SWATH Differential Abundance Proteomics and Cellular Assays Show In Vitro Anticancer Activity of Arachidonic Acid- and Docosahexaenoic Acid-Based Monoacylglycerols in HT-29 Colorectal Cancer Cells

Colorectal cancer (CRC) is one of the most common and mortal types of cancer. There is increasing evidence that some polyunsaturated fatty acids (PUFAs) exercise specific inhibitory actions on cancer cells through different mechanisms, as a previous study on CRC cells demonstrated for two very long-chain PUFA. These were docosahexaenoic acid (DHA, 22:6n3) and arachidonic acid (ARA, 20:4n6) in the free fatty acid (FFA) form. In this work, similar design and technology have been used to investigate the actions of both DHA and ARA as monoacylglycerol (MAG) molecules, and results have been compared with those obtained using the corresponding FFA. Cell assays revealed that ARA- and DHA-MAG exercised dose- and time-dependent antiproliferative actions, with DHA-MAG acting on cancer cells more efficiently than ARA-MAG. Sequential window acquisition of all theoretical mass spectra (SWATH)—mass spectrometry massive quantitative proteomics, validated by parallel reaction monitoring and followed by pathway analysis, revealed that DHA-MAG had a massive effect in the proteasome complex, while the ARA-MAG main effect was related to DNA replication. Prostaglandin synthesis also resulted as inhibited by DHA-MAG. Results clearly demonstrated the ability of both ARA- and DHA-MAG to induce cell death in colon cancer cells, which suggests a direct relationship between chemical structure and antitumoral actions

Logística humanitaria: optimización de red de distribución de bienes de ayuda humanitaria en el proceso de respuesta ante huaicos en Chosica

El propósito de esta tesis es diseñar una red de distribución de bienes de ayuda humanitaria que optimice el proceso de entrega de donaciones a la población afectada por huaicos en Chosica, Lima, una localidad impactada recurrentemente por el Fenómeno El Niño en el Perú. Actualmente, el proceso de distribución es ejecutado desde un almacén central temporal sin una definición anticipada de puntos de entrega hacia los damnificados. El modelo actual no cubre la demanda estimada actual y, por ende, las donaciones no son entregas de la forma más eficiente posible. Para la elaboración de la propuesta se han considerado 2 escenarios: impacto crítico e impacto medio, cuyos resultados de demanda estimada varían según la severidad del evento. La red de distribución propuesta define la ubicación óptima de los puntos de entrega hacia donde los damnificados pueden acudir por ayuda humanitaria, así como definir las ubicaciones ideales para los almacenes centrales requeridos para el abastecimiento y almacenamiento de los bienes de ayuda humanitaria. Para lograr esto, se ha desarrollado un modelo matemático basado en estimación de la demanda y está enfocado en reducir la distancia recorrida tanto para el abastecimiento como para el recorrido de los damnificados hacia los puntos de entrega. Las principales consideraciones del modelo desarrollado son que está basado en demanda, considera restricciones tanto geográficas como de factibilidad de ejecución de las personas, para conseguir una respuesta más rápida que permita eliminar el sufrimiento humano en una crisis, principal objetivo de una cadena de suministro humanitaria. El modelo tiene como resultados que para ambos escenarios es necesario implementar 3 almacenes centrales en la localidad. Con relación a los puntos de entrega, en el escenario crítico se requieren 17 puntos y en el escenario de impacto medio, solo se requiere implementar 14 puntos de entrega

Depressive symptomatology and its associated factors in an urban cohort of elderly

INTRODUCTION: The process of population aging in Brazil has been fast and intense, increasing the prevalence of chronic diseases and psychological and mental problems, mainly depression, which is associated with functional losses of the aged one. OBJECTIVE: To analyse the association between depressive symptomatology and other indicators of functional capacity, and with mortality after 15 years of follow-up, in an urban cohort of elderly. METHODS: 1667 aged (> 65 years-old) residents in Clementino Village in São Paulo city were studied through a multidimensional evaluation of the functional capacity, as well as the death certificate of the deaths occurred between 1991 (beginning of the study) and April of 2006. In univaried analysis we calculated odds ratio and its significance statistics was evaluated by the reliable interval (95%). The logistic regression was used in the multiple analysis. RESULTS: 21,1% of the elderly were depressed in 1991. In univaried analysis the highest ratios of depressed people were found in the feminine sex, aged older than 80 years-old, illiterates, widowers or bachelors, high level of physical dependence, cognitive deficit, users of more medicines and among those who died in the period of 15 years. In multivaried analysis, controlling by sex and age, physical dependence and the users of more medicines are associated to depression. CONCLUSIONS: The worse levels of disability answer, by an expressive way, to the occurrence of depressive symptomatology between the aged ones.OBJETIVO: Analisar a associação, em uma coorte urbana de idosos, entre sintomatologia depressiva e outros indicadores de capacidade funcional com a mortalidade após 15 anos de seguimento. MÉTODOS: Foram estudados os casos de 1.667 idosos (> 65 anos) residentes em Vila Clementino, na cidade de São Paulo, por meio de uma avaliação multidimensional da capacidade funcional e dos atestados de óbito referentes a mortes ocorridas entre 1991 (início do estudo) e abril de 2006. Na análise univariada foram calculadas as razões de chances e sua significância estatística foi avaliada pelo intervalo de confiança (95%). Na análise múltipla foi empregada a regressão logística. RESULTADOS: Entre os idosos estudados, 21,1% eram deprimidos em 1991. Na análise univariada, as maiores proporções de deprimidos foram observadas entre indivíduos do sexo feminino, com mais de 80 anos, analfabetos, viúvos ou solteiros, com alto nível de dependência física e de déficit cognitivo, usuários de mais medicamentos e entre os que morreram no período de seguimento de 15 anos. Na análise múltipla, controlando-se por sexo e idade, a presença de dependência física e o fato de ser usuário de mais medicamentos foram os principais preditores da ocorrência de depressão. CONCLUSÕES: A ocorrência de sintomatologia depressiva parece estar diretamente relacionada aos níveis de incapacidade física observados entre os idosos.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP) Escola Paulista de Medicina Departamento de Medicina PreventivaUNIFESP, EPM, Depto. de Medicina PreventivaSciEL

Aceite de Borago morisiana rico en ácido gamma linolénico, composición y usos del mismo

Publication number: ES2586731 A1 (18.10.2016) Also published as: ES2586731 B2 (24.03.2017) Application number: 201500301 (15.04.2015)La presente invención versa sobre ácido gamma-linolénico (GLA, 18:3n-6), un ácido graso beneficioso para la salud perteneciente la familia omega-6. Se propone y protege el uso del aceite extraído de las semillas de Borago morisiana, perteneciente a la familia Boraginaceae. Este aceite contendría GLA en el intervalo 23,0-27,0 en porcentaje con respecto al total de ácidos grasos en la materia grasa. Se reivindica su uso como suplemento alimenticio humano y animal, como cosmético o en formulaciones farmacéuticas como suplemento nutricional para el tratamiento de enfermedades producidas por deficiencias de ácidos grasos esenciales.Universidad de Almerí

The Fight for Abortion in Mexico

The year that is coming to a close has brought enormous strides forward in Mexico for the regulation of abortion. To understand these advances, first it must be said that in most of Mexico, as in a large number of Latin American countries, abortion is a crime. As a result, women and gestating individuals who interrupt a pregnancy, as well as those who assist them, are subject to being declared criminals and punished with sentences that, in the case of Mexico, range from fifteen days to six years in prison, plus fines, community service, or medical or psychological treatment when freed. I mention “most of Mexico” because in this country, each state or federal jurisdiction determines whether abortion is a crime and what sanctions will be applied to those found guilty of it (p. 23)

Development of an Analytical Toolbox for the Assessment of Complex Biologics

"The biopharmaceutical industry is expanding rapidly and currently accounts for about 20% of the pharmaceutical market. Clinical and manufacturing processes for biologics, such as recombinant proteins or therapeutic monoclonal antibodies (mAbs), are lengthy, complex, and must meet safety and efficacy standards. As the complexity of the therapeutic products increases, the characterization becomes even more challenging, requiring the development of advanced analytical methodologies with increased sensitivity, throughput, and time/cost-effectiveness. Product heterogeneity (such as glycoforms, post-translational modifications, and sequence variants), and process-related impurities such as host cell proteins (HCP), are key product attributes that need to be monitored. ELISA-based HCP assays, commonly used for total HCP quantification, present several drawbacks, namely, not identifying individual HCPs, nor distinguishing their relative abundances.(...)

DNA metabarcoding in terrestrial biodiversity assessment and monitoring: the case of nocturnal insects in NE Portugal

Tese de mestrado, Ecologia e Gestão Ambiental, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019Biodiversity is declining worldwide, and one of its main causes is the expansion and intensification of agriculture. This process has been studied mainly for vertebrates and a few invertebrate groups, but information is missing for most insects despite their deep relationship with agriculture. This is partly due to difficulties in species identification, which requires taxonomic expertise and is costly and time consuming, especially for highly diverse insect communities. In traditional species identification, external or internal morphological characters are used to distinguish between different biological entities, one specimen at a time. Moreover, for many insect species only adult males (or females) can be reliably identified, and identification of larval stages or specimens in poor condition is often not possible. Recently, the development of next generation sequencing (NGS) of DNA is revolutionizing the ability to study highly diverse biological communities, by providing a relatively simple and inexpensive method for species identification. However, this approach remains little used in biodiversity assessment and monitoring, particularly in the case of nocturnal insects. Here we develop and test a workflow based on DNA metabarcoding for understanding how agricultural land uses affect the diversity and composition of nocturnal insect communities. Samples were collected in a complex mosaic landscape in NE Portugal in July (70 sites) and September (78) 2017 using UV light traps, covering four habitats with decreasing level of human management and increasing vegetation cover: vineyards, olive groves, cork oak woodland and riparian zones. Each site yielded a bulk sample of insects, which was processed using standard molecular and bioinformatics pipelines to produce a list of taxa identified at the lowest possible taxonomic level. Molecular procedures involved the testing of four metabarcoding primers, one of which produced the best results and was used in subsequent metabarcoding amplification. Validation of the method involving 12 samples revealed a close matching, albeit not perfect, between the species of moth (Lepidoptera) visually identified by a taxonomist and those recovered through metabarcoding. Metabarcoding of the bulk samples retrieved 1130 taxa, most of which were Lepidoptera (429 OTUs), Diptera (244) and Coleoptera (166). Despite this large number of taxa, accumulation curves revealed that sampling effort was still insufficient to capture the entire diversity within each habitat. There was significant variation in richness among habitats and between seasons, with vineyards showing consistently the lowest number of taxa. In contrast, the richness of olive groves was comparable, or even higher than that of the more natural cork oak and riparian habitats. The assemblage composition varied markedly across seasons, while variation among habitats was less marked, though there were differences in both characteristic and exclusive species. Variation in moth assemblage composition among habitats and seasons was related to functional traits, with for instance larger species recorded in cork oak and riparian habitats and in September, species with specialized diets in cork oak and September, and detritivore species in September. Overall, this workflow provides an efficient tool to assess and monitor nocturnal insects, with the potential for greatly advancing our understanding of agricultural impacts on biodiversity.A disrupção de sistemas naturais está associada à perda de biodiversidade e actualmente põe em risco o equílibro de toda a biosfera. Apesar do desenvolvimento e implementação de medidas de protecção de biodiversidade, muitas espécies continuam em perigo. Devido maioritariamente à acção humana as ameaças à diversidade natural são inúmeras, potenciando a perda de espécies ainda desconhecidas, uma vez que grande parte da diversidade biológica continua por descrever ou descobrir. Desta forma, evidencia-se a necessidade de conhecer e monitorizar esta diversidade às escalas local e global. Só é possível desenvolver ações de conservação adequadas e medir o sucesso das mesmas ao encontrar formas de conhecer e quantificar a diversidade e de a monitorizar ao longo do tempo e do espaço. Neste contexto, são os insectos e outros invertebrados que mais carecem de estudo, monitorização e acções de conservação. Com milhões de espécies desconhecidas que interagem em sistemas complexos, o estudo das comunidades de insectos torna-se desafiante. Ainda assim, os poucos estudos existentes indicam que, à semelhança do que ocorre com os vertebrados, muitas espécies de insectos estão em declínio. No entanto, sabe-se que os insectos desempenham um papel essencial nos ecossistemas, sendo responsáveis por diversos serviços e desserviços, nomeadamente em ecossistemas agroflorestais. Por um lado, participam em processos essenciais como a polinização e reciclagem de nutrientes, e por outro lado, constituem potenciais pragas capazes de causar graves danos à produtividade e economia agrícola. Neste contexto, estudar insectos é particularmente relevante e um dos desafios tem sido a identificação das espécies. Esta constitui uma das componentes inerentes a estudos de biologia e ecologia, bem como ao desenvolvimento de planos de monitorização eficientes. Tradicionalmente, a identificação de espécies de insetos tem sido feita com base em características morfológicas externas ou internas, um espécime de cada vez. Contudo, este processo depende do trabalho de taxonomistas especializados, tornando-se dispendioso em termos de custo e tempo. Mais ainda, a maioria das espécies sofre metamorfose completa e muitos organismos são virtualmente impossíveis de identificar nas fases larvares, o que dificulta o processo. Hoje em dia, existem novos métodos moleculares que cada vez mais permitem ultrapassar alguns destes problemas. Entre estes, salientam-se os métodos que surgiram com o desenvolvimento de sequenciadores de nova geração (NGS), nomeadamente um conjunto de técnicas designado DNA metabarcoding. O DNA metabarcoding faz uso de primers universais na amplificação de barcodes em massa, provenientes de espécimes contidos em várias amostras complexas. Estas amostras são posteriormente marcadas com curtas sequências distintas, o que permite juntar (pooling) e sequenciar múltiplas amostras e posteriormente recuperar a sua composição individual. O uso desta metodologia tem cada vez mais vindo a ser reconhecido como particularmente útil em amostras cujo estado não permite identificação, como água ou guano, ou em amostras complexas compostas por misturas de espécies. Contudo tem ainda muitas limitações associadas, entre as quais a falta de protocolos standardizados, a necessidade de desenhar primers universais, a morosidade dos processos dos quais dependem a construção de bibliotecas de barcodes e algumas limitações bioinformáticas. Ainda assim, o método tem potencial de produzir resultados com elevada resolução taxonómica, permitindo identificar múltiplas espécies de uma só vez, sem a dependência de taxonomistas experientes. Neste estudo utilizamos o DNA metabarcoding para estimar a diversidade de artrópodes terrestres num parque natural recentemente designado, o Parque Natural e Regional do Vale do Tua (PNRVT). O parque natural, está inserido numa paisagem fortemente fragmentada que resulta num complexo mosaico agroflorestal, típico do Mediterrâneo. No total, foram recolhidas 144 amostras de insectos no PNRVT em dois períodos distintos, Julho (n=68) e Setembro (n=76). A amostragem ocorreu numa área geográfica vasta, que se estende por todo o parque natural, em 2 habitats agrícolas e 2 habitats semi-naturais/naturais representativos da paisagem agroflorestal fragmentada que lhe é característica. Os tipos de habitat foram definidos por ordem crescente de cobertura vegetal e decrescente de intervenção humana: vinhas, olivais, sobreirais e galerias ripícolas. Nas amostragens utilizaram-se armadilhas de luz ultravioleta (UV), e o conteúdo de cada armadilha foi processado separadamente em laboratório até ao pooling das amostras para a sequenciação. Especial atenção foi dada aos lepidópteros que são um grupo de insectos altamente diverso e pouco estudado. Para colmatar a falta de informação centralizada sobre muitos aspectos da sua biologia foram compilados um conjunto de traits de espécies desta ordem recorrendo a várias fontes online. Nomeadamente, compilaram-se traits morfológicos, fisiológicos, comportamentais e de distribuição geográfica. Estes dados foram utilizados para completar as análises do ponto de vista ecológico. Desenvolveu-se e utilizou-se um protocolo dividido em 4 fases para analisar os dados obtidos através da sequenciação Miseq i) teste piloto, e da sequenciação Hiseq ii) validação do método, iii) design para a monitorização ecológica e iv) análise de traits. Inicialmente utilizaram-se apenas 3 amostras para um teste piloto que incluiu testar a eficácia de vários primers. Todas as amostras foram sequenciadas posteriormente com o primer que produziu melhores resultados, o BF2/BR2. Este par de primers permitiu produzir mais identificações ao nível da espécie e menos sequências únicas, com menos erros e reduzindo o tempo de análise. A validação do método i.e. comparação dos resultados obtidos com metabarcoding e identificação visual permitiu verificar que a maioria das espécies de lepidópteros foi detectada. A sequenciação das restantes amostras recolhidas foi levada a cabo na mesma corrida (Hiseq). Estas foram recolhidas segundo o desenho de um plano de monitorização que incluiu a montagem e recolha de um número considerável de amostras nos 4 habitats representativos da paisagem, fornecendo dados para várias análises de riqueza e composição de espécies. As restantes análises foram efectuada para todas as unidades taxonómicas operacionais (OTUs) com excepção da última, a análise de traits, que se focou apenas nos lepidópteros, dada a sua importância ecológica e também pela disponibilidade de informação. Apesar de terem sido recolhidas 144 amostras, o esforço de amostragem provou-se insuficiente para atingir um número de espécies representativo da riqueza actual. Ainda assim, e apesar de não ser possível obter informação relativa à abundância das espécies, o método permitiu obter resultados com bastante resolução taxonómica. Deste modo foi possível captar as diferenças na riqueza e composição de espécies entre épocas e habitats através de análises exploratórias e testes de significância estatística. Verificou-se que as vinhas tendem a apresentar os valores de riqueza média mais baixos, em conjunto com os sobreirais em Julho. Por outro lado, nos olivais ocorreram alguns dos valores mais elevados riqueza de OTUs, bem como nos sobreirais em Setembro. As maiores diferenças entre a riqueza global de insectos e de lepidópteros registaram-se nas galerias ripícolas, indicando que este habitat é muito rico em outros taxa de insectos. Pelo contrário, em zonas de sobreiral destacou-se uma elevada riqueza em lepidópteros, especialmente em Setembro. Ao nível da composição das comunidades, as diferenças captadas parecem estar maioritariamente relacionadas com a época de recolha das amostras como seria expectável, dado que a maioria das espécies de insectos só está em fase adulta e activa numa determinhada época do ano. Contudo as análises indicam que o habitat também tem influência na composição das comunidades. As galerias ripícolas foram o habitat mais distinto em Julho enquanto que em Setembro os sobreirais tinham uma composição mais única de OTUs. A maioria das análises aponta para maiores semelhanças na composição das comunidades presentes em olivais e vinhas, quer ao nível geral de composição das amostras quer por partilharem algumas espécies dominantes. Foi possível relacionar certos traits das espécies de lepidópteros com a sua ocorrência na paisagem e nas duas épocas de amostragem. Nomeadamente, registou-se a presença de espécies de maiores dimensões em sobreirais e galerias ripícolas, a ocorrência de espécies de menores dimensões, com menor número de gerações e tendencialmente polífagas no mês de Julho e de espécies detrítivoras em Setembro. Ainda é difícil explicar muitos destes padrões e perceber o seu significado ecológico uma vez que a biologia destas espécies é pouco conhecida. Simultaneamente, são muitas espécies para avaliar e conhecer, pelo que o seu estudo além de necessário e desafiante, abre as portas a uma série de questões científicas que permanecem por responder. Conclui-se que o DNA metabarcoding tem potencial para integrar estudos ecológicos e como ferramenta para monitorização rápida e eficaz, reproduzível no tempo e no espaco, para identificação de espécies em amostras complexas de insectos. Aqui demonstramos que esta ferramenta pode ser particularmente útil em contextos de comparação de habitats em vastas zonas fragmentadas num curto período temporal, mas que pode também ser extensível com resultados reproduzíveis e comparáveis ao longo do tempo. A elevada resolução taxonómica do método permitiu detectar diferenças entre riqueza e composição de espécies em cada habitat. Nomeadamente, o método permitiu identificar espécies dominantes, e até relaccionar a ocorrência de certas espécies com os seus traits morfológicos, fisiológicos e comportamentais. Além disso, a estrutura de análise em 4 fases pode ser utilizada noutros contextos com as devidas adaptações. Na verdade, as várias fases do processo incluem testes e validações e servem para auto-calibrar e adaptar o método, tornando a sua aplicação possível em diversos contextos e paisagens. Ainda assim, várias limitações inerentes método mantêm-se, quer anível laboratorial, quer bioinformático, e por isso é necessário continuar a investigar o seu uso e promover a sua implementação como uma prática corrente em estudos ecológicos