Analyse exploratoire des requêtes d'experts médicaux : cas des campagnes d'évaluation TREC et CLEF (regular paper)

International audienceDans ce papier, nous nous intéressons à l'analyse des besoins en information exprimés par des experts médicaux dans l'objectif de les caractériser puis mesurer l'impact de leur structure sur les résultats de recherche. À cet, effet, nous menons une étude exploratoire basée sur des analyses statistiques multidimensionnelles sur des collections de requêtes issues de campagnes d'évaluation internationales standards en l'occurrence TREC et CLEF. Notre étude révèle des variabilités significatives à la fois dans la morphologie des requêtes, que des besoins et des performances, que nous interprétons sur la base des objectifs et spécificités des tâches médicales associées. Les résultats de cette étude ont un impact sur la conception de systèmes de recherche d'information médicaux

Characterizing Health-Related Information Needs of Domain Experts (regular paper)

International audienceIn information retrieval literature, understanding the users' intents behind the queries is critically important to gain a better insight of how to select relevant results. While many studies investigated how users in general carry out exploratory health searches in digital environments, a few focused on how are the queries formulated, specifically by domain expert users. This study intends to fill this gap by studying 173 health expert queries issued from 3 medical information retrieval tasks within 2 different evaluation compaigns. A statistical analysis has been carried out to study both variation and correlation of health-query attributes such as length, clarity and specificity of either clinical or non clinical queries. The knowledge gained from the study has an immediate impact on the design of future health information seeking systems

Mechanisms Underlying the Delayed Activation of the Cap1 Transcription Factor in Candida albicans following Combinatorial Oxidative and Cationic Stress Important for Phagocytic Potency

ACKNOWLEDGMENTS We are grateful to Brian Morgan and Elizabeth Veal for insightful discussions, Mélanie Ikeh for experimental assistance, and Scott Moye-Rowley (University of Iowa) for the gift of the anti-Cap1 antibody. This work was funded by the NIHR Newcastle Biomedical Research Centre (I.K.), a BBSRC DTG studentship (M.J.P.), the Wellcome Trust (grants 089930 and 097377 to J.Q. and 080088 and 097377 to A.J.P.B.), the BBSRC (grants BB/K016393/1 to J.Q. and BB/F00513X/1 and BB/K017365/1 to A.J.P.B.), the European Research Council (STRIFE Advanced grant ERC-2009-AdG-249793 to A.J.P.B.), the ANR (grant CANDIHUB, ANR-14-CE14-0018-01, to C.D.), and the French Government’s Investissement d’Avenir program (grant IBEID, ANR-10-LABX-62-IBEID, to C.D.). FUNDING INFORMATION This work, including the efforts of Alistair J.P. Brown, was funded by Wellcome Trust (097377 and 080088). This work, including the efforts of Janet Quinn, was funded by Wellcome Trust (097377 and 089930). This work, including the efforts of Alistair J.P. Brown, was funded by EC European Research Council (ERC) (ERC-2009-AdG-249793). This work, including the efforts of Alistair J.P. Brown, was funded by Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) (BB/F00513X/1 and BB/K017365/1). This work, including the efforts of Janet Quinn, was funded by Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) (BB/K016393/1). This work, including the efforts of Christophe d’Enfert, was funded by Agence Nationale de la Recherche (ANR) (ANR-14-CE14-0018-01 and ANR-10-LABX-62-IBEID).Peer reviewedPublisher PD

Le facteur de transcription Fep1 interagit avec Tup11, un corépresseur de la famille des protéines à motifs WD40

De part sa propriété à acquérir et à céder les électrons, le fer constitue un élément incontournable dans divers sentiers métaboliques. Son potentiel rédox flexible est exploité par une variété de protéines qui lient l'oxygène ou qui transfèrent les électrons. Toutefois, un excès de fer est fortement cytotoxique puisqu'en présence d'oxygène il peut générer des radicaux libres qui endommagent les macromolécules, notamment les lipides, les protéines et l'ADN. C'est pour cela que la nature a mis en place divers mécanismes pour réguler de façon stricte le transport, la distribution et l'utilisation du fer dans les cellules. La présente étude a pour but d'apporter une meilleure compréhension quant aux mécanismes qui ont pour but de réguler l'acquisition du fer chez l'organisme modèle fongique Schizosaccharomyces pombe. Récemment, un facteur de transcription contrôlant l'expression des transporteurs de fer chez S. pombe a été isolé dans notre laboratoire. Ce facteur nommé Fep1, est un répresseur qui répond aux variations de la concentration des ions métalliques de fer.--Résumé abrégé par UMI

Mechanical behavior of materials with a compact hexagonal structure obtained by an advanced identification strategy of HCP material, AZ31B-H24

The use of magnesium alloys, in particular AZ31B-H24, represents an increasingly important aspect in the transport field, as well as in the aeronautical industry. In the forming processes of this material, the shapes of the product are obtained by plastic deformation. Therefore, it is important to know the properties of plastic behavior to optimize these shaping processes. The properties of this alloy are strongly influenced by its complex microstructure which can be modified by plastic deformation. For this purpose, in this work an identification strategy is established beginning with the elastoplastic orthotropic law based on the choice of an equivalent stress, a hardening law and a plastic potential. Thus, the anisotropic behavior of the magnesium sheet is modeled using CPB06 criterion with four hardening laws then later compared to Barlat91 criterion. Once the model is validated, it would therefore be useful to study the plastic behavior of AZ31B-H24 from an experimental database

Identification des réseaux transcriptionnnels de résistance aux antifongiques chez Candida albicans

Plusieurs souches cliniques de Candida albicans résistantes aux médicaments antifongiques azolés surexpriment des gènes encodant des effecteurs de la résistance appartenant à deux classes fonctionnelles : i) des transporteurs expulsant les azoles, CDR1, CDR2 et MDR1 et ii) la cible des azoles 14-lanostérol déméthylase encodée par ERG11. La surexpression de ces gènes est due à la sélection de mutations activatrices dans des facteurs de transcription à doigts de zinc de la famille zinc cluster (Zn2Cys6) qui contrôlent leur expression : Tac1p (Transcriptional activator of CDR genes 1) contrôlant l’expression de CDR1 et CDR2, Mrr1p (Multidrug resistance regulator 1), régulant celle de MDR1 et Upc2p (Uptake control 2), contrôlant celle d’ERG11. Un autre effecteur de la résistance clinique aux azoles est PDR16, encodant une transférase de phospholipides, dont la surexpression accompagne souvent celle de CDR1 et CDR2, suggérant que les trois gènes appartiennent au même régulon, potentiellement celui de Tac1p. De plus, la régulation transcriptionnelle du gène MDR1 ne dépend pas seulement de Mrr1p, mais aussi du facteur de transcription de la famille basic-leucine zipper Cap1p (Candida activator protein 1), un régulateur majeur de la réponse au stress oxydatif chez C. albicans qui, lorsque muté, induit une surexpression constitutive de MDR1 conférant la résistance aux azoles. Ces observations suggèrent qu’un réseau de régulation transcriptionnelle complexe contrôle le processus de résistance aux antifongiques azolés chez C. albicans. L’objectif de mon projet au doctorat était d’identifier les cibles transcriptionnelles directes des facteurs de transcription Tac1p, Upc2p et Cap1p, en me servant d’approches génétiques et de génomique fonctionnelle, afin de i) caractériser leur réseau transcriptionnel et les modules transcriptionnels qui sont sous leur contrôle direct, et ii) d’inférer leurs fonctions biologiques et ainsi mieux comprendre leur rôle dans la résistance aux azoles. Dans un premier volet, j’ai démontré, par des expériences de génétique, que Tac1p contrôle non seulement la surexpression de CDR1 et CDR2 mais aussi celle de PDR16. Mes résultats ont identifié une nouvelle mutation activatrice de Tac1p (N972D) et ont révélé la participation d’un autre régulateur dans le contrôle transcriptionnel de CDR1 et PDR16 dont l’identité est encore inconnue. Une combinaison d’expériences de transcriptomique et d’immunoprécipitation de la chromatine couplée à l’hybridation sur des biopuces à ADN (ChIP-chip) m’a permis d’identifier plusieurs gènes dont l’expression est contrôlée in vivo et directement par Tac1p (PDR16, CDR1, CDR2, ERG2, autres), Upc2p (ERG11, ERG2, MDR1, CDR1, autres) et Cap1p (MDR1, GCY1, GLR1, autres). Ces expériences ont révélé qu’Upc2p ne contrôle pas seulement l’expression d’ERG11, mais aussi celle de MDR1 et CDR1. Plusieurs nouvelles propriétés fonctionnelles de ces régulateurs ont été caractérisées, notamment la liaison in vivo de Tac1p aux promoteurs de ses cibles de façon constitutive et indépendamment de son état d’activation, et la liaison de Cap1p non seulement à la région du promoteur de ses cibles, mais aussi celle couvrant le cadre de lecture ouvert et le terminateur transcriptionnel putatif, suggérant une interaction physique avec la machinerie de la transcription. La caractérisation du réseau transcriptionnel a révélé une interaction fonctionnnelle entre ces différents facteurs, notamment Cap1p et Mrr1p, et a permis d’inférer des fonctions biologiques potentielles pour Tac1p (trafic et la mobilisation des lipides, réponse au stress oxydatif et osmotique) et confirmer ou proposer d’autres fonctions pour Upc2p (métabolisme des stérols) et Cap1p (réponse au stress oxydatif, métabolisme des sources d’azote, transport des phospholipides). Mes études suggèrent que la résistance aux antifongiques azolés chez C. albicans est intimement liée au métabolisme des lipides membranaires et à la réponse au stress oxydatif.Many azole resistant Candida albicans clinical isolates overexpress genes encoding azole resistance effectors that belong to two functional categories: i) CDR1, CDR2 and MDR1, encoding azole-efflux transporters and ii) ERG11, encoding the target of azoles 14-lanosterol demethylase. The constitutive overexpression of these genes is due to activating mutations in transcription factors of the zinc cluster family (Zn2Cys6) which control their expression. Tac1p (Transcriptional activator of CDR genes 1), controlling the expression of CDR1 and CDR2, Mrr1p (Multidrug resistance regulator 1), regulating MDR1 expression and Upc2p (Uptake control 2), controlling the expression of ERG11. Another determinant of clinical azole resistance is PDR16, encoding a phospholipid transferase, whose overexpression often accompanies that of CDR1 and CDR2 in clinical isolates, suggesting that the three genes belong to the same regulon, potentially that of Tac1p. Further, MDR1 expression is not only regulated by Mrr1p, but also by the basic-leucine zipper transcription factor Cap1p (Candida activator protein 1), which controls the oxidative stress response in C. albicans and whose mutation confers azole resistance via MDR1 overexpression. These observations suggest that a complex transcriptional regulatory network controls azole resistance in C. albicans. My Ph.D. studies are aimed at identifying the direct transcriptional targets of Tac1p, Upc2p and Cap1p using genetics and functional genomics approches in order to i) characterize their regulatory network and the transcriptional modules under their direct control and ii) infer their biological functions and better understand their roles in azole resistance. In the first part of my studies, I showed that Tac1p does not only control the expression of CDR1 and CDR2, but also that of PDR16. My results also identified a new activating mutation in Tac1p (N972D) and revealed that the expression of CDR1 and PDR16 is under the control of another yet unknown regulator. The combination of transcriptomics and genome-wide location (ChIP-chip) approaches allowed me to identify the in vivo direct targets of Tac1p (PDR16, CDR1, CDR2, ERG2, others), Upc2p (ERG11, ERG2, MDR1, CDR1, others) and Cap1p (MDR1, GCY1, GLR1, others). These results also revealed that Upc2p does not only control the expression of ERG11 but also that of MDR1 and CDR1. Many new functional features of these transcription factors were found, including the constitutive binding of Tac1p to its targets under both activating and non-activating conditions, and the binding of Cap1p which extends beyond the promoter region of its target genes, to cover the open reading frame and the putative transcription termination regions, suggesting a physical interaction with the transcriptional machinery. The characterization of the transcriptional regulatory network revealed a functional interaction between these factors, notably between Cap1p and Mrr1p, and inferred potential biological functions for Tac1p (lipid mobilization and traffic, response to oxidative and osmotic stress) and confirmed or suggested other functions for Upc2p (sterol metabolism) and Cap1p (oxidative stress response, regulation of nitrogen utilization and phospholipids transport). Taken together, my results suggest that azole resistance in C. albicans is tightly linked to membrane lipid metabolism and oxidative stress response

Capitalisation des Connaissances dans le Secteur Public : Un Levier Stratégique pour l'Efficacité des Services

La capitalisation des connaissances est un enjeu stratégique pour le secteur public, confronté à des défis croissants tels que la complexité des politiques publiques, la transformation numérique et les attentes des citoyens. La capitalisation des connaissances vise à préserver, formaliser et valoriser les savoirs organisationnels pour garantir la continuité des services et améliorer leur qualité. Dans ce contexte, la question centrale est : comment la capitalisation des connaissances peut-elle devenir un levier stratégique pour renforcer l'efficacité des administrations publiques? En clarifiant les concepts clés, l’étude distingue les connaissances explicites des connaissances tacites et souligne les enjeux spécifiques du secteur public, tels que la pérennisation des savoirs dans un contexte de mobilité accrue et de départs à la retraite. Les bénéfices stratégiques incluent une réduction des erreurs, une optimisation des processus, une continuité des services et une stimulation de l'innovation à travers le partage et l’apprentissage organisationnel. À travers des exemples pratiques, notamment au Maroc et en Afrique, l’article identifie les obstacles rencontrés, comme la résistance au changement, et propose des solutions adaptées