Mitochondrial phylogeography and demographic history of the Vicuña: implications for conservation

The vicuña (Vicugna vicugna; Miller, 1924) is a conservation success story, having recovered from near extinction in the 1960s to current population levels estimated at 275 000. However, lack of information about its demographic history and genetic diversity has limited both our understanding of its recovery and the development of science-based conservation measures. To examine the evolution and recent demographic history of the vicuña across its current range and to assess its genetic variation and population structure, we sequenced mitochondrial DNA from the control region (CR) for 261 individuals from 29 populations across Peru, Chile and Argentina. Our results suggest that populations currently designated as Vicugna vicugna vicugna and Vicugna vicugna mensalis comprise separate mitochondrial lineages. The current population distribution appears to be the result of a recent demographic expansion associated with the last major glacial event of the Pleistocene in the northern (18 to 22°S) dry Andes 14–12 000 years ago and the establishment of an extremely arid belt known as the 'Dry Diagonal' to 29°S. Within the Dry Diagonal, small populations of V. v. vicugna appear to have survived showing the genetic signature of demographic isolation, whereas to the north V. v. mensalis populations underwent a rapid demographic expansion before recent anthropogenic impacts

Descripción anátomo patológica y microbiológica de la osteomielitis del maxilar inferior en crías de alpacas

&lt;p&gt;Se describe la osteomielitis del maxilar inferior en 3 crías de alpacas entre 20 y 45 días de edad, mediante estudios clínicos, patológicos, histopatológicos, y microbiológicos, con el objetivo de  caracterizar las lesiones y describir los agentes etiológicos. Clínicamente las crías mostraron escaso desarrollo y bajo peso con respecto a su edad, decaimiento y depresión; a la palpación hubo engrosamiento y tumoración con fístulas internas entre la base de los premolares y molares que comunicaban la cavidad bucal con la lesión ósea con material purulento entremezclado con pasto. Las crías murieron durante el desarrollo de la enfermedad y a la necropsia se hallaron lesiones de hiperostosis, rarefacción, necrosis e involucro con secuestro, diagnosticados visualmente y por palpación. La hiperostosis severa fue la lesión histológica más frecuente, caracterizada por áreas de necrosis licuefactiva con abundantes polimorfa nuclear, disgregación del tejido óseo y  presencia de tejido conectivo fibroso alrededor de la lesión. Las bacterias halladas fueron &lt;em&gt;A. pyogenes, S. aureus, S. pyogenes, S. viridans C. pseudotuberculosis, y F. necrophorus&lt;/em&gt;. Se concluye que la osteomielitis en crías es de curso rápido que abarca un grado variable de fibrosis de la medula y es polimicrobiana.&lt;/p&gt;</jats:p

Genotypes of kappa-casein gen in creole cattle of Bambamarca district (Cajamarca, Peru)

El presente estudio tuvo como objetivo determinar la frecuencia alélica y genotípica del gen kappa-caseína (κ-CN) en ganado bovino criollo. Se recolectaron 48 muestras de sangre de bovinos de nueve centros poblados del distrito de Bambamarca (Cajamarca, Perú). Se extrajo el ADN y la genotipificación se realizó mediante análisis de RFLP-PCR del gen κ-CN. Las frecuencias genotípicas encontradas fueron de 0.56, 0.27 y 0.17 para los genotipos AB, AA y BB, respectivamente, en tanto que las frecuencias alélicas resultaron ser de 0.552 y 0.448 para los alelos A y B, respectivamente. Se concluye que los animales evaluados presentan una baja proporción de individuos con el genotipo deseado BB, genotipo que favorece la producción de queso.The aim of this study was to determine the allelic and genotypic frequency of kappacasein gene (κ-CN) in creole cattle. For this purpose, 48 blood samples were collected from animals in nine villages of the Bambamarca district, Cajamarca, Peru. DNA was extracted and genotyping was performed by PCR-RFLP analysis of κ-CN gene. Genotype frequencies of 0.56, 0.27 and 0.17 for the AB, AA and BB genotypes were found, while the allele frequencies were 0.552 and 0.448 for alleles A and B respectively. It was concluded that the tested group had a low proportion of individuals with the desired BB genotype that favors the production of cheese

SEX DETERMINATION BY ADN IN FIVE MACAW SPECIES

La determinación del sexo en aves de especies silvestres es de vital importancia para tomar medidas de conservación. En especies donde no existe dimorfismo sexual, es necesario contar con una prueba de sexaje alternativo a los métodos quirúrgicos. En este sentido, con la finalidad de estandarizar una prueba para la determinación del sexo en guacamayos, se desarrolló y evaluó una prueba molecular que consistió en el análisis de ADN mediante la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). Para ello, se procedió a la extracción de ADN a partir de muestras de sangre cinco especies de guacamayos (Ara ararauna, Ara chloroptera, Ara macao, Ara militaris y Propyrrhura couloni). A través de la técnica de PCR y el uso de primers específicos, se amplificó regiones conservadas (exones) y secuencias de regiones no conservadas (intrones) del gen chd (Chromodomainhelicase- DNA-binding protein), presentes en ambos cromosomas sexuales (Z y W), que permiten diferenciar hembras (chd-ZW) de machos (chd-ZZ). Para la amplificación, se optimizaron las condiciones y los ciclos de PCR. Se pudo detectar dos fragmentos entre 300-400 pares de bases en aves hembras y solamente uno en especies machos. Se observó 100% (31/31) de correspondencia entre el sexaje por métodos convencionales y por análisis de ADN. La prueba molecular fue posteriormente utilizada para sexar a 28 guacamayos de sexo desconocido, incluyendo 11 aves de la especie peruana Propyrrhura couloni.Determination of sex in wild birds is crucial in developing conservation plans for threatened species. The absence of sexual dimorphism in birds makes impossible to determine sex based on physical characteristics and sexing has traditionally depended upon surgical methods which are highly stressful for the animals. The present study had the purpose of developing of a noninvasive DNA test for sex determination in macaws (guacamayos). Blood samples from five species (Ara ararauna, Ara chloroptera, Ara macao, Ara militaris y Propyrrhura couloni) were studied. DNA was extracted and specific primers were used to amplify both exons and introns of the chd (chromo-helicase- DNA-binding) gene located on the sex chromosomes of all birds. Females are identified by chd-ZW on the W chromosome and males by chd-ZZ on the Z chromosome. The amplification was carried out by the optimization of the conditions and the PCR cycles. Two fragments of 300-400 bp were detected in female birds and one in males. Sex determined by conventional methods in 31 birds agreed with DNA results. The molecular test was also used to sex 28 macaws of unknown sex, including 11 Propyrrhura couloni

Molecular detection of canine distemper virus in clinical cases from unvaccinated domestic dogs and assessment of risk factors

The canine distemper (CD) is a viral infection caused by a Morbillivirus of the family Paramyxoviridae. It can generate digestive, respiratory, and nervous symptomatology, depending on the infecting strain. This study was designed to detect the CD virus through the RT-PCR technique and perform the analysis of the data collected to have a current view of the behavior of this virus in Lima, Peru. Whole blood samples from 52 unvaccinated canines with clinical signs compatible with canine distemper were collected between June 2012 and January 2015. The nucleoprotein of 287 bp was successfully amplified in 32.7% (17/52) of the samples analyzed. In addition, it was found a greater detection of the virus, but not significative, in individuals that manifested systemic clinical signs (respiratory and digestive signs vs nervous) and within the age range of 1.5-4 months.El distemper canino (DC) es una infección vírica causada por un Morbilivirus de la familia Paramyxoviridae. Puede generar sintomatología digestiva, respiratoria y nerviosa, dependiendo de la cepa infectante. Este estudio estuvo destinado a detectar el virus del DC a través de la técnica de RT-PCR y analizar los datos recolectados para tener una visión actual del comportamiento de este virus en la zona de Lima, Perú. Se trabajó con muestras de sangre entera recolectadas entre junio de 2012 y enero de 2015 de 52 caninos no vacunados con signos clínicos compatibles con distemper canino. Se logró amplificar la nucleoproteína de 287 pb en el 32.7% (17/52) de las muestras analizadas, encontrando, además, una mayor detección del virus, aunque no significativa, en individuos que manifestaban signos clínicos sistémicos (signos respiratorios y digestivos vs nerviosos) y dentro del rango etario de 1.5-4 meses

SEROPREVALENCIA DE Toxoplasma gondii EN ALPACAS DE COMUNIDADES DE LA PROVINCIA DE CANCHIS, CUSCO

El objetivo del estudio fue cuantificar la seroprevalencia de Toxoplasma gondii enalpacas de comunidades alpaqueras de los distritos de Maranganí, Pitumarca, Checacupey San Pablo, en la provincia de Canchis, Cusco. Se recolectaron 272 muestras de sangreen marzo del 2003 para la detección de anticuerpos contra T. gondii mediante la prueba deinmunofluorescencia indirecta (IFI). Se encontró una seroprevalencia moderada de 35.7 ±5.7%. No se encontró asociación entre las variables distrito, sexo, raza y la respuesta a laprueba de IFI. Sin embargo, se encontró una asociación significativa entre la edad y larespuesta a la prueba. La seroprevalencia del presente estudio concuerda con resultadosobtenidos en camélidos sudamericanos en otras zonas del sur del PerúThe objective of the present study was to determine the seroprevalence ofToxoplasma gondii in alpacas of communities from the districts of Maranganí, Pitumarca,Checacupe and San Pablo, located in the province of Canchis, department of Cusco. Atotal of 272 blood samples were collected in March 2003, for the detection of antibodiesagainst T. gondii by the indirect immunofluorescence test (IFAT). The resultingseroprevalence was 35.7 ± 5.7%, without significant differences due to district, sex, andbreed; however, there was a significant association between age and IFAT value. Theresults of the present study agreed with other studies conducted in South Americancamelids in different localities in the south of Peru

SUSCEPTIBILIDAD DE LA PALOMA SILVESTRE (Columba livia) UN VIRUS VELOGÉNICO VISCEROTRÓPICO DE LA ENFERMEDAD DE NEWCASTLE EN CONDICIONES EXPERIMENTALES

El objetivo del presente estudio fue evaluar el grado de susceptibilidad, efecto patológico y respuesta serológica de la paloma silvestre (Columba livia) frente a la inoculación experimental con una cepa de virus velogénico de la enfermedad de Newcastle. Se capturaron 28 aves, donde la mitad se inoculó vía nasal y oral, y la otra mitad se mantuvo como grupo control. Se registró signos clínicos y mortalidad. Se tomaron muestras de sangre para la prueba de inhibición de la hemaglutinación y muestras de tejidos de aves muertas y del grupo control para su análisis histopatológico. Se tomaron muestras de pulmón, tráquea e hisopado de cloaca para la recuperación viral, durante seis semanas post inoculación. El 64% de aves del grupo inoculado presentó signos clínicos y una mortalidad del 42.8%. Se presentaron estornudos a partir del 4"dia; erizamiento de plumas, aislamiento y letargia a partir del 5" día; y opistótonos, tremores de cabeza y cuello a partir del 78 día post inoculación. Los hallazgos a la necropsia consistieron en congestión generalizada de órganos y eesplenomegalia. Las lesiones microscópicas fueron edema, gliosis, manguito perivascular en cerebro y cerebelo, pérdida de cilios, infiltrado de linfocitos en tráquea, congestión en pulmón y proventriculo, infiltración de linfocitos en intestinos y despoblamiento linfoide en bazo. El grupo inoculado incrementó sus títulos de anticuerpos a partir de la 1" semana llegando, a su máximo promedio geométrico de titulo de 4.9 en la segunda semana. Se logro, la recuperación vira1 en muestras de pulmón y tráquea durante las tres primeras semanas. Se demostró que las aves de la especie Columba livia usadas en este experimento fueron susceptibles a la inoculación experimental con una cepa velogénica del virus de la enfermedadde Newcastle.The objective of the study was to asses the susceptibility, pathological effect and serological response of wild pigeons (Columba livia) to Newcastle virus. A total of 28 adult wild pigeons were captured, 14 were inoculated with a velogenic viscerotropic strain of Newcastle virus by oral and nasal route, and the remaining birds were used as a control group. Clinical signs and mortality were recorded. Blood samples were collected for the hemaglutination inhibition technique. Tissue samples from lung and trachea were collected, and cloacal swabs were harvested for virus recovery and histological studies. Birds of the inoculated group showed clinical signs (64%) and mortality (42.8%). The clinical signs (sneezes, ruffled plumage, isolation and lethargy) started at day 4 after inoculation. The 43% of birds showed nervous signs (opisthotonos and tremors of head and neck) and 21% had diarrhea. In the necropsy was observed a widespread congestion and splenomegaly. The microscopic injuries were edema, gliosis, mononuclear perivascular cuffing in brain and cerebellum, loss of cillia, lymphoid infiltration in trachea, lung congestion, proventricular congestion, lymphocitic infiltration in intestines, and lymphoid depletion in spleen. The inoculated group showed the highest antibody titer (4.9) in the second week. The viral recovery was made upon lung and trachea tissues. It was showed that the specie Columba livia was susceptible to the experimental inoculation with a velogenic strain of Newcastle diasease virus

CARACTERIZACIÓN FENOTÍPICA Y ANÁLISIS DE ADN MITOCONDRIAL DE LLAMAS DE MARCAPOMACOCHA, PERÚ.

The k’ara llama population of Marcapomacocha district, Yauli province, department of Junín, Peru is known for the preponderance of ancestral coloration in the herds. In order to document the apparently unique characteristics of these animals, phenotypic and DNA analyses were carried out on 50 llamas (5 male and 45 female aged 1 to &gt;4 years) from the region. The coat coloration pattern of the animals was uniform, with tones varying from yellow brown to dark red brown, similar to that of the ancestral Peruvian guanaco (Lama guanicoe cacsilensis), while the chest, abdomen and inner surface of the legs are white with a grey-black head and white outlining of the lips, eyes and ears. Biometric analysis of 30 adults (4 years of age and greater) yielded the following results: withers height 123.2 ± 12.2 cm; rump height 119.5 ± 8.5 cm; chest width 36.5 ± 2.7 cm; chest girth 136.4 ± 5.5 cm; ear length 19.6 ± 2.7, upper and lower neck circumferences 42.8 ± 2.7 and 63.9 ± 4.7 cm respectively. Body length averaged 118.5 ± 5.3 cm and body weight was 152.5 ± 12.3 kg. Based on a survey of the literature, the Marcapomacocha llamas are taller, longer and heavier than k´ara llamas from other regions of Peru. Analysis of a diagnostic segment of the cytochrome b gene revealed that all 50 llamas had the ancestral guanaco haplotype, possibly indicating that no hybridization with alpacas has occurred.Las llamas k’ara de Marcapomacocha, provincia de Yauli, departamento de Junín, Perú, se distinguen por presentar un alto porcentaje de animales con coloración ancestral con una semblanza muy semejante al guanaco peruano, Lama guanicoe cacsilensis. Con el objetivo de documentar estas características, aparentemente únicas de esta población, se describen medidas biométricas y análisis del ADN mitocondrial en 50 llamas (5 machos y 45 hembras de uno a más de cuatro años de edad). El patrón de coloración de las llamas muestra tonalidades desde marrón amarillento hasta rojizo oscuro, con el pecho, abdomen y la parte interna de las piernas de color casi blanco y la cabeza gris a negra con blanco alrededor de los labios, ojos y bordes de las orejas. El análisis biométrico de los 30 animales mayores a 4 años fue: altura a la cruz 123.2 ± 12.2 cm; altura a la grupa 119.5 ± 8.5 cm, ancho de pecho 36.5 ± 2.7 cm, perímetro torácico 136.4 ± 5.5 cm, largo de orejas 19.6 ± 2.7, perímetro de cuello al nivel superior 42.8 ± 2.7 cm y al nivel inferior 63.9 ± 4.7 cm, longitud corporal 118.5 ± 5.3 cm y peso promedio de 152. 5 ± 12.3 kg. Al comparar estos datos con los existentes en la literatura, se constata que las llamas de Marcapomacocha son más altas, más largas y más pesadas que las llamas k´ara de otras regiones del Perú. El análisis de un segmento diagnóstico del gen de citocromo b (ADN mitocondrial) reveló que las 50 llamas tenían el haplotipo ancestral guanaco, indicando reducida posibilidad de hibridización con la alpaca

EVALUATION OF A NUMERIC METHOD FOR ALPACA FIBRE DIAMETER MEASUREMENT

El presente estudio evalúa el método de medición de diámetro de la fibra de alpaca mediante el procesamiento de imagen digital, Digital Image Fibre Diameter Analisis (DIFDA), desarrollado en el Centro Internacional de la Papa, y lo compara con los valores obtenidos mediante dos métodos de medición convencionales: Lanámetro (Microscopio de Proyección) y OFDA (Optical Fibre Diameter Analysis). El DIFDA requiere de una evaluación del proceso de imágenes digitales obtenidas mediante un escáner de transparencias y negativos de una muestra de fibra de alpaca preparada en porta slides. Este método presenta una opción de procesamiento de imagen digital completa o otra de secciones dentro de la imagen digital, donde los resultados se expresan en promedio, desviación estándar y coeficiente de variación. Un total de de 206 muestras de fibra de alpacas del fundo Pacomarca, Puno, fueron evaluadas. Los valores promedio de diámetro de las fibras fueron de 21.74 ± 3.03, 21.64 ± 3.58 y 21.74 ± 4.01 según los métodos DIFDA, Lanámetro y OFDA, respectivamente; sin haber diferencia significativa entre promedios. El coeficiente de correlación de Pearson entre DIFDA con el lánametro fue de 0.87 y con OFDA fue de 0.84. La medición del diámetro puede realizarse procesando la imagen digital completa, a partir de tres secciones de 1000 x 1000 píxeles, o desde cinco secciones de 500 x 500 píxeles. Se concluye que no existe diferencia significativa entre los resultados de DIFDA y de los métodos Lanámetro y OFDA, por lo que su uso puede ser de utilidad en programas de mejoramiento animal que requieren medición continua del diámetro de fibras.This study presents the statistical evaluation of a digital image alpaca fibre diameter measurement method, Digital Image Fibre Diameter Analysis (DIFDA). This method developed in the International Potato Center (CIP) requires an evaluation of the fibre sample digital image process, prepared in slides covers and taked from a scanner of negatives and films. DIFDA presents two options for fibre diameter measurement process: Digital image complete and sections of the digital image. The results of the fibre sample are mean fibre diameter, standard deviation and coefficient of variability. The objective was to test and compare the mean fibre diameter values obtained by DIFDA with the values from two conventionals methods: Projection Microscope and OFDA (Optical Fibre Diameter Analysis). In adition, DIFDA’s process options were evaluated. Two hundred six alpaca fibre samples from Pacomarca Farm, Puno, were evaluated. The mean fibre diameter samples values, measured by commercials methods, Projection Microscope and OFDA, were, 21.64 ± 3.58 and 21.74 ± 4.0, respectively. The mean fibre diameter reported for DIFDA was 21.74 ± 3.03. No statistical differences between the methods were detected. The Pearson’s correlation coefficient for DIFDA and Projection Microscope and for DIFDA and OFDA was 0.87 and 0.84, respectively. The process of DIFDA could be done in the complete digital image option, or using three or more sections for the dimention of 1000 x 1000 pixels, or five or more sections for the dimention of 500 x 500 pixels. The conclutions were that the DIFDA’s results showed no statistical significative differences between neither the Projection Microscope’s nor the OFDA’s results. Consequently, this measurement method would be used satisfactorily in breeding programs that requires continuos fibre measurement