Neglected zoonotic agents in cattle abortion: tackling the difficult to grow bacteria.

Coxiella burnetii, Chlamydia abortus and Leptospira spp. are difficult to grow bacteria that play a role in bovine abortion, but their diagnosis is hampered by their obligate intracellular lifestyle (C. burnetii, C. abortus) or their lability (Leptospira spp.). Their importance is based on the contagious spread in food-producing animals, but also as zoonotic agents. In Switzerland, first-line routine bacteriological diagnostics in cattle abortions is regulated by national law and includes only basic screening by staining for C. burnetii due to the high costs associated with extended spectrum analysis. The aim of this study was to assess the true occurrence of these zoonotic pathogens in 249 cases of bovine abortion in Switzerland by serology (ELISA for anti-C. burnetii and C. abortus antibodies and microscopic agglutination test for anti-Leptospira spp. antibodies), molecular methods (real-time PCR and sequencing of PCR products of Chlamydiales-positive cases), Stamp's modification of the Ziehl-Neelsen (mod-ZN) stain and, upon availability of material, by histology and immunohistochemistry (IHC). After seroanalysis the prevalence was 15.9% for C. burnetii, 38.5% for C. abortus and 21.4% for Leptospira spp. By real-time PCR 12.1% and 16.9% of the cases were positive for C. burnetii and Chlamydiales, respectively, but only 2.4% were positive for C. burnetii or Chlamydiales by mod-ZN stain. Sequencing of PCR products of Chlamydiales-positive cases revealed C. abortus in 10% of cases and the presence of a mix of Chlamydiales-related bacteria in 5.2% of cases. Pathogenic Leptospira spp. were detected in 5.6% of cases. Inflammatory lesions were present histologically in all available samples which were real-time PCR-positive for Chlamydiales and Leptospira spp. One of 12 real-time PCR-positive cases for C. burnetii was devoid of histological lesions. None of the pathogens could be detected by IHC. Molecular detection by real-time PCR complemented by histopathological analysis is recommended to improve definitive diagnosis of bovine abortion cases and determine a more accurate prevalence of these zoonotic pathogens

Spatial effects on species persistence and implications for biodiversity

Natural ecosystems are characterized by striking diversity of form and functions and yet exhibit deep symmetries emerging across scales of space, time and organizational complexity. Species-area relationships and species-abundance distributions are examples of emerging patterns irrespective of the details of the underlying ecosystem functions. Here we present empirical and theoretical evidence for a new macroecological pattern related to the distributions of local species persistence times, defined as the timespans between local colonizations and extinctions in a given geographic region. Empirical distributions pertaining to two different taxa, breeding birds and herbaceous plants, analyzed in a new framework that accounts for the finiteness of the observational period, exhibit power-law scaling limited by a cut-off determined by the rate of emergence of new species. In spite of the differences between taxa and spatial scales of analysis, the scaling exponents are statistically indistinguishable from each other and significantly different from those predicted by existing models. We theoretically investigate how the scaling features depend on the structure of the spatial interaction network and show that the empirical scaling exponents are reproduced once a two-dimensional isotropic texture is used, regardless of the details of the ecological interactions. The framework developed here also allows to link the cut-off timescale with the spatial scale of analysis, and the persistence-time distribution to the species-area relationship. We conclude that the inherent coherence obtained between spatial and temporal macroecological patterns points at a seemingly general feature of the dynamical evolution of ecosystems.Comment: 5 pages, 5 figures. Supplementary materials avaliable on http://www.pnas.org/content/108/11/434

Detecting Mutations in the Mycobacterium tuberculosis Pyrazinamidase Gene pncA to Improve Infection Control and Decrease Drug Resistance Rates in Human Immunodeficiency Virus Coinfection.

Hospital infection control measures are crucial to tuberculosis (TB) control strategies within settings caring for human immunodeficiency virus (HIV)-positive patients, as these patients are at heightened risk of developing TB. Pyrazinamide (PZA) is a potent drug that effectively sterilizes persistent Mycobacterium tuberculosis bacilli. However, PZA resistance associated with mutations in the nicotinamidase/pyrazinamidase coding gene, pncA, is increasing. A total of 794 patient isolates obtained from four sites in Lima, Peru, underwent spoligotyping and drug resistance testing. In one of these sites, the HIV unit of Hospital Dos de Mayo (HDM), an isolation ward for HIV/TB coinfected patients opened during the study as an infection control intervention: circulating genotypes and drug resistance pre- and postintervention were compared. All other sites cared for HIV-negative outpatients: genotypes and drug resistance rates from these sites were compared with those from HDM. HDM patients showed high concordance between multidrug resistance, PZA resistance according to the Wayne method, the two most common genotypes (spoligotype international type [SIT] 42 of the Latino American-Mediterranean (LAM)-9 clade and SIT 53 of the T1 clade), and the two most common pncA mutations (G145A and A403C). These associations were absent among community isolates. The infection control intervention was associated with 58-92% reductions in TB caused by SIT 42 or SIT 53 genotypes (odds ratio [OR] = 0.420, P = 0.003); multidrug-resistant TB (OR = 0.349, P < 0.001); and PZA-resistant TB (OR = 0.076, P < 0.001). In conclusion, pncA mutation typing, with resistance testing and spoligotyping, was useful in identifying a nosocomial TB outbreak and demonstrating its resolution after implementation of infection control measures

Potencial forrageiro de seis híbridos de sorgo com capim sudão.

Avaliaram-se quatro híbridos experimentais e duas cultivares comerciais de Sorghum bicolor cv bicolor x Sorghum bicolor cv sudanense quanto às características agronômicas: produções de matéria verde por hectare (MV/ha), matéria seca (MS/ha), altura das plantas, número de plantas/ha, taxa de rebrota e relação folha/haste. Os plantios ocorreram na transição do período seco para o período chuvoso. Os híbridos foram submetidos a três cortes sucessivos, realizados em duas épocas de plantio. Foi empregado um delineamento experimental de blocos ao acaso e a comparação de médias foi efetuada pelo teste de SNK, a 5% de probabilidade. Os híbridos estudados não diferiram para a maioria das características avaliadas, com exceção da população de plantas, em que o híbrido experimental ATF 54 x CMSXS 912, com 848 mil plantas/há, foi semelhante (P>0,05) aos híbridos testemunhas (comerciais) AG2501C, com 780 mil plantas/ha, e ao BRS800, com 749 mil plantas/ha, sendo superior (P<0,05) aos demais híbridos. Os resultados de produtividade indicam o potencial dos híbridos de sorgo com capim Sudão estudados para serem utilizados como alternativa para a produção de forragem em regime de corte, na transição do período seco para o período chuvoso

Perfil de fermentação de silagens do híbrido de sorgo (Sorghum bicolor (L.) Moench) BR 601 com aditivos: 2. pH, nitrogênio amoniacal, proteína bruta e carboidratos solúveis.

Avaliou-se o perfil de fermentação da silagem do híbrido de sorgo forrageiro BR 601 (Sorghum bicolor L. Moench), com ou sem aditivos. Foram adotados os seguintes tratamentos: silagem sem aditivo (testemunha), silagem com 0,5% de uréia, silagem com 0,5% de carbonato de cálcio, silagem com 0,5% de uréia mais 0,5% de carbonato de cálcio e silagem com inoculante bacteriano (Silobacá). Os materiais foram ensilados em silos de "PVC", com 10 cm de diâmetro e 50 cm de comprimento e abertos com um, três, cinco, sete, 14, 28 e 56 dias de ensilagem. À época da abertura foram determinados o pH e os teores de nitrogênio amoniacal como porcentagem do nitrogênio total (N-NH3/NT). Determinaram-se também o teor de proteína bruta (PB) e de carboidratos solúveis. O delineamento estatístico foi inteiramente casualizado com duas repetições. As médias foram comparadas pelo teste Student Newman Keuls (SNK) ao nível de 5% de probabilidade. O híbrido avaliado apresentou bom padrão de fermentação no tratamento controle. Pouco efeito dos aditivos foi observado sobre o perfil de fermentação das silagens, uma vez que em muitos parâmetros avaliados as silagens com aditivos foram semelhantes às silagens testemunhas ou ocasionaram o aumento dos valores de pH e de compostos indesejáveis no decorrer do processo fermentativo, como foi verificado no uso somente da uréia e na sua associação com carbonato de cálcio quanto aos teores de nitrogênio amoniacal

Perfil de fermentação de silagens do híbrido de sorgo (Sorghum bicolor (L.) Moench) BR 601 com aditivos: 3. frações fibrosas.

Avaliou-se o padrão de fermentação de silagens do híbrido de sorgo forrageiro BR 601 (Sorghum bicolor L. Moench), com ou sem aditivos. Foram adotados os seguintes tratamentos: silagem sem aditivo (testemunha), silagem com 0,5% de uréia, silagem com 0,5% de carbonato de cálcio, silagem com 0,5% de uréia mais 0,5% de carbonato de cálcio e silagem com inoculante bacteriano (Silobacâ). Os materiais foram ensilados em silos de "PVC", com 10cm de diâmetro e 5Ocm de comprimento e abertos com um, três, cinco, sete, 14, 28 e 56 dias de ensilagem. Determinaram-se os teores de fibra em detergente neutro (FDN), de fibra em detergente ácido (FDA), de hemicelulose, de celulose, de lignina. Com exceção das hemiceluloses, as demais frações fibrosas do híbrido de sorgo BR 601 sofreram poucas alterações no processo fermentativo da ensilagem. Os aditivos empregados neste experimento não promoveram melhorias nos parâmetros de fermentação avaliados, devendo ser indicados somente em casos de falhas no processo de ensilagem

Taxa de rebrota e relação folha/haste de seis cruzamentos interespecíficos de "Sorghum bicolor" com "Sorghum sudanense" em duas épocas de plantio e três de corte.

Foram avaliados quatro genótipos experimentais e dois cultivares comerciais de "Sorghum bicolor" e "Sorghum sudanense" quanto às características agronômicas taxa de rebrota e relação folha/haste. Os híbridos foram submetidos a três cortes sucessivos, realizados em duas diferentes épocas de plantio. As taxas de rebrota entre os dois cortes, na primeira época, apenas para o cultivar AG 2501C foi observado maior valor na primeira época em relação à segunda, enquanto que para os demais não foram observadas diferenças significativas (p<0,05). Para a segunda taxa de rebrota, obtida entre o segundo e terceiro cortes, os valores variaram entre 0,45 e 1,00 e não foram observadas diferenças entre as taxas de rebrota entre os híbridos nas duas épocas de cultivo. A importância da determinação da relação folha/haste é devida ao fato de que esta relação influi diretamente no valor nutritivo das plantas de sorgo, uma vez que as folhas possuem coeficiente de digestibilidade superior ao das hastes. Observando-se a primeira época de plantio, para o primeiro e terceiro cortes, não foram observadas diferenças significativas (p<0,05) entre os híbridos. Na segunda época, todos os híbridos apresentaram maiores (p<0,05) relações folha/haste no primeiro corte em relação aos cortes posteriores. Comparando-se as médias das épocas não foram observadas diferenças (p<0,05) nos valores médios de 0,80 e 0,91 entre a primeira e segunda épocas, respectivamente

Matéria seca, pH e carboidrados sóluveis das silagens de seis genótipos de sorgo (Sorghum bicolor (L.) Moench).

Foram utilizados seis genótipos de sorgo (Sorghum bicolor (L.) Moench) de porte alto e colmo seco com o objetivo de determinar as percentagens de Matéria Seca (MS), de Carboidratos Solúveis (CHOS) e o valor de pH. As silagens foram feitas com sorgo colhido no estádio de grão leitoso/pastoso, em silos de laboratório, feitos de PVC. Os híbridos 1 e 2 são as testemunhas comerciais (BRS610 e VOLUMAX, respectivamente), enquanto que os outros quatro são novos materiais desenvolvidos pela EMBRAPA Milho e Sorgo. Foram avaliados oito períodos, sendo que um destes é a forragem antes de ensilar (PO). Os silos foram abertos com 1; 3; 5; 7; 14; 28 e 56 dias de fermentação. que correspondem a P1; P2; P3; P4; P5; P6 e P7, respectivamente. Utilizou-se o teste SNK para comparação entre médias, com um delineamento experimental inteiramente ao acaso. Houve elevação do teor de MS com o processo de ensilagem. Nas silagens os valores de pH oscilaram de 3,69 a 3,98. De modo geral os híbridos de sorgo apresentaram bom padrão de fermentação, com boa classificação, que variou de boa a muito boa, quanto aos parâmetros utilizados

Qualidade nutricional de seis híbridos de sorgo com capim sudão submetidos a épocas de plantio e cortes distintas.

Foram avaliados quatro híbridos experimentais (ATF 54 x CMSXS 912, CMSXS 156 x CMSXS 912, CMSXS 157 x CMSXS 912 e CMSXS 210 x CMSXS 912) e duas cultivares comerciais de Sorghum bicolor cv bicolor X Sorghum bicolor cv sudanense (AG2501C e BRS800) quanto ao valor nutritivo: produções de MS digestível (MSD t/ha), digestibilidade in vitro da MS (DIVMS%), proteína bruta (PB%), fibra em detergente neutro (FDN%), fibra em detergente ácido (FDA%), fósforo (P%) e cálcio (Ca%). Os híbridos foram submetidos a três cortes sucessivos e o plantio foi realizado em duas épocas diferentes. O delineamento experimental foi o de blocos ao acaso e a comparação de médias foi efetuada pelo teste de SNK, a 5% de probabilidade. Os híbridos ATF 54 x CMSXS 912 e AG 2501-C apresentaram valores médios de produção 1,28 t de MSD/ha superiores nas duas épocas de plantio. Ocorreram diferenças entre os híbridos quanto aos teores de PB, com valor médio de 16,33%, Ca com valores entre 0,42% e 0,49% e teores de P com valor médio de 0,26%. O híbrido BRS 800 foi superior (p<0,05) quanto ao teor médio de P (0,28%), teor médio de PB (17,32%), sendo semelhante ao híbrido CMSXS 210 x CMSXS 912, que obteve o valor de 16,75%

Avaliação da silagem do híbrido de sorgo BR 601 com aditivos: alterações nos teores de matéria seca, frações fibrosas e digestibilidade "in vitro" da matéria seca.

Avaliou-se o padrão de fermentação de silagens do híbrido de sorgo forrageiro BR 601 com ou sem aditivos. Foram adotados os tratamentos: silagem sem aditivo (testemunha) e silagens adicionadas com 0,5% de uréia, 0,5% de carbonato de cálcio, 0,5% de uréia mais 0,5% de carbonato de cálcio e com inoculante bacteriano. Os materiais foram ensilados em silos de “PVC” e abertos com um, três, cinco, sete, 14, 28 e 56 dias de ensilagem. Determinaram-se as variações nos teores de matéria seca (MS), os teores de fibra em detergente neutro (FDN), hemicelulose, celulose, fibra em detergente ácido (FDA), lignina e a digestibilidade “in vitro” da MS (DIVMS). Adotou-se o delineamento inteiramente casualizado, em um esquema fatorial 5 x 7, sendo as médias comparadas pelo teste SNK a 5%. As silagens tratadas com a associação entre uréia e carbonato de cálcio apresentaram as maiores perdas de MS. Os aditivos não promoveram alterações nos teores de FDN, hemicelulose e celulose e na DIVMS. Ocorreu diferença entre a silagem testemunha e as silagens com aditivo, com a evolução do processo fermentativo, quanto aos teores de FDA e lignina