Local Interactions and Protein Folding: A Model Study on the Square and Triangular Lattices

We study a simple heteropolymer model containing sequence-independent local interactions on both square and triangular lattices. Sticking to a two-letter code, we investigate the model for varying strength $\kappa$ of the local interactions; $\kappa=0$ corresponds to the well-known HP model [K.F. Lau and K.A. Dill, Macromolecules 22, 3986 (1989)]. By exhaustive enumerations for short chains, we obtain all structures which act as a unique and pronounced energy minimum for at least one sequence. We find that the number of such designable structures depends strongly on $\kappa$. Also, we find that the number of designable structures can differ widely for the two lattices at a given $\kappa$. This is the case, for example, at $\kappa=0$, which implies that the HP model exhibits different behavior on the two lattices. Our findings clearly show that sequence-independent local properties of the chains can play an important role in the formation of unique minimum energy structures.Comment: 10 pages LaTeX, 3 Postscript figures. Figure and references adde

Monte Carlo Study of the Phase Structure of Compact Polymer Chains

We study the phase behavior of single homopolymers in a simple hydrophobic/hydrophilic off-lattice model with sequence independent local interactions. The specific heat is, not unexpectedly, found to exhibit a pronounced peak well below the collapse temperature, signalling a possible low-temperature phase transition. The system size dependence at this maximum is investigated both with and without the local interactions, using chains with up to 50 monomers. The size dependence is found to be weak. The specific heat itself seems not to diverge. The homopolymer results are compared with those for two non-uniform sequences. Our calculations are performed using the methods of simulated and parallel tempering. The performances of these algorithms are discussed, based on careful tests for a small system.Comment: 13 pages LaTeX, 6 Postscript figures, References adde

De l’alemany a l’anglès en les ciències econòmiques a Suècia

Els pioners de les ciències econòmiques a Suècia de fa cent anys estaven molt influenciats per idees provinents d’Alemanya. En els seus viatges d’estudis habitualment visitaven universitats alemanyes i escrivien els seus treballs d’investigació en alemany o suec. Aquesta situació va canviar posteriorment en favor de l’anglès.Un nivell semblant de transició de l’alemany a l’anglès durant el segle xx es pot trobar en la llengua dels llibres d’economia adquirits per les biblioteques, la llengua de les tesis doctorals d’economia i la llengua de les obres citades en aquestes tesis. Al mateix temps, l’ús del suec s’ha encongit. Com a possibles causes de l’abandó de l’alemany es discuteix la I Guerra Mundial, l’escola històrica, el període nazi i la II Guerra Mundial, la reducció de la importància de les distànciesgeogràfiques i la influència creixent en àmbits diferentsdels Estats Units.La pioniroj de la sveda ekonomiko antaŭ cento da jaroj estis multe influitaj de germanaj ideoj. Iliaj studvojaĝoj iris plejofte al germanaj universitatoj, kaj iliaj sciencaj verkoj estis kutime en la lingvoj germana aŭ sveda. Tio poste ŝanĝiĝis favore al la angla. Similan transiron de la germana al la angla dum la 20-a jarcento oni trovaskoncerne la lingvon de ekonomikaj libroj, akiritaj de bibliotekoj, la lingvon de doktoraj ekonomikaj disertacioj kaj la lingvon de cititaj verkoj en tiuj disertacioj. Samtempe la uzado de la sveda ŝrumpis. Kiel eblajn kaŭzojn de la forlaso de la germana ni pridiskutas la Unuan Mondmiliton, la historian skolon, la naziepokon kaj la Duan Mondmiliton, la malgrandigitan signifon de geografia distanco kaj la kreskantan plurflankan usonan influon

Luxatio erecta - harvinainen vamma koiranulkoiluttajillakin

English summaryPeer reviewe

Amputation following internal fixation of an ankle fracture via the posterolateral approach - a case report

Peer reviewe

Systematic clustering of transcription start site landscapes

Genome-wide, high-throughput methods for transcription start site (TSS) detection have shown that most promoters have an array of neighboring TSSs where some are used more than others, forming a distribution of initiation propensities. TSS distributions (TSSDs) vary widely between promoters and earlier studies have shown that the TSSDs have biological implications in both regulation and function. However, no systematic study has been made to explore how many types of TSSDs and by extension core promoters exist and to understand which biological features distinguish them. In this study, we developed a new non-parametric dissimilarity measure and clustering approach to explore the similarities and stabilities of clusters of TSSDs. Previous studies have used arbitrary thresholds to arrive at two general classes: broad and sharp. We demonstrated that in addition to the previous broad/sharp dichotomy an additional category of promoters exists. Unlike typical TATA-driven sharp TSSDs where the TSS position can vary a few nucleotides, in this category virtually all TSSs originate from the same genomic position. These promoters lack epigenetic signatures of typical mRNA promoters and a substantial subset of them are mapping upstream of ribosomal protein pseudogenes. We present evidence that these are likely mapping errors, which have confounded earlier analyses, due to the high similarity of ribosomal gene promoters in combination with known G addition bias in the CAGE libraries. Thus, previous two-class separations of promoter based on TSS distributions are motivated, but the ultra-sharp TSS distributions will confound downstream analyses if not removed.This work was supported by a grant from the Novo Nordisk Foundation, http://www.novonordiskfonden.dk/. The European Research Council (http:// erc.europa.eu/) has provided financial support to Dr. Sandelin under the EU 7th Framework Programme (FP7/2007-2013)/ERC grant agreement 204135

Aputytöstä asiantuntijaksi – 120 vuotta sairaanhoitajakoulutusta Oulussa

Aputytöstä asiantuntijaksi – 120 vuotta sairaanhoitajakoulutusta Oulussa artikkelissa kuvataan lyhyesti koulutuksen juhlakonferenssin sisällöllisiä teemoja koulutus, tutkimus- ja kehittämistoiminta, johtaminen ja esimiestyö, sairaanhoitajan työ tulevaisuudessa ja kansainvälinen yhteistyö. Koulutus on kehittynyt kursseista asiantuntijoiden koulutukseen. Muutos on heijastellut ympäröivän yhteiskunnan tilannetta ja on vastannut työelämän tarpeisiin. Oulun sairaanhoitajakoulutus on tuottanut osaajia alueelle, koko Suomeen ja kansainvälisiin tehtäviin. Sairaanhoitajan tehtävänä on auttaa ihmistä, tervettä tai sairasta, niissä toiminnoissa, jotka edistävät terveyttä tai toipumista tai auttavat kuolemaan rauhallisesti. Sairaanhoitaja on hoitotyön asiantuntija, joka työskentelee perusterveydenhuollossa, erikoissairaanhoidossa, sosiaalihuollossa ja yksityisen sekä kolmannen sektorin alueilla. Sairaanhoitaja toteuttaa näyttöön perustuvaa hoitotyötä. Sairaanhoitaja tekee tutkimus- ja kehittämistoimintaa yhteistyössä työelämän ja palveluiden käyttäjien kanssa. Kansainvälinen verkostoituminen ja yhteistyö sairaanhoitajan tulevaisuuden osaamista. Hoitotyön koulutuksen ja käytännön johtamisessa on tärkeää, että johtaja tuntee alan sisältöä ja toimintaa sekä tulevaisuuden haasteita. Sote-alan palvelut, hoitovälineet ja käytännöt uudistuvat teknologian, digitaalisten palveluiden ja hoitomenetelmien kehittymisen myötä. Tänä päivänä sote-uudistus organisoituu uusilla palveluiden järjestämisvastuussa olevilla sote-alueilla. Tässä muutoksessa kaikkien tulee kyetä kohdentamaan toimintaansa kohti tulevaisuuden osaamistarpeita. Asiakkaiden rooli kasvaa oman terveyden edistämisessä omahoito tuotteiden kehittyessä. Teknologian ja etälääketieteen kehittyminen sekä väestön oman osaamisen kasvaminen tukevat asiakkaan aktiivista roolia. Sairaanhoitajien osaamisvaatimukset lisääntyvät heidän toimiessaan vaativissa sairaanhoidollisissa tehtävissä kotisairaalaympäristöissä

Työhyvinvoinnin edistämistä yhteistyöllä

Työelämän jatkuvissa muutoksissa työntekijöiden työhyvinvointi ja sen kehittäminen on yksi keskeinen painopiste. Hyvinvoivat ihmiset tekevät hyvän tuloksen ja he ovat työpaikan tärkein voimavara. Master-koulutukseen kuuluvassa opinnäytetyössä kuvattiin erään päiväkodin työhyvinvoinnin tila henkilöstön kokemana. Lisäksi kuvattiin henkilöstön kokemuksia niistä vahvuuksistaan, joiden avulla työhyvinvointia voidaan kehittää aiempaa paremmaksi sekä työhyvinvointiin liittyviä epäkohtia. Opinnäytetyön tuloksena laadittiin työhyvinvoinnin edistämisen suunnitelma työhyvinvoinnin portaat -mallia soveltaen. Tutkimus- ja kehittämisprosessi päättyi työhyvinvointiportaiden mukaiseen kehittämiskohteiden täsmentämiseen. Näin työhyvinvoinnin edistämisen suunnitelma mahdollisti tutkimustulosten viemisen konkreettisen toiminnan tasolle. Työyhteisö jatkoi valittujen kehittämiskohteiden mukaista toimintaa ja arvioi säännöllisesti työhyvinvoinnin edistymistä. Opinnäytetyön prosessin liittyvä yhteinen tutkimus- ja kehittämisprosessi tuotti myös käyttökelpoisia arvioinnin työvälineitä työyhteisön käyttöön työhyvinvoinnin edistymisen arvioimiseksi. Opinnäytetyö on yksi esimerkki master-koulutuksessa valmistuneesta työelämän kehittämistyöstä, joka toteutettiin opiskelijan, työelämän edustajien ja opettajien yhteistyössä

A code for transcription initiation in mammalian genomes

Genome-wide detection of transcription start sites (TSSs) has revealed that RNA Polymerase II transcription initiates at millions of positions in mammalian genomes. Most core promoters do not have a single TSS, but an array of closely located TSSs with different rates of initiation. As a rule, genes have more than one such core promoter; however, defining the boundaries between core promoters is not trivial. These discoveries prompt a re-evaluation of our models for transcription initiation. We describe a new framework for understanding the organization of transcription initiation. We show that initiation events are clustered on the chromosomes at multiple scales-clusters within clusters-indicating multiple regulatory processes. Within the smallest of such clusters, which can be interpreted as core promoters, the local DNA sequence predicts the relative transcription start usage of each nucleotide with a remarkable 91% accuracy, implying the existence of a DNA code that determines TSS selection. Conversely, the total expression strength of such clusters is only partially determined by the local DNA sequence. Thus, the overall control of transcription can be understood as a combination of large- and small-scale effects; the selection of transcription start sites is largely governed by the local DNA sequence, whereas the transcriptional activity of a locus is regulated at a different level; it is affected by distal features or events such as enhancers and chromatin remodeling

ChIP-on-chip significance analysis reveals large-scale binding and regulation by human transcription factor oncogenes

ChIP-on-chip has emerged as a powerful tool to dissect the complex network of regulatory interactions between transcription factors and their targets. However, most ChIP-on-chip analysis methods use conservative approaches aimed to minimize false-positive transcription factor targets. We present a model with improved sensitivity in detecting binding events from ChIP-on-chip data. Biochemically validated analysis in human T-cells reveals that three transcription factor oncogenes, NOTCH1, MYC, and HES1, bind one order of magnitude more promoters than previously thought. Gene expression profiling upon NOTCH1 inhibition shows broad-scale functional regulation across the entire range of predicted target genes, establishing a closer link between occupancy and regulation. Finally, the resolution of a more complete map of transcriptional targets reveals that MYC binds nearly all promoters bound by NOTCH1. Overall, these results suggest an unappreciated complexity of transcriptional regulatory networks and highlight the fundamental importance of genome-scale analysis to represent transcriptional programs