Robust archetypoids for anomaly detection in big functional data

Archetypoid analysis (ADA) has proven to be a successful unsupervised statistical technique to identify extreme observations in the periphery of the data cloud, both in classical multivariate data and functional data. However, two questions remain open in this field: the use of ADA for outlier detection and its scalability. We propose to use robust functional archetypoids and adjusted boxplot to pinpoint functional outliers. Furthermore, we present a new archetypoid algorithm for obtaining results from large data sets in reasonable time. Functional time series are occurring in many practical problems, so this paper focuses on functional data settings. The new algorithm for detecting functional anomalies, called CRO-FADALARA, can be used with both univariate and multivariate curves. Our proposal for outlier detection is compared with all the state-of-the-art methods in a controlled study, showing a good performance. Furthermore, CRO-FADALARA is applied to two large time series data sets, where outliers curves are discussed and the reduction in computational time is clearly stated. A third case study with a small ECG data set is discussed, given its importance in functional data scenarios. All data, R code and a new R package are freely available

Archetypal analysis: Contributions for estimating boundary cases in multivariete accommodation problem

[EN] The use of archetypal analysis is proposed in order to determine a set of representative cases that entail a certain percentage of the population, in the accommodation problem. A well-known anthropometric database has been used in order to compare our methodology with the common used PCA-approach, showing the advantages of our methodology: the level of accommodation is reached unlike the PCA approach, no more adjustments are necessary, the user can decide the number of archetypes to consider or leave the selection by a criterion. Unlike PCA, the objective of the archetypal analysis is obtaining extreme individuals, so it is the appropriate statistical technique for solving this type of problem. Archetypes cannot be obtained with PCA even if we consider all the components, as we show in the application.This work has been partially supported by Grants CICYT TIN2009-14392-C02-01, CICYT TIN2009-14392-C02-02, MTM2009-14500-C02-02, GV/2011/004 and Bancaixa-UJI P11A2009-02.Epifanio, I.; Vinue, G.; Alemany Mut, MS. (2013). Archetypal analysis: Contributions for estimating boundary cases in multivariete accommodation problem. Computers and Industrial Engineering. 64(3):757-765. https://doi.org/10.1016/j.cie.2012.01175776564

Molecular mechanisms of atherosclerosis in metabolic syndrome: role of reduced IRS2-dependent signaling

OBJECTIVE: The mechanisms underlying accelerated atherosclerosis in metabolic syndrome (MetS) patients remain poorly defined. In the mouse, complete disruption of insulin receptor substrate-2 (Irs2) causes insulin resistance, MetS-like manifestations, and accelerates atherosclerosis. Here, we performed human, mouse, and cell culture studies to gain insight into the contribution of defective Irs2 signaling to MetS-associated alterations. METHODS AND RESULTS: In circulating leukocytes from insulin-resistant MetS patients, Irs2 and Akt2 mRNA levels inversely correlate with plasma insulin levels and HOMA index and are reduced compared to insulin-sensitive MetS patients. Notably, a moderate reduction in Irs2 expression in fat-fed apolipoprotein E-null mice lacking one allele of Irs2 (apoE(-/-)Irs2(+/-)) accelerates atherosclerosis compared to apoE-null controls, without affecting plaque composition. Partial Irs2 inactivation also increases CD36 and SRA scavenger receptor expression and modified LDL uptake in macrophages, diminishes Akt2 and Ras expression in aorta, and enhances expression of the proatherogenic cytokine MCP1 in aorta and primary vascular smooth muscle cells (VSMCs) and macrophages. Inhibition of AKT or ERK1/2, a downstream target of RAS, upregulates Mcp1 in VSMCs. CONCLUSIONS: Enhanced levels of MCP1 resulting from reduced IRS2 expression and accompanying defects in AKT2 and Ras/ERK1/2 signaling pathways may contribute to accelerated atherosclerosis in MetS states

Análisis del impacto de comunicar un mensaje mediante una imagen o mediante un texto en un envase alimenticio

Este documento desarrolla el proyecto “Análisis del impacto de comunicar un mensaje mediante una imagen o mediante un texto en un envase alimenticio.”, realizado en el área de Proyectos de Ingeniería de la Universidad de Zaragoza.Este estudio tiene como objetivo sentar unas bases en relación a la inclusión de cierta información en los paquetes alimenticios. Observando resultados de estudios anteriores se planteo la hipótesis de que al representar un elemento mediante imagen se maximiza la percepción del producto. Con mensajes positivos se obtiene una imagen global más positiva y con elementos negativos se obtiene una imagen más negativa. Por lo que se va a estudiar la influencia de representar elementos positivos y negativos solo con imagen o solo con texto.Para el desarrollo del proyecto en primer lugar se decidió que la información que se iba a trasmitir en el envase iban a ser dos tipos de aceites. Tras esto se llevo a cabo un Pretest I, en el que se estudió como valoraban los usuarios diferentes aceites, para determinar que el Aceite de oliva era el más positivo y el Aceite de palma el mas negativo. Cumplimentando este Prestest, se realizó otro para comprobar si los encuestados comprendían mejor el mensaje mediante fotos o ilustraciones.Para el diseño de los estímulos se selecciono como producto sobre el que realizar el envase las magdalenas, luego se realizó un estudio de mercado para conocer cómo es la estética actual de los envases comerciales. De esta manera con todo lo estudiado en las etapas anteriores se diseñaron cuatro estímulos (dos para el aceite de oliva, con texto y con texto-imagen, y otros dos para el aceite de palma). Con estos cuatro estímulos se planteó realizar un encuesta de manera online, para estudiar ciertos atributos del producto como son: Precio, saludable, liking, procesado, calidad, artesano, decisión de compra y sabor. Se siguió un modelo de medidas repetidas en el que todos los participantes veían todos los estímulos. Participaron un total de 106 personas, y los resultados permitieron analizar la percepción que estos encuestados habían tenido de los estímulos.Las respuestas fueron evaluadas mediante métodos estadísticos para la obtención de resultados. Como conclusión general los datos sugieren que al trasmitir un mensaje positivo con imagen la percepción general del producto se maximiza positivamente, en comparación a la representación con texto. Mientras que para mensajes negativos ambas representaciones obtienen los misma percepción negativa del producto.Finalmente estos resultados podrían ser utilizados posteriormente como guía en el proceso de diseño de envases alimenticios tendiendo en cuenta las limitaciones del proyecto.<br /

Genomic microbial epidemiology is needed to comprehend the global problem of antibiotic resistance and to improve pathogen diagnosis

Contamination of waste effluent from hospitals and intensive food animal production with antimicrobial residues is an immense global problem. Antimicrobial residues exert selection pressures that influence the acquisition of antimicrobial resistance and virulence genes in diverse microbial populations. Despite these concerns there is only a limited understanding of how antimicrobial residues contribute to the global problem of antimicrobial resistance. Furthermore, rapid detection of emerging bacterial pathogens and strains with resistance to more than one antibiotic class remains a challenge. A comprehensive, sequence-based genomic epidemiological surveillance model that captures essential microbial metadata is needed, both to improve surveillance for antimicrobial resistance and to monitor pathogen evolution. Escherichia coli is an important pathogen causing both intestinal [intestinal pathogenic E. coli (IPEC)] and extraintestinal [extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC)] disease in humans and food animals. ExPEC are the most frequently isolated Gram negative pathogen affecting human health, linked to food production practices and are often resistant to multiple antibiotics. Cattle are a known reservoir of IPEC but they are not recognized as a source of ExPEC that impact human or animal health. In contrast, poultry are a recognized source of multiple antibiotic resistant ExPEC, while swine have received comparatively less attention in this regard. Here, we review what is known about ExPEC in swine and how pig production contributes to the problem of antibiotic resistance

Aplicaciones web para el trabajo colaborativo

Presentación del Proyecto de Fin de Carrera en el cual se ha desarrollado una aplicación web dinámica que permite la generación de diferentes tipos de informes (formularios) y que permite a los estudiantes rellenarlos y enviar los resultados de los informes en una BBDD.Presentació del Projecte de Fi de Carrera en el qual s'ha desenvolupat una aplicació web dinàmica que permet la generació de diferents tipus d'informes (formularis) i que permet als estudiants omplir i enviar els resultats dels informes en una BBDD