Actituds i comportaments dels alumnes davant del treball matemàtic fora de l'aula

En l'article "Treballem la matemàtica fora de l'aula", publicat en el primer número d'aquesta mateixa revista, reflexionàvem sobre la conveniència de fer activitats matemàtiques al carrer. En concret, prevèiem la realització d'un joc de ciutat matemàtic al voltant de la catedral de Tarragona. Després d'haver portat a terme aquesta experiència amb alumnes de 6è, 7è i 8è d'EGB, us oferim la valoració que hem fet de les actituds, comportaments i reaccions d'aquests alumnes durant l'execució d'aquest joc de ciutat i de l'activitat complementària que l'acompanya

Treballem les matemàtiques fora de l’aula

Sovint s’utilitza el material didàctic per reforçar l’ensenyament i aprenentatge del càlcul, de la mesura i de la geometria. També força sovint prenem exemples de la realitat exterior per reforçar l’assimilació d’alguns coneixements. Però això només són models de la realitat. Si la volem presentar als alumnes amb tota la seva globalitat i complexitat, no ens queda cap més remei, ens cal sortir fora de l’aula, fora de l’escola a treballar les matemàtiques

Estimation of binding free energies with Monte Carlo atomistic simulations and enhanced sampling

The advances in computing power have motivated the hope that computational methods can accelerate the pace of drug discovery pipelines. For this, fast, reliable and user-friendly tools are required. One of the fields that has gotten more attentions is the prediction of binding affinities. Two main problems have been identified for such methods: insufficient sampling and inaccurate models. This thesis is focused on tackling the first problem. To this end, we present the development of efficient methods for the estimation of protein-ligand binding free energies. We have developed a protocol that combines enhanced sampling with more standard simulations methods to achieve higher efficiency. First, we run an exploratory enhanced sampling simulation, starting from the bound conformation and partially biased towards unbound poses. The we leverage the information gained from this short simulation to run, longer unbiased simulations to collect statistics. Thanks to the modularity and automation that the protocol offers we were able to test three different methods for the long simulations: PELE, molecular dynamics and AdaptivePELE. PELE and molecular dynamics showed similar results, although PELE used less computational resources. Both seemed to work well with small protein-fragment systems or proteins with not very flexible binding sites. Both failed to accurately reproduce the binding of a kinase, the Mitogen-activated protein kinase 1 (ERK2). On the other hand, AdaptivePELE did not show a great improvement over PELE, with positive results for the Urokinase-type plasminogen activator (URO) and a clear lack of sampling for the Progesterone receptor (PR). We demonstrated the importance of well-designed suite of test systems for the development of new methods. Through the use of a diverse benchmark of protein systems we have established the cases in which the protocol is expected to give accurate results, and which areas require further development. This benchmark consisted of four proteins, and over 30 ligands, much larger than the test systems typically used in the development of pathway-based free energy methods. In summary, the methodology developed in this work can contribute to the drug discovery process for a limited range of protein systems. For many other, we have observed that regular unbiased simulations are not efficient enough and more sophisticated, enhanced sampling methods are required.Els grans avenços en la capacitat de computació han motivat l'esperança que els mètodes de simulacions per ordinador puguin accelerar el ritme de descobriment de nous fàrmacs. Per a què això sigui possible, es necessiten eines ràpides, acurades i fàcils d'utilitzar. Un dels problemes que han rebut més atenció és el de la predicció d'energies lliures d'unió entre proteïna i lligand. Dos grans problemes han estat identificats per a aquests mètodes: la falta de mostreig i les aproximacions dels models. Aquesta tesi està enfocada a resoldre el primer problema. Per a això, presentem el desenvolupament de mètodes eficients per a l'estimació de d'energies lliures d'unió entre proteïna i lligand. Hem desenvolupat un protocol que combina mètodes anomenats enhanced sampling amb simulació clàssiques per a obtenir una major eficiència. Els mètodes d'enhanced sampling són una classe d'eines que apliquen algun tipus de pertorbació externa al sistema que s'està estudiant per tal d'accelerar-ne el mostreig. En el nostre protocol, primer correm una simulació exploratòria d'enhanced sampling, començant per una mostra de la unió de la proteïna i el lligand. Aquesta simulació esta parcialment esbiaixada cap a aquells estats del sistema on els dos components es troben més separats. Després utilitzem la informació obtinguda d'aquesta primera simulació més curta per a córrer una segona simulació més llarga, amb mètodes sense biaix per obtenir una estadística fidedigna del sistema. Gràcies a la modularitat i el grau d'automatització que la implementació del protocol ofereix, hem pogut provar tres mètodes diferents per les simulacions llargues: PELE, dinàmica molecular i AdaptivePELE. PELE i dinàmica molecular han mostrat resultats similars, tot i que PELE utilitza menys recursos. Els dos han mostrat bons resultats en l'estudi de sistemes de fragments o amb proteïnes amb llocs d'unió poc flexibles. Però, els dos han fallat a l'hora de reproduir els resultats experimentals per a una quinasa, la Mitogen-activated protein kinase 1 (ERK2). D'altra banda, AdaptivePELE no ha mostrat una gran millora respecte a PELE, amb resultats positius per a la proteïna Urokinase-type plasminogen activator (URO) i una clara falta de mostreig per al receptor de progesterona (PR). En aquest treball hem demostrat la importància d'establir un banc de proves equilibrat durant el desenvolupament de nous mètodes. Mitjançant l'ús d'un banc de proves divers hem pogut establir en quins casos es pot esperar que el protocol obtingui resultats acurats, i quines àrees necessiten més desenvolupament. El banc de proves ha consistit de quatre proteïnes i més de trenta lligands, molt més dels que comunament s'utilitzen en el desenvolupament de mètodes per a la predicció d'energies d'unió mitjançant mètodes basats en camins (pathway-based). En resum, la metodologia desenvolupada durant aquesta tesi pot contribuir al procés de recerca de nous fàrmacs per a certs tipus de sistemes de proteïnes. Per a la resta, hem observat que els mètodes de simulació no esbiaixats no són prou eficients i tècniques més sofisticades són necessàries

Estimation of binding free energies with Monte Carlo atomistic simulations and enhanced sampling

The advances in computing power have motivated the hope that computational methods can accelerate the pace of drug discovery pipelines. For this, fast, reliable and user-friendly tools are required. One of the fields that has gotten more attentions is the prediction of binding affinities. Two main problems have been identified for such methods: insufficient sampling and inaccurate models. This thesis is focused on tackling the first problem. To this end, we present the development of efficient methods for the estimation of protein-ligand binding free energies. We have developed a protocol that combines enhanced sampling with more standard simulations methods to achieve higher efficiency. First, we run an exploratory enhanced sampling simulation, starting from the bound conformation and partially biased towards unbound poses. The we leverage the information gained from this short simulation to run, longer unbiased simulations to collect statistics. Thanks to the modularity and automation that the protocol offers we were able to test three different methods for the long simulations: PELE, molecular dynamics and AdaptivePELE. PELE and molecular dynamics showed similar results, although PELE used less computational resources. Both seemed to work well with small protein-fragment systems or proteins with not very flexible binding sites. Both failed to accurately reproduce the binding of a kinase, the Mitogen-activated protein kinase 1 (ERK2). On the other hand, AdaptivePELE did not show a great improvement over PELE, with positive results for the Urokinase-type plasminogen activator (URO) and a clear lack of sampling for the Progesterone receptor (PR). We demonstrated the importance of well-designed suite of test systems for the development of new methods. Through the use of a diverse benchmark of protein systems we have established the cases in which the protocol is expected to give accurate results, and which areas require further development. This benchmark consisted of four proteins, and over 30 ligands, much larger than the test systems typically used in the development of pathway-based free energy methods. In summary, the methodology developed in this work can contribute to the drug discovery process for a limited range of protein systems. For many other, we have observed that regular unbiased simulations are not efficient enough and more sophisticated, enhanced sampling methods are required.Els grans avenços en la capacitat de computació han motivat l'esperança que els mètodes de simulacions per ordinador puguin accelerar el ritme de descobriment de nous fàrmacs. Per a què això sigui possible, es necessiten eines ràpides, acurades i fàcils d'utilitzar. Un dels problemes que han rebut més atenció és el de la predicció d'energies lliures d'unió entre proteïna i lligand. Dos grans problemes han estat identificats per a aquests mètodes: la falta de mostreig i les aproximacions dels models. Aquesta tesi està enfocada a resoldre el primer problema. Per a això, presentem el desenvolupament de mètodes eficients per a l'estimació de d'energies lliures d'unió entre proteïna i lligand. Hem desenvolupat un protocol que combina mètodes anomenats enhanced sampling amb simulació clàssiques per a obtenir una major eficiència. Els mètodes d'enhanced sampling són una classe d'eines que apliquen algun tipus de pertorbació externa al sistema que s'està estudiant per tal d'accelerar-ne el mostreig. En el nostre protocol, primer correm una simulació exploratòria d'enhanced sampling, començant per una mostra de la unió de la proteïna i el lligand. Aquesta simulació esta parcialment esbiaixada cap a aquells estats del sistema on els dos components es troben més separats. Després utilitzem la informació obtinguda d'aquesta primera simulació més curta per a córrer una segona simulació més llarga, amb mètodes sense biaix per obtenir una estadística fidedigna del sistema. Gràcies a la modularitat i el grau d'automatització que la implementació del protocol ofereix, hem pogut provar tres mètodes diferents per les simulacions llargues: PELE, dinàmica molecular i AdaptivePELE. PELE i dinàmica molecular han mostrat resultats similars, tot i que PELE utilitza menys recursos. Els dos han mostrat bons resultats en l'estudi de sistemes de fragments o amb proteïnes amb llocs d'unió poc flexibles. Però, els dos han fallat a l'hora de reproduir els resultats experimentals per a una quinasa, la Mitogen-activated protein kinase 1 (ERK2). D'altra banda, AdaptivePELE no ha mostrat una gran millora respecte a PELE, amb resultats positius per a la proteïna Urokinase-type plasminogen activator (URO) i una clara falta de mostreig per al receptor de progesterona (PR). En aquest treball hem demostrat la importància d'establir un banc de proves equilibrat durant el desenvolupament de nous mètodes. Mitjançant l'ús d'un banc de proves divers hem pogut establir en quins casos es pot esperar que el protocol obtingui resultats acurats, i quines àrees necessiten més desenvolupament. El banc de proves ha consistit de quatre proteïnes i més de trenta lligands, molt més dels que comunament s'utilitzen en el desenvolupament de mètodes per a la predicció d'energies d'unió mitjançant mètodes basats en camins (pathway-based). En resum, la metodologia desenvolupada durant aquesta tesi pot contribuir al procés de recerca de nous fàrmacs per a certs tipus de sistemes de proteïnes. Per a la resta, hem observat que els mètodes de simulació no esbiaixats no són prou eficients i tècniques més sofisticades són necessàries.Postprint (published version

Modeling tuberculosis transmission in urban cities through agent-based simulation: the case of Barcelona

Tuberculosis remains one of the world’s deadliest infectious diseases. About one-third of the world’s population is infected with tuberculosis bacteria. Understanding the dynamics of transmission at different spatial scales is critical to progress in its control. We present an agent-based model for tuberculosis epidemics in Barcelona, which has an observatory on this disease. Our model considers high heterogeneity within the population, including risk factors for developing an active disease, and it tracks the individual behavior once diagnosed. We incorporated the immunodeficiency and smoking/alcoholism, as well as the individual’s origin (foreigner or not) for its contagion and infection as risks factors. We implemented the model in Netlogo, a useful tool for interaction with physicians. However, the platform has some computational limitations, and we propose a solution to overcome them.Peer ReviewedPostprint (published version

Contracció cel·lular: modelització i visualització de calci intracel·lular

2013/201

The presentation of Catalan universities' linguistic reality to a transnational audience

This article seeks to explore critically the discourse strategies used by three Catalonian universities on their English-medium websites, directed at (prospective) transnational students, investigating how their higher education (HE) linguistic environments are portrayed. In recent decades, Catalan regained its status of lingua academica alongside Spanish; the use of Catalan in HE is regarded as vital for its long-term sustainability. In this context, efforts to attract transnational students jar with concerns raised about the hegemonic dominance of English as an academic lingua franca. After reviewing salient themes in the literature on the changing landscape of HE in Europe, we describe the linguistic and sociopolitical context of Catalonia in particular, and adopt Fairclough's three-stage discourse analysis framework to our text analysis. Texts are described and considered in terms of how they can be seen to either reproduce or challenge these emergent themes. Results show that the websites identify English as the world's undisputed academic lingua franca, and a linguistic gateway to international success. Simultaneously, the websites focus on the social and cultural significance of their local language to its foreign audience, trying to escape the risk of cultural and linguistic harmonisation that has been denounced in English as a Medium of Instruction (EMI) in other comparable contexts

Discursos sobre la calidad del Principado de Cataluña, inclinacion de sus habitadores y su gouierno : dirigidos a diuersos mecenas

Fol., amb errors: [8]; [8], 25, [1]; [8], 27 [i.e. 26]; [6], 24; [4], 19 [i.e. 22]; [3], 7 [i.e. 8], [1] f. (l'últ. f. dels t. 2 i 6 en blanc). Sign.: ä4, ë4; [ ]4, öTöT4, A-F4, G2; [ ]4, öT4, A-F4, G2; [ ]4, Aa-Ff4, Gg2; ()4, Aaa-Eee4, Fff2; *4, Aaaa-Bbbb429 lín., post. impr. i reclamsCada t. té port. pròpia amb l'escut de l'autor, alg. vinyetes i capll. orn

Desigualtat a la universitat per raó de gènere? La situació de les dones a la Universitat Rovira i Virgili: de la diagnosi a les mesures d'igualtat

Aquest article exposa algunes de les principals conclusions d'una recerca realitzada a la Universitat Rovira i Virgili (URV) per conèixer si la situació d'homes i dones és igualitària. Un equip de l'àrea de sociologia ha dut a terme aquesta recerca que inclou l'anàlisi de PDI (personal docent i investigador), PAS (personal d'administració i serveis) i alumnat. Un dels objectius de la recerca era analitzar les trajectòries professionals del professorat, tot comparant homes i dones per veure si la interrelació entre trajectòries familiars i trajectòries laborals és similar per als dos col·lectius. Igualment es vol analitzar el pes dels factors de les organitzacions en la dinàmica de les desigualtats per raó de gènere.This article outlines some of the main conclusions of a research sets in Rovira i Virgili University, examining if professional careers are equal for men and women. A group of sociologists has realized this survey which includes PDI (teaching and research staff), PAS (staff of administration and services) and students data analysis. One of the objectives is to compare family paths and labour paths between men and women to analyze similarities and differences. At the same time, is examined how organizational factors are useful to describe unequal gender opportunities.Este artículo expone algunas de las principales conclusiones de una investigación realizada en la Universidad Rovira i Virgili, con la intención de descubrir si la situación entre hombres y mujeres es igualitaria. Un equipo del área de sociología ha llevado a cabo dicha investigación, que incluye el análisis de PDI (personal docente e investigador), PAS (personal de administración y servicios) y alumnado. Uno de los objetivos era analizar las trayectorias profesionales del profesorado, comparando hombres y mujeres para averiguar si la interrelación entre trayectorias familiares y trayectorias laborales es similar para los dos colectivos. Asimismo, se busca analizar el peso de los factores de las organizaciones en la dinámica de las desigualdades por razón de género

Actituds i comportaments dels alumnes davant del treball matemàtic fora de l'aula

En l'article "Treballem la matemàtica fora de l'aula", publicat en el primer número d'aquesta mateixa revista, reflexionàvem sobre la conveniència de fer activitats matemàtiques al carrer. En concret, prevèiem la realització d'un joc de ciutat matemàtic al voltant de la catedral de Tarragona. Després d'haver portat a terme aquesta experiència amb alumnes de 6è, 7è i 8è d'EGB, us oferim la valoració que hem fet de les actituds, comportaments i reaccions d'aquests alumnes durant l'execució d'aquest joc de ciutat i de l'activitat complementària que l'acompanya