International links between Streptococcus pneumoniae vaccine serotype 4 sequence type (ST) 801 in Northern European shipyard outbreaks of invasive pneumococcal disease

Background Pneumococcal disease outbreaks of vaccine preventable serotype 4 sequence type (ST)801 in shipyards have been reported in several countries. We aimed to use genomics to establish any international links between them. Methods Sequence data from ST801-related outbreak isolates from Norway (n = 17), Finland (n = 11) and Northern Ireland (n = 2) were combined with invasive pneumococcal disease surveillance from the respective countries, and ST801-related genomes from an international collection (n = 41 of > 40,000), totalling 106 genomes. Raw data were mapped and recombination excluded before phylogenetic dating. Results Outbreak isolates were relatively diverse, with up to 100 SNPs (single nucleotide polymorphisms) and a common ancestor estimated around the year 2000. However, 19 Norwegian and Finnish isolates were nearly indistinguishable (0–2 SNPs) with the common ancestor dated around 2017. Conclusion The total diversity of ST801 within the outbreaks could not be explained by recent transmission alone, suggesting that harsh environmental and associated living conditions reported in the shipyards may facilitate invasion of colonising pneumococci. However, near identical strains in the Norwegian and Finnish outbreaks does suggest that transmission between international shipyards also contributed to those outbreaks. This indicates the need for improved preventative measures in this working population including pneumococcal vaccination

International links between Streptococcus pneumoniae vaccine serotype 4 sequence type (ST) 801 in Northern European shipyard outbreaks of invasive pneumococcal disease

Background: Pneumococcal disease outbreaks of vaccine preventable serotype 4 sequence type (ST)801 in shipyards have been reported in several countries. We aimed to use genomics to establish any international links between them. Methods: Sequence data from ST801-related outbreak isolates from Norway (n = 17), Finland (n = 11) and Northern Ireland (n = 2) were combined with invasive pneumococcal disease surveillance from the respective countries, and ST801-related genomes from an international collection (n = 41 of > 40,000), totalling 106 genomes. Raw data were mapped and recombination excluded before phylogenetic dating. Results: Outbreak isolates were relatively diverse, with up to 100 SNPs (single nucleotide polymorphisms) and a common ancestor estimated around the year 2000. However, 19 Norwegian and Finnish isolates were nearly indistinguishable (0–2 SNPs) with the common ancestor dated around 2017. Conclusion: The total diversity of ST801 within the outbreaks could not be explained by recent transmission alone, suggesting that harsh environmental and associated living conditions reported in the shipyards may facilitate invasion of colonising pneumococci. However, near identical strains in the Norwegian and Finnish outbreaks does suggest that transmission between international shipyards also contributed to those outbreaks. This indicates the need for improved preventative measures in this working population including pneumococcal vaccination

Impacts des pratiques d'irrigation sur le ruissellement au niveau de la plaine du Gharb

La plaine du Gharb s'étend sur une superficie totale d'environ 616 000 ha avec un potentiel irrigable de 250 000 ha. La superficie équipée actuellement en grande hydraulique est d'environ 114 000 ha et 86 000 ha irrigués par pompage privé. La mise en valeur de la plaine est entravée par l'excès d'eau hivernal compte tenu de la nature subhumide de son climat et de la nature argileuse de ses sols conjuguée à une pente très faible. Il est à souligner que sur un potentiel irrigable au Maroc de 1 600 000 ha, 350 000 ha seraient soumis aux risques d'excès d'eau ou de salinisation dont 200 000 ha concerne le Gharb. Pour pallier ces problèmes, l'assainissement et le drainage agricole sont considérés comme l'un des piliers de l'aménagement et du développement de la plaine du Gharb. Malgré les efforts consentis, l'analyse des performances des systèmes de drainage révèle des déficiences de fonctionnement des réseaux. Les acquis au niveau de la station expérimentale de Souk Tlet, réalisée dans le cadre de la convention ORMVAG, Cemagref ont montré que le raisonnement du drainage dans le Gharb était avant tout un problème d'évacuation des excès d'eau hivernaux et une grande importance doit être accordée au drainage de surface pour l'évacuation des excès d'eau. Le volet irrigation a montré l'intérêt de la raie longue comme pratique d'irrigation gravitaire. Le travail conduit dans le cadre de cette recherche vise à démontrer que les systèmes d'irrigation gravitaire à la raie longue présentent non seulement un intérêt en période estivale mais également vis-à-vis du drainage de surface en période hivernale. L'un des enjeux majeur de cette étude est d'évaluer le gain que génère le système gravitaire modernisé en matière de production de betterave à sucre. Le sujet porte sur l'évaluation des performances des systèmes d'irrigation gravitaire à la raie, avec une prise en compte conjointe des contraintes d'excès d'eau hivernal et de déficit estival de la betterave à sucre. Une bonne – et nécessaire – intégration de ces processus et le transfert des résultats auprès des agriculteurs constitue un enjeu majeur pour la durabilité environnementale et économique du périmètre irrigué du Gharb. L'association d'une problématique conjointe d'irrigation et de drainage constitue l'originalité du travail conduit. Ce sujet s'inscrit dans le contexte de la politique d'économie de l'eau conduite par le Maroc dans la mesure où les engorgements hivernaux réduisent les potentialités des cultures d'hiver qui ne peuvent ensuite bénéficier pleinement des effets de l'irrigation, diminuant la valeur ajoutée du mètre cube d'eau. Ce travail tente de contribuer à la réhabilitation de l'irrigation gravitaire au Maroc en démontrant en particulier l'intérêt du recours au nivellement des sols dans le contexte où les systèmes sous pression génèrent des coûts énergétiques de moins en moins supportables pour les Offices régionaux de mise en valeur agricole. En outre, leur valorisation est fortement compromise par les conditions d'engorgement des sols durant l'hiver

Characterizing the active tectonics in the Oran region (Algeria) and recasting the 1790 earthquake

In this work, we reappraise the seismogenic potential of the geologic structures in the western Tell Atlas of Algeria, considered active host to moderate to low magnitude earthquakes. The direct identification of active faults is generally a difficult task in northern Algeria. The active tectonics in the Oran Plio- Quaternary age basin (Northwestern Algeria) is ana- lyzed and characterized through a morpho-structural study combining topographic, geomorphologic, geolog- ical, and neotectonic data. Folds and fault scarps affect- ing Quaternary deposits show that the region is affected by compressional deformation still active nowadays, as shown by the recorded seismic activity. Our new obser- vations enable a better understanding of the present seismotectonic context of the Oran region, particularly with regard to the magnitude and source of the 1790 Oran damaging event. The obtained result helps to shed some light on the elusive active tectonics characterizing this coastal area, and to assess regional seismic hazard, particularly in coastal zones where large seismogenic areas straddle the onshore–offshore zones.Published1549–15612T. Deformazione crostale attivaJCR Journa