Effects of optical attenuation, heat diffusion and acoustic coherence in photoacoustic signals produced by nanoparticles

Behavior of the photoacoustic signal produced by nanoparticles as a function of their concentration was studied in detail. As the concentration of nanoparticles is increased in a sample, the peak-to-peak photoacoustic amplitude increases linearly up to a certain value, after which an asymptotic saturated behavior is observed. To elucidate the mechanisms responsible for these observations, we evaluate the effects of nanoparticles concentration, the optical attenuation and the effects of heat propagation from nano-sources to their surroundings. We found that the saturation effect of the photoacoustic signal as a function the concentration of nanoparticles is explained by a combination of two different mechanisms. As has been suggested previously, but not modeled correctly, the most important mechanism is attributed to optical attenuation. The second mechanism is due to an interference destructive process attributed to the superimposition of the photoacoustic amplitudes generated for each nanoparticle, this explanation is reinforced through our experimental and simulations results; based on this, it is found that the linear behavior of the photoacoustic amplitude could be restricted to optical densities $\le0.5$.Comment: 5 pages, 5 figures, 1 supplemental dat

3D-PP: A tool for discovering conserved three-dimensional protein patterns

Discovering conserved three-dimensional (3D) patterns among protein structures may provide valuable insights into protein classification, functional annotations or the rational design of multi-target drugs. Thus, several computational tools have been developed to discover and compare protein 3D-patterns. However, most of them only consider previously known 3D-patterns such as orthosteric binding sites or structural motifs. This fact makes necessary the development of new methods for the identification of all possible 3D-patterns that exist in protein structures (allosteric sites, enzyme-cofactor interaction motifs, among others). In this work, we present 3D-PP, a new free access web server for the discovery and recognition all similar 3D amino acid patterns among a set of proteins structures (independent of their sequence similarity). This new tool does not require any previous structural knowledge about ligands, and all data are organized in a high-performance graph database. The input can be a text file with the PDB access codes or a zip file of PDB coordinates regardless of the origin of the structural data: X-ray crystallographic experiments or in silico homology modeling. The results are presented as lists of sequence patterns that can be further analyzed within the web page. We tested the accuracy and suitability of 3D-PP using two sets of proteins coming from the Protein Data Bank: (a) Zinc finger containing and (b) Serotonin target proteins. We also evaluated its usefulness for the discovering of new 3D-patterns, using a set of protein structures coming from in silico homology modeling methodologies, all of which are overexpressed in different types of cancer. Results indicate that 3D-PP is a reliable, flexible and friendly-user tool to identify conserved structural motifs, which could be relevant to improve the knowledge about protein function or classification. The web server can be freely utilized at https://appsbio.utalca.cl/3d-pp/.Peer ReviewedPostprint (published version

Cuestión de gusto: ¿Qué explica el consumo de plantas silvestres? Estudio en los Pirineos catalanes y las Islas Baleares

14 p., tablas, mapas -- versión online previa sin paginación -- post-print del artículo publicado en Economic Botany. Versión revisada y corregida.[EN] Previous research has documented different trends in the consumption of wild food plants but has rarely analyzed the motivations behind their continued (or lack of) consumption. In this article, we use empirical data to explore the factors driving the consumption of a selected set of wild food plants. We start by analyzing the different trends (i.e., abandonment, maintenance, and valorization) across 21 selected species with different food uses. We then explore the reported motivations that drive such trends using data collected among 354 respondents in three Catalan-speaking rural areas. The consumption of wild food plants is decreasing in the three study areas and across the categories of food use analyzed. Respondents listed sociocultural factors, rather than environmental or economic factors, as more prominent determinants of consumption trends; taste preferences seem to be the most relevant motivation for those who continue to consume wild food plants, whereas a myriad of motivations related to changes in lifestyle were provided by those who explain the abandonment of their consumption.[ES] Se han documentado diferentes tendencias en el consumo de plantas silvestres comestibles, pero raramente se han analizado las razones que explican por qué algunas plantas se siguen consumiendo y otras no. En base a una selección de plantas silvestres comestibles, en este artículo exploramos los factores que explican las tendencias en el consumo de plantas silvestres. En la primera parte analizamos las tendencias de consumo (abandono, mantenimiento y valorización) de un grupo de 21 especies con diferentes usos alimentarios y en la segunda exploramos las motivaciones esgrimidas por 354 habitantes de tres áreas rurales catalanoparlantes en relación a estas tendencias. El consumo de plantas silvestres parece haber sufrido una reducción generalizada en las áreas prospectadas. Para todas las especies, los encuestados mencionaron factores socioculturales, más que ambientales o económicos, como importantes a la hora de explicar sus patrones de consumo. Específicamente, el sabor parece ser el principal argumento para aquellos que continúan consumiendo plantas silvestres mientras que una combinación de motivos relacionados con cambios en estilos de vida predomina entre las explicaciones de aquellos que han abandonado su consumo.The present work was conducted under the framework of the project “Sociocultural factors that explain the gathering and consumption of food wild plants and minor crops. Case studies in the Iberian peninsula and the Balearic Islands,” funded by the Economy and Competitiveness Ministry (CSO2011-27565) of the Spanish government. The contribution of Generalitat de Catalunya is also acknowledged (project 2014SGR514). E.C. benefited from a predoctoral contract from the Spanish Ministry for Education.Peer reviewe

Transparencia en la gestión de las bibliotecas públicas del Estado a través de sus sedes web

Partiendo de una propuesta de indicadores asociados a la transparencia en la gestión de bibliotecas, basada en ejemplos localizados en sus sedes web, se presentan los resultados del análisis en las 53 bibliotecas públicas del Estado. La búsqueda y análisis de los indicadores se llevó a cabo en sus webs. Los resultados muestran que, aunque hay ejemplos de buenas prácticas, la información al respecto es muy escasa, especialmente la relacionada con las líneas de actuación y objetivos de la biblioteca. La normativa sobre el uso de los servicios, así como la información y contacto con el equipo de profesionales de la biblioteca, son dos de los indicadores más frecuentes. Se recomienda a las bibliotecas, como entidades del sector público receptoras de fondos y subvenciones, que hagan un ejercicio de transparencia publicando los indicadores relacionados con la misma en su sede web

Búsqueda de sitios de unión a ligandos en receptores nicotínicos de acetilcolina humano de tipo α7 y α4(2)β2(3)

147 p.Los receptores nicotínicos de acetilcolina (nAChRs – Nicotinic Acetylcholine Receptors) son canales iónicos activados por ligando (LGIC - Ligand-Gated Ion Channels), que se encuentran presentes en la unión neuromuscular y en neuronas ubicadas en el sistema nervioso central y periférico, donde median la transmisión sináptica. En las últimas décadas, los nAChRs presentes en células neuronales se han convertido en blanco de múltiples investigaciones debido a que se ha reportado que un funcionamiento anormal de estos receptores está asociado a diversas patologías psiquiátricas y neurológicas (enfermedades de Alzheimer, Parkinson, Huntington, etc.) Numerosos intentos han sido realizados para aliviar estas enfermedades, tratando de aprovechar la unión de diversas moléculas para activar, bloquear y/o modular la funcionalidad de los distintos tipos de nAChRs. Varias de estas moléculas se unen al sitio de unión ortostérico, mientras que otros compuestos se unen a los denominados sitios alostéricos, modulando de forma positiva o negativa la acción de estos receptores.En el presente trabajo se realizó la búsqueda de sitios putativos de unión a ligando en diferentes modelos computacionales de nAChRs humanos, teniendo en cuenta la dinámica de las estructuras. Se encontraron un total de 4 sitios consensos de unión a ligando (no repetidos) para el nAChR α4β2 en estado abierto (conformación agonista), 3 sitios putativos no repetidos para el nAChR α4β2 en estado cerrado (conformación antagonista) y 5 sitios putativos de unión a ligando no repetidos para el nAChR α7 en estado abierto (conformación agonista). Posteriormente, a través de simulaciones de acoplamiento molecular proteína-ligando, se comprobó la capacidad de estos sitios para generar interacciones favorables con distintos compuestos.Palabras claves: Receptor nicotínico de acetilcolina, nAChR, Sitios de unión a ligandos . ABSTRACT: Nicotinic Acetylcholine Receptors (nAChRs) are ligand gated ionic channels (LGIC) functionally expressed in the neuromuscular junction and in neurons located in the central and peripheral nervous systems. In the last decades, neuronal nAChRs have become the focus of multiple investigations because it has been reported that their abnormal function is associated with diverse psychiatric disorders and neurological diseases (e.g. Alzheimer’s, Parkinson’s and Huntington’s diseases). Numerous attempts have been made to treat these conditions, trying to exploit the binding of several molecules that activate, block and/or modulate the function of the different types of nAChRs. Some of these drugs bind to the orthosteric binding site, while other compounds bind to the so called allosteric sites, modulating positively or negatively the actions of these receptors.In this work we searched for putative ligand binding sites in different computational models of human nAChRs, taking into account the dynamical behavior of structures. Four (not repeated) putative binding sites were found in α4β2 nAChR in the open state. Likewise, three (not repeated) binding sites for α4β2 nAChR in the closed state and three (not repeated) putative binding sites for α7 nAChR in the open state, were found. Then, through molecular docking simulations, we tested the ability of these sites to generate favorable interactions with a series of compounds over different consensus protein structures of nAChR.Key words: Nicotinic acetylcholine receptors, nAChR, Ligand Binding Sit

"Tertius gaudens" : germplasm exchange networks and agroecological knowledge among home gardeners in the Iberian Peninsula

Background: The idea that knowledge flows through social networks is implicit in research on traditional knowledge, but researchers have paid scant attention to the role of social networks in shaping its distribution. We bridge those two bodies of research and investigate a) the structure of network of exchange of plant propagation material (germplasm) and b) the relation between a person's centrality in such network and his/her agroecological knowledge. Methods: We study 10 networks of germplasm exchange (n = 363) in mountain regions of the Iberian Peninsula. Data were collected through participant observation, semi-structured interviews, and a survey. Results: The networks display some structural characteristics (i.e., decentralization, presence of external actors) that could enhance the flow of knowledge and germplasm but also some characteristics that do not favor such flow (i.e., low density and fragmentation). We also find that a measure that captures the number of contacts of an individual in the germplasm exchange network is associated with the person's agroecological knowledge. Conclusion: Our findings highlight the importance of social relations in the construction of traditional knowledge

Zonas potenciales para la restauración ecológica de la Palma Chilena (jubaea chilensis) en el Santuario de la Naturaleza Palmar El Salto y sus proximidades, con base en la severidad del incendio forestal de febrero de 2024 y otras variables ambientales

El incendio forestal de febrero de 2024 en el Gran Valparaíso tuvo un impacto devastador sobre la tercera mayor población de palmas chilenas (Jubaea chilensis), la que se ubica en el Santuario de la Naturaleza Palmar El Salto y sus alrededores, pues afectó a más de 5.000 ejemplares en una superficie de cerca de 4 km². Esta memoria de título determina las zonas con mayor potencial para la Restauración Ecológica postincendio, utilizando tres índices de severidad (dNBR, RBR y RdNBR) y considerando variables ambientales clave: la proximidad a quebradas, la lejanía con infraestructura humana, la severidad de incendios forestales, la calidad de la vegetación, la pendiente y la orientación de las laderas. Los resultados muestran que las áreas más adecuadas para la Restauración Ecológica se encuentran alejadas de la infraestructura humana, con mejores condiciones microclimáticas y con abundante vegetación, las que se hayan principalmente en la zona Sur de la Quebrada El Quiteño. Se finaliza remarcando que las amenazas a las que se enfrenta la palma chilena (Jubaea chilensis) en el área de estudio y su largo ciclo de vida hacen indispensable la combinación de variables ambientales para determinar los lugares con mayor potencial para lograr una Restauración Ecológica efectiva.Versión original del auto

Propuesta didáctica para la ejercitación de la memoria en el aprendizaje del inglés

La enseñanza del inglés como lengua extranjera es un objetivo claro en la educación colombiana, ya que esto abrirá puertas y mejorará la calidad de vida de quienes tengan una buena formación en ésta área