunnittelu- ja toteutusosista puurakentamisessa. Puurakennuksissa akustinen suunnittelu on tärkeässä asemassa, koska se vaikuttaa olennaisesti myös asuin- ja käyttömukavuuteen

Luonnonväriaineet

Kirja esittelee luonnonväriaineiden tarjoamia mahdollisuuksia erityisesti tekstiilisovellutuksissa, kuten värjäämisessä ja kankaan kuvioimisessa. Teoksessa keskitytään väriainelähteisiin, jotka kasvavat Suomen luonnossa tai soveltuvat viljeltäviksi ainakin maan eteläisissä osissa. Lukijalle esitellään eri lähteistä saatavat värisävyt sekä annetaan ohjeita värjäykseen ja kankaanpainantaan. Perinteisesti luonnonväriaineet on yhdistetty pienimuotoiseen käsityöläisyyteen, mutta nykyään niitä voidaan hyödyntää jopa teollisen mittakaavan tuotannossa. Kirjassa pohditaan monipuolisesti luonnonväriaineiden ominaisuuksia, kuten ekologisuutta, UV-suojaavuutta ja antimikrobiaalisuutta. Teos sopii tietokirjaksi ja värjäysoppaaksi luonnonväriaineista kiinnostuneille sekä oppimateriaaliksi taide- ja käsityöalan koulutuksiin

Examining Safety of Biocolourants from Fungal and Plant Sources-Examples from Cortinarius and Tapinella, Salix and Tanacetum spp. and Dyed Woollen Fabrics

Biocolourants have been investigated as alternatives to synthetic dyes. However, natural origin per se is not a label of harmlessness and research is needed to obtain safe dyes. We studied the cytotoxicity of the extracts from fungal (Cortinarius semisanguineus, Tapinella atrotomentosa) and plant (Tanacetum vulgare, Salix phylicifolia) sources and the woollen fabrics dyed with the extracts. Cytotoxicity in vitro using hepa-1 mouse hepatoma cells for 24 h and 72 h exposure was observed as the highest tolerated dose. All biocolourants produced intensive colour on fabrics with fastness properties from moderate to good. The Salix and Cortinarius samples did not show any cytotoxic effects, whereas the Tanacetum and Tapinella samples had slightly higher test values but were not interpreted as being significantly toxic. Higher than zero values of the undyed fabrics showed the importance of examining their toxicity as well. It was found that the cytotoxicity of the samples dyed with the biocolourants did not differ significantly from the undyed wool fabric. The concentrations of dyes used in the assays were very low, imitating the dose of the user. In addition to colouring properties, natural dyes may have pharmaceutical and antibacterial properties which would enhance the interest in using them in products for added value

The genome sequence of the outbreeding globe artichoke constructed de novo incorporating a phase-aware low-pass sequencing strategy of F1 progeny

Globe artichoke (Cynara cardunculus var. scolymus) is an out-crossing, perennial, multi-use crop species that is grown worldwide and belongs to the Compositae, one of the most successful Angiosperm families. We describe the first genome sequence of globe artichoke. The assembly, comprising of 13,588 scaffolds covering 725 of the 1,084 Mb genome, was generated using ~133-fold Illumina sequencing data and encodes 26,889 predicted genes. Re-sequencing (30×) of globe artichoke and cultivated cardoon (C. cardunculus var. altilis) parental genotypes and low-coverage (0.5 to 1×) genotyping-by-sequencing of 163 F(1) individuals resulted in 73% of the assembled genome being anchored in 2,178 genetic bins ordered along 17 chromosomal pseudomolecules. This was achieved using a novel pipeline, SOILoCo (Scaffold Ordering by Imputation with Low Coverage), to detect heterozygous regions and assign parental haplotypes with low sequencing read depth and of unknown phase. SOILoCo provides a powerful tool for de novo genome analysis of outcrossing species. Our data will enable genome-scale analyses of evolutionary processes among crops, weeds, and wild species within and beyond the Compositae, and will facilitate the identification of economically important genes from related species

A computational-based update on microRNAs and their targets in barley (Hordeum vulgare L.)

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Many plant species have been investigated in the last years for the identification and characterization of the corresponding miRNAs, nevertheless extensive studies are not yet available on barley (at the time of this writing). To extend and to update information on miRNAs and their targets in barley and to identify candidate polymorphisms at miRNA target sites, the features of previously known plant miRNAs have been used to systematically search for barley miRNA homologues and targets in the publicly available ESTs database. Matching sequences have then been related to Unigene clusters on which most of this study was based.</p> <p>Results</p> <p>One hundred-fifty-six microRNA mature sequences belonging to 50 miRNA families have been found to significantly match at least one EST sequence in barley. As expected on the basis of phylogenetic relations, miRNAs putatively orthologous to those of <it>Triticum </it>are significantly over-represented inside the set of identified barley microRNA mature sequences. Many previously known and several putatively new miRNA/target pairs have been identified. When the predicted microRNA targets were grouped into functional categories, biological processes previously known to be regulated by miRNAs, such as development and response to biotic and abiotic stress, have been highlighted and most of the target molecular functions were related to transcription regulation. Candidate microRNA coding genes have been reported and genetic variation (SNPs/indels) both in functional regions of putative miRNAs (mature sequence) and at miRNA target sites has been found.</p> <p>Conclusions</p> <p>This study has provided an update of the information on barley miRNAs and their targets representing a foundation for future studies. Many of previously known plant microRNAs have homologues in barley with expected important roles during development, nutrient deprivation, biotic and abiotic stress response and other important physiological processes. Putative polymorphisms at miRNA target sites have been identified and they can represent an interesting source for the identification of functional genetic variability.</p

Genetic variants of HvCbf14 are statistically associated with frost tolerance in a European germplasm collection of Hordeum vulgare

Two quantitative trait loci (Fr-H1 and Fr-H2) for frost tolerance (FT) have been discovered on the long arm of chromosome 5H in barley. Two tightly linked groups of CBF genes, known to play a key role in the FT regulatory network in A. thaliana, have been found to co-segregate with Fr-H2. Here, we investigate the allelic variations of four barley CBF genes (HvCbf3, HvCbf6, HvCbf9 and HvCbf14) in a panel of European cultivars, landraces and H. spontaneum accessions. In the cultivars a reduction of nucleotide and haplotype diversities in CBFs compared with the landraces and the wild ancestor H. spontaneum, was evident. In particular, in cultivars the loss of HvCbf9 genetic variants was higher compared to other sequences. In order to verify if the pattern of CBF genetic variants correlated with the level of FT, an association procedure was adopted. The pairwise analysis of linkage disequilibrium (LD) among the genetic variants in four CBF genes was computed to evaluate the resolution of the association procedure. The pairwise plotting revealed a low level of LD in cultivated varieties, despite the tight physical linkage of CBF genes analysed. A structured association procedure based on a general liner model was implemented, including the variants in CBFs, of Vrn-H1, and of two reference genes not involved in FT (α-Amy1 and Gapdh) and considering the phenotypic data for FT. Association analysis recovered two nucleotide variants of HvCbf14 and one nucleotide variant of Vrn-H1 as statistically associated to FT