The N-terminal domains of TRF1 and TRF2 regulate their ability to condense telomeric DNA

TRF1 and TRF2 are key proteins in human telomeres, which, despite their similarities, have different behaviors upon DNA binding. Previous work has shown that unlike TRF1, TRF2 condenses telomeric, thus creating consequential negative torsion on the adjacent DNA, a property that is thought to lead to the stimulation of single-strand invasion and was proposed to favor telomeric DNA looping. In this report, we show that these activities, originating from the central TRFH domain of TRF2, are also displayed by the TRFH domain of TRF1 but are repressed in the full-length protein by the presence of an acidic domain at the N-terminus. Strikingly, a similar repression is observed on TRF2 through the binding of a TERRA-like RNA molecule to the N-terminus of TRF2. Phylogenetic and biochemical studies suggest that the N-terminal domains of TRF proteins originate from a gradual extension of the coding sequences of a duplicated ancestral gene with a consequential progressive alteration of the biochemical properties of these proteins. Overall, these data suggest that the N-termini of TRF1 and TRF2 have evolved to finely regulate their ability to condense DNA

Rôle des collagènes XV et XVIII dans le développement de vertébrés (étude préliminaire chez le poisson zèbre (Danio rerio))

Les collagènes sont des protéines multimodulaires dont la fonction principale est de maintenir la cohésion des tissus et des organes. Depuis les dernières années, un nombre croissant de données mettent en évidence la multifonctionnalité de ces molécules qui ont un rôle actif dans le comportement cellulaire. Les collagènes XV et XVIII possèdent des domaines respectifs restine et endostatine qui ont des propriétés anti-angiogéniques et anti-tumorales et dont la fonction reste encore inconnue. Aussi, l'objectif de cette thèse a été d'obtenir les outils et les concepts nécessaires afin de débuter l'étude fonctionnelle de ces collagènes et de leurs domaines respectifs, dans le modèle de développement du poisson zèbre dont les caractéristiques rendent les études plus aisées par rapport aux autres vertébrés. Ainsi, une seule forme de 1(XV) a été identifiée et l'étude de l'expression spatio-temporelle de col15a1, par hybridation in situ, a montré une expression restreinte à la notochorde. Trois isoformes du collagène XVIII, qui diffèrent par leur séquence N-terminale (courte, intermédiaire et longue), ont été isolées : elles présentent les caractéristiques conservées de leurs orthologues. Le collagène XVIII montre des singularités d'expression spatio-temporelle comparé à ses orthologues vertébrés. Les études par RT-PCR et hybridation in situ, avec une sonde C-terminale commune aux trois isoformes, ont permis d'observer son expression, dès le stade 5 somites, dans la plaque neurale antérieure, dans les cellules adaxiales. Pendant la période de segmentation, il est localisé dans l'épiderme, le rein et le cerveau. A 30 hpf, un gradient d'expression de col18a1 apparaît le long de la notochorde et du tube neural. L'expression spatio-temporelle différentielle des trois isoformes a été réalisée afin d'étudier l'expression précise de chacune d'elles (qui s'est avérée différente) et ainsi compléter l'étude globale réalisée avec la partie commune du collagène XVIII. Les résultats suggèrent que le collagène XVIII joue certainement un rôle important dans l'organogenèse de différents organes comme la peau, le cerveau et le rein. Aucune expression n'a été déterminée dans les cellules endothéliales. L'étude de la fonction par surexpression du NC1 et de l'endostatine ainsi que l'invalidation du gène de collagène XVIII utilisant les morpholinos a débuté. Les résultats préliminaires suggèrent que COL18A1 est particulièrement requis au développement précoce du cerveau. La fonction exacte reste, cependant, à être élucidéeLYON1-BU.Sciences (692662101) / SudocSudocFranceF

Transposable element-derived sequences in vertebrate development

AbstractTransposable elements (TEs) are major components of all vertebrate genomes that can cause deleterious insertions and genomic instability. However, depending on the specific genomic context of their insertion site, TE sequences can sometimes get positively selected, leading to what are called “exaptation” events. TE sequence exaptation constitutes an important source of novelties for gene, genome and organism evolution, giving rise to new regulatory sequences, protein-coding exons/genes and non-coding RNAs, which can play various roles beneficial to the host. In this review, we focus on the development of vertebrates, which present many derived traits such as bones, adaptive immunity and a complex brain. We illustrate how TE-derived sequences have given rise to developmental innovations in vertebrates and how they thereby contributed to the evolutionary success of this lineage.</jats:p

Fluorescent RAFT polymers bearing a nitrilotriacetic acid (NTA) ligand at the α-chain-end for the site-specific labeling of histidine-tagged proteins

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Nucleosome Dynamics : Atomic Force Microscopy Reveals its Intimity

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